沼本修孝 (Nobutaka Numoto) - マイポータル

基本情報

所属: 岡山大学異分野基礎科学研究所国際構造生物学研究センター准教授（特任）

学位: 博士（理学）(京都大学)

研究者番号: 20378582
J-GLOBAL ID: 200901060077841955
researchmap会員ID: 1000326962

研究分野

ライフサイエンス / 構造生物化学 /

経歴

2024年1月 - 現在

岡山大学, 異分野基礎科学研究所国際構造生物学研究センター, 准教授（特任）
2021年6月 - 2023年12月

東京医科歯科大学, 難治疾患研究所先端分子医学研究部門分子構造情報学, 准教授
2012年10月 - 2021年5月

東京医科歯科大学, 難治疾患研究所先端分子医学研究部門分子構造情報学, 助教
2012年10月 - 2021年5月

東京医科歯科大学, 大学院医歯学総合研究科生命理工学系専攻生命理工学講座分子構造情報学, 助教
2010年2月 - 2012年9月

京都大学, 原子炉実験所, 特定助教
2008年4月 - 2010年1月

金沢大学, 理工研究域自然システム学系, 博士研究員
2007年4月 - 2008年3月

金沢大学, 理学部生物学科, 博士研究員
2004年4月 - 2007年3月

京都大学, 大学院理学研究科化学専攻, 産学官連携研究員

学歴

2001年4月 - 2004年3月

京都大学, 理学研究科, 化学専攻
1999年4月 - 2001年3月

京都大学, 理学研究科, 化学専攻
1995年4月 - 1999年3月

京都大学, 理学部

委員歴

2016年9月 - 現在

SPring-8ユーザー協同体（SPRUC）放射光構造生物学研究会, 世話人
2020年4月 - 2022年4月

日本学術振興会, 産学協力委員会 R022 量子構造生物学委員会個人会員（学界委員）
2020年4月 - 2022年3月

日本結晶学会, 編集幹事
2018年4月 - 2020年3月

日本結晶学会, 編集委員
2018年1月 - 2019年1月

日本生物物理学会, 分野別専門委員
2018年8月 - 2018年11月

日本結晶学会, 2018年度年会実行委員会プログラム委員

受賞

2017年3月

平成28年度難治疾患研究所最優秀論文賞, CD72 negatively regulates B lymphocyte responses to the lupus-related endogenous Toll-like receptor 7 ligand Sm/RNP

赤津ちづる, 沼本修孝
2011年9月

日本磁気科学会研究奨励賞, 磁気力場中でのタンパク質結晶化, 日本磁気科学会
2010年12月

日本結晶学会進歩賞, 巨大ヘモグロビンとV型ATPaseの構造と機能に関する結晶学的研究, 日本結晶学会

論文

Elucidation of binding mechanism, affinity and complex structure between mWT1 tumor‐associated antigen peptide and HLA‐A*24:02

Gert‐Jan Bekker, Nobutaka Numoto, Maki Kawasaki, Takahiro Hayashi, Saaya Yabuno, Yuko Kozono, Takeyuki Shimizu, Haruo Kozono, Nobutoshi Ito, Masayuki Oda …

Protein Science 2023年9月4日
Varying the Directionality of Protein Catalysts for Aldol and Retro‐Aldol Reactions

Toshifumi Fujioka, Nobutaka Numoto, Hiroyuki Akama, Kola Shilpa, Michiko Oka, Prodip K. Roy, Yarkali Krishna, Nobutoshi Ito, David Baker, Masayuki Oda …

ChemBioChem 23(2) 2022年1月19日
Structures of oxygen dissociation intermediates of 400 kDa V2 hemoglobin provide coarse snapshots of the protein allostery

Nobutaka Numoto, Seiko Onoda, Yoshiaki Kawano, Hideo Okumura, Seiki Baba, Yoshihiro Fukumori, Kunio Miki, Nobutoshi Ito

Biophysics and Physicobiology 19 n/a-n/a 2022年
Coarse snapshots of oxygen-dissociation intermediates of a giant hemoglobin elucidated by determining the oxygen saturation in individual subunits in the crystalline state

Nobutaka Numoto, Yoshiaki Kawano, Hideo Okumura, Seiki Baba, Yoshihiro Fukumori, Kunio Miki, Nobutoshi Ito

IUCrJ 8(6) 954-962 2021年11月1日
A Guillain-Barré syndrome-associated SIGLEC10 rare variant impairs its recognition of gangliosides.

