Koji Kadota
(門田 幸二)
Modified on: 02/01
Profile Information
- Affiliation
- Assistant Professor, Graduate School of Agricultural and Life Sciences, The University of Tokyo
- (Concurrent)
- (Concurrent)
- Degree
-
(BLANK)(Mar, 2002)
- Researcher number
- 60392221
- ORCID ID
- https://orcid.org/0000-0002-3907-4336
- J-GLOBAL ID
- 200901092851874372
- Researcher ID
- C-9168-2011
- researchmap Member ID
- 1000292808
- External link
バイオインフォマティクス分野の教育関連業務がエフォートの大半を占めるかなりユニークなヒトです。おそらく公式には、教育はアグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム、研究は生命情報解析研究室という感じですが、実質的には前者の部分集合が後者という感じです。
研究のほうは、トランスクリプトーム解析手法の開発がメインではありますが、バイオインフォマティクス分野の研究全般を取り扱います。アルゴリズムやGUI開発などのIT上級者向けの研究テーマから、わからないヒトの気持ちに寄り添ったデータ解析ガイドラインの構築まで、寄せられるニーズや学生のスキルに応じた多様な研究を行います。革新的な実験技術やAIの進展を意識しつつ、実際に役立つソフトウェア開発を目指す独創的な研究スタイルを志向しています。大学院受験やもう少し具体的な研究テーマの詳細は、生命情報解析研究室のウェブページをご覧ください。
教育のほうは、上記の教育プログラムの活動の一環として、2022年10月に「Web連携テキスト バイオインフォマティクス」という教科書を刊行しています。
Research Interests
11Research Areas
3Research History
8-
Apr, 2022 - Present
-
Apr, 2018 - Mar, 2020
-
Apr, 2012 - Mar, 2018
-
Apr, 2007 - Mar, 2012
-
Feb, 2005 - Mar, 2007
-
Nov, 2003 - Feb, 2005
-
Apr, 2002 - Oct, 2003
Education
4-
Apr, 1997 - Mar, 1999
-
Apr, 1995 - Mar, 1997
-
Apr, 1990 - Mar, 1995
Committee Memberships
12-
Apr, 2009 - Present
-
Nov, 2020 - Mar, 2021
-
Jul, 2019 - Mar, 2021
-
Nov, 2019 - Mar, 2020
-
Apr, 2017 - Mar, 2019
-
Aug, 2016 - Jul, 2018
-
May, 2017 - Jul, 2017
-
2010 - 2017
-
Apr, 2014 - Mar, 2016
-
Oct, 2013 - Mar, 2014
-
2013 - 2013
-
2006 - 2007
Awards
6-
Mar, 2021
-
Aug, 2018
Papers
53-
MethodsX, 102518-102518, Dec, 2023 Peer-reviewedLast authorCorresponding author
-
BMC Bioinformatics, 22(1) 511, Oct, 2021 Peer-reviewedLast authorCorresponding author
-
Frontiers in Genetics, 11 941, Sep 4, 2020 Peer-reviewedLead authorCorresponding author
-
The New phytologist, 227(5) 1434-1452, Sep, 2020 Peer-reviewed
-
Bioinform Biol Insights, 13 1177932219860817, Jul, 2019 Peer-reviewed
-
BMC Res Notes, 12 133, Mar, 2019 Peer-reviewed
-
PLoS Genetics, 14(10) e1007651, Oct, 2018 Peer-reviewed
-
Biological Procedures Online, 20(1) 5-5, Mar 1, 2018 Peer-reviewed
-
INSECT BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 82 11-20, Mar, 2017 Peer-reviewed
-
Research Journal of Life Sciences, Bioinformatics, Pharmaceutical, and Chemical Sciences (RJLBPCS), 3 1-26, 2017 Peer-reviewed
-
BMC BIOINFORMATICS, 16 361, Nov, 2015 Peer-reviewed
-
MUSCLE & NERVE, 51(2) 276-281, Feb, 2015 Peer-reviewed
-
BMC BIOINFORMATICS, 14 219, Jul, 2013 Peer-reviewed
-
PLOS ONE, 8(1) e55452, Jan, 2013 Peer-reviewed
-
ALGORITHMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 7 5, Apr, 2012 Peer-reviewed
-
RNA-A PUBLICATION OF THE RNA SOCIETY, 17(12) 2144-2151, Dec, 2011 Peer-reviewed
-
RNA-A PUBLICATION OF THE RNA SOCIETY, 17(7) 1401-1407, Jul, 2011 Peer-reviewed
-
BMC BIOINFORMATICS, 12 227, Jun, 2011 Peer-reviewed
-
JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY, 92(1) 200-203, Jan, 2011 Peer-reviewed
-
INVESTIGATIVE OPHTHALMOLOGY & VISUAL SCIENCE, 51(8) 4307-4319, Aug, 2010 Peer-reviewed
Misc.
