木寺詔紀 (Akinori Kidera) - マイポータル

基本情報

所属: 横浜市立大学大学院　生命医科学研究科特任教授 (名誉教授)

学位: 工学博士(京都大学)

J-GLOBAL ID: 200901093514214138
researchmap会員ID: 1000203366

外部リンク: http://www.tsurumi.yokohama-cu.ac.jp/bioinfo/

経歴
京都大学大学院工学研究科博士課程修了工学博士
米国Cornell大学化学科博士研究員
京都工芸繊維大学工芸学部助手
蛋白工学研究所主任研究員
京都大学大学院理学研究科助教授
横浜市立大学大学院総合理学研究科教授
横浜市立大学大学院国際総合科学研究科生体超分子科学専攻専攻長
分子科学研究所理論分子科学研究系客員教授
理化学研究所次世代計算機科学研究開発プログラム次世代生命体シミュレーション研究推進グループ分子スケール研究開発チームチームリーダー（非常勤）
理化学研究所 HPCI計算生命科学推進プログラム副プログラムディレクター（非常勤）
横浜市立大学大学院生命医科学研究科研究科長

研究キーワード

研究分野

ライフサイエンス / 生物物理学 /

経歴

横浜市立大学大学院生命医科学研究科, 教授

論文

Binding and Unbinding Pathways of Peptide Substrates on the SARS-CoV-2 3CL Protease.

Kei Moritsugu, Toru Ekimoto, Mitsunori Ikeguchi, Akinori Kidera

Journal of chemical information and modeling 63(1) 240-250 2023年1月9日
Functional dynamics of SARS-CoV-2 3C-like protease as a member of clan PA.

Akinori Kidera, Kei Moritsugu, Toru Ekimoto, Mitsunori Ikeguchi

Biophysical reviews 14(6) 1473-1485 2022年12月
Allosteric Regulation of 3CL Protease of SARS-CoV-2 and SARS-CoV Observed in the Crystal Structure Ensemble

Akinori Kidera, Kei Moritsugu, Toru Ekimoto, Mitsunori Ikeguchi

Journal of Molecular Biology 433(24) 167324-167324 2021年12月査読有り筆頭著者責任著者
Molecular basis of ubiquitin-specific protease 8 autoinhibition by the WW-like domain.

Keijun Kakihara, Kengo Asamizu, Kei Moritsugu, Masahide Kubo, Tetsuya Kitaguchi, Akinori Endo, Akinori Kidera, Mitsunori Ikeguchi, Akira Kato, Masayuki Komada …

Communications biology 4(1) 1272-1272 2021年11月8日
Dynamic recognition and linkage specificity in K63 di-ubiquitin and TAB2 NZF domain complex

Scientific Reports 8 16478 2018年11月査読有り
Multiscale enhanced sampling of glucokinase: Regulation of the enzymatic reaction via a large scale domain motion

Journal of Chemical Physics 149(7) 072314 2018年5月査読有り
Ionic scattering factors of atoms composing biological molecules

IUCrJ 5(3) 348-353 2018年4月査読有り
Energetics and conformational pathways of functional rotation in the multidrug transporter AcrB

ELife 7 e31715 2018年3月査読有り
Nature of self-diffusion in two-dimensional fluids

New J. Phys. 19 123038 2017年12月査読有り
Structureof the Dnmt1 Reader Module Complexed with a Unique Two-Mono-Ubiquitin Mark on Histone H3 Reveals the Basis for DNA Methylation Maintenance

Satoshi Ishiyama, Atsuya Nishiyama, Yasushi Saeki, Kei Moritsugu, Daichi Morimoto, Luna Yamaguchi, Naoko Arai, Rumie Matsumura, Toru Kawakami, Yuichi Mishima …

MOLECULAR CELL 68(2) 350-+ 2017年10月査読有り
Free-Energy Landscape of Protein-Ligand Interactions Coupled with Protein Structural Changes

