鷹野優 (Takano Yu) - マイポータル

基本情報

所属: 広島市立大学情報科学研究科医用情報科学専攻教授
: (兼任) 入学試験担当副理事

学位: 博士（理学）(大阪大学)

J-GLOBAL ID: 200901075484451557
researchmap会員ID: 1000317694

外部リンク: https://sites.google.com/site/yutakano74/

大阪大学大学院理学研究科化学専攻博士後期課程修了．博士（理学）．日本学術振興会海外特別研究員（UCLA）,日本学術振興会特別研究員（三重大学）,大阪大学蛋白質研究所助教を経て,平成27年4月広島市立大学教授として着任，現在に至る．専門分野は，計算生命科学，計算生物物理学．シミュレーションやインフォマティクスを用いたタンパク質の研究に従事．

研究キーワード

研究分野

経歴

2021年4月 - 2023年3月

広島市立大学, 副理事（入学試験担当）
2020年4月 - 2021年3月

広島市立大学, 大学院情報科学研究科, 研究科長補佐
2016年4月

広島市立大学, 大学院情報科学研究科医用情報科学専攻, 教授
2015年4月 - 2016年3月

広島市立大学, 大学院情報科学研究科創造科学専攻, 教授
2007年4月 - 2015年3月

大阪大学, 蛋白質研究所, 助教
2005年6月 - 2007年3月

大阪大学, 蛋白質研究所, 助手
2005年4月 - 2005年5月

大阪大学, 蛋白質研究所, 日本学術振興会特別研究員(PD)
2004年4月 - 2005年3月

三重大学, 工学部, 日本学術振興会特別研究員(PD)
2004年4月 - 2005年1月

University of California, Los Angeles, Department of Chemistry and Biochemistry, Visiting Scientist
2002年4月 - 2004年3月

University of California, Los Angeles, Department of Chemistry and Biochemistry, 日本学術振興会海外特別研究員
1999年4月 - 2002年3月

大阪大学, 大学院理学研究科化学専攻, 日本学術振興会特別研究員(DC1)

学歴

委員歴

2020年1月 - 2021年12月

日本生物物理学会, 分野別専門委員
2019年1月 - 2020年12月

日本生物物理学会, 分野別専門委員
2017年4月 - 2019年3月

日本生物物理学会, 平成29・30年度代議員
2017年1月 - 2018年12月

日本生物物理学会, 分野別専門委員
2017年3月

日本化学会, 中国四国支部幹事
2014年1月 - 2016年12月

日本生物物理学会, 分野別専門委員

受賞

論文

134

C–H Bond Dissociation Enthalpy Prediction with Machine Learning Reinforced Semi-empirical Quantum Mechanical Calculations

Miki Kaneko, Yu Takano, Toru Saito

Chemistry Letters 2024年1月31日
Semi-empirical and machine learning-based prediction of site of metabolisms mediated by aldehyde oxidase

Yuto Shiotake, Yu Takano, Toru Saito

Chemical Physics Letters 833 140942-140942 2023年12月
Random Forest Classifier of Heme Proteins Using Porphyrin Distortions and Axial Ligands of Heme

Hinako Fujikawa, Hiroko X. Kondo, Yusuke Kanematsu, Yu Takano

Chemistry Letters 52(6) 503-507 2023年6月5日
Unraveling Binding Mechanism and Stability of Urease Inhibitors: A QM/MM MD Study

Shunya Suenaga, Yu Takano, Toru Saito

Molecules 28(6) 2697-2697 2023年3月16日
Serial X-ray fluorescence holography: development and application to the oxygen evolving complex of photosystem II

A. K. R. Ang, Y. Umena, A. Sato-Tomita, N. Shibayama, N. Happo, R. Marumi, Y. Yamamoto, K. Kimura, N. Kawamura, Y. Takano …

Journal of Synchrotron Radiation 30(2) 368-378 2023年2月24日査読有り
Negative fragmentation approach for investigating the depolarization effect of neighboring residues on hydrogen bonds in π-helix

