沼本修孝 (Nobutaka Numoto) - マイポータル

基本情報

所属: 東京医科歯科大学難治疾患研究所先端分子医学研究部門分子構造情報学助教

学位: 博士（理学）(京都大学)

研究者番号: 20378582
J-GLOBAL ID: 200901060077841955
researchmap会員ID: 1000326962

研究分野

ライフサイエンス / 構造生物化学 /

経歴

2021年6月 - 現在

東京医科歯科大学難治疾患研究所先端分子医学研究部門分子構造情報学准教授
2012年10月 - 現在

東京医科歯科大学大学院医歯学総合研究科生命理工学系専攻生命理工学講座分子構造情報学助教
2012年10月 - 2021年5月

東京医科歯科大学難治疾患研究所先端分子医学研究部門分子構造情報学助教
2010年2月 - 2012年9月

京都大学原子炉実験所特定助教
2008年4月 - 2010年1月

金沢大学理工研究域自然システム学系博士研究員
2007年4月 - 2008年3月

金沢大学理学部生物学科博士研究員
2004年4月 - 2007年3月

京都大学大学院理学研究科化学専攻産学官連携研究員

学歴

2001年4月 - 2004年3月

京都大学理学研究科化学専攻
2001年4月 - 2004年3月

京都大学理学研究科化学専攻
1999年4月 - 2001年3月

京都大学理学研究科化学専攻
1999年4月 - 2001年3月

京都大学理学研究科化学専攻
1995年4月 - 1999年3月

京都大学理学部

委員歴

2016年9月 - 現在

SPring-8ユーザー協同体（SPRUC）放射光構造生物学研究会世話人
2020年4月 - 2022年4月

日本学術振興会産学協力委員会 R022 量子構造生物学委員会個人会員（学界委員）
2020年4月 - 2022年3月

日本結晶学会編集幹事
2018年4月 - 2020年3月

日本結晶学会編集委員
2018年1月 - 2019年1月

日本生物物理学会分野別専門委員
2018年8月 - 2018年11月

日本結晶学会 2018年度年会実行委員会プログラム委員

受賞

2017年3月

平成28年度難治疾患研究所最優秀論文賞 CD72 negatively regulates B lymphocyte responses to the lupus-related endogenous Toll-like receptor 7 ligand Sm/RNP

赤津ちづる, 沼本修孝
2011年9月

日本磁気科学会研究奨励賞磁気力場中でのタンパク質結晶化日本磁気科学会
2010年12月

日本結晶学会進歩賞巨大ヘモグロビンとV型ATPaseの構造と機能に関する結晶学的研究日本結晶学会

論文

A Guillain-Barré syndrome-associated SIGLEC10 rare variant impairs its recognition of gangliosides.

Alborzian Deh Sheikh A, Gomaa S, Li X, Routledge M, Saigoh K, Numoto N, Angata T, Hitomi Y, Takematsu H, Tsuiji M, Ito N, Kusunoki S, Tsubata T

Journal of autoimmunity 116 102571-102571 2021年1月査読有り
Structural basis of mutants of PET-degrading enzyme from Saccharomonospora viridis AHK190 with high activity and thermal stability

Emori Miho, Numoto Nobutaka, Senga Akane, Bekker Gert-Jan, Kamiya Narutoshi, Kobayashi Yuma, Ito Nobutoshi, Kawai Fusako, Oda Masayuki

PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS 89(5) 502-511 2020年12月査読有り
Molecular interactions of the CTLA-4 cytoplasmic region with the phosphoinositide 3-kinase SH2 domains.

Iiyama M, Numoto N, Ogawa S, Kuroda M, Morii H, Abe R, Ito N, Oda M

Molecular immunology 2020年12月査読有り
Lithocholic Acid Derivatives as Potent Vitamin D Receptor Agonists.

Sasaki H, Masuno H, Kawasaki H, Yoshihara A, Numoto N, Ito N, Ishida H, Yamamoto K, Hirata N, Kanda Y, Kawachi E, Kagechika H, Tanatani A

Journal of medicinal chemistry 64(1) 516-526 2020年12月査読有り
Multiple structural states of Ca2+ regulated PET hydrolase, Cut190, and its correlation with activity and stability.

Senga A, Numoto N, Yamashita M, Iida A, Ito N, Kawai F, Oda M

Journal of biochemistry 2020年9月査読有り
Three-dimensional structure of a high affinity anti-(4-hydroxy-3-nitrophenyl)acetyl antibody possessing a glycine residue at position 95 of the heavy chain.

Akihiro Nishiguchi, Nobutaka Numoto, Nobutoshi Ito, Takachika Azuma, Masayuki Oda

Mol. Immunol. 114 545-552 2019年10月査読有り
Structural and functional properties of Grb2 SH2 dimer in CD28 binding.

