Ikuo Uchiyama

Profile Information

Affiliation: Okazaki Research Facilities Research Center for Computational Science, National Institutes of Natural Sciences

Degree: 博士（科学）(東京大学)

J-GLOBAL ID: 200901081292717901
researchmap Member ID: 1000294221

Research Areas

Life sciences / Biophysics /

Papers

微生物バイオインフォマティクスの最前線マイクロバイオーム研究を先導するハブを目指したMicrobiome Datahubの開発

森宙史, 藤澤貴智, 東光一, 中村保一, 山田拓司, 松井求, 内山郁夫

日本細菌学雑誌, 78(1) 30-30, Feb, 2023
Molecular phylogeny of fucoxanthin‐chlorophyll a / c proteins from Chaetoceros gracilis and Lhcq/Lhcf diversity

Minoru Kumazawa, Hiroyo Nishide, Ryo Nagao, Natsuko Inoue‐Kashino, Jian‐Ren Shen, Takeshi Nakano, Ikuo Uchiyama, Yasuhiro Kashino, Kentaro Ifuku

Physiologia Plantarum, 174(1), Jan, 2022
The physiological potential of anammox bacteria as revealed by their core genome structure

Okubo, T., Toyoda, A., Fukuhara, K., Uchiyama, I., Harigaya, Y., Kuroiwa, M., Suzuki, T., Murakami, Y., Suwa, Y., Takami, H.

DNA Research, 28(1), 2021 Peer-reviewed
Ten Years of Collaborative Progress in the Quest for Orthologs

Linard, B., Ebersberger, I., McGlynn, S.E., Glover, N., Mochizuki, T., Patricio, M., Lecompte, O., Nevers, Y., Thomas, P.D., Gabaldón, T. …

Molecular Biology and Evolution, 38(8) 3033-3045, 2021 Peer-reviewed
A simple and practical workflow for genotyping of CRISPR-Cas9-based knockout phenotypes using multiplexed amplicon sequencing.

Midori Iida, Miyuki Suzuki, Yuto Sakane, Hiroyo Nishide, Ikuo Uchiyama, Takashi Yamamoto, Ken-Ichi T Suzuki, Satoshi Fujii

Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms, 25(7) 498-509, Apr 23, 2020 Peer-reviewed
BioHackathon 2015: Semantics of data for life sciences and reproducible research

Vos, R.A., Katayama, T., Mishima, H., Kawano, S., Kawashima, S., Kim, J.-D., Moriya, Y., Tokimatsu, T., Yamaguchi, A., Yamamoto, Y. …

F1000Research, 9 136-136, 2020
Structural basis for assembly and function of a diatom photosystem I-light-harvesting supercomplex

Nagao, R., Kato, K., Ifuku, K., Suzuki, T., Kumazawa, M., Uchiyama, I., Kashino, Y., Dohmae, N., Akimoto, S., Shen, J.-R. …

Nature Communications, 11(1) 2481-2481, 2020 Peer-reviewed
BioHackathon series in 2013 and 2014: improvements of semantic interoperability in life science data and services

Toshiaki Katayama, Shuichi Kawashima, Gos Micklem, Shin Kawano, Jin-Dong Kim, Simon Kocbek, Shinobu Okamoto, Yue Wang, Hongyan Wu, Atsuko Yamaguchi …

F1000Research, 8 1677, Sep, 2019
Structural basis for energy harvesting and dissipation in a diatom PSII-FCPII supercomplex.

Ryo Nagao, Koji Kato, Takehiro Suzuki, Kentaro Ifuku, Ikuo Uchiyama, Yasuhiro Kashino, Naoshi Dohmae, Seiji Akimoto, Jian-Ren Shen, Naoyuki Miyazaki …

Nature plants, 5(8) 890-901, Aug, 2019
RNA-seq analysis reveals genes related to photoreception, nutrient uptake, and toxicity in a noxious red-tide raphidophyte Chattonella antiqua

Shikata T, Takahashi F, Nishide H, Shigenobu S, Kamei Y, Sakamoto S, Yuasa K, Nishiyama Y, Yamasaki Y, Uchiyama I

Front Microbiol, 10(1764) 10.3389/fmicb.2019.01764-1764, Jul, 2019 Peer-reviewed
A comprehensive reference transcriptome resource for the Iberian ribbed newt Pleurodeles waltl, an emerging model for developmental and regeneration biology.