Hiroko X. Kondo, Haruki Nakamura, Yu Takano

Chemical Physics Letters 815 140361-140361 2023年2月24日査読有り
Prediction of Protein Function from Tertiary Structure of the Active Site in Heme Proteins by Convolutional Neural Network

Hiroko X. Kondo, Hiroyuki Iizuka, Gen Masumoto, Yuichi Kabaya, Yusuke Kanematsu, Yu Takano

Biomolecules 13(1) 137-137 2023年1月9日
Effects of Active-Center Reduction of Plant-Type Ferredoxin on Its Structure and Dynamics: Computational Analysis Using Molecular Dynamics Simulations

Tomoki Nakayoshi, Yusuke Ohnishi, Hideaki Tanaka, Genji Kurisu, Hiroko X. Kondo, Yu Takano

International Journal of Molecular Sciences 23(24) 15913-15913 2022年12月14日
Quantum chemical studies on hydrogen bonds in helical secondary structures

Yu Takano, Hiroko X. Kondo, Haruki Nakamura

Biophysical Reviews 14(6) 1369-1378 2022年12月
Structures and mechanisms of actin ATP hydrolysis.

Yusuke Kanematsu, Akihiro Narita, Toshiro Oda, Ryotaro Koike, Motonori Ota, Yu Takano, Kei Moritsugu, Ikuko Fujiwara, Kotaro Tanaka, Hideyuki Komatsu …

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 119(43) e2122641119 2022年10月25日
Effects of light-emitting diode irradiation pattern on the anthocyanin content of broccoli sprouts in a plant factory for the production of functional foods.

Jiro Kohda, Rio Sasaki, Rikuto Suzuki, Akimitsu Kugimiya, Yasuhisa Nakano, Yu Takano

Japan Journal of Food Engineering 23(3) 71-78 2022年10月1日査読有り
Conformational preference of flavonols and its effect on the chemical properties involved in radical scavenging activity

Hiroko X. Kondo, Yu Takano

Chemistry 4(4) 1123-1135 2022年9月22日査読有り招待有り
Elucidation of the Correlation between Heme Distortion and Tertiary Structure of the Heme-Binding Pocket Using a Convolutional Neural Network

Hiroko X. Kondo, Hiroyuki Iizuka, Gen Masumoto, Yuichi Kabaya, Yusuke Kanematsu, Yu Takano

Biomolecules 12(9) 1172-1172 2022年8月24日査読有り
Depolarizing Effects in Hydrogen Bond Energy in 3-10-Helices Revealed by Quantum Chemical Analysis

Hiroko X. Kondo, Haruki Nakamura, Yu Takano

International Journal of Molecular Science 23(16) 9032 2022年8月査読有り
Evaluation of an appropriate standard hydrogen electrode potential for computing redox potentials of catechins with density functional theory

Lian Duan, Yu Takano, Yasuteru Shigeta

Chemistry Letters 51(7) 673-677 2022年7月1日査読有り
Predicting reaction mechanisms for the threonine-residue stereoinversion catalyzed by a dihydrogen phosphate ion

Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Yu Takano, Akifumi Oda

ACS Omega 7(22) 18306-18314 2022年5月26日査読有り
Structure of Heme-binding Pocket in Heme Protein is Generally Rigid and can be Predicted by AlphaFold2

Hiroko X. Kondo, Yusuke Kanematsu, Yu Takano

Chemistry Letters 51 704-708 2022年5月査読有り
QM/MM Molecular Dynamics Simulations Revealed Catalytic Mechanism of Urease

Toru Saito, Yu Takano

The Journal of Physical Chemistry B 126(10) 2087-2097 2022年3月17日
Development of a one-step analysis method for several amino acids using a microfluidic paper-based analytical device

Akimitsu Kugimiya, Sho Wakimoto, Jiro Kohda, Yasuhisa Nakano, Yu Takano

Scientific Reports 12 3427 2022年3月3日査読有り
Global Analysis of Heme Proteins Elucidates the Correlation between Heme Distortion and the Heme-Binding Pocket

