中村周吾 (Shugo NAKAMURA) - マイポータル

基本情報

所属: 東洋大学情報連携学部教授

学位: 修士（農学）(東京大学)
博士（農学）(東京大学)

研究者番号: 90272442
J-GLOBAL ID: 200901031632447753
researchmap会員ID: 1000201986

研究キーワード

研究分野

経歴

2017年4月 - 現在

東洋大学, 情報連携学部, 教授
2016年4月 - 2017年3月

東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 准教授
2002年2月 - 2017年3月

Associate Professor, The Univ. of Tokyo
2012年4月 - 2016年3月

東京大学, 大学院情報学環, 准教授
2002年2月 - 2012年3月

東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 准教授
1995年8月 - 2002年1月

東京大学, 大学院農学系研究科, 助手
1995年8月 - 2002年1月

Assitant Professor, The Univ. of Tokyo

学歴

1991年4月 - 1995年7月

東京大学, 大学院農学系研究科, 応用生命工学専攻
- 1995年

東京大学
1989年4月 - 1991年3月

東京大学, 工学部, 計数工学科
- 1991年

東京大学

論文

120

Simulation of Pedestrian Flow on Escalators

Akiho Yamaguchi, Shugo Nakamura, Takashi Sano, Hirotada Honda

2026 International Conference on Artificial Intelligence in Information and Communication (ICAIIC) 566-571 2026年2月24日
Leverage Indexを用いた野球における“流れ”に関する一考察

仙田渉大, 佐野崇, 中村周吾, 本多泰理

応用統計学 54(1) 53-79 2025年9月
Investigation of Frame Differences as Motion Cues for Video Object Segmentation

Sota Kawamura, Hirotada Honda, Shugo Nakamura, Takashi Sano

Communications in Computer and Information Science (ICMLSC 2025) 2488 228-235 2025年5月27日
A unique substrate specificity of PonAAS2, an aromatic aldehyde synthase, involved in phytohormone auxin biosynthesis in a gall-inducing sawfly Euura sp. “Pontania”

Yoshihito Suzuki, Hikaru Ichikawa, Yuri Kunioka, Umi Miyata, Shugo Nakamura, Zui Fujimoto

Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 2025年1月16日査読有り
From Coupled Oscillators to Graph Neural Networks: Reducing Over-smoothing via a Kuramoto Model-based Approach

Tuan Nguyen, Hirotada Honda, Takashi Sano, Vinh Nguyen, Shugo Nakamura, Tan Minh Nguyen

Proceedings of The 27th International Conference on Artificial Intelligence and Statistics (AISTATS2024) PMLR 238 2710-2718 2024年5月査読有り最終著者
Understanding Neural ODE prediction decision using SHAP

Phuong Dinh, Deddy Jobson, Takashi Sano, Hirotada Honda, Shugo Nakamura

Proceedings of the 5th Northern Lights Deep Learning Conference (NLDL) PMLR 233 53-58 2024年1月査読有り
自然言語処理技術を用いた詐欺的な暗号資産の検出方法

上野允照, 佐野崇, 本多泰理, 中村周吾

人工知能学会論文誌 38(5) E-N34_1 2023年9月1日査読有り最終著者責任著者
Large-scale identification of genes involved in septal pore plugging in multicellular fungi.

Md Abdulla Al Mamun, Wei Cao, Shugo Nakamura, Jun-Ichi Maruyama

Nature communications 14(1) 1418-1418 2023年3月17日査読有り
An ODE-based neural network with Bayesian optimization

Hirotada Honda, Takashi Sano, Shugo Nakamura, Mitsuaki Ueno, Hiroki Hanazawa, Nguyen Manh Duc Tuan

JSIAM Letters 15 101-104 2023年査読有り
Maintenance and turnover of Sox2+ adult stem cells in the gustatory epithelium

Makoto Ohmoto, Shugo Nakamura, Hong Wang, Peihua Jiang, Junji Hirota, Ichiro Matsumoto

PLOS ONE 17(9) e0267683-e0267683 2022年9月2日査読有り
A novel Pezizomycotina‐specific protein with gelsolin domains regulates contractile actin ring assembly and constriction in perforated septum formation

Mamun MAA, Katayama T, Cao W, Nakamura S, Maruyama JI

Molecular Microbiology 113(5) 964-982 2020年5月査読有り
Prediction of protein–metal ion-binding sites using sequence homology and machine-learning methods

Tian Z, Cao W, Moriwaki Y, Terada T, Nakamura S, Sumikoshi K, Fang C, Shimizu K

Advanced Bioinformatics & Chemistry 1(1) 025-036 2019年9月査読有り
Significance of NS5B Substitutions in Genotype 1b Hepatitis C Virus Evaluated by Bioinformatics Analysis