Matsunami M, Suzuki M, Haramoto Y, Fukui A, Inoue T, Yamaguchi K, Uchiyama I, Mori K, Tashiro K, Ito Y …

DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes, 26(3) 217-229, Apr, 2019 Peer-reviewed
MBGD update 2018: Microbial genome database based on hierarchical orthology relations covering closely related and distantly related comparisons

Uchiyama I, Mihara M, Nishide H, Chiba H, Kato M

Nucleic Acids Research, 47(D1) D382-D389, 2019 Peer-reviewed
Artificial acceleration of mammalian cell reprogramming by bacterial proteins

Takashi Ikeda, Ikuo Uchiyama, Mio Iwasaki, Tetsuhiko Sasaki, Masato Nakagawa, Keisuke Okita, Shinji Masui

GENES TO CELLS, 22(10) 918-928, Oct, 2017 Peer-reviewed
An acid-tolerant ammonia-oxidizing gamma-proteobacterium from soil

Masahito Hayatsu, Kanako Tago, Ikuo Uchiyama, Atsushi Toyoda, Yong Wang, Yumi Shimomura, Takashi Okubo, Futoshi Kurisu, Yuhei Hirono, Kunihiko Nonaka …

ISME JOURNAL, 11(5) 1130-1141, May, 2017 Peer-reviewed
Complete genome sequence and expression profile of the commercial lytic enzyme producer Lysobacter enzymogenes M497-1

Hideto Takami, Atsushi Toyoda, Ikuo Uchiyama, Takehiko Itoh, Yoshihiro Takaki, Wataru Arai, Shinro Nishi, Mikihiko Kawai, Kazuo Shin-ya, Haruo Ikeda

DNA RESEARCH, 24(2) 169-177, Apr, 2017 Peer-reviewed
SPANG: a SPARQL client supporting generation and reuse of queries for distributed RDF databases

Hirokazu Chiba, Ikuo Uchiyama

BMC BIOINFORMATICS, 18(1), Feb, 2017 Peer-reviewed
Ortholog identification and comparative analysis of microbial genomes using MBGD and RECOG

Ikuo Uchiyama

Methods in Molecular Biology, 1611 147-168, 2017 Peer-reviewed
Genome sequence and analysis of the Japanese morning glory Ipomoea nil

Atsushi Hoshino, Vasanthan Jayakumar, Eiji Nitasaka, Atsushi Toyoda, Hideki Noguchi, Takehiko Itoh, Tadasu Shin-, Yohei Minakuchi, Yuki Koda, Atsushi J. Nagano …

NATURE COMMUNICATIONS, 7, Nov, 2016 Peer-reviewed
Draft Genome Sequence of Helicobacter suis Strain SNTW101, Isolated from a Japanese Patient with Nodular Gastritis.

Hidenori Matsui, Tetsufumi Takahashi, Somay Y Murayama, Ikuo Uchiyama, Katsushi Yamaguchi, Shuji Shigenobu, Masato Suzuki, Emiko Rimbara, Keigo Shibayama, Anders Øverby …

Genome announcements, 4(5), Sep 8, 2016 Peer-reviewed
A Novel Approach to Helicobacter pylori Pan-Genome Analysis for Identification of Genomic Islands

Ikuo Uchiyama, Jacob Albritton, Masaki Fukuyo, Kenji K. Kojima, Koji Yahara, Ichizo Kobayashi

PLOS ONE, 11(8), Aug, 2016 Peer-reviewed

Misc.

