ネギ「北葱」由来自殖系統の9つの組織、ステージからmRNAを抽出し、等量のRNA混合物を作成後、完全長均一化cDNAを合成し、GS-FLXによる配列取得を行った。アセンブルにより4.2万のコンティグ（リファレンス配列）を得た。また、ネギ３系統の様々な組織、ステージ（計8サンプル）からmRNAを抽出して、HiSeq2000による配列取得を行い、アセンブルにより12.1万のコンティグを得た。これらのアセンブル配列をリファレンス配列と統合して、54,862のunigene set（TSA）を得た。
ネギTSA配列とタマネギEST配列（約1.4万）とを比較し、10,668個が相互にトップヒットの関係を示し、これらの配列はオルソロガスな関係と推察された。
5.4万のネギTSAから、SSR検索した結果、2,074のunigeneの2,396箇所でSSRモチーフが検出され、395組のEST-SSR特異的プライマーセットを設計した。
HiSeq2000により得られた各系統のアセンブル配列から、9,002のSNPと4,335のInDelを検出した。この中で主に2bp以上のInDelをターゲットとしたプライマーセット、ならびにSNPをターゲットとしたCAPSプライマーセットを、それぞれ244、117組を設計した。
さらに、 GS-FLXから得た2.6万のコンティグ（>500bp）を用いてイネゲノム配列との比較を行った結果、1.7万のコンティグがイネと高い相同性を示すとともに、このうち2,668コンティグの5,505箇所において、イネゲノム上のexon-intron境界と相同性を示し、これらの推定イントロン領域をターゲットとするイントロンマーカーを設計した。
これらのネギTSA由来マーカーを用いて、364マーカー、17連鎖群からなる全長1,150cMの連鎖地図を構築した。