Hiroko X. Kondo, Masanori Fujii, Takuma Tanioka, Yusuke Kanematsu, Takashi Yoshida, Yu Takano

Journal of Chemical Information and Modeling 62(4) 775-784 2022年2月14日査読有り

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MISC

第一原理計算によるカテキンの酸化還元電位の理論予測

段練, 鷹野優, 重田育照

Journal of Computational Chemistry, Japan 20(4) 137-139 2022年3月17日
ヘム蛋白質における構造機能相関の解明に向けた蛋白質ポケットとヘムの歪みの相関解析

近藤寛子, 飯塚博幸, 舛本現, 兼松佑典, 鷹野優

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 21st 2021年
Computational study of distortion effect of Fe-porphyrin found as a biological active site

Yu Takano, Hiroko X. Kondo, Yusuke Kanematsu, Yasuhiro Imada

JAPANESE JOURNAL OF APPLIED PHYSICS 59(1) 2020年1月
Elastic Property of Dynein Motor Domain Obtained from All-Atom Molecular Dynamics Simulations in Explicit Water

Narutoshi Kamiya, Tadaaki Mashimo, Yu Takano, Takahide Kon, Genji Kurisu, Haruki Nakamura

BIOPHYSICAL JOURNAL 108(2) 466A-466A 2015年1月
Conserved Trp in the adjacent S4 helices cooperatively produce the sustained-deactivation in the voltage-gated H+ channel dimer

Okuda H, Yonezawa Y, Takano Y, Okamura Y, Fujiwara Y

Journal of Physiological Sciences 65(Supplement1) S119 2015年査読有り
1P155 溶媒を陽に考慮した全原子分子動力学シミュレーションから得られたダイニンの弾性(11. 分子モーター,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

Kamiya Narutoshi, Mashimo Tadaaki, Takano Yu, Kon Takahide, Kurisu Genji, Nakamura Haruki

生物物理 54(1) S166 2014年
Molecular Dynamics Simulations of Dynein Motor Domain in Explicit Water

Narutoshi Kamiya, Tadaaki Mashimo, Yu Takano, Takahide Kon, Genji Kurisu, Haruki Nakamura

BIOPHYSICAL JOURNAL 106(2) 664A-664A 2014年1月
A simple non-Ewald scheme for calculating electrostatic interactions of charged particle systems: the zero-dipole summation method and the application to molecular systems

Ikuo Fukuda, Narutoshi Kamiya, Takamasa Arakawa, Tadaaki Mashimo, Yu Takano, Haruki Nakamura

ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム論文集 2013 73-73 2013年1月8日
3B1010 ダイニンモータードメインの溶液中の分子動力学シミュレーション(蛋白質-構造機能相関III:動態,生体リズム,口頭発表,日本生物物理学会第50回年会(2012年度))

Kamiya Narutoshi, Mashimo Tadaaki, Takano Yu, Kon Takahide, Kurisu Genji, Nakamura Haruki

生物物理 52 S58 2012年
1P045 タンパク質-リガンド複合体予測構造の分子シミュレーションによる評価(蛋白質(機能),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)

小田彰史, 鷹野優, 中村春木, 山乙教之, 広野修一, 高橋央宜, 松崎久夫

生物物理 47 S34 2007年

書籍等出版物

機能構造科学入門 3D活性サイトと物質デザイン

石井宏幸, 岡大地, 久保園芳博, 郷原一寿, 小林伸彦, 佐々木裕次, 塩谷浩之, 大門寛, 鷹野優, 林好一, 広瀬賢二, 福村知昭, 松井文彦, 松下智裕, 森川良忠, 山﨑順, 山田容子, 若林裕助 (担当:分担執筆, 範囲:5章「第一原理電子状態計算法と分子動力学法」pp. 83-109，8章「有機デバイス・バイオ材料」 pp. 139-161)

丸善出版 2016年7月28日 (ISBN: 9784621300602)
錯体化学選書10 金属錯体の量子・計算化学

鷹野優, 山口兆 (担当:分担執筆, 範囲:5章3節「コバルト錯体の構造と反応性」pp.459-473)

