現在、肉用豚としてはハイブリッド系統が市場の大部分を占めており、地域ブランドとしても利用されている。ハイブリッド系統の維持と、さらなる肉質向上、増体向上、産子数増加などを目的に、DNAマーカーを用いたより優れた種豚育種が行われている。DNAマーカーとしては、遺伝子多型マーカー、マイクロサテライトマーカーなどがある。しかしながら、DNAマーカーの多くは権利化されており、産業的な利用目的においてはライセンス料など経済的負担が強いられることとなる。そのため畜産業の新興のために、DNAマーカーによらない次世代マーカーとしてタンパク質・ペプチドマーカーによる種豚育種技術の開発を目的とした課題を提案する。