明石知子 (Satoko Akashi) - マイポータル

基本情報

所属: 横浜市立大学理学部理学科生命医科学研究科生命医科学専攻

学位: 薬学博士(千葉大学)

研究者番号: 10280728
J-GLOBAL ID: 200901031490542044
researchmap会員ID: 1000362693

外部リンク: http://www.tsurumi.yokohama-cu.ac.jp/stbiol/index.html

企業、公的研究機関を経て、現在は横浜市大で質量分析による構造生物学研究を行っています。H18日本薬学会学術振興賞、H7日本質量分析学会奨励賞等の受賞歴があります。

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

委員歴

2024年6月 - 現在

日本蛋白質科学会, 副会長
2023年4月 - 現在

日本質量分析学会, 理事
2021年4月 - 現在

Mass Spectrometry, Editor
2021年6月 - 2024年6月

日本蛋白質科学会, 役員
2019年4月 - 2021年3月

Mass Spectrometry, Editor
2017年4月 - 2021年3月

日本質量分析学会, 理事
2011年4月 - 2015年3月

日本質量分析学会, 委員
2005年4月 - 2009年3月

日本質量分析学会, 委員
2001年1月 - 2006年12月

アメリカ質量分析学会, 編集委員
2001年

American Society for Mass Spectrometry, editor
1995年4月 - 1999年3月

日本質量分析学会, 委員

受賞

論文

106

Cryo-EM structure of the bacterial intramembrane metalloprotease RseP in the substrate-bound state.

Kikuko Asahi, Mika Hirose, Rie Aruga, Yosuke Shimizu, Michiko Tajiri, Tsubasa Tanaka, Yuriko Adachi, Yukari Tanaka, Mika K Kaneko, Yukinari Kato …

Science advances 11(9) eadu0925 2025年2月28日
Pulsed Nano-Electrospray Ionization Applied to Solutions of Angiotensin II, Bradykinin, and Gramicidin S in Water/Acetonitrile (1/1) with the Addition of 1% Acetic Acid and 10 mM Ammonium Acetate

Kenzo Hiraoka, Dilshadbek T. Usmanov, Satoshi Ninomiya, Stephanie Rankin-Turner, Satoko Akashi

Mass Spectrometry 13(1) A0157-A0157 2024年11月12日
Analysis of the homodimeric structure of a <scp>D‐Ala‐D‐Ala</scp> metallopeptidase, <scp>VanX</scp>, from vancomycin‐resistant bacteria

Tsuyoshi Konuma, Tomoyo Takai, Chieko Tsuchiya, Masayuki Nishida, Miyu Hashiba, Yudai Yamada, Haruka Shirai, Yoko Motoda, Aritaka Nagadoi, Eriko Chikaishi …

Protein Science 33(6) 2024年5月9日
Solvent effect on the detection of peptides and proteins by nanoelectrospray ionization mass spectrometry: Anomalous behavior of aqueous 2-propanol

Satoshi Ninomiya, Stephanie Rankin-Turner, Satoko Akashi, Kenzo Hiraoka

Analytical Biochemistry 688 115461-115461 2024年5月
Biophysical insights into the dimer formation of human Sirtuin 2.

Noa Suzuki, Tsuyoshi Konuma, Takahisa Ikegami, Satoko Akashi

Protein science : a publication of the Protein Society 33(5) e4994 2024年5月
Sodiation of melittin, cytochrome c, and ubiquitin studied by electrospray mass spectrometry: Stabilities of α-helix and β-sheet in basic solutions

Kenzo Hiraoka, Satoshi Ninomiya, Stephanie Rankin-Turner, Satoko Akashi

International Journal of Mass Spectrometry 498 117212-117212 2024年4月
Site-specific deprotonation/sodiation of gramicidin S studied by electrospray ionization/mass spectrometry

Kenzo Hiraoka, Satoko Akashi, Stephanie Rankin-Turner, Satoshi Ninomiya

International Journal of Mass Spectrometry 493 117135-117135 2023年11月
NMR analysis of the homodimeric structure of a D-Ala-D-Ala metallopeptidase, VanX, from vancomycin-resistant bacteria

Tsuyoshi Konuma, Tomoyo Takai, Chieko Tsuchiya, Masayuki Nishida, Miyu Hashiba, Yudai Yamada, Haruka Shirai, Aritaka Nagadoi, Eriko Chikaishi, Ken-ichi Akagi …

2023年10月13日
Site-specific sodiation of peptides studied by pulsed nanoelectrospray ionization

Kenzo Hiraoka, Dilshadbek T. Usmanov, Satoshi Ninomiya, Stephanie Rankin-Turner, Satoko Akashi

International Journal of Mass Spectrometry 490 117073-117073 2023年8月
Structural basis of CXC chemokine receptor 1 ligand binding and activation.

