森 浩禎

J-GLOBALへ         更新日: 18/11/09 18:57
 
アバター
研究者氏名
森 浩禎
 
モリ ヒロタダ
通称等の別名
hirotada.mori
eメール
hmorigtc.naist.jp
URL
http://ecoli.naist.jp/Lab/index.html
所属
奈良先端科学技術大学院大学・バイオサイエンス研究科
部署
バイオサイエンス研究科・システム微生物学
職名
教授
学位
理学博士(京都大学)
その他の所属
慶應義塾大学・先端生命科学研究所
科研費研究者番号
90182203

プロフィール

大腸菌K-12株ゲノム配列決定を推進し、完成させたグループの一人。全ゲノム配列を用いた、網羅的実験研究リソースの構築を行い、広く国内外に公開し、大腸菌によるシステムアプローチを推進。システム生物学分野において、モデル生物としての大腸菌を確立することに貢献。その後、リソース群を活用した種々のomics解析を多くの研究者とともに推進してきている。現在は、細胞内機能ネットワークの解明を、接合を用い2重欠失株を系統的に構築し、合成致死解析による遺伝的ネットワーク解析を中心に研究を進めているる。最近では、新たに分子バーコードを導入した遺伝子欠失株を利用した、混合培養による個々の欠失株の培養液中でのポピュレーション変動を次世代シーケンサーで追跡可能にした。この手法を用いて種内、種間、および各種環境要因との相互作用解析を次世代シーケンサーを用いて進めていく。

研究分野

 
 

学歴

 
 
 - 
1985年
京都大学 理学研究科 生物物理学
 

委員歴

 
2000年
   
 
バイオインフォマティクス学会  評議員
 

論文

 
Almagro G, Viale AM, Montero M, Muñoz FJ, Baroja-Fernández E, Mori H, Pozueta-Romero J
Scientific reports   8(1) 15509   2018年10月   [査読有り]
Maier L, Pruteanu M, Kuhn M, Zeller G, Telzerow A, Anderson EE, Brochado AR, Fernandez KC, Dose H, Mori H, Patil KR, Bork P, Typas A
Nature   555(7698) 623-628   2018年3月   [査読有り]
Murata M, Ishii A, Fujimoto H, Nishimura K, Kosaka T, Mori H, Yamada M
PloS one   13(2) e0189487   2018年   [査読有り]
Monk JM, Lloyd CJ, Brunk E, Mih N, Sastry A, King Z, Takeuchi R, Nomura W, Zhang Z, Mori H, Feist AM, Palsson BO
Nature biotechnology   35(10) 904-908   2017年10月   [査読有り]
Wyche TP, Alvarenga RFR, Piotrowski JS, Duster MN, Warrack SR, Cornilescu G, De Wolfe TJ, Hou Y, Braun DR, Ellis GA, Simpkins SW, Nelson J, Myers CL, Steele J, Mori H, Safdar N, Markley JL, Rajski SR, Bugni TS
ACS chemical biology   12(9) 2287-2295   2017年9月   [査読有り]

Misc

 
バクテリアにおける熱ショック応答
微生物学総説   47,321    1993年
mRNA2次構造によるσ32の熱誘導
21(23) 5449   1993年
大腸菌におけるFtsHの解析:膜機能、cell cicle調節機能、遺伝子発現に関与するATPaseの活性をもつprotein family
175 1344   1993年
GroELタンパクの細胞内濃度の減少の細胞内タンパクメタボリズムへの影響
176 4235   1993年
細胞内異常タンパクの蓄積はs32の安定化は起こすが合成誘導は引き起こさない
176 5648   1993年

書籍等出版物

 
ストレス蛋白質の発現調節 1.原核生物
ストレス蛋白質-基礎と臨床   1993年   

競争的資金等の研究課題

 
細胞の生存 - 自然界における大腸菌の場合
日本学術振興会: 科研費 基盤研究(A)
研究期間: 2016年 - 2019年    代表者: 森 浩禎
大腸菌K-12株のリソース群を活用し、種間相互作用による相互作用ネットワーク解析手法の確立と解析を進める。
1)各成育期の細胞内外の物質及び状態の定量解析: 細胞生育時の物理的・化学的定量方法の確立を進め、特にin vivoでの細胞内pHの変動解析を可能にした。C、N及びP源枯渇による細胞死、再生育開始までの時間変動、細胞寿命の変化の解析から、一部の分子機構解明への糸口を掴んだ。
2)Chemical genomics解析、異種間競合、宿主腸内環境での解析に向けたBar-code欠失株ライ...
長期定常期から分裂再開までの細胞の生存戦略
日本学術振興会: 科研費 基盤研究(A)
研究期間: 2013年 - 2016年    代表者: 森 浩禎
20塩基分子バーコードを持つ大腸菌一遺伝子欠失株ライブラリー構築を行い、1)全欠失株混合培養液の長期定常期中のpopulation変動、2)薬剤を含んだ培地中の各欠失株のpopulation変動解析、3)宿主のBW38029株のゲノム配列の決定と遺伝的背景の確認を行った。長期定常期における解析は、LB培地を用いた混合培養液中の各欠失株の相対的populationをバーコードシーケンスで決定した。さらに各サンプリング中の細胞の再生育能の違いを、取得各サンプルをLB培地で希釈し再増殖後、バーコ...
バクテリア細胞における環境状態感知システムによる細胞内ネットワーク解析
日本学術振興会: 科学研究費 特別研究員奨励費
研究期間: 2013年 - 2015年    代表者: 森 浩禎
バクテリアにおける細胞内ネットワーク解明をバーコードを導入した2種類のトランスポゾンを利用した超高効率網羅的2重欠失株解析法の確立を目的とした。すでに単一欠失株を遺伝子単位で、接合により組合せる方法を開発し解析を進めている。しかし、環境条件の違いによる細胞内ネットワーク構造の動的変化や、網羅的リソースが完備されていない非モデル生物においても適用可能な普遍性の高い方法論の開発は非常に重要である。
1次元目のトランスポゾンをTn5で、2次元目をMarinerを利用した。Tn5はトランスポゼース...
大腸菌バーコード欠失株による化合物-遺伝子相互作用Multiplex解析
文部科学省: 新学術領域研究(研究領域提案型)
研究期間: 2013年 - 2015年    代表者: 森 浩禎
barcodeライブラリの完成、欠失を相補する接合可動型低コピー発現プラスミドライブラリーの構築、そして欠失株相補ライブラリーのリソース群の完成を目指した。その後構築したライブラリーによる高効率生理活性物質探索システムの構築を行うことを目的とした開発を目指した。barcodeによる混合培養液を用いて、長期定常期での各欠失株のpopulation変動を定量的にモニターすることが可能かどうかの評価を行った結果、少なくともbarcodeの量的変動をdeep sequencingで定量的に解析可能...
mRNAと新生ペプチドの局所構造による翻訳効率変化のゲノムワイド解析
日本学術振興会: 科学研究費 基盤研究(B)
研究期間: 2012年 - 2015年    代表者: 中東 憲治
遺伝子mRNAからタンパク質が翻訳される状況を新しい実験手法で解析し、ゲノム全体の遺伝子を見た場合、翻訳開始の構造が翻訳の効率に大きな影響を与えることを明らかにした。対して、翻訳伸長の効率にも差はあったが、遺伝子全体の翻訳効率に大きな影響は与えていなかった。
また、コドン-アンチコドンの3文字目の認識や、small RNA/Hfqによる翻訳制御の実体など、ネイティブな翻訳関連因子の性質についてや、様々な抗生物質の作用機序など、これまで知られていなかった性質を示す新たな知見を得た。