Alborzian Deh Sheikh A, Gomaa S, Li X, Routledge M, Saigoh K, Numoto N, Angata T, Hitomi Y, Takematsu H, Tsuiji M …

Journal of autoimmunity 116 102571-102571 2021年1月査読有り
Structural basis of mutants of PET-degrading enzyme from Saccharomonospora viridis AHK190 with high activity and thermal stability

Emori Miho, Numoto Nobutaka, Senga Akane, Bekker Gert-Jan, Kamiya Narutoshi, Kobayashi Yuma, Ito Nobutoshi, Kawai Fusako, Oda Masayuki

PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS 89(5) 502-511 2020年12月査読有り
Molecular interactions of the CTLA-4 cytoplasmic region with the phosphoinositide 3-kinase SH2 domains.

Iiyama M, Numoto N, Ogawa S, Kuroda M, Morii H, Abe R, Ito N, Oda M

Molecular immunology 2020年12月査読有り
Lithocholic Acid Derivatives as Potent Vitamin D Receptor Agonists.

Sasaki H, Masuno H, Kawasaki H, Yoshihara A, Numoto N, Ito N, Ishida H, Yamamoto K, Hirata N, Kanda Y …

Journal of medicinal chemistry 64(1) 516-526 2020年12月査読有り
Multiple structural states of Ca2+ regulated PET hydrolase, Cut190, and its correlation with activity and stability.

Senga A, Numoto N, Yamashita M, Iida A, Ito N, Kawai F, Oda M

Journal of biochemistry 2020年9月査読有り
Three-dimensional structure of a high affinity anti-(4-hydroxy-3-nitrophenyl)acetyl antibody possessing a glycine residue at position 95 of the heavy chain.

Akihiro Nishiguchi, Nobutaka Numoto, Nobutoshi Ito, Takachika Azuma, Masayuki Oda

Mol. Immunol. 114 545-552 2019年10月査読有り
Structural and functional properties of Grb2 SH2 dimer in CD28 binding.

Yuhi Hosoe, Nobutaka Numoto, Satomi Inaba, Shuhei Ogawa, Hisayuki Morii, Ryo Abe, Nobutoshi Ito, Masayuki Oda

Biophys Physicobiol 16 80-88 2019年2月査読有り
Dual conformation of the ligand induces the partial agonistic activity of retinoid X receptor α (RXRα).

Yurina Miyashita, Nobutaka Numoto, Sundaram Arulmozhiraja, Shogo Nakano, Naoya Matsuo, Kanade Shimizu, Osamu Shibahara, Michiko Fujihara, Hiroki Kakuta, Sohei Ito …

FEBS Lett. 593(2) 242-250 2019年1月査読有り
Structural Dynamics of the PET-Degrading Cutinase-like Enzyme from Saccharomonospora viridis AHK190 in Substrate-Bound States Elucidates the Ca2+-Driven Catalytic Cycle

Nobutaka Numoto, Narutoshi Kamiya, Gert-Jan Bekker, Yuri Yamagami, Satomi Inaba, Kentaro Ishii, Susumu Uchiyama, Fusako Kawai, Nobutoshi Ito, Masayuki Oda

Biochemistry 57(36) 5289-5300 2018年9月11日査読有り
25 S-Adamantyl-23-yne-26,27-dinor-1α,25-dihydroxyvitamin D₃: Synthesis, Tissue Selective Biological Activities, and X-ray Crystal Structural Analysis of Its Vitamin D Receptor Complex.