Yuhi Hosoe, Nobutaka Numoto, Satomi Inaba, Shuhei Ogawa, Hisayuki Morii, Ryo Abe, Nobutoshi Ito, Masayuki Oda

Biophys Physicobiol 16 80-88 2019年2月査読有り
Dual conformation of the ligand induces the partial agonistic activity of retinoid X receptor α (RXRα).

Yurina Miyashita, Nobutaka Numoto, Sundaram Arulmozhiraja, Shogo Nakano, Naoya Matsuo, Kanade Shimizu, Osamu Shibahara, Michiko Fujihara, Hiroki Kakuta, Sohei Ito, Teikichi Ikura, Nobutoshi Ito, Hiroaki Tokiwa

FEBS Lett. 593(2) 242-250 2019年1月査読有り
Structural Dynamics of the PET-Degrading Cutinase-like Enzyme from Saccharomonospora viridis AHK190 in Substrate-Bound States Elucidates the Ca2+-Driven Catalytic Cycle

Nobutaka Numoto, Narutoshi Kamiya, Gert-Jan Bekker, Yuri Yamagami, Satomi Inaba, Kentaro Ishii, Susumu Uchiyama, Fusako Kawai, Nobutoshi Ito, Masayuki Oda

Biochemistry 57(36) 5289-5300 2018年9月11日査読有り
25 S-Adamantyl-23-yne-26,27-dinor-1α,25-dihydroxyvitamin D₃: Synthesis, Tissue Selective Biological Activities, and X-ray Crystal Structural Analysis of Its Vitamin D Receptor Complex.

Rocio Otero, Michiyasu Ishizawa, Nobutaka Numoto, Teikichi Ikura, Nobutoshi Ito, Hiroaki Tokiwa, Antonio Mouriño, Makoto Makishima, Sachiko Yamada

J. Med. Chem. 61(15) 6658-6673 2018年8月査読有り
CD22-binding synthetic sialosides regulate B lymphocyte proliferation through CD22 ligand-dependent and independent pathways, and enhance antibody production in mice

Naoko Matsubara, Akihiro Imamura, Tatsuya Yonemizu, Chizuru Akatsu, Hongrui Yang, Akiharu Ueki, Natsuki Watanabe, Hajjaj Abdu-Allah, Nobutaka Numoto, Hiromu Takematsu, Shinobu Kitazume, Thomas F. Tedder, Jamey D. Marth, Nobutoshi Ito, Hiromune Ando, Hideharu Ishida, Makoto Kiso, Takeshi Tsubata

Frontiers in Immunology 9 820-820 2018年4月19日査読有り
Crystal structures and thermodynamic analysis reveal distinct mechanisms of CD28 phosphopeptide binding to the Src homology 2 (SH2) domains of three adaptor proteins

Satomi Inaba, Nobutaka Numoto, Shuhei Ogawa, Hisayuki Morii, Teikichi Ikura, Ryo Abe, Nobutoshi Ito, Masayuki Oda

Journal of Biological Chemistry 292(3) 1052-1060 2017年1月20日査読有り
Modeling and experimental assessment of a buried Leu-Ile mutation in dengue envelope domain III

Manjiri R. Kulkarni, Nobutaka Numoto, Nobutoshi Ito, Yutaka Kuroda

Biochemical and Biophysical Research Communications 471(1) 163-168 2016年2月26日査読有り
In-situ and real-time growth observation of high-quality protein crystals under quasi-microgravity on earth

Akira Nakamura, Jun Ohtsuka, Tatsuki Kashiwagi, Nobutaka Numoto, Noriyuki Hirota, Takahiro Ode, Hidehiko Okada, Koji Nagata, Motosuke Kiyohara, Ei-ichiro Suzuki, Akiko Kita, Hitoshi Wada, Masaru Tanokura

SCIENTIFIC REPORTS 6 22127-22127 2016年2月査読有り
CD72 negatively regulates b lymphocyte responses to the lupus-related endogenous toll-like receptor 7 ligand Sm/RNP

Chizuru Akatsu, Kenro Shinagawa, Nobutaka Numoto, Zhihong Liu, Ayse Konuskan Ucar, Mohammad Aslam, Shirly Phoon, Takahiro Adachi, Koji Furukawa, Nobutoshi Ito, Takeshi Tsubata

Journal of Experimental Medicine 213(12) 2691-2706 2016年査読有り
Structural and biophysical analysis of sero-specific immune responses using epitope grafted Dengue ED3 mutants.

