2006年4月 - 2008年3月
癌関連遺伝子・タンパク質パスウェイの画像表示システム開発
慶應義塾大学 科学研究費補助金(文部科学省・日本学術振興会) 基盤研究(C)
本研究では、癌関連タンパク質の相互作用についての画像データベースシステムCancerProViewの開発を行った。このデータベースで実装した機能は、1:癌関連遺伝子とその産生されるタンパク質パスウェイ、ドメインと関与する疾患のグラフィカル画像表示、2:遺伝子多型を含む遺伝子変異のグラフィカル表示、3:共通なタンパク質のドメインを持つ癌関連遺伝子、タンパク質の構造、疾患の検索、4:遺伝子記号からの検索、5:タンパクドメイン名一覧からの検索、6:日本語、英語によるキーワード検索・表示機能である。データの収集は、NCBI GenbankのRefSeqの対応表(loc2ref)によりRefSeq IDの抽出を行い、cDNA配列とタンパク質のアミノ酸配列の取得を行った。さらに種々のデータベースからタンパクドメイン(SMART)、疾患遺伝子(HGMDとOMIM)、文献(Pubmed)を収集した。その結果、22のタンパク質パスウェイ、111の文献、355の NCBI Refseq cDNA配列及びアミノ酸配列を格納できた。現在、CancerProViewは、45の
- ID情報
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- 課題番号 : 18590538
- 体系的課題番号 : JP18590538