人体の主成分である蛋白質は，アミノ酸が多数連結して複雑に折りたたまれることで，固有の立体構造を形成する．薬は蛋白質表面上の窪み （ポケットと呼ぶ) に入り込みやすいことが知られている．そこで我々は，薬との親和性と，アミノ酸のポケット内で位置関係がどのように関係しているか分析している．その一環として本報告では，ポケットとアミノ酸の距離分布分析のための可視化ツールを提案する．本手法では，蛋白質表面形状から抽出された各ポケットに対して最深部を求め，アミノ酸を構成する各原子との距離を算出し，その分布を可視化する．本報告では可視化結果から得られた傾向を示し，その生物的解釈の可能性について推察する．Protein is the major component of the organism. It has a unique three-dimensional structure determined by its amino acid sequence. A hole (pocket) on the surface of a protein is known to be the best target for a drug to react. We have started analyzing how "druggability" of proteins relates to the locations of amino acids in the pocket. For starter of the study, this paper presents a visualization tool for distance distribution analysis between two types of amino acids in the protein pocket. Providing protein surfaces by triangular meshes, this tool first identifies a pocket from the protein surface, specifies the deepest point in the pocket, and calculates distances between atoms of an amino acids and the deepest point of the pocket. The tool then visualizes the distribution of the distances by scatterplots. This paper presents a biological interpretation of the visualization results.