北尾彰朗 (Akio Kitao) - マイポータル

基本情報

所属: 東京工業大学生命理工学院教授

学位: 博士（理学）(1994年3月京都大学)
修士（理学）(1991年3月京都大学)
学士（理学）(1989年3月京都大学)

ORCID ID: https://orcid.org/0000-0002-5221-0806
J-GLOBAL ID: 200901096092851040
Researcher ID: B-8371-2008

外部リンク: http://www.kitao.bio.titech.ac.jp/

生物学に加えて物理学、化学、計算科学、情報科学を駆使し、分子レベルから生命現象を解明する研究に取り組んでいます

研究キーワード

研究分野

経歴

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学歴

1991年4月 - 1993年3月

京都大学大学院理学研究科化学専攻博士後期課程
1989年4月 - 1991年3月

京都大学大学院理学研究科化学専攻修士課程
1985年4月 - 1989年3月

京都大学理学部主に物理学及び化学

委員歴

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主要な論文

106

25

Kinetic Selection and Relaxation of the Intrinsically Disordered Region of a Protein upon Binding

Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

Journal of Chemical Theory and Computation 16 2835 - 2845 2020年3月19日査読有り
Dissociation Process of a MDM2/p53 Complex Investigated by Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics and the Markov State Model

Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

The Journal of Physical Chemistry B 123(11) 2469 - 2478 2019年1月査読有り
ColDock: Concentrated Ligand Docking with All-Atom Molecular Dynamics Simulation.

Takemura K, Sato C, Kitao A

The journal of physical chemistry. B 122(29) 7191 - 7200 2018年7月査読有り
Binding free energy analysis of protein-protein docking model structures by evERdock

Kazuhiro Takemura, Nobuyuki Matubayasi, Akio Kitao

The Journal of Chemical Physics 148(10) 105101 2018年3月査読有り
11

Protein–Ligand Dissociation Simulated by Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics

Duy Phuoc Tran, Kazuhiro Takemura, Kazuo Kuwata, Akio Kitao

Journal of Chemical Theory and Computation 14(1) 404 - 417 2018年1月査読有り
10

Salt Bridge Formation between the I-BAR Domain and Lipids Increases Lipid Density and Membrane Curvature

Kazuhiro Takemura, Kyoko Hanawa-Suetsugu, Shiro Suetsugu, Akio Kitao

SCIENTIFIC REPORTS 7(1) 2017年7月査読有り
13

Electron Fate and Mutational Robustness in the Mechanism of (6-4)Photolyase-Mediated DNA Repair

Hisham M. Dokainish, Daichi Yamada, Tatsuya Iwata, Hideki Kandori, Akio Kitao

ACS CATALYSIS 7(7) 4835 - 4845 2017年7月査読有り
11

High anisotropy and frustration: the keys to regulating protein function efficiently in crowded environments

Akio Kitao, Kazuhiro Takemura

CURRENT OPINION IN STRUCTURAL BIOLOGY 42 50 - 58 2017年2月査読有り
18

Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (PaCS-MD) to generate conformational transition pathway.

Harada R, Kitao A

The Journal of chemical physics 139(3) 035103 2013年7月査読有り
Evaluation of protein-protein docking model structures using all-atom molecular dynamics simulations combined with the solution theory in the energy representation.

Takemura K, Guo H, Sakuraba S, Matubayasi N, Kitao A

The Journal of chemical physics 137(21) 215105 2012年12月査読有り
Water model tuning for improved reproduction of rotational diffusion and NMR spectral density.

Takemura K, Kitao A

The journal of physical chemistry. B 116(22) 6279 - 6287 2012年6月査読有り
Screw Motion Regulates Multiple Functions of T4 Phage Protein Gene Product 5 during Cell Puncturing

Wataru Nishima, Shuji Kanamaru, Fumio Arisaka, Akio Kitao

JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 133(34) 13571 - 13576 2011年8月査読有り
Switch interactions control energy frustration and multiple flagellar filament structures.

Kitao A, Yonekura K, Maki-Yonekura S, Samatey FA, Imada K, Namba K, Go N

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 103(13) 4894 - 4899 2006年3月査読有り
Protein boson peak originated from hydration-related multiple minima energy landscape.

Joti Y, Kitao A, Go N

Journal of the American Chemical Society 127(24) 8705 - 8709 2005年6月査読有り
A space-time structure determination of human CD2 reveals the CD58-binding mode.

Kitao A, Wagner G

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 97(5) 2064 - 2068 2000年2月査読有り
Investigating protein dynamics in collective coordinate space.

Kitao A, Go N

Current opinion in structural biology 9(2) 164 - 169 1999年4月査読有り招待有り
Energy landscape of a native protein: jumping-among-minima model.

