ヌクレオチドや核酸に関わる配列モチーフを持つものの、その機能がはっきりしない蛋白質に着目して構造機能解析を行ってきた。それらの中には重要な生理的機能を担っているものがまだある可能性がある。高度好熱菌の場合を例に、機能未知蛋白質の機能解明を目指した例をppGpp分解酵素Ndx8(TTHA1939)、dNTP分解酵素Tt-dNTPase(TTHA0412)、nanoRNA分解酵素(TTHA0118)に分けて解説した。