Manjiri R Kulkarni, Monirul M Islam, Nobutaka Numoto, Montasir Elahi, Mamunur R Mahib, Nobutoshi Ito, Yutaka Kuroda

Biochim. Biophys. Acta 1854(10 Pt A) 1438-1443 2015年10月査読有り
The structure of a deoxygenated 400 kDa haemoglobin reveals ternary-and quaternary-structural changes of giant haemoglobins

Nobutaka Numoto, Taro Nakagawa, Ryota Ohara, Tomoyo Hasegawa, Akiko Kita, Takao Yoshida, Tadashi Maruyama, Kiyohiro Imai, Yoshihiro Fukumori, Kunio Miki

Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography 70(7) 1823-1831 2014年査読有り
Origin of asymmetry at the intersubunit interfaces of V1-ATPase from thermus thermophilus

Yumemi Nagamatsu, Kazuki Takeda, Takeshi Kuranaga, Nobutaka Numoto, Kunio Miki

Journal of Molecular Biology 425(15) 2699-2708 2013年8月9日査読有り
Observation of the orientation of membrane protein crystals grown in high magnetic force fields

Nobutaka Numoto, Ken-ichi Shimizu, Kazuya Matsumoto, Kunio Miki, Akiko Kita

JOURNAL OF CRYSTAL GROWTH 367 53-56 2013年3月査読有り
A P39R mutation at the N-terminal domain of human αB-crystallin regulates its oligomeric state and chaperone-like activity.

Nobutaka Numoto, Akiko Kita, Noriko Fujii, Kunio Miki

Biochem. Biophys. Res. Commun. 425(3) 601-606 2012年8月査読有り

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MISC

全自動測定による高難度結晶からの構造解析

沼本修孝

日本結晶学会誌 63(3) 2021年8月査読有り招待有り
Cutinases from thermophilic bacteria (actinomycetes): from identification to functional & structural characterization

Oda M, Numoto N, Bekker GJ, Kamiya N, Kawai F

Methods Enzymol 2021年査読有り
Crystal Structures of Polyethylene Terephthalate-Degrading Enzyme Cut190 in Substrate-Bound States Reveal the Enzymatic Reaction Cycle Accelerated by Calcium Ion

Numoto N, Kamiya N, Kawai F, Oda M

ACS Symposium Series "Green Polymer Chemistry and Sustainability." 2021年査読有り招待有り
無脊椎動物巨大ヘモグロビンのdeoxy型構造

沼本修孝, 中川太郎, 福森義宏, 三木邦夫

生物物理 55(5) 266-268 2015年9月査読有り招待有り

書籍等出版物

日本の結晶学（II）

沼本修孝 (担当:分担執筆, 範囲:第5章２．回転する分子V型ATPase)

日本結晶学会 2014年7月 (ISBN: 9784990386122)

講演・口頭発表等

Molecular mechanism of self-antigen recognition by the ligand binding domain of B cell inhibitory co-receptor CD72

Nobutaka Numoto, Kunio Hirata, Chizuru Akatsu, Takeshi Tsubata, Nobutoshi Ito

25th Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography 2021年8月20日
SPring-8の自動測定/遠隔測定使用記

沼本修孝

第59回SPring-8 先端利用技術ワークショップ / 大阪大学蛋白質研究所セミナー 2021年3月23日招待有り
SPring-8の自動測定/遠隔測定使用記

沼本修孝

日本結晶学会令和2年度年会Webinar 2020年11月27日招待有り
B細胞抑制因子CD72のクラスター結晶からの構造決定

沼本修孝, 平田邦生, 鍔田武志, 伊藤暢聡

日本結晶学会令和2年度年会 2020年11月27日
細胞内シグナル伝達タンパク質PI3K SH2の構造機能物性解析

飯山桃樺, 沼本修孝, 伊藤暢聡, 織田昌幸

第56回熱測定討論会 2020年10月26日
PET分解活性を有する酵素クチナーゼの反応機構と高機能化

沼本修孝, 神谷成敏, 河合富佐子, 織田昌幸

第93回日本生化学会大会 2020年9月16日招待有り
PET分解酵素Cut190高機能化変異体の機能・構造解析

恵守未歩, 千賀明香音, 沼本修孝, 伊藤暢聡, 河合富佐子, 織田昌幸

第93回日本生化学会大会 2020年9月15日
T細胞受容体CTLA-4とアダプター分子PI3K SH2との分子間相互作用解析

飯山桃樺, 沼本修孝, 伊藤暢聡, 織田昌幸

第93回日本生化学会大会 2020年9月15日
B細胞抑制性因子の自己免疫疾患感受性アリルCD72cの結晶構造解析

沼本修孝, 鍔田武志, 伊藤暢聡

第20回日本蛋白質科学会年会 2020年7月15日
Structural analysis of NEt-3IB/NEt-4IB-bound Retinoid X Receptor α

