杉山直幸 (Naoyuki Sugiyama) - マイポータル

基本情報

所属: 京都大学大学院薬学研究科准教授

学位: 博士(理学)(2003年3月東京大学)

J-GLOBAL ID: 200901022290893781
researchmap会員ID: 1000316012

研究キーワード

研究分野

ナノテク・材料 / 生物分子化学 /

経歴

学歴

論文

Validity of the cell-extracted proteome as a substrate pool for exploring phosphorylation motifs of kinases.

Tomoya Niinae, Naoyuki Sugiyama, Yasushi Ishihama

Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms 28(10) 727-735 2023年10月
Chronic hyperglycemia reduces the expression of intercellular adhesion molecules and increases intercellular hyperpermeability in the periodontal epithelium.

Yuki Narukawa, Naoyuki Sugiyama, Jiro Miura, Rentaro Yamashita, Shotaro Tominaga, Yoshihiro Izumi, Takeshi Bamba, Yasushi Ishihama, Yoichiro Kashiwagi, Shinya Murakami

Journal of periodontal research 58(4) 813-826 2023年5月23日
Motif-Targeting Phosphoproteome Analysis of Cancer Cells for Profiling Kinase Inhibitors

Kosuke Ogata, Shunsuke Takagi, Naoyuki Sugiyama, Yasushi Ishihama

Cancers 15(1) 78-78 2022年12月23日
Calcium-dependent protein kinase 16 phosphorylates and activates the aquaporin PIP2;2 to regulate reversible flower opening in Gentiana scabra.

Keiichirou Nemoto, Tomoya Niinae, Fumina Goto, Naoyuki Sugiyama, Aiko Watanabe, Motoki Shimizu, Katsuhiro Shiratake, Masahiro Nishihara

The Plant cell 34(7) 2652-2670 2022年4月20日
Motif-centric phosphoproteomics to target kinase-mediated signaling pathways.

Chia-Feng Tsai, Kosuke Ogata, Naoyuki Sugiyama, Yasushi Ishihama

Cell reports methods 2(1) 100138-100138 2022年1月24日
Author Correction: Porphyromonas gingivalis induces entero-hepatic metabolic derangements with alteration of gut microbiota in a type 2 diabetes mouse model (Scientific Reports, (2021), 11, 1, (18398), 10.1038/s41598-021-97868-2)

Yoichiro Kashiwagi, Shunsuke Aburaya, Naoyuki Sugiyama, Yuki Narukawa, Yuta Sakamoto, Masatomo Takahashi, Hayato Uemura, Rentaro Yamashita, Shotaro Tominaga, Satoko Hayashi …

Scientific Reports 11(1) 20016-20016 2021年12月
Porphyromonas gingivalis induces entero-hepatic metabolic derangements with alteration of gut microbiota in a type 2 diabetes mouse model.

Yoichiro Kashiwagi, Shunsuke Aburaya, Naoyuki Sugiyama, Yuki Narukawa, Yuta Sakamoto, Masatomo Takahashi, Hayato Uemura, Rentaro Yamashita, Shotaro Tominaga, Satoko Hayashi …

Scientific reports 11(1) 18398-18398 2021年9月15日査読有り
Identification of Endogenous Kinase Substrates by Proximity Labeling Combined with Kinase Perturbation and Phosphorylation Motifs.

Tomoya Niinae, Koshi Imami, Naoyuki Sugiyama, Yasushi Ishihama

Molecular & cellular proteomics : MCP 20 100119-100119 2021年6月27日査読有り
Proximity Labeling-assisted Identification of Endogenous Kinase Substrates

Tomoya Niinae, Koshi Imami, Naoyuki Sugiyama, Yasushi Ishihama

2020年6月10日
Mass Spectrometry-Based Discovery of in vitro Kinome Substrates.

Naoyuki Sugiyama

Mass spectrometry (Tokyo, Japan) 2020年3月28日査読有り
Mass Spectrometry-Compatible Subcellular Fractionation for Proteomics.

Takeshi Masuda, Naoyuki Sugiyama, Masaru Tomita, Sumio Ohtsuki, Yasushi Ishihama

Journal of proteome research 19(1) 75-84 2020年1月3日査読有り
Large-scale Discovery of Substrates of the Human Kinome

Sugiyama Naoyuki, Imamura Haruna, Ishihama Yasushi

SCIENTIFIC REPORTS 9(1) 10503-10503 2019年7月査読有り
Selected Reaction Monitoring of Kinase Activity-Targeted Phosphopeptides

TAKAHASHI, Chisato, YAZAKI, Tatsuya, SUGIYAMA, Naoyuki, ISHIHAMA, Yasushi

CHROMATOGRAPHY 40(2) 39-47 2019年5月査読有り
Algal Protein Kinase, Triacylglycerol Accumulation Regulator 1, Modulates Cell Viability and Gametogenesis in Carbon/Nitrogen-Imbalanced Conditions.