三共出版 2014年10月
「見てわかる構造生命科学」ー生命科学研究へのタンパク質構造の利用ー

中村春木, 川端猛, 鈴木博文, 鷹野優, 大島勘二, 神谷成敏ら (担当:分担執筆, 範囲:Structure-2 「鉄-硫黄タンパク質」, Structure-16 「光化学系Ⅱ」)

化学同人 2014年3月20日 (ISBN: 9784759815771)

講演・口頭発表等

156

Effects of Active-Center Reduction of Plant-Type Ferredoxin on Its Structure and Dynamics: Computational Analysis Using Molecular Dynamics Simulations

Tomoki Nakayoshi, Yusuke Onishi, Hideaki Tanaka, Genji Kurisu, Yu Takano

10th Asian Biological Inorganic Chemistry Conference 2022年11月30日
Computational Study of Metal Centers in Proteins

Toru Saito, Shunya Suenaga, Tatsuya Fujiwara, Yu Takano

10th Asian Biological Inorganic Chemistry Conference 2022年11月29日招待有り
Depolarizing effects in hydrogen bond energy in 310-helices revealed by quantum chemical analysis

Yu Takano, Hiroko X. Kondo, Haruki Nakamura

International Congress on Pure & Applied Chemistry Kota Kinabalu (ICPAC Kota Kinabalu) 2022 2022年11月27日招待有り
IDO1による一重項酸素生成とトリプトファンの選択的酸化の理論的研究

藤原竜也, 齋藤徹, 鷹野優

日本化学会中国四国支部大会広島大会 2022年11月13日
QM/MM MD計算を用いたヒドロキシ尿素のウレアーゼ阻害作用の解明

末永隼也, 齋藤徹, 鷹野優

日本化学会中国四国支部大会広島大会 2022年11月13日
DNA-シスプラチン結合のQM/MM-MD計算

森下美咲, 齋藤徹, 鷹野優

日本化学会中国四国支部大会広島大会 2022年11月13日
QM/MM MD計算を用いた含フラビン酵素の研究

卜部孝幸, 齋藤徹, 鷹野優

日本化学会中国四国支部大会広島大会 2022年11月12日
機械学習を用いたヘムの構造にもとづくヘムタンパク質の分類器作成

藤川ひな子, 近藤寛子, 兼松佑典, 鷹野優

日本化学会中国四国支部大会広島大会 2022年11月12日
簡便なCYP3A4代謝部位予測モデルの構築

塩竹悠人, 齋藤徹, 鷹野優

日本化学会中国四国支部大会広島大会 2022年11月12日
ランダムフォレスト法を用いたヘムの構造にもとづくヘムタンパク質の機能分類器の作成

藤川ひな子, 近藤寛子, 兼松佑典, 鷹野優

第50回構造活性相関シンポジウム 2022年11月11日
QM/MM MD計算を用いた阻害剤のウレアーゼへの結合機構の解明

末永隼也, 齋藤徹, 鷹野優

第50回構造活性相関シンポジウム 2022年11月11日
物理化学パラメータに基づく薬物代謝部位予測

塩竹悠人, 藤谷姫菜, 齋藤徹, 鷹野優

第50回構造活性相関シンポジウム 2022年11月11日
IDO1によるトリプトファン酸化反応の分子シミュレーション

齋藤徹, 藤原竜也, 鷹野優

第55回酸化反応討論会 2022年11月5日
Computational analysis on the effects of active-site reduction on structures and dynamics of plant-type ferredoxin

Tomoki Nakayoshi, Yusuke Onishi, Hideaki Tanaka, Genji Kurisu, Yu Takano

第60回日本生物物理学会年会 2022年9月30日
Evaluation of free energy profiles for reactions catalyzed by metalloproteins

Toru Saito, Yu Takano

第22回日本蛋白質科学会年会 2022年6月8日招待有り
Computational studies on the structural analysis of the plant-type ferredoxin