Naito Ishimoto, Jae-Hyun Park, Kouki Kawakami, Michiko Tajiri, Kenji Mizutani, Satoko Akashi, Jeremy R H Tame, Asuka Inoue, Sam-Yong Park

Nature communications 14(1) 4107-4107 2023年7月11日
Evaluation of Drug Responses to Human β₂AR Using Native Mass Spectrometry

Michiko Tajiri, Shunsuke Imai, Tsuyoshi Konuma, Keiko Shimamoto, Ichio Shimada, Satoko Akashi

ACS Omega 2023年6月28日査読有り最終著者責任著者
Histone H3 lysine 27 crotonylation mediates gene transcriptional repression in chromatin.

Nan Liu, Tsuyoshi Konuma, Rajal Sharma, Deyu Wang, Nan Zhao, Lingling Cao, Ying Ju, Di Liu, Shuai Wang, Almudena Bosch …

Molecular cell 83(13) 2206-2221 2023年6月6日
Evaluation for Ion Heating of H2A-H2B Dimer in Ion Mobility Spectrometry-Mass Spectrometry.

Kazumi Saikusa, Daiki Asakawa, Sotaro Fuchigami, Satoko Akashi

Mass spectrometry (Tokyo, Japan) 12(1) A0131 2023年
Native Mass Spectrometry of BRD4 Bromodomains Linked to a Long Disordered Region

Nanako Azegami, Rina Taguchi, Noa Suzuki, Yusuke Sakata, Tsuyoshi Konuma, Satoko Akashi

Mass Spectrometry 11(1) A0110-A0110 2022年12月28日最終著者責任著者
Cryo-electron microscopy structure of the H3-H4 octasome without histones H2A and H2B

Kayo Nozawa, Yoshimasa Takizawa, Leonidas Pierrakeas, Kazumi Saikusa, Satoko Akashi, Ed Luk, Hitoshi Kurumizaka

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 119(45) e2206542119 2022年11月8日
Hybrid in vitro/in silico analysis of low-affinity protein-protein interactions that regulate signal transduction by Sema6D

Tsubasa Tanaka, Toru Ekimoto, Meri Nagatomo, Makiko Neyazaki, Erena Shimoji, Tsutomu Yamane, Sakura Kanagawa, Rika Oi, Emiko Mihara, Junichi Takagi …

Protein Sci. 2022年9月
Mechanistic insights into intramembrane proteolysis by E. coli site-2 protease homolog RseP

Yuki Imaizumi, Kazunori Takanuki, Takuya Miyake, Mizuki Takemoto, Kunio Hirata, Mika Hirose, Rika Oi, Tatsuya Kobayashi, Kenichi Miyoshi, Rie Aruga …

Science Advances 8(34) 2022年8月26日査読有り
Metal distribution in Cu/Zn-superoxide dismutase revealed by native mass spectrometry.

Michiko Tajiri, Hiroto Aoki, Atsuko Shintani, Kaori Sue, Satoko Akashi, Yoshiaki Furukawa

Free radical biology & medicine 183 60-68 2022年4月
Comparative study of H3O+ (aq) and NH4+ (aq) on electrophoresis, protonating ability, and sodiation of proteins

Kenzo Hiraoka, Satoshi Ninomiya, Stephanie Rankin-Turner, Satoko Akashi

International Journal of Mass Spectrometry 471 116728-116728 2022年1月
Single-Cell Native Mass Spectrometry of Human Erythrocytes.

Waka Sakamoto, Nanako Azegami, Tsuyoshi Konuma, Satoko Akashi

Analytical chemistry 93(17) 6583-6588 2021年5月4日

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MISC

超好熱菌Aquifex aeolicus由来膜内切断プロテアーゼRsePの基質結合状態のクライオ電子顕微鏡構造

旭紀久子, 廣瀬未果, 有賀理江, 清水洋祐, 田尻道子, 田中翼, 安達友里子, 田中ゆかり, 金子美華, 加藤幸成 …

日本結晶学会年会講演要旨集 2024 2024年
粗視化分子動力学シミュレーションによる気相中タンパク質の構造解析

七種和美, 七種和美, 明石知子, 渕上壮太郎

分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web) 18th 2024年
ネイティブ質量分析におけるnanoESIによって生成されるイオンの温度計イオンによる評価

田尻道子, 七種和美, 池上貴久, 浅川大樹, 明石知子

質量分析総合討論会講演要旨集 72nd 2024年
静電および疎水性相互作用を考慮した気相粗視化分子シミュレーション法の開発

七種和美, 七種和美, 明石知子, 渕上壮太郎

質量分析総合討論会講演要旨集 71st 2023年
クライオ電子顕微鏡解析から明らかになった新しいサブヌクレオソーム・H3-H4オクタソームの構造機能解析

野澤佳世, 野澤佳世, 滝沢由政, 七種和美, 明石知子, 胡桃坂仁志

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 45th 2022年
新しいクロマチン基盤構造H3-H4オクタソームのクライオ電子顕微鏡解析