Development of an integrated microbiome database: Microbiome Datahub

森宙史, 藤澤貴智, 東光一, 中村保一, 山田拓司, 松井求, 内山郁夫

日本細菌学雑誌(Web), 78(1), 2023
MicrobeDB.jpからMicrobiome Datahubへ: 微生物・植物・メタボロームのデータ統合と統合微生物データベースの再構築

藤澤貴智, 平川英樹, 守屋勇樹, 信定知江, 金谷重彦, 有田正規, 田畑哲之, 磯部祥子, 東光一, 中村保一 …

トーゴーの日2022, 1, Oct 5, 2022
微生物統合データベースMicrobeDB.jpを用いたマイクロバイオーム研究への応用

森宙史, 藤澤貴智, 西出浩世, 矢口貴志, 高橋弘喜, 中川善一, 山田拓司, 内山郁夫, 中村保一, 黒川顕

日本ゲノム微生物学会年会要旨集, 16th (Web), 2022
微生物統合データベースMicrobeDB.jpと微生物群集解析

森宙史, 藤澤貴智, 西出浩世, 矢口貴志, 高橋弘喜, 中川善一, 山田拓司, 内山郁夫, 中村保一, 黒川顕

トーゴーの日2021, 1, Oct 5, 2021
MicrobeDB.jp and related microbiome analysis tools

黒川顕, 森宙史, 藤澤貴智, 西出浩世, 矢口貴志, 高橋弘喜, 中川善一, 山田拓司, 内山郁夫, 中村保一

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 44th, 2021
微生物統合データベースMicrobeDB.jp version3とマイクロバイオーム解析

森宙史, 藤澤貴智, 西出浩世, 矢口貴志, 高橋弘喜, 中川善一, 山田拓司, 内山郁夫, 中村保一, 黒川顕

日本ゲノム微生物学会年会要旨集, 15th (Web), 2021
Epigenome micro-evolution associated with DNA methyltransferases’ specificity changes in H. pylori

FUKUYO Masaki, YONEZAWA Hideo, KONNO Mutsuko, SHIBATA Tomoko, SHIGENOBU Shuji, RAHMUTULLA Bahityar, UCHIYAMA Ikuo, KANEDA Atsushi, KOBAYASHI Ichizo

日本細菌学雑誌(Web), 76(1), 2021
微生物統合データベースMicrobeDB.jp version 3

森宙史, 藤澤貴智, 西出浩世, 矢口貴志, 高橋弘喜, 中川善一, 山田拓司, 内山郁夫, 中村保一, 黒川顕

日本ゲノム微生物学会年会要旨集, 14th, 2020
DNAメチル化酵素配列特異性変換を伴うピロリ菌エピゲノム・ミクロ進化

福世真樹, 福世真樹, 米澤英雄, 矢野大和, 矢野大和, 桂有加子, 矢原耕史, 今野武津子, 柴田朋子, 重信秀治 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 43rd, 2020
ピロリ菌におけるDNAメチル化酵素の配列特異性変換に伴うエピゲノム・ミクロ進化