Tomoki Nakayoshi, Yusuke Onishi, Hideaki Tanaka, Genji Kurisu, Yu Takano

第22回日本蛋白質科学会年会 2022年6月8日
Computational study of the structural-function relationship of heme proteins

Yu Takano, Hiroko X. Kondo, Yusuke Kanematsu

第59回日本生物物理学会年会 2021年11月25日
分子動力学計算によるシアノバクテリアAnabaena PCC7119フェレドキシンの溶液構造予測

仲吉朝希, 鷹野優

第49回構造活性相関シンポジウム 2021年11月18日
機械学習を用いたヘムの構造にもとづくヘムタンパク質の機能分類

藤川ひな子, 近藤寛子, 兼松佑典, 鷹野優

第44回日本生体医工学会中国四国支部大会 2021年11月6日
Virtual alanine scanによるSARS-CoV-2メインプロテアーゼの阻害剤の認識に重要な残基の予測

仲吉朝希, 加藤紘一, 栗本英治, 鷹野優, 小田彰史

第44回日本生体医工学会中国四国支部大会 2021年11月6日

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担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

計算科学による蛋白質構造形成相互作用の高次構造依存性の解明と新規分子力場の開発

2022年4月 - 2026年3月
大規模・高精度な第一原理計算による超秩序構造の機能解明とデザイン

2020年11月 - 2025年3月
蛋白質構造形成に関する高次構造依存性の解明および新規分子力場の開発

2019年4月 - 2021年3月
タンパク質構造形成の高次構造依存性の解明と高次構造依存型分子力場の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2016年4月 - 2019年3月

鷹野優, 中村春木, 齋藤徹, 近藤寛子
3D活性サイト科学の海外拠点・国際ネットワーク構築

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2015年11月 - 2019年3月

大門寛, 佐々木裕次, 野村琴広, 林好一, 木下豊彦, 若林裕助, 細川伸也, 松井文彦, 筒井一生, 福村知昭, 森川良忠, 小林伸彦, 郷原一寿, 山田容子, 松下智裕, 鷹野優
３Ｄ活性サイト科学のプラットフォーム構築による総括と研究支援

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2014年7月 - 2019年3月

大門寛, 小林伸彦, 松下智裕, 高橋敏男, 林好一, 野村琴広, 山田容子, 細川伸也, 佐々木裕次, 鷹野優, 郷原一寿, 若林裕助, 室隆桂之, 筒井一生, 木下豊彦, 大山研司, 松井文彦, 田尻寛男, 森川良忠, 福村知昭
分子シミュレーションによる生体活性サイトの構造・機能相関の解明とデザイン

新学術領域研究「3D活性サイト科学」計画研究 2014年6月 - 2019年3月
計算科学シミュレーションによる膜電位依存性チャネルVSOPの動作機構研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2015年4月 - 2018年3月

米澤康滋, 鷹野優, 中川敦史, 岡村康司, 竹下浩平
コイルドコイル内の反応空間制御による人工銅蛋白質の機能制御に向けた理論設計

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2013年4月 - 2015年3月

鷹野優
理論計算によるコイルドコイルを用いた機能性遷移金属蛋白質の演繹的デザイン

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2011年4月 - 2013年3月

鷹野優
蛋白質の分子動力学計算のための高次構造に依存する新規力場関数の開発と検証

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2011年 - 2012年

中村春木, 鷹野優
分子シミュレーションによる生体超分子複合体の構造機能相関の理論的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2008年 - 2009年

鷹野優, 中村春木
生体分子による金属活性中心の電子状態および反応の制御に関する理論的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2006年 - 2008年

鷹野優
電子状態計算と分子構造探索計算の連成による生体高分子の自由エネルギーの理論的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2006年 - 2007年

中村春木, 米澤康滋, 鷹野優, 大島勘二
分子シミュレーション支援による生体超分子複合体の構造機能相関の理論的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2006年 - 2007年

鷹野優, 中村春木, 米澤康滋, 大島勘二, 神谷成敏

鷹野優

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研究分野

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学歴

委員歴

受賞

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