Yoshihito Uchida, Shugo Nakamura, Jun-Ichi Kouyama, Kayoko Naiki, Daisuke Motoya, Kayoko Sugawara, Mie Inao, Yukinori Imai, Nobuaki Nakayama, Tomoaki Tomiya …

Scientific Reports 8(1) 8818 2018年12月1日査読有り
Predicting protein-protein interactions using sequence homology and machine-learning methods

Tang Y, Cao W, Sumikoshi K, Nakamura S, Terada, T, Kadota K, Shimizu K

Research Journal of Life Sciences, Bioinformatics, Pharmaceutical and Chemical Sciences 3(3) 26 2017年9月査読有り
Crystal structure of the 2-iminoglutarate-bound complex of glutamate dehydrogenase from Corynebacterium glutamicum

Takeo Tomita, Lulu Yin, Shugo Nakamura, Saori Kosono, Tomohisa Kuzuyama, Makoto Nishiyama

FEBS Letters 591(11) 1611-1622 2017年6月1日査読有り
Development of a sugar-binding residue prediction system from protein sequences using support vector machine

Masaki Banno, Yusuke Komiyama, Wei Cao, Yuya Oku, Kokoro Ueki, Kazuya Sumikoshi, Shugo Nakamura, Tohru Terada, Kentaro Shimizu

COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY 66 36-43 2017年2月査読有り
Development of a protein–ligand-binding site prediction method based on interaction energy and sequence conservation

Hiroto Tsujikawa, Kenta Sato, Cao Wei, Gul Saad, Kazuya Sumikoshi, Shugo Nakamura, Tohru Terada, Kentaro Shimizu

Journal of Structural and Functional Genomics 17(2-3) 39-49 2016年9月1日査読有り
Co-lyophilized Aspirin with Trehalose Causes Less Injury to Human Gastric Cells and Gastric Mucosa of Rats

Lee-Shuan Lin, Yuko Kayasuga-Kariya, Shugo Nakamura, Nobuyuki Shimohata, Takamasa Sakai, Ayano Fujisawa, Yuki Akagi, Shigeki Suzuki, Ung-il Chung, Nobuo Sasaki …

DIGESTIVE DISEASES AND SCIENCES 61(8) 2242-2251 2016年8月査読有り
Development of a computational method for lipid-binding protein prediction

Kokoro Ueki, Kenta Sato, Shugo Nakamura, Tohru Terada, Kazuya Sumikoshi, Kentaro Shimizu

Research Journal of Life Sciences, Bioinformatics, Pharmaceutical and Chemical Sciences 1 223-236 2016年査読有り
The Dysferlin Domain-Only Protein, Spo73, Is Required for Prospore Membrane Extension in Saccharomyces cerevisiae

Yuuya Okumura, Tsuyoshi S. Nakamura, Takayuki Tanaka, Ichiro Inoue, Yasuyuki Suda, Tetsuo Takahashi, Hideki Nakanishi, Shugo Nakamura, Xiao-Dong Gao, Hiroyuki Tachikawa