Kei Moritsugu, Tohru Terada, Akinori Kidera

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 121(4) 731-740 2017年2月査読有り
Multiscale enhanced sampling for protein systems: An extension via adiabatic separation

Kei Moritsugu, Tohru Terada, Akinori Kidera

CHEMICAL PHYSICS LETTERS 661 279-283 2016年9月査読有り
Extended string-like binding of the phosphorylated HP1α N-terminal tail to the lysine 9-methylated histone H3 tail

Scientific Reports 6 22527 2016年3月査読有り
Itinerary profiling to analyze a large number of protein-folding trajectories

Ota Motonori, Ikeguchi Mitsunori, Kidera Akinori

Biophysics and Physicobiology 18 295-304 2016年査読有り
2PT134 分子動力学シミュレーションによるリジン48結合型ジユビキチンのコンパクト構造の解析(日本生物物理学会第50回年会(2012年度))

Fuchigami Sotaro, Ikeguchi Mitsunori, Kidera Akinori

生物物理 52 S127 2012年
3D1136 ジユビキチンの分子動力学シミュレーション : ユビキチン間相互作用の解析(3D 蛋白質_構造機能相関2,日本生物物理学会第49回年会)

Fuchigami Sotaro, Ikeguchi Mitsunori, Kidera Akinori

生物物理 51 S118-S119 2011年
2P039 分子動力学シミュレーションによる脂肪酸β酸化酵素複合体のマルチドメイン・ダイナミクス(蛋白質-構造機能相関,第48回日本生物物理学会年会)

Furuta Tadaomi, Terada Tohru, Kidera Akinori

生物物理 50(2) S88-S89 2010年
1P-023 異なる結合様式をもつジユビキチンの分子動力学シミュレーション(蛋白質-構造機能相関,第47回日本生物物理学会年会)

Fuchigami Sotaro, Ikeguchi Mitsunori, Kidera Akinori

生物物理 49 S67 2009年
3P-034 脂肪酸β酸化酵素複合体構造変化の分子動力学シミュレーション(蛋白質-構造機能相関,第47回日本生物物理学会年会)

Furuta Tadaomi, Terada Tohru, Kidera Akinori

生物物理 49 S156 2009年
3P-018 網羅的比較シミュレーションシステムの開発(蛋白質-構造,第47回日本生物物理学会年会)

Terada Tohru, Furuta Tadaomi, Amemiya Takayuki, Kidera Akinori

生物物理 49 S153-S154 2009年

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MISC

A method for evaluating multicanonical potential function without iterative refinement: Application to conformational sampling of a globular protein in water

T Terada, Y Matsuo, A Kidera

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 118(9) 4306-4311 2003年3月
蛋白質機能発現のダイナミクス的側面

木寺詔紀, 池口満徳

日本物理学会誌 58(4) 246-253 2003年
A generalized form of the conserved quantity in constant-temperature molecular dynamics

Journal of Chemical Physics 116, 33 2002年
Environmental Influence on Electron Scattering from a Molecule

Acta Crystallographica A57, 518 2001年
Vibrational Energy Transfer in a Protein Molecule

PHysical Review Letter 85, 3970 2000年
Conformational sampling of CDR-H3 in antibodies by multicanonical molecular dynamics simulation

H Shirai, N Nakajima, J Higo, A Kidera, H Nakamura

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 278(2) 481-496 1998年5月
Canonical molecular dynamics of a protein in water by high-order decomposition of Liouville operator

Journal of Chemical Physics 109 3276 1998年
Structural classification of CDR-H3 in antibodies

H Shirai, A Kidera, H Nakamura

FEBS LETTERS 399(1-2) 1-8 1996年12月
Multicanonical ensemble generated by molecular dynamics simulation for enhanced conformational sampling of peptides

NAKAJIMA N.

