野生ドジョウ9集団と人工ドジョウ2サンプルの遺伝的多様性と撹乱について3つのMSマーカーにより評価した。遺伝的多様性は集団によって異なり、平均ヘテロ接合体率（期待値）は0.435から0.834であった。釣具店，食料品販売店および重信川水系鉾田池の集団において顕著なホモ接合体過剰を示した。また，食料品販売店のサンプル（中国産）と釣具店，および鉾田池のサンプルは県内の他の自然集団と大きく遺伝的に分化した1つのクラスターを形成し，クラスター内の遺伝的距離は互いに近似した。以上のことより，食材や釣り餌として愛媛県内に持ち込まれた国外産ドジョウの定着が示唆された。