MSPHERE 1(1) 2016年1月査読有り

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MISC

109

Atariにおける強化学習に対する物体アノテーションの効果

土倉正喜, 本多泰理, 中村周吾, 佐野崇

情報処理学会第88回全国大会 2026年3月
大規模言語モデルによる日本語曖昧表現の検出

伏見友貴, 本多泰理, 佐野崇, 中村周吾

情報処理学会第88回全国大会 2026年3月
大規模言語モデルを用いた意見データセットの生成

高田悠平, 本多泰理, 佐野崇, 中村周吾

情報処理学会第88回全国大会 2026年3月
大規模言語モデルを用いた古典恋歌の分類予測

竹澤里桜,高柳祐子,本多泰理,佐野崇,中村周吾

情報処理学会第88回全国大会 2026年3月
MinecraftにおけるLLMエージェントを用いたプレイヤー体験の向上

吉野巧実, 中村周吾, 本多泰理, 佐野崇

情報処理学会第88回全国大会 2026年3月
Minecraftエージェントにおける入力画像高解像度化の効果

赤間瑠衣, 中村周吾, 本多泰理, 佐野崇

情報処理学会第88回全国大会 2026年3月
マルチモーダル型大規模言語モデルを活用した自動車運転時の危険予測

玉眞俊弥,本多泰理,佐野崇,中村周吾

情報処理学会第87回全国大会 2025年3月
動画拡散モデルを用いた少数データによる新規視点画像生成

柳黎史, 中村周吾, 本多泰理, 佐野崇

情報処理学会第87回全国大会 2025年3月
大規模言語モデルによる現代短歌の評価

淺井馨, 森美咲希, 岩崎拓未, 本多泰理, 佐野崇, 高柳祐子, 中村周吾

情報処理学会第87回全国大会 2025年3月
LLMを用いたプレイヤーを楽しませるためのMinecraftエージェント

吉野巧実, 中村周吾, 本多泰理, 佐野崇

HAIシンポジウム(Web) 2025 2025年
フレーム間差分を用いた動画セグメンテーションモデルの開発と評価

河村聡太, 本多泰理, 中村周吾, 佐野崇

電子情報通信学会技術研究報告(Web) 124(23(PRMU2024 1-7)) 2024年
NS5B-A218S Mutation Locating Along with the NTP Tunnel as a Factor Involved in Virologic Failure after Sofosbuvir/Ledipasvir Therapy in Patients with Genotype 1b HCV: Evaluation by Bioinformatics and Molecular Dynamics

Yoshihito Uchida, Shugo Nakamura, Jun-ichi Kouyama, Kayoko Naiki, Yukinori Imai, Nobuaki Nakayama, Tomoaki Tomiya, Satoshi Mochida

HEPATOLOGY 66 583A-584A 2017年10月
タンパク質の溶解度と配列・構造特徴との網羅的相関解析

中村周吾, 丹羽達也, 清水謙多郎, 田口英樹, 上田卓也

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 16th 28 2016年5月19日
機械学習を用いたタンパク質機能予測における配列特徴の抽出法の検討

植木快, 中村周吾, 角越和也, 清水謙多郎

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 15th 69 2015年5月26日
タンパク質の溶解度と配列・構造特徴の相関解析および溶解度予測ツールの開発

中村周吾, 丹羽達也, 田口英樹, 上田卓也

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 15th 143 2015年5月26日
希少放線菌Actinoplanes missouriensisの運動性胞子の走化性制御メカニズムの解析

木村知宏, 手塚武揚, 中村周吾, 奥寛雅, 大西康夫

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2015 2A36P11 (WEB ONLY) 2015年3月5日
位置特異的スコアリングマトリックスとサポートベクターマシーンを用いた脂質結合タンパク予測手法の開発

植木快, 番野雅城, 中村周吾, 清水謙多郎

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 14th 128 2014年5月26日
好酸好熱性古細菌Sulfolobus tokodaii由来の非リン酸化型グリセルアルデヒド‐3‐リン酸脱水素酵素におけるアロステリック制御にともなう構造変化

伊藤史晃, 三宅将之, 中村周吾, 清水謙多郎, 伏信進矢, 若木高善

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2014 2D01P02 (WEB ONLY) 2014年3月5日
Development of system that predict sugar binding protein and sugar binding site based o n protein sequence using support vector machine

Banno M, Komiyama Y, Sumikoshi K, Nakamura S, Shimizu K

The 2013 Annual Convention of Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2013) 69 2013年10月
Sequence derived predictor of lipid-binding proteins with support vector machine

Ueki K, Komiyama Y, Banno M, Nakamura S, Shimizu K

The 2013 Annual Convention of Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2013) 70 2013年10月

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書籍等出版物

分子シミュレーションによるHCVポリメラーゼの薬剤耐性変異解析, 消化器・肝臓内科第6巻第6号特集 II．新規技術の肝臓病研究への応用

中村周吾

科学評論社 2019年12月
バイオインフォマティクスと分子動力学シミュレーション, 先端医療シリーズ49「消化器疾患の最新医療」

内田義人, 中村周吾, 持田智 (担当:共著)

先端医療技術研究所 2018年9月
タンパク質立体構造予測－de novoモデリング－, 遺伝子医学MOOK 14「次世代創薬テクノロジー実践:インシリコ創薬の最前線」, 竹田-志鷹, 梅山編, 49-54

メディカルドゥ 2009年
バイオインフォマティクス・コンピューティング, Bryan Bergeron著, 清水, 中村監訳

オーム社 2004年
分子シミュレーションの並列計算法, 化学フロンティア8「生体系のコンピュータ・シミュレーション」, 岡崎, 岡本編, 50-62

化学同人 2002年
OLD AND NEW VIEWS OF PROTEIN FOLDING

Excerpta Medica 1999年
Improved Diffusion Equation Method for Large Molecules

Perspectives on Proten Engineering 1995年
Vibration analysis of transfer RNAs using normal mode calculation