Rocio Otero, Michiyasu Ishizawa, Nobutaka Numoto, Teikichi Ikura, Nobutoshi Ito, Hiroaki Tokiwa, Antonio Mouriño, Makoto Makishima, Sachiko Yamada

J. Med. Chem. 61(15) 6658-6673 2018年8月査読有り
CD22-binding synthetic sialosides regulate B lymphocyte proliferation through CD22 ligand-dependent and independent pathways, and enhance antibody production in mice

Naoko Matsubara, Akihiro Imamura, Tatsuya Yonemizu, Chizuru Akatsu, Hongrui Yang, Akiharu Ueki, Natsuki Watanabe, Hajjaj Abdu-Allah, Nobutaka Numoto, Hiromu Takematsu …

Frontiers in Immunology 9 820-820 2018年4月19日査読有り
Computational design and molecular mechanism in oligomerization of C-terminal binding protein 2

Miyashita Yurina, Matsuo Naoya, Yamamoto Yuta, Nakano Shogo, Ito Sohei, Numoto Nobutaka, Ikura Teikichi, Ito Nobutoshi, Sekiya Motohiro, Shimano Hitoshi …

FASEB JOURNAL 32(1) 2018年4月査読有り
hRXRαリガンドCBt-PMNのパーシャルアゴニスト活性の起源は何か?

清水奏, 宮下由里奈, 松尾直也, 中野祥吾, 伊藤創平, 沼本修孝, 伊倉貞吉, 伊藤暢聡, 加来田博貴, 常盤広明

日本薬学会年会要旨集 138年会(2) 111-111 2018年3月
NADH依存型脂質代謝関連蛋白質の新規分子設計に基づく分子基盤

宮下由里奈, 山本雄大, 中野祥吾, 伊藤創平, 沼本修孝, 伊倉貞吉, 伊藤暢聡, 関谷元博, 島野仁, 常盤広明 …

日本薬学会年会要旨集 138年会(3) 64-64 2018年3月
Crystal structures and thermodynamic analysis reveal distinct mechanisms of CD28 phosphopeptide binding to the Src homology 2 (SH2) domains of three adaptor proteins

Satomi Inaba, Nobutaka Numoto, Shuhei Ogawa, Hisayuki Morii, Teikichi Ikura, Ryo Abe, Nobutoshi Ito, Masayuki Oda

Journal of Biological Chemistry 292(3) 1052-1060 2017年1月20日査読有り
Crystal Structures and Thermodynamic Analysis Reveal Distinct Mechanisms of CD28 Phosphopeptide Binding to the Src Homology 2 (SH2) Domains of Three Adaptor Proteins

Satomi Inaba, Nobutaka Numoto, Shuhei Ogawa, Hisayuki Morii, Teikichi Ikura, Ryo Abe, Nobutoshi Ito, Masayuki Oda

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 292(3) 1052-1060 2017年1月査読有り

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MISC

全自動測定による高難度結晶からの構造解析

沼本修孝

日本結晶学会誌 63(3) 2021年8月査読有り招待有り
Cutinases from thermophilic bacteria (actinomycetes): from identification to functional & structural characterization

Oda M, Numoto N, Bekker GJ, Kamiya N, Kawai F

Methods Enzymol 159-185 2021年査読有り
Crystal Structures of Polyethylene Terephthalate-Degrading Enzyme Cut190 in Substrate-Bound States Reveal the Enzymatic Reaction Cycle Accelerated by Calcium Ion

Numoto N, Kamiya N, Kawai F, Oda M

ACS Symposium Series "Green Polymer Chemistry and Sustainability." 2021年査読有り招待有り
hRXRαリガンドCBt-PMNのパーシャルアゴニスト活性の起源は何か?