Daisuke Imai, Nobutaka Numoto, Sundaram Arulmozhiraja, Shogo Masuda, Hiroki Kakuta, Hiroaki Tokiwa, Nobutoshi Ito

16th Conference of the Asian Crystallographic Association 2019年12月18日
巨大ヘモグロビンのアロステリック構造変化

沼本修孝, 福森義宏, 三木邦夫, 伊藤暢聡

日本結晶学会令和元年度年会 2019年11月20日
巨大ヘモグロビンのアロステリック中間体の時分割構造解析

沼本修孝, 福森義宏, 三木邦夫, 伊藤暢聡

第57回日本生物物理学会年会 2019年9月24日
Crystal structure of human Dishevelled1 PDZ with its inhibitor

安河内章太郎, 沼本修孝, 堀公法, 天野名都子, 天野剛志, 伊藤暢聡, 廣明秀一

第57回日本生物物理学会年会 2019年9月24日
抗ニトロフェニル抗体の親和性成熟型一本鎖Fv抗体の抗原認識機構

西口明宏, 沼本修孝, 伊藤暢聡, 東隆親, 織田昌幸

第92回日本生化学会大会 2019年9月18日
抑制性B細胞共受容体CD72によるSLE関連自己抗原への自己免疫応答の抑制

赤津ちづる, 遠藤萌恵, 沼本修孝, Quan-Zhen Li, 関根英治, 藤田禎三, 伊藤暢聡, 鍔田武志

第34回自己免疫研究会 2019年7月27日
巨大ヘモグロビンのアロステリック中間体における酸素占有率のサブユニットごとの推移

沼本修孝, 福森義, 三木邦夫, 伊藤暢聡

第19回日本蛋白質科学会年会第71回日本細胞生物学会大会合同年次大会 2019年6月24日
抗ニトロフェニル抗体の親和性成熟過程における抗原認識変化の構造基盤

西口明宏, 沼本修孝, 伊藤暢聡, 東隆親, 織田昌幸

日本農芸化学会関西支部第508回講演会 2019年6月1日
クチナーゼの基質結合型結晶構造からわかった酵素反応前後の構造変化

沼本修孝

日本農芸化学会2019年度大会 2019年3月27日招待有り
hDvl1 PDZの結晶構造に見られた新しい相互作用

安河内章太郎, 沼本修孝, 天野名都子, 天野剛志, 伊藤暢聡, 廣明秀一

Wnt研究会 2018-2019 2019年2月2日
新規代謝センサー分子CtBP2のアミノ酸配列に基づく分子設計と構造・物性評価

宮下由里奈, 山本雄大, 中野祥吾, 伊藤創平, 沼本修孝, 伊倉貞吉, 伊藤暢聡, 関屋元博, 島野仁, 常磐広明

第36回メディシナルケミストリーシンポジウム 2018年11月29日

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担当経験のある科目(授業)

共同研究・競争的資金等の研究課題

B細胞抑制性因子CD72による自己抗原の特異的認識機構の解明

文部科学省/日本学術振興会 2018年 - 2020年

沼本修孝, 沼本修孝
巨大ヘモグロビン結晶中での酸素結合飽和度の同定と時分割構造解析

文部科学省/日本学術振興会 2015年 - 2016年

沼本修孝, 沼本修孝
巨大ヘモグロビンにおける協同的酸素結合過程の逐次構造解析

文部科学省/日本学術振興会 2013年 - 2014年

沼本修孝, 沼本修孝
クチナーゼCut190のCa2+結合に伴う動的構造変化とPET分解分子機構の解明

文部科学省/日本学術振興会

織田昌幸, 沼本修孝
B細胞共受容体の自己抗原認識機構と自己免疫疾患抑制の構造相関

文部科学省/日本学術振興会

沼本修孝, 沼本修孝
クライオ電子顕微鏡法の開発によるチャネルの構造生理学研究

文部科学省/日本学術振興会

藤吉好則, 沼本修孝, 亀川亜希子, 藤吉好則, 谷村幸宏

社会貢献活動

高大連携プログラム

実演

2017年7月18日

その他

The Journal of Experimental Medeicine 記者会見実施

2016年10月 - 2016年10月

The Journal of Experimental Medeicine 記者会見実施
(No title)

2016年10月 - 2016年10月

The Journal of Experimental Medeicine 記者会見実施
「自己免疫疾患全身性エリテマトーデス（SLE）の発症制御メカニズムの解明」-副作用の少ない新規治療法開発に道-

2016年10月 - 2016年10月

The Journal of Experimental Medeicine 記者会見実施