国際基督教大学が文部科学省から受託した、＜21世紀ＣＯＥプログラム (国際基督教大学「平和・安全・共生研究」)５年間＞。宮崎は、全体リーダーの村上陽一郎を補佐する全体のサブリーダーと、「宮崎チーム（環境、安全、共生）」のリーダーを務めた。