野澤佳世, 滝沢由政, 七種和美, 七種和美, 明石知子, 胡桃坂仁志

日本蛋白質科学会年会(Web) 22nd 2022年
粗視化分子シミュレーションによる気相中のH2A-H2B二量体の構造解析

七種和美, 七種和美, 明石知子, 渕上壮太郎

質量分析総合討論会講演要旨集 69th 2021年
イオンモビリティ質量分析と分子シミュレーションのデータ同化によるH2A-H2B二量体の構造解析

七種和美, 七種和美, 明石知子, 渕上壮太郎

質量分析総合討論会講演要旨集 68th 2020年
生理的環境に近い状態で調製されたタンパク質およびDNAのネイティブ質量分析

高野航太朗, 七種和美, 七種和美, 小沼剛, 明石知子

質量分析総合討論会講演要旨集 67th 2019年
質量分析を用いたアセチル化に伴うヌクレオソームの構造変化の解析

七種和美, 七種和美, 日高はる菜, 新屋大貴, 畔上菜々子, 加藤大貴, 胡桃坂仁志, 胡桃坂仁志, 泉俊輔, 明石知子

質量分析総合討論会講演要旨集 67th 2019年
FACTによって引き起こされるヘキサゾーム構造の電子顕微鏡解析

津中康央, 真柳浩太, 七種和美, 七種和美, 七種和美, 宮崎直幸, 宮崎直幸, 明石知子, 岩崎憲治, 岩崎憲治 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 42nd 2019年
電子顕微鏡構造からFACTを介したクロマチンリモデリングの分子機構にせまる

津中康央, 真柳浩太, 七種和美, 七種和美, 宮崎直幸, 明石知子, 岩崎憲治, 岩崎憲治, 西村善文, 森川耿右

日本細胞生物学会大会(Web) 71st ROMBUNNO.2P‐019(2SDa‐04) (WEB ONLY) 2019年
イオンモビリティ質量分析で得られたヌクレオソームの構造多様性

七種和美, 七種和美, 渕上壮太郎, 明石知子

質量分析総合討論会講演要旨集 66th 2018年
ヌクレオソーム構造変換におけるFACT酸性天然変性領域の新たな分子機能

津中康央, 真柳浩太, 七種和美, 七種和美, 宮崎直幸, 明石知子, 岩崎憲治, 西村善文, 森川耿右

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 41st ROMBUNNO.1P‐0161 (WEB ONLY) 2018年
アセチル化に伴うヌクレオソームの構造変化の解析

七種和美, 七種和美, 新屋大貴, 加藤大貴, 畔上奈々子, 長土居有隆, 泉俊輔, 西村善文, 胡桃坂仁志, 明石知子

日本化学会春季年会講演予稿集(CD-ROM) 97th 2017年
不揮発性緩衝液で調製したタンパク質複合体のNative質量分析

七種和美, 七種和美, 加藤大貴, 長土居有隆, 胡桃坂仁志, 明石知子

質量分析総合討論会講演要旨集 65th 2017年
ジストログリカノパチー原因遺伝子産物Protein O-Mannosyl Kinaseの構造解析

長江雅倫, 長江雅倫, MISHRA Sushil K., 根谷崎牧子, 大井里香, 池田明美, 松垣直宏, 明石知子, 萬谷博, 弘瀬友理子 …

日本糖質学会年会要旨集 36th 2017年
特殊なヌクレオソームの立体構造解析

加藤大貴, 越阪部晃永, 足立風水也, 水上優夏, 有村泰宏, 七種和美, 七種和美, 明石知子, 西村善文, 朴三用 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 39th 2016年
Overlapping dinucleosomeの構造生物学的および物理化学的解析

足立風水也, 越阪部晃永, 堀越直樹, 堀越直樹, 有村泰宏, 七種和美, 七種和美, 明石知子, 西村善文, 杉山正明 …

日本生化学会大会(Web) 88th 2015年
タンパク質複合体中の天然変性領域の振る舞い

七種和美, 七種和美, 足立風水也, 越阪部晃永, 前澤拓也, 西村善文, 胡桃坂仁志, 明石知子

質量分析総合討論会講演要旨集 63rd 2015年

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書籍等出版物

現代質量分析学

明石知子 (担当:共著, 範囲:第26章生体超分子)

化学同人 2013年
“試料分析講座タンパク質分析”、日本分析化学会編

明石知子 (担当:共著, 範囲:5.3 タンパク質複合体のネイティブ質量分析)