Kitao A, Hayward S, Go N

Proteins 33(4) 496 - 517 1998年12月査読有り
Effects of solvent on the conformation and the collective motions of a protein. 3. Free energy analysis by the extended RISM theory

Akio Kitao, Fumio Hirata, Nobuhiro Go

The Journal of Physical Chemistry 97(39) 10231 - 10235 1993年9月査読有り
The effects of solvent on the conformation and the collective motions of protein: Normal mode analysis and molecular dynamics simulations of melittin in water and in vacuum

Akio Kitao, Fumio Hirata, Nobuhiro Go

Chemical Physics 158(2-3) 447 - 472 1991年12月15日査読有り招待有り
Conformational dynamics of polypeptides and proteins in the dihedral angle space and in the cartesian coordinate space: Normal mode analysis of deca-alanine

Akio Kitao, Nobuhiro Go

Journal of Computational Chemistry 12(3) 359 - 368 1991年4月査読有り

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MISC

蛋白質・水系の階層的ダイナミクス

北尾彰朗

物性研究 60, 239-268 1993年
中性子散乱による蛋白質分子のダイナミックス

北尾彰朗, 郷信広

波紋 3, 22-25 1993年
The effects of Solvent on the conformation and the collective motions of a protein. Akio Kitao, Fumio Hirata and Nobuhiro Go

A KITAO, F HIRATA, N GO

Computer Aided Innovation of New Matherial Ⅱ, edited by M.Doyama, J. Kihara, M. Tanaka and R.Yamamoto 1207-1210 1211 - 1214 1993年
The Effect of Water on the Low Frequency Motions in BPTI. Steven Hayward, Akio Kitao, Fumio Hirata and Nobuhiro Go

Computer Aided Innovation of New MaterialsII, edited by M. Doyama, J. Kihara, M. Tanaka and R. Yamamoto 1211-1214 1993年
Normal mode analysis of electron transfer reorganization energy of proteins

N Go, A Kitao, A Kuki, G Basu

PROGRESS IN BIOPHYSICS & MOLECULAR BIOLOGY 65 PE309 - PE309 1996年

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書籍等出版物

in silico創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術

畑宏明、北尾彰朗(担当:分担執筆, 範囲:第2節スーパーコンピュータへの分子動力計算の最適化)

技術情報協会 2018年1月 (ISBN: 9784861046889)
The Bacterial Flagellum

Akio Kitao, Yasutaka Nishihara(担当:分担執筆, 範囲:Structure of the MotA/B Proton Channel)

Springer 2017年4月
揺らぎ・ダイナミクスと生体機能 : 物理化学的視点から見た生体分子

北尾彰朗、城地保昌(担当:分担執筆, 範囲:7章理論 7.1分子動力学シミュレーションの基礎)

化学同人 2013年9月 (ISBN: 9784759815108)
シミュレーション辞典

日本シミュレーション学会(担当:分担執筆, 範囲:「計算力学（バイオ）」の項)

コロナ社 2012年2月 (ISBN: 9784339024586)
Normal mode analysis : theory and applications to biological and chemical systems

Akio Kitao(担当:分担執筆, 範囲:Jumping-Among-Minima Model and their Applications to Experimental Data Analysis)

Chapman & Hall/CRC 2006年 (ISBN: 158488472X)

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講演・口頭発表等

140

SARS-CoV-2タンパク質のオリゴマー化を阻害する薬剤候補分子の探索

北尾彰朗

新型コロナウイルス感染症対応HPCI臨時課題の最前線 2020年8月7日招待有り
PaCS-MDによるタンパク質−タンパク質複合体の解離シミュレーション

宮澤佳希, Tran Phuoc Duy, 竹村和浩, 北尾彰朗

第９回日本生物物理学会関東支部会 2020年3月3日
PaCS-MDによるアクトミオシンの結合解離予測

尾川拓巳, Tran Phuoc Duy, 藤井高志, 難波啓一, 北尾彰朗

第９回日本生物物理学会関東支部会 2020年3月2日
長時間ダイナミクス法と標的分子ネットワーク

北尾彰朗

第7回重点課題１ワークショップ 2020年2月10日招待有り
計算で予測するタンパク質複合体立体構造と結合親和性

北尾彰朗

第7回生命理工オープンイノベーションハブ（LiHub）フォーラム ―メゾスケール分子と創薬― 2019年11月21日招待有り

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担当経験のある科目(授業)

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主要な所属学協会

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Works(作品等)

eePaCS-MD (Edge expansion parallel cascade selection molecular dynamics)

Kenichiro Takaba, Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

2020年6月コンピュータソフト
a/dPaCS-MD (association and dissociation PaCS-MD)

Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

2020年3月コンピュータソフト
evERdock BAI (Machine-learning-guided selection of protein-protein complex structure)

Kei Terayama, Ai Shinbu, Koji Tsuda, Kazuhiro Takemura, Akio Kitao

2019年12月コンピュータソフト
dPaCS-MD/MSM

Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

2019年1月コンピュータソフト
PaCS-MD/MSM

Duy Phuoc Tran, Kazuhiro Takemura, Kazuo Kuwata, Akio Kitao

2018年9月コンピュータソフト