福世真樹, 福世真樹, 米澤英雄, 矢野大和, 矢野大和, 桂有加子, 桂有加子, 矢原耕史, 今野武津子, 柴田朋子 …

日本ゲノム微生物学会年会要旨集, 14th, 2020
統合微生物データベースMicrobeDB.jpポータルサイト拡張

藤澤貴智, 森宙史, 谷澤靖洋, 児玉悠一, 内山郁夫, 中川善一, 山田拓司, 高橋弘喜, 中村保一, 黒川顕

トーゴーの日2019, 1, Oct 5, 2019
DNAメチル化酵素遺伝子の再編による配列特異性変換とエピゲノム・ミクロ進化

福世真樹, 矢野大和, 矢野大和, 矢原耕史, 今野武津子, 柴田朋子, 柴田朋子, 重信秀治, 内山郁夫, 小林一三 …

日本遺伝学会大会プログラム・予稿集, 90th 113, Aug 27, 2018
MicrobeDB.jpポータル:統合微生物データベースのポータルサイト構築

藤澤貴智, 森宙史, 谷沢靖洋, 神沼英里, 内山郁夫, 山田拓司, 高橋弘喜, 中村保一, 黒川顕

日本ゲノム微生物学会年会要旨集, 12th 79, Mar 5, 2018
Helicobacter heilmanniiによる胃MALTリンパ腫発症のマウスモデル(A mouse model of Helicobacter heilmannii-induced gastric MALT lymphoma)

松井英則, 高橋哲史, 内山郁夫, 山口勝司, 重信秀治, 鈴木仁人, 林原絵美子, 柴山恵吾, 村山そう明, 中村正彦

日本細菌学雑誌, 72(1) 118-118, Feb, 2017
新規な硝化菌(アンモニア酸化細菌)の発見

早津雅仁, 多胡香奈子, 内山郁夫, 豊田敦, 王勇, 下村有美, 廣野祐平, 野中邦彦, 栗栖太, 秋山博子 …

農研機構農業環境変動研究センター成果情報(Web), 2016, 2016
微生物統合データベースMicrobeDB.jpの検索システムの高度化と新解析パイプライン

森宙史, 藤澤貴智, 千葉啓和, 山本希, 内山郁夫, 菅原秀明, 中村保一, 黒川顕

日本ゲノム微生物学会年会要旨集, 10th 60, 2016
Genome Refine:自動ゲノムアノテーション統合環境を提供するウェブサービス

藤澤貴智, 森宙史, 岡本忍, 山本泰智, 片山俊明, 川島秀一, 谷澤靖洋, 神沼英里, 大山彰, 菅原秀明 …

日本ゲノム微生物学会年会要旨集, 9th, 2015
S13-01 メタゲノムとメタ環境データを結びつける(S13 メタゲノムから見える環境と(微)生物の生き様「ここまでわかるメタゲノム解析」,シンポジウム)

森宙史, 藤澤貴智, 千葉啓和, 山本希, 鈴木真也, 菅原秀明, 内山郁夫, 中村保一, 黒川顕

日本微生物生態学会講演要旨集, 2014 59-59, 2014
CHROMOSOME PAINTING IN SILICO IN A BACTERIAL SPECIES REVEALS FINE POPULATION STRUCTURE

K. Yahara, Y. Furuta, K. Oshima, M. Yoshida, T. Azuma, M. Hattori, I. Uchiyama, I. Kobayashi

HELICOBACTER, 18 79-79, Sep, 2013
種内集団構造のインシリコ染色体ペインティングによる解明

矢原耕史, 古田芳一, 大島健志朗, 吉田優, 東健, 服部正平, 内山郁夫, 小林一三

日本遺伝学会大会プログラム・予稿集, 85th 120, Aug 31, 2013

Books and Other Publications

A library of signature pentapeptides for the Protein Data Bank(共著)

Protein structure by distance analysis, IOS Press, 1994

Research Projects

Thousands of adaptive changes emerging from thousands of genomes within a species

Grants-in-Aid for Scientific Research, Grant-in-Aid for Scientific Research (C), Japan Society for the Promotion of Science, Apr, 2023 - Mar, 2026
Study on the accumulation algorithm of noxious red-tide algae in dioramic and panoramic environments.

Grants-in-Aid for Scientific Research, Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A), Japan Society for the Promotion of Science, Sep, 2021 - Mar, 2026
実用モデル珪藻の光環境応答・適応機構の最適化

科学研究費助成事業基盤研究(B), 基盤研究(B), 日本学術振興会, Apr, 2020 - Mar, 2023

伊福健太郎, 菓子野康浩, 内山郁夫
Why does the red tide of Heterocapsa kill only shellfish?