清水奏, 宮下由里奈, 松尾直也, 中野祥吾, 伊藤創平, 沼本修孝, 伊倉貞吉, 伊藤暢聡, 加来田博貴, 常盤広明

日本薬学会年会要旨集 138年会(2) 111-111 2018年3月
シグナル伝達分子Grb2 SH2ドメインとCD28由来ペプチド複合体の水素原子の可視化を目指した高分解能結晶構造解析

沼本修孝, 細江雄飛, 稲葉理美, 稲葉理美, 小川修平, 森井尚之, 安部良, 織田昌幸, 伊藤暢聡

メディシナルケミストリーシンポジウム講演要旨集 36th 2018年
PET分解活性を有する酵素クチナーゼの基質結合型構造

沼本修孝, 神谷成敏, 神谷成敏, BEKKER Gert-Jan, 山上由莉, 稲葉理美, 稲葉理美, 河合富佐子, 織田昌幸, 伊藤暢聡

日本結晶学会年会講演要旨集 2018 2018年
核内受容体転写因子複合体におけるRXRαパーシャルアゴニストのPPI制御能に関する構造生物学,熱化学,および理論化学的解析

清水奏, 宮下由里奈, 中野祥吾, 伊藤創平, 沼本修孝, 伊倉貞吉, 伊藤暢聡, 加来田博貴, 常盤広明

創薬懇話会講演要旨集 2018 2018年
アミノ酸配列を基盤としたNAD依存型代謝センサー分子の解析

宮下由里奈, 宮下由里奈, 中野祥吾, 中野祥吾, 伊藤創平, 伊藤創平, 沼本修孝, 伊倉貞吉, 伊藤暢聡, 関谷元博 …

日本薬学会関東支部大会講演要旨集 62nd 2018年
新規代謝センサー分子CtBP2のアミノ酸配列に基づく分子設計と構造・物性評価

宮下由里奈, 宮下由里奈, 山本雄大, 中野祥吾, 伊藤創平, 沼本修孝, 伊倉貞吉, 伊藤暢聡, 関谷元博, 島野仁 …

メディシナルケミストリーシンポジウム講演要旨集 36th 2018年
生活習慣病標的タンパク質複合体に対する結合解析

小山実穂, 宮下由里奈, 宮下由里奈, SLADEK Vladimir, SLADEK Vladimir, 山本雄大, 松尾直也, 中野祥吾, 伊藤創平, 沼本修孝 …

日本薬学会関東支部大会講演要旨集 61st 2017年
Structural and thermodynamic analysis of co-stimulation receptor CD28 phosphopeptide interactions with Grb2, Gads, and PI3-kinese SH2 domains

Satomi Inaba, Nobutaka Numoto, Hisayuki Morii, Teikichi Ikura, Ryo Abe, Nobutoshi Ito, Masayuki Oda

PROTEIN SCIENCE 24 287-287 2015年10月
無脊椎動物巨大ヘモグロビンのdeoxy型構造

沼本修孝, 中川太郎, 福森義宏, 三木邦夫

生物物理 55(5) 266-268 2015年9月査読有り招待有り
巨大ヘモグロビン結晶中での酸素解離に伴う構造変化

沼本修孝, 中川太郎, 喜田昭子, 伊藤暢聡, 福森義宏, 三木邦夫

日本結晶学会平成２６年度年会 2014年11月
Transition from oxy to deoxy state in crystalline giant hemoglobin

N. Numoto, T. Nakagawa, A. Kita, N. Ito, Y. Fukumoti, K. Miki

The 52th Annual Meeting of The Biophysical Society of Japan 2014年9月
Partial oxygen-dissociation of crystalline giant hemoglobin.

N. Numoto, T. Nakagawa, A. Kita, N. Ito, Y. Fukumori, K. Miki

The 23rd Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography 2014年8月
巨大ヘモグロビン結晶内における酸素解離過程

沼本修孝, 中川太郎, 喜田昭子, 伊藤暢聡, 福森義宏, 三木邦夫

第１４回日本蛋白質科学会年会 2014年6月
巨大ヘモグロビン結晶中での酸素結合状態の操作

沼本修孝, 中川太郎, 喜田昭子, 伊藤暢聡, 福森義宏, 三木邦夫

平成２５年度日本結晶学会年会 2013年10月
Observations of the protein crystal growth in high magnetic forces fields.