J. Phys. Chem., B 101(5) 817-824 1996年
Enhanced conformational sampling in Monte Carlo simulations of proteins : Application to a constrained peptide

Proceeding of National Academy of Science, U.S.A. 92(21) 9886-9889 1995年
DETERMINANTS OF PROTEIN SIDE-CHAIN PACKING

R TANIMURA, A KIDERA, H NAKAMURA

PROTEIN SCIENCE 3(12) 2358-2365 1994年12月
Intrinsic nature of the three dimensional structure of protein as determined by distance geometry with good sampling properties

Journal of Biomolecular NMR 3 19 1993年
Normal mode refinement : Crystallographic refinement of protein dynamic atructure (]G0001[) Theory and test by simulated diffraction data

Journal of Molecular Biology 225(2) 457-475 1992年
Refinement of protein dynamic atructure : Normal mode refinement

Proceeding of National Academy of Science, U.S.A. 87(10) 3718-3722 1990年

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

アロステリック薬設計にむけた網羅的サンプリング

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2016年4月 - 2019年3月

木寺詔紀, 森次圭, 安藤美波, 西野圭彦
細胞膜との相互作用によって制御される細胞内シグナル伝達の分子メカニズム

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2016年4月 - 2019年3月

木寺詔紀, 森次圭, 黄博
タンパク質複合体形成過程の分子シミュレーションによる遭遇複合体の役割の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2011年4月 - 2015年3月

木寺詔紀
タンパク質側鎖の平衡揺らぎと基質結合に伴う応答的運動

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2009年 - 2010年

木寺詔紀
タンパク質立体構造情報からの基質結合→構造変化の因果関係を明らかにする

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2008年 - 2010年

木寺詔紀, 太田元規
分子シミュレーションによる膜タンパク質の機能的ダイナミクスの研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2007年 - 2008年

木寺詔紀, 池口満徳, 渕上壮太郎
分子シミュレーションによる蛋白質フォールディング・分子認識機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2003年 - 2007年

池口満徳, 木寺詔紀, 渕上壮太郎
分子シミュレーションによる膜タンパク質の機能的ダイナミクスの研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2005年 - 2006年

木寺詔紀, 池口満徳, 渕上壮太郎
P型イオンポンプによる能動輪送機構の構造的解明

日本学術振興会科学研究費助成事業学術創成研究費 2002年 - 2006年

豊島近, 杉田有冶, 津田岳夫, 木寺詔紀, 鈴木裕
タンパク質複合体の立体構造と機能の予測

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2001年 - 2004年

木寺詔紀, 池口満徳, 北尾彰朗
水チャネルの選択性とその制御機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2001年 - 2004年

光岡薫, 木寺詔紀, 藤本和, 藤吉好則
タンパク質立体構造情報からのゲノム機能解読・進化の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2000年 - 2004年

郷通子, 高橋健一, 白井剛, 曽田邦嗣, 由良敬, 木寺詔紀
チャネル蛋白相互作用の分子構造基盤

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2000年 - 2004年

中村春木, 中島伸介, 中川敦史, 木寺詔紀
タンパク質における分子内振動エネルギー移動の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2002年 - 2003年

木寺詔紀, 池口満徳
タンパク質高次構造情報の整備・流通と予測情報の評価(調整班)

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2000年 - 2002年

郷通子, 西川建, 美宅成樹, 梅山秀明, 木寺詔紀
蛋白質フォールディング研究の企画調査

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2001年 - 2001年

桑島邦博, 後藤祐児, 木寺詔紀, 新井宗仁, 平田文男, 中村春木
蛋白質中の化学反応はどのように構造変化を引き起こすエネルギーに変換されるか

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 1999年 - 2001年

木寺詔紀, 木下賢吾, 北尾彰朗
Free-R因子を上げずにより詳細な蛋白質モデルを構築するための結晶構造精密化法

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究(A) 2000年 - 2000年

木寺詔紀
プロテオーム時代の計算情報生物学

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 1999年 - 1999年

郷通子, 中村春木, 美宅成樹, 西川建, 梅山秀明, 木寺紹紀
タンパク質電子線結晶構造解析用プログラムシステムの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 1997年 - 1999年

木寺詔紀, 石田征久, 光岡薫, 藤吉好則, 平井照久