Shinkawa H, Kajikawa M, Nomura Y, Ogura M, Sawaragi Y, Yamano T, Nakagami H, Sugiyama N, Ishihama Y, Kanesaki Y …

Plant & cell physiology 60(4) 916-930 2019年4月査読有り
Comparative proteomics of Helicobacter pylori strains reveals geographical features rather than genomic variations.

Naoyuki Sugiyama, Satomi Miyake, Miao-Hsia Lin, Masaki Wakabayashi, Hiroyuki Marusawa, Shin Nishiumi, Masaru Yoshida, Yasushi Ishihama

Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms 24(2) 139-150 2019年2月査読有り
The jPOST environment: an integrated proteomics data repository and database

Yuki Moriya, Shin Kawano, Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Masaki Matsumoto, Tomoyo Takami, Daiki Kobayashi, Yoshinori Yamanouchi, Norie Araki, Akiyasu C Yoshizawa …

Nucleic Acids Research 47(D1) D1218-D1224 2019年1月8日査読有り
Phosphoproteomic profiling reveals ABA-responsive phosphosignaling pathways in Physcomitrella patens

Anna Amagai, Yoshimasa Honda, Shinnosuke Ishikawa, Yurie Hara, Mayuri Kuwamura, Akihisa Shinozawa, Naoyuki Sugiyama, Yasushi Ishihama, Daisuke Takezawa, Yoichi Sakata …

Plant Journal 94(4) 699-708 2018年5月1日査読有り
Blue light and CO2 signals converge to regulate light-induced stomatal opening

Asami Hiyama, Atsushi Takemiya, Shintaro Munemasa, Eiji Okuma, Naoyuki Sugiyama, Yasuomi Tada, Yoshiyuki Murata, Ken-ichiro Shimazaki

NATURE COMMUNICATIONS 8(1) 1284 2017年11月査読有り
Identifications of Putative PKA Substrates with Quantitative Phosphoproteomics and Primary-Sequence-Based Scoring

Haruna Imamura, Omar Wagih, Tomoya Niinae, Naoyuki Sugiyama, Pedro Beltrao, Yasushi Ishihama

JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH 16(4) 1825-1830 2017年4月査読有り
jPOSTrepo: an international standard data repository for proteomes

Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Yuki Moriya, Shin Kawano, Tadashi Yamamoto, Masaki Matsumoto, Tomoyo Takami, Daiki Kobayashi, Norie Araki, Akiyasu C. Yoshizawa …

NUCLEIC ACIDS RESEARCH 45(D1) D1107-D1111 2017年1月査読有り

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MISC

262

In vitroリン酸化タグを用いたタンパク質の構造変化検出法の開発

前田朝登, 小形公亮, 杉山直幸, 石濱泰

日本薬学会年会要旨集(Web) 142nd 2022年
プロテオミクスによるBRAF基質の大規模探索

花田毅己, 金尾英佑, 金尾英佑, 村岡賢, 李優嘉, 新苗智也, 今見考志, 杉山直幸, 足立淳, 足立淳 …

日本薬学会年会要旨集(Web) 142nd 2022年
プロテオミクスによる高速菌叢プロファイリング法の開発

工藤拓実, 山下蓮太郎, WU Pei-Shan, 杉山直幸, 石濱泰

日本薬学会年会要旨集(Web) 142nd 2022年
微量試料測定に向けた高速プロテオーム解析システムの高感度化検討

中井郁那, 富岡亮太, 杉山直幸, 小形公亮, 石濱泰

質量分析総合討論会講演要旨集 70th 2022年
近接標識プロテオミクスによる細胞へのエクソソーム取り込み選択性の解明に向けた検討

李優嘉, 新苗智也, 今見考志, 杉山直幸, 石濱泰

日本薬学会年会要旨集(Web) 141st 2021年
高感度・高選択性人工基質ペプチドを用いたキノーム活性計測

上原茉緒, 中園純菜, 坂本大, 杉山直幸, 石濱泰

日本薬学会年会要旨集(Web) 141st 2021年
切断基質ペプチドプローブを用いたプロテアーゼ濃縮法の開発

渡邉佑太, 新苗智也, 小形公亮, 杉山直幸, 石濱泰

日本薬学会年会要旨集(Web) 141st 2021年
ナノLC/イオンモビリティスペクトロメトリー/MSを用いた新規プロテオーム解析手法の開発

中井郁那, 富岡亮太, 杉山直幸, 小形公亮, 石濱泰

バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集 33rd 2021年
リン酸化チロシンミミックペプチドプローブによるチロシンホスファターゼ網羅的解析法の開発