A. Kita, N. Numoto, K. Shimizu, K. Matsumoto, K. Miki

Structural Life Science International Conference on Structural Genomics 2013 (ICSG2013) 2013年8月
高品質結晶生成を目指した、磁気力場中でのタンパク質結晶化

沼本修孝, 喜田昭子

第４７回京都大学原子炉実験所学術講演会 2013年1月
Development of the system for high throughput high quality protein crystal growth using high magnetic forces.

N. Hirota, H. Wada, M. Kiyohara, M. Tanokura, A. Kita, E. Suzuki, H. Okada, T. Ode, A. Nakamura, J. Ohtsuka …

International Conference of the Asian Union of Magnetics Societies 2012年10月

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書籍等出版物

日本の結晶学（II）

沼本修孝 (担当:分担執筆, 範囲:第5章２．回転する分子V型ATPase)

日本結晶学会 2014年7月 (ISBN: 9784990386122)

講演・口頭発表等

Molecular mechanism of self-antigen recognition by the ligand binding domain of B cell inhibitory co-receptor CD72

Nobutaka Numoto, Kunio Hirata, Chizuru Akatsu, Takeshi Tsubata, Nobutoshi Ito

25th Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography 2021年8月20日
SPring-8の自動測定/遠隔測定使用記

沼本修孝

第59回SPring-8 先端利用技術ワークショップ / 大阪大学蛋白質研究所セミナー 2021年3月23日招待有り
SPring-8の自動測定/遠隔測定使用記

沼本修孝

日本結晶学会令和2年度年会Webinar 2020年11月27日招待有り
B細胞抑制因子CD72のクラスター結晶からの構造決定

沼本修孝, 平田邦生, 鍔田武志, 伊藤暢聡

日本結晶学会令和2年度年会 2020年11月27日
細胞内シグナル伝達タンパク質PI3K SH2の構造機能物性解析

飯山桃樺, 沼本修孝, 伊藤暢聡, 織田昌幸

第56回熱測定討論会 2020年10月26日
PET分解活性を有する酵素クチナーゼの反応機構と高機能化

沼本修孝, 神谷成敏, 河合富佐子, 織田昌幸

第93回日本生化学会大会 2020年9月16日招待有り
PET分解酵素Cut190高機能化変異体の機能・構造解析

恵守未歩, 千賀明香音, 沼本修孝, 伊藤暢聡, 河合富佐子, 織田昌幸

第93回日本生化学会大会 2020年9月15日
T細胞受容体CTLA-4とアダプター分子PI3K SH2との分子間相互作用解析

飯山桃樺, 沼本修孝, 伊藤暢聡, 織田昌幸

第93回日本生化学会大会 2020年9月15日
B細胞抑制性因子の自己免疫疾患感受性アリルCD72cの結晶構造解析

沼本修孝, 鍔田武志, 伊藤暢聡

第20回日本蛋白質科学会年会 2020年7月15日
Structural analysis of NEt-3IB/NEt-4IB-bound Retinoid X Receptor α

Daisuke Imai, Nobutaka Numoto, Sundaram Arulmozhiraja, Shogo Masuda, Hiroki Kakuta, Hiroaki Tokiwa, Nobutoshi Ito

16th Conference of the Asian Crystallographic Association 2019年12月18日
巨大ヘモグロビンのアロステリック構造変化

沼本修孝, 福森義宏, 三木邦夫, 伊藤暢聡

日本結晶学会令和元年度年会 2019年11月20日
巨大ヘモグロビンのアロステリック中間体の時分割構造解析

沼本修孝, 福森義宏, 三木邦夫, 伊藤暢聡

第57回日本生物物理学会年会 2019年9月24日
Crystal structure of human Dishevelled1 PDZ with its inhibitor