Computer Aided Innovation of New Materials 1993年

講演・口頭発表等

機械学習法・深層学習の手法概要と生命科学分野への応用

中村周吾

BPCNPNPPP4学会合同年会招待有り
機械学習・深層学習と生命科学

中村周吾

計算生命科学の基礎8 2021年10月6日招待有り
機械学習・深層学習と生命科学

中村周吾

計算生命科学の基礎VII 2020年10月14日招待有り
肝炎研究へのバイオインフォマティクスによるアプローチ例

中村周吾

日本肝臓学会大会・ランチョンセミナーC 2019年5月30日招待有り
生命科学データのデータマイニングと分子シミュレーション～タンパク質凝集性解析とNSAIDs・トレハロース相互作用解析～

中村周吾

第161回日本獣医学会学術集会 2018年9月12日招待有り
アミノ酸配列からのタンパク質立体構造予測と4次構造予測

中村周吾

第84回日本生化学会大会 2011年9月23日招待有り
Bilab in CASP9 －モノマーおよび複合体構造予測－

中村周吾

IPAB公開セミナー 2011年2月24日招待有り
Bilab in CASP - de novo structure prediction, model quality assessment, and function prediction -

中村周吾

Asian workshop for protein structure prediction 2009年9月19日招待有り
Bilab in CASP8 －モデル品質予測とリガンド結合部位予測を中心に－

中村周吾

日本バイオインフォマティクス学会第９回創薬インフォマティクス研究会 2009年1月19日招待有り
Bilab in CASP7

中村周吾

GSICシンポジウム 2006年12月8日招待有り
Structural Propensity of Protein Fragments and Tertiary Structure Prediction of Proteins

中村周吾

EABS&BSJ2006 2006年11月14日招待有り
tRNAとアミノアシルtRNA合成酵素の相互作用

中村周吾

CCSEワークショップ 2005年1月27日招待有り
Bilab in CASP6

中村周吾

IPABセミナー 2005年1月21日招待有り
Recent advances in structure prediction and folding simulation of biomolecules by using computers

中村周吾

IBC2004 2004年12月1日招待有り

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

ダイナミクス情報を考慮した深層学習技術による天然変性タンパク質複合体構造予測

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2024年4月 - 2027年3月

中村周吾
コンピュータを用いたディスオーダー蛋白質の構造情報の網羅的解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2009年 - 2011年

中村周吾
タンパク質の不規則領域のデータベースの構築と機能解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2008年 - 2010年

清水謙多郎, 中村周吾
タンパク質相互作用のネットワーク予測から原子レベルの結合予測までの統合的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2008年 - 2010年

清水謙太郎, 中村周吾, 角越和也
タンパク質の局所配列・構造情報に着目した機能予測法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2007年 - 2008年

中村周吾
高精度のドッキング機能を有するタンパク質間相互作用予測システムの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2006年 - 2007年

清水謙多郎, 中村周吾, 寺田透, 角越和也
高精度タンパク質構造モデリングおよび構造評価手法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2005年 - 2007年

清水謙多郎, 中村周吾, 寺田透
高精度のドッキング機能を有するタンパク質間相互作用予測システムの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2005年 - 2005年

清水謙多郎, 中村周吾, 寺田透
計算機シミュレーションによる核酸立体構造の安定性とダイナミクスの網羅的解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2004年 - 2005年

中村周吾
大規模分散データの真に透過で効率的な共有を実現する分散共有配列システムの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2004年 - 2005年

清水謙多郎, 中村周吾, 寺田透
ホモロジーモデリングとアビニシオ法の統合による高精度タンパク質構造予測手法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2004年 - 2004年

清水謙多郎, 中村周吾, 寺田透
大規模分散データの効率的な共有を実現する並列コンピューティング環境の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2003年 - 2003年

清水謙多郎, 中村周吾
ホモロジーモデリングとアビニシオ法の統合による高精度タンパク質構造予測手法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2003年 - 2003年

清水謙多郎, 寺田透, 中村周吾
大規模分散データの効率的な共有を実現する並列コンピューティング環境の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2002年 - 2002年

清水謙多郎, 中村周吾
タンパク質の局所構造情報を利用したab initio立体構造・機能予測手法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2002年 - 2002年

清水謙多郎, 中村周吾
並列計算技術を用いたタンパク質・核酸複合体のダイナミクスの解析

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2001年 - 2002年

中村周吾
大規模分散データの効率的な共有を実現する並列コンピューティング環境の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究(C) 2001年 - 2001年

清水謙多郎, 中村周吾
タンパク質の局所構造情報を利用したab initio立体構造・機能予測手法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究(C) 2001年 - 2001年

清水謙多郎, 中村周吾
動的資源管理機能を備えた大規模並列プログラミング環境の開発と計算化学への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 1999年 - 2001年

清水謙多郎, 中村周吾, 池口満徳
タンパク質の局所構造情報を利用したab initio立体構造・機能予測手法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究(C) 2000年 - 2000年

清水謙多郎, 中村周吾

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経歴

学歴

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

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