新苗智也, 津曲和哉, 津曲和哉, 今見考志, 杉山直幸, 大石真也, 大石真也, 大野浩章, 大高章, 石濱泰

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 44th 2021年
シグナル伝達経路解明に向けたキナーゼ基質モチーフ標的型リン酸化プロテオミクス

小形公亮, TSAI Chia-Feng, 杉山直幸, 石濱泰, 石濱泰

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 44th 2021年
近接標識プロテオミクスによる細胞外小胞-タンパク質間相互作用解析

LI Yuka, 新苗智也, 今見考志, 杉山直幸, 石濱泰

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 44th 2021年
チロシンホスファターゼ網羅的解析に向けたリン酸化チロシンミミックペプチドプローブの開発

新苗智也, 津曲和哉, 津曲和哉, 今見考志, 杉山直幸, 大石真也, 大石真也, 大野浩章, 大高章, 石濱泰

バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集 33rd 2021年
糖尿病マウスにおいて歯周病菌が肝臓代謝機能に及ぼす影響

柏木陽一郎, 生川由貴, 和泉自泰, 杉山直幸, 馬場健史, 石濱泰, 柏木厚典, 村上伸也

糖尿病(Web) 63(Suppl) 2020年
配位子交換クロマトグラフィーを利用したチロシンリン酸化プロテオーム解析

中田花菜, 南部早紀, 杉山直幸, 石濱泰

質量分析総合討論会講演要旨集 68th 2020年
リン酸化プロテオミクスを用いたヒトキノーム解析

杉山直幸, 今村春菜, 石濱泰

質量分析総合討論会講演要旨集 68th 2020年
LC/IMS/MSにおける前駆体イオン情報のみを用いるプロテオーム解析法の開発

中井郁那, 富岡亮太, 杉山直幸, 小形公亮, 石濱泰

質量分析総合討論会講演要旨集 68th 2020年
メタプロテオミクスを用いた細菌叢解析法の開発

MOON J.H., 伊藤麻里子, 杉山直幸, 石濱泰

質量分析総合討論会講演要旨集 68th 2020年
配位子交換クロマトグラフィーによるリン酸化チロシン選択的ペプチド濃縮法の開発

中田花菜, 南部早紀, 杉山直幸, 杉山直幸, 石濱泰, 石濱泰

日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 140th (Web) 2020年
プロダクトイオン情報を用いないLC/MSによるプロテオーム解析法の開発

中井郁那, 富岡亮太, 杉山直幸, 小形公亮, 石濱泰

日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 140th (Web) 2020年
緑藻クラミドモナスの脂質蓄積の制御(1)タンパク質リン酸化酵素TAR1の機能

新川はるか, 太田羽藍, 梶川昌孝, 梶川昌孝, 野村裕子, 小倉真優, 椹木裕里, 山野隆志, 中神弘史, 杉山直幸 …

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2020 2020年

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書籍等出版物

遺伝子医学MOOK 「ナノバイオ技術と最新創薬応用研究」

若林真樹, 杉山直幸, 石濱泰 (担当:共著, 範囲:リン酸化プロテオミクスを用いた分子標的薬プロファイリング遺伝子医学)

メディカルドゥ 2012年
細胞工学別冊「明日を拓く新次元プロテオミクス」

京野完, 杉山直幸, 石濱泰 (担当:共著, 範囲:翻訳後修飾プロテオミクスの最前線)

秀潤社 2009年
蛋白質核酸酵素「植物におけるシグナル研究の新展開」

中神弘史, 杉山直幸, 石濱泰 (担当:共著, 範囲:植物リン酸化プロテオーム解析の最前線)

共立出版 2009年
実験医学「プロテオミクスが解き明かす情報伝達ネットワーク」

杉山直幸, 石濱泰 (担当:共著, 範囲:リン酸化プロテオーム解析による分子標的薬評価)

羊土社 2009年
Pharma VISION NEWS

石濱泰, 杉山直幸 (担当:共著, 範囲:シグナル伝達プロテオームの最前線)