安河内章太郎, 沼本修孝, 堀公法, 天野名都子, 天野剛志, 伊藤暢聡, 廣明秀一

第57回日本生物物理学会年会 2019年9月24日
抗ニトロフェニル抗体の親和性成熟型一本鎖Fv抗体の抗原認識機構

西口明宏, 沼本修孝, 伊藤暢聡, 東隆親, 織田昌幸

第92回日本生化学会大会 2019年9月18日
抑制性B細胞共受容体CD72によるSLE関連自己抗原への自己免疫応答の抑制

赤津ちづる, 遠藤萌恵, 沼本修孝, Quan-Zhen Li, 関根英治, 藤田禎三, 伊藤暢聡, 鍔田武志

第34回自己免疫研究会 2019年7月27日
巨大ヘモグロビンのアロステリック中間体における酸素占有率のサブユニットごとの推移

沼本修孝, 福森義, 三木邦夫, 伊藤暢聡

第19回日本蛋白質科学会年会第71回日本細胞生物学会大会合同年次大会 2019年6月24日
抗ニトロフェニル抗体の親和性成熟過程における抗原認識変化の構造基盤

西口明宏, 沼本修孝, 伊藤暢聡, 東隆親, 織田昌幸

日本農芸化学会関西支部第508回講演会 2019年6月1日
クチナーゼの基質結合型結晶構造からわかった酵素反応前後の構造変化

沼本修孝

日本農芸化学会2019年度大会 2019年3月27日招待有り
hDvl1 PDZの結晶構造に見られた新しい相互作用

安河内章太郎, 沼本修孝, 天野名都子, 天野剛志, 伊藤暢聡, 廣明秀一

Wnt研究会 2018-2019 2019年2月2日
新規代謝センサー分子CtBP2のアミノ酸配列に基づく分子設計と構造・物性評価

宮下由里奈, 山本雄大, 中野祥吾, 伊藤創平, 沼本修孝, 伊倉貞吉, 伊藤暢聡, 関屋元博, 島野仁, 常磐広明

第36回メディシナルケミストリーシンポジウム 2018年11月29日

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担当経験のある科目(授業)

共同研究・競争的資金等の研究課題

B細胞抑制性因子CD72による自己抗原の特異的認識機構の解明

文部科学省/日本学術振興会基盤研究(C) 2018年 - 2020年

沼本修孝, 沼本修孝
巨大ヘモグロビン結晶中での酸素結合飽和度の同定と時分割構造解析

文部科学省/日本学術振興会若手研究(B) 2015年 - 2016年

沼本修孝, 沼本修孝
巨大ヘモグロビンにおける協同的酸素結合過程の逐次構造解析

文部科学省/日本学術振興会若手研究(B) 2013年 - 2014年

沼本修孝, 沼本修孝
超分子ヘモグロビンの構造とナノ組織化機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2004年 - 2009年

福森義宏, 沼本修孝, 金森正明
クチナーゼCut190のCa2+結合に伴う動的構造変化とPET分解分子機構の解明

文部科学省/日本学術振興会基盤研究(B)

織田昌幸, 沼本修孝
B細胞共受容体の自己抗原認識機構と自己免疫疾患抑制の構造相関

文部科学省/日本学術振興会基盤研究(C)

沼本修孝, 沼本修孝
クライオ電子顕微鏡法の開発によるチャネルの構造生理学研究

文部科学省/日本学術振興会基盤研究(A)

藤吉好則, 沼本修孝, 亀川亜希子, 藤吉好則, 谷村幸宏

社会貢献活動

高大連携プログラム

実演

2017年7月18日

その他

The Journal of Experimental Medeicine 記者会見実施

2016年10月 - 2016年10月

The Journal of Experimental Medeicine 記者会見実施
(No title)

2016年10月 - 2016年10月

The Journal of Experimental Medeicine 記者会見実施
「自己免疫疾患全身性エリテマトーデス（SLE）の発症制御メカニズムの解明」-副作用の少ない新規治療法開発に道-

2016年10月 - 2016年10月

The Journal of Experimental Medeicine 記者会見実施

沼本修孝

基本情報

研究分野

経歴

学歴

委員歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

共同研究・競争的資金等の研究課題

社会貢献活動

その他

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