Grants-in-Aid for Scientific Research, Grant-in-Aid for Scientific Research (C), Japan Society for the Promotion of Science, Apr, 2018 - Mar, 2021

Yamasaki Yasuhiro
Comprehensive analysis of the role of horizontal gene transfer in prokaryotic genome evolution based on comparative genome analysis

Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (B), Grant-in-Aid for Scientific Research (B), Japan Society for the Promotion of Science, Apr, 2017 - Mar, 2020

Uchiyama Ikuo
Exploring the rules of reductive genome evolution in free-living bacteria

Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research, Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research, Japan Society for the Promotion of Science, Apr, 2015 - Mar, 2017

Nakai Ryosuke, UCHIYAMA Ikuo
Studies on molecular mechanisms of sexual differenciation based on genome informatics approach

Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area), Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area), Japan Society for the Promotion of Science, Apr, 2010 - Mar, 2015

SUYAMA Mikita, UCHIYAMA Ikuo
Selfish DNases at a diverging point to survival, death and evolution

Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (B), Grant-in-Aid for Scientific Research (B), Japan Society for the Promotion of Science, 2009 - 2011

KOBAYASHI Ichizo, HANDA Naofumi, TAKAHASHI Noriko, MIKIHIKO Kawai, FURUTA Yoshikazu, UCHIYAMA Ikuo, JANUSZ Bujnicki, KOJI Yahara, MASAKI Fukuyo
Development of a method for core genome identification as a basis for microbial comparative genomics

Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (B), Grant-in-Aid for Scientific Research (B), Japan Society for the Promotion of Science, 2008 - 2010

UCHIYAMA Ikuo
Computational Biology for complicated genome system

Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas, Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas, Japan Society for the Promotion of Science, 2005 - 2009

KUHARA Satoru, KUROKAWA Ken, UCHIYAMA Ikuo, HIRAKAWA Hideki
多細胞生物進化解明の基盤としての植物不等分裂に関わる遺伝子ネットワークの解明

科学研究費助成事業特定領域研究, 特定領域研究, 日本学術振興会, 2004 - 2004

藤田知道, 佐藤良勝, 内山郁夫, 日渡祐二
多細胞生物進化解明の基盤としての植物不等分裂に関わる遺伝子ネットワークの解明

科学研究費助成事業特定領域研究, 特定領域研究, 日本学術振興会, 2003 - 2003

藤田知道, 内山郁夫, 村田隆
ゲノム比較解析システムの構築

科学研究費助成事業特定領域研究, 特定領域研究, 日本学術振興会, 2002 - 2002

内山郁夫
Roles of restriction-modification gene complexes in generation of genome diversity in bacteria

Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (B), Grant-in-Aid for Scientific Research (B), Japan Society for the Promotion of Science, 2000 - 2002

KOBAYASHI Ichizo, UCHIYAMA Ikuo
ヒメツリガネゴケで植物ホルモンオーキシン、サイトカイニン機能解明への網羅的研究

科学研究費助成事業特定領域研究(C), 特定領域研究(C), 日本学術振興会, 2001 - 2001

長谷部光泰, 内山郁夫, 藤田知道, 村田隆
制限酵素修飾酵素遺伝子によるゲノムの存続と進化に関する実験的情報学的研究

科学研究費助成事業特定領域研究(C), 特定領域研究(C), 日本学術振興会, 2001 - 2001

小林一三, 内山郁夫
ゲノム比較解析システムの構築

科学研究費助成事業特定領域研究(C), 特定領域研究(C), 日本学術振興会, 2001 - 2001

内山郁夫
制限酵素修飾酵素遺伝子によるゲノムの存続と進化に関する実験的情報学的研究

科学研究費助成事業特定領域研究(C), 特定領域研究(C), 日本学術振興会, 2000 - 2000

小林一三, 内山郁夫
ゲノム比較解析システムの構築

科学研究費助成事業特定領域研究(C), 特定領域研究(C), 日本学術振興会, 2000 - 2000

内山郁夫
微生物ゲノムの比較解析

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