2008年

講演・口頭発表等

リン酸化プロテオミクスによるヒトキノームの大規模基質同定

杉山直幸, 吉川侑樹, 今村春奈, 石濱泰

第43回日本分子生物学会年会 2020年12月3日
リン酸化プロテオミクスを用いたヒトキノーム解析

杉山直幸, 今村春菜, 石濱泰

第68回質量分析総合討論会 2020年5月11日
In Vitro Profiling of Ser/Thr/Tyr Selectivity of Human Protein Kinome

Naoyuki Sugiyama, Kazutaka Yachigo, Masato Tsuyuguchi, Takayoshi Kinoshita, Yasushi Ishihama

18th Human Proteome Organization World Congress 2019年9月18日
人工基質ペプチドを用いたキノーム活性プロファイリング

杉山直幸, 中園純菜, 八児一隆, 坂本大, CHANG Hsin‐Yi, 石濱泰

第67回質量分析総合討論会 2019年5月
細菌叢の高深度メタプロテオーム解析

杉山直幸

Meta-Omics Workshop in Kyoto 2019 2019年
キノームプロファイリングによるリン酸化ネットワーク解析

杉山直幸, 今村春菜, 坂本大, 中園純菜, 八児一隆, 高橋知里, Hsin-yi, Chang, 石濱泰

日本質量分析学会・日本プロテオーム学会 2018年合同大会 2018年5月18日
Human Kinome Profiling using Phosphoproteomic Approaches

KBMSS2018 2018年2月3日招待有り
Direct Profiling of Kinome Activities Using Kinase-Specific Substrate Peptides

Naoyuki Sugiyama, Dai Sakamoto, Junna Nakazono, Kazutaka Yachigo, Hsin-Yi Chang, Yasushi Ishihama

25th International Symposium on Electro- and Liquid Phase-Separation Techniques(ITP2018) 2018年
Phosphoproteome and Kinome Profiling Using NanoLC-MS/MS

Naoyuki Sugiyama

2nd International BMS Symposium 2018 2018年
プロテオーム解析

杉山直幸

第1回トランスオミクス若手合宿 2018年
プロテオミクスを用いたキナーゼ収斂型シグナルネットワーク解析

杉山直幸, 石濱泰

質量分析フォーラム2017 2017年7月19日招待有り
リン酸化プロテオーム解析技術を用いたキノームプロファイリング

杉山直幸, 石濱泰

第77回分析化学討論会 2017年招待有り
Profiling Kinome Activities Using Kinase-Specific Substrate Peptides

HUPO2016 2016年
ヒトキノームの基質特異性および活性プロファイリング

杉山直幸, 坂本大, 今村春菜, Pasrawin Taechawattananant, 石川奈津美, 若林真樹, 石濱泰

第29回バイオメディカル分析科学シンポジウム 2016年
データベース構築とキナーゼ基質予測を用いた大規模発現/翻訳語修飾プロテオーム解析

杉山直幸, 三宅里美, 坂本大, Pasrawin Taechawattananant, 若林真樹, 石濱泰

ヒトプロテオーム学会2016年大会 2016年
リン酸化プロテオミクスによるキナーゼ活性評価

杉山直幸

第64回質量分析総合討論会 2016年招待有り
高選択的基質ペプチドを用いたヒトキノーム活性測定

杉山直幸, 坂本大, 今村春菜, Pasrawin Taechawattananant, 若林真樹, 石濱泰

日本プロテオーム学会2015年大会 2015年
キノームプロファイリングによる細胞内シグナル伝達の解析

杉山直幸

平成2７年度第7回談話会 2015年
プロテオミクスによる細胞内リン酸化ネットワーク解析

杉山直幸

ERATO村田脂質活性構造プロジェクト意見交換会 2015年招待有り
リン酸化プロテオミクスを用いたキノームプロファイリング

杉山直幸

Japan Spotfire Users Group Meeting 2015 2015年招待有り

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所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

産業財産権

特願2017-093250 キナーゼ基質

石濱泰, 杉山直幸, 坂本大
特開2014-39497 エチレングリコール及び界面活性剤を含む溶液を用いた細胞分画法

増田豪, 杉山直幸
特許4584767 タンパク質のプロテオーム定量分析方法及び装置

増田豪, 篠田幸作, 曽我朋義, 冨田勝, 杉山直幸
オカダ酸に結合する新規タンパク質、およびその遺伝子

杉山直幸

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

産業財産権

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