丸善出版 2012年
翻訳後修飾のプロテオミクス－質量分析装置を中心とした分析法の原理－

明石知子 (担当:共著, 範囲:4章 4.13.2 質量分析法による脱イミノ化の検出)

講談社 2011年
生命科学のための機器分析実験ハンドブック

羊土社 2007年
Ⅱ-8 タンパク質の相互作用の解析(2) －タンパク質相互作用部位の解析書名：生命科学の最新マヌスペクトロメトリーゲノム創菜をめざして

講談社サイエンティフィク 2002年
2.2 FTICR MSとH/D交換を用いたタンパク質の構造解析書名：現代化学増刊42 プロテオミクス－方法とその病態解析への応用

東京化学同人 2002年
"Biological Mass Spectrometry : Present Future" , [Proc. Kyoto '92 Int. Conf.](共著)

John Wiley & Sons Ltd. 1994年
"Biological Mass Spectrometry : Present Future" , [Proc. Kyoto '92 Int. Conf.](共著)

John Wiley & Sons Ltd. 1994年

主要な講演・口頭発表等

117

Native mass spectrometry of protein-ligand complexes under crude conditions

明石知子

The 10th Asian Oceanic Mass Spectrometry Conference 2020年1月5日招待有り

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所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

ネイティブ質量分析による膜タンパク質の薬剤スクリーニングプラットフォームの構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2024年4月 - 2027年3月

明石知子
ネイティブ質量分析による未精製膜タンパク質の特性解析法の構築

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 挑戦的研究(萌芽) 2021年7月 - 2024年3月

明石知子
生命金属動態解析を目指したタンパク質のネイティブ質量分析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2019年6月 - 2024年3月

明石知子
夾雑環境下でのタンパク質相互作用の観測を可能とするネイティブ質量分析法の構築

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2018年4月 - 2020年3月

明石知子
細胞からサンプリングするタンパク質複合体のネイティブ質量分析法の開発

中谷医工計測技術振興財団開発研究助成金 2019年4月 - 2020年3月

明石知子
修飾ヌクレオソームの質量分析による構造生物学

日本学術振興会科学研究費補助金基盤(C) 2017年4月 - 2020年3月

明石知子
夾雑環境下でのネイティブ質量分析によるタンパク質相互作用の観測と追跡

文部科学省科学研究費補助金新学術領域公募研究 2018年4月 - 2019年6月

明石知子
結晶構造解析できないタンパク質の気相および溶液における構造の比較

日本学術振興会科学研究費補助金基盤(C) 2014年4月 - 2017年3月

明石知子
X線結晶構造解析が不可能な修飾ヌクレオソームコアの構造解析

住友財団 2013年度住友財団基礎科学研究助成金 2013年11月 - 2015年3月

明石知子
天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2009年7月 - 2014年3月

佐藤衛, 柴田武彦, 太田元規, 明石知子, 石野良純, 肥後順一, 西村善文, 藤井義明, 石川冬木, 中村春木, 森川耿右
天然変性タンパク質の動的構造解析 -質量分析による解析-

文部科学省科学研究費補助金新学術領域研究計画研究 2009年8月 - 2014年3月

明石知子
イオンモビリティ質量分析による生体超分子のコンフォメーション解析

日本学術振興会科学研究費補助金基盤(C) 2010年4月 - 2012年3月

明石知子
天然変性タンパク質の動的構造と機能制御機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(S) 2008年 - 2012年

西村善文, 明石知子, 長土居有隆
ソフトな相互作用からなる、塩濃度に敏感な複合体の溶液構造の解析」（2007-2008年度

文部科学省科学研究費補助金新学術領域研究公募研究 2007年4月 - 2009年3月

明石知子
核内転写関連因子の天然変性状態と動的構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2008年 - 2008年

西村善文, 明石知子, 長土居有隆
ソフトな相互作用からなる複合体の MS と NMR による統合的な構造解析法の開発

文部科学省科学研究費補助金新学術領域研究公募研究 2005年4月 - 2007年3月

明石知子
2重らせんDNAに結合するタンパク質の体系的構造解析のための基盤研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2005年 - 2007年

西村善文, 明石知子
クロスリンク法と質量分析、NMR をインテグレイトした複合体の構造解析法の開発

文部科学省科学研究費補助金新学術領域研究公募研究 2004年4月 - 2005年3月

明石知子
染色体末端テロメアの構造生物学

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2005年 - 2005年

西村善文, 明石知子
バイオ質量分析におけるイオン化法の開発「各種イオン化法を駆使した生体反応の解析」

科学技術振興調整費 2003年 - 2005年

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その他

第65回質量分析総合討論会実行委員長

2017年5月 - 2017年5月

参加者数約600名の学術会議の実行委員長

明石知子

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

委員歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

主要な講演・口頭発表等

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

その他

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