45-
培風館発行 大学用 図書目録 B 2024, 34-34, 2024
-
日本乳酸菌学会誌, 34(2) 83-90, Jul, 2023 Last authorCorresponding author
-
日本乳酸菌学会誌, 34(1) 21-29, Mar, 2023 Last authorCorresponding author
-
日本乳酸菌学会誌, 33(3) 195-205, Nov, 2022 Last authorCorresponding author
-
Japanese Journal of Lactic Acid Bacteria, 33(2) 94-103, Jun, 2022 Last authorCorresponding author
-
32(3) 129-137, Nov, 2021 Lead authorCorresponding author
-
32(3) 123-128, Nov, 2021 Lead authorCorresponding author
-
研究紀要「東京大学大学院情報学環紀要 情報学研究」, (99) 33-36, Oct, 2020
-
バイオインフォマティクス学会ニュースレター, (37) 6-6, Mar, 2020
-
日本乳酸菌学会誌, 31(1) 25-34, 2020 Corresponding author
-
日本乳酸菌学会誌, 30(2) 153-161, Nov, 2019 Invited
-
日本乳酸菌学会誌, 30(1) 38-45, Mar, 2019 Invited
-
日本乳酸菌学会誌, 29(2) 79-88, Jul, 2018 Corresponding author
-
28(3) 167-175, Nov, 2017 Invited
-
日本乳酸菌学会誌, 28(2) 94-100, Jul, 2017 Invited
-
Japanese Journal of Lactic Acid Bacteria, 28(1) 3-11, Mar, 2017 Invited
-
Japanese Journal of Lactic Acid Bacteria, 27(3) 187-195, Nov, 2016 Invited
-
日本乳酸菌学会誌, 27(2) 101-110, Jul, 2016 Invited
-
Japanese Journal of Lactic Acid Bacteria, 27(1) 41-52, Mar, 2016 Invited
-
実験医学別冊 RNA-Seq実験ハンドブック, 96-97, Mar, 2016 Invited
Books and Other Publications
13-
羊土社, Sep, 2023 (ISBN: 9784758122672)
-
培風館, Oct, 2022 (ISBN: 9784563078324)
-
丸善出版, Jan, 2022 (ISBN: 9784621306604)
-
羊土社, 2019
-
講談社サイエンティフィク, Nov, 2018
-
共立出版, Apr, 2014 (ISBN: 9784320123700)
-
シーエムシー出版, Sep, 2013
-
NTS, Apr, 2010 (ISBN: 9784860432706)
-
羊土社, Apr, 2008 (ISBN: 9784758101738)
-
オーム社, 2004
-
メディカル・サイエンス・インターナショナル, 2002
-
共立出版, 2001
-
中経出版, 2001
Presentations
64-
バイオインフォマティクス人材育成講座 中級コース, Sep 9, 2023 Invited
-
計算生命科学の基礎9, Oct 5, 2022 Invited
-
日本農芸化学会 中部支部 第190回例会, Sep 18, 2021 Invited
-
データサイエンス講習会~データ解析環境Rの基礎と応用~, Mar 9, 2021
-
数理生物学セミナー2020@TMDU, Nov 14, 2020 Invited
-
データサイエンス講習会, Feb 17, 2020
-
データサイエンス講習会, Feb 7, 2020
-
データサイエンス講習会, Feb 6, 2020
-
バイオインフォマティクス解析集中トレーニングコース, Aug 28, 2019 Invited
-
バイオインフォマティクス・フォーラム2019, Aug 24, 2019 Invited
-
バイオインフォマティクス講習会, Feb 19, 2019
-
JSBi九州地域部会セミナー鹿児島2018, May 25, 2018 Invited
-
平成29年度NGSハンズオン講習会, Aug 30, 2017
-
平成29年度NGSハンズオン講習会, Aug 29, 2017
-
平成28年度NGSハンズオン講習会, Aug 4, 2016
-
平成28年度NGSハンズオン講習会, Aug 3, 2016
-
平成28年度NGSハンズオン講習会, Aug 2, 2016
-
平成28年度NGSハンズオン講習会, Aug 1, 2016
-
平成28年度NGSハンズオン講習会, Jul 22, 2016
-
平成28年度NGSハンズオン講習会, Jul 21, 2016
Teaching Experience
16Research Projects
13-
科学研究費助成事業 基盤研究(C), 基盤研究(C), 日本学術振興会, Apr, 2021 - Mar, 2025
-
Grants-in-Aid for Scientific Research, Grant-in-Aid for Scientific Research (C), Japan Society for the Promotion of Science, Apr, 2018 - Mar, 2022
-
Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (C), Grant-in-Aid for Scientific Research (C), Japan Society for the Promotion of Science, Oct, 2015 - Mar, 2019
-
共同研究, JST-NBDC, Apr, 2017 - Mar, 2018
-
Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (B), Grant-in-Aid for Scientific Research (B), Japan Society for the Promotion of Science, Apr, 2013 - Mar, 2017
-
共同研究, JST-NBDC, Apr, 2016 - Mar, 2017
-
Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area), Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area), Japan Society for the Promotion of Science, Apr, 2010 - Mar, 2016
-
共同研究, JST-NBDC, Apr, 2015 - Mar, 2016
-
Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (C), Grant-in-Aid for Scientific Research (C), Japan Society for the Promotion of Science, Apr, 2012 - Mar, 2015
-
共同研究, JST-NBDC, Apr, 2014 - Mar, 2015
-
科学研究費補助金・新学術領域研究(研究領域提案型), Jun, 2010 - Mar, 2015
-
Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Young Scientists (B), Grant-in-Aid for Young Scientists (B), Japan Society for the Promotion of Science, 2009 - 2011
-
Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Young Scientists (B), Grant-in-Aid for Young Scientists (B), Japan Society for the Promotion of Science, 2007 - 2008
Social Activities
10