安藤格士 (Tadashi Ando) - マイポータル

基本情報

所属: 東京理科大学先進工学部　電子システム工学科

学位: 博士（工学）(東京理科大学)

連絡先: tandors.noda.tus.ac.jp
J-GLOBAL ID: 200901049748517240
researchmap会員ID: 5000010926

研究キーワード

分子シミュレーション

研究分野

ライフサイエンス / 生物物理学 /

学歴

- 2001年

東京理科大学, 基礎工学研究科

受賞

2024年12月

『Computation』2024年12月号に掲載、表紙に選出

論文

Lessons from Buddha in the Present Era

Tadashi Ando Andrei Khrennikov Ichiro Yamato

Academic Journal of Interdisciplinary Studies 14(4) 1-6 2025年7月査読有り
Adaptive Dynamics in Physics and Biology is the Unified Principle of our Universe and Existence

Tadashi Ando Andrei Khrennikov Ichiro Yamato

Academic Journal of Interdisciplinary Studies 14(3) 1-6 2025年5月査読有り
Quantum Mechanics/Molecular Mechanics Simulations for Chiral-Selective Aminoacylation: Unraveling the Nature of Life

Tadashi Ando and Koji Tamura

Computation 12(12) 238 2024年12月査読有り
Time/Space Distortion Predicted Based on Adaptive Dynamical View

Tadashi Ando, Ichiro Yamato

Journal of Modern Physics 16 587-593 2024年10月査読有り
Time/Space and Inertial System Reconsidered Based on the Adaptive Dynamical View

Tadashi Ando Ichiro Yamato

Journal of Modern Physics 15 1621-1631 2024年10月査読有り
Binding characteristics of the doxepin E/Z-isomers to the histamine H1 receptor revealed by receptor-bound ligand analysis and molecular dynamics study

Hiroto Kaneko, Ryunosuke Korenaga, Ryota Nakamura, Shinnosuke Kawai, Tadashi Ando, Mitsunori Shiroishi

JOURNAL OF MOLECULAR RECOGNITION 2024年6月査読有り
Elucidation of productive alanine recognition mechanism by Escherichia coli alanyl-tRNA synthetase

Mayu Onoguchi, Riku Otsuka, Miki Koyama, Tadashi Ando, Hiromi Mutsuro-Aoki, Takuya Umehara, Koji Tamura

BIOSYSTEMS 237 105152 2024年3月査読有り
Refinement of Adaptive Dynamical Simulation of Quantum Mechanical Double Slit Interference Phenomenon

Tadashi Ando Andrei Khrennikov Ichiro Yamato

Journal of Modern Physics 15(3) 239-249 2024年2月査読有り
Adaptive Dynamics Simulation of Interference Phenomenon for Physical and Biological Systems

Tadashi Ando Masanari Asano Andrei Khrennikov Takashi Matsuoka Ichiro Yamato

Entropy 25(11) 1487 2023年10月査読有り
Shear viscosity of OPC and OPC3 water models

Tadashi Ando

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 159(10) 101102 2023年9月査読有り
Molecular Anatomy of the Class I Ligase Ribozyme for Elucidation of the Activity-Generating Unit

Miho Kasuga, Hiromi Mutsuro-Aoki, Tadashi Ando, and Koji Tamura

Biology-Basel 12(7) 1012-1012 2023年7月17日査読有り
Mechanism of Chiral-Selective Aminoacylation of an RNA Minihelix Explored by QM/MM Free-Energy Simulations

Tadashi Ando Koji Tamura

Life-Basel 13(3) 722 2023年3月査読有り
A 3D-Simulation and Experimental Study of the Fluid Flow Around a Nano-Step Structure Formed by UV-NIL

Tadashi Ando, Yusei Honda, Tomoki Yanagawa, Noriyuki Unno, Jun Taniguchi, Shin-ichi Satake

JOURNAL OF PHOTOPOLYMER SCIENCE AND TECHNOLOGY 35(2) 111-116 2023年1月査読有り
Molecular Dynamics Study on Behavior of Resist Molecules in UV-Nanoimprint Lithography Filling Process

Jun Iwata Tadashi Ando

Nanomaterials 12 2022年7月査読有り
Peptide Bond Formation between Aminoacyl-Minihelices by a Scaffold Derived from the Peptidyl Transferase Center

Mai Kawabata, Kentaro Kawashima, Hiromi Mutsuro-Aoki, Tadashi Ando, Takuya Umehara, Koji Tamura

Life-Basel 12(4) 573 2022年4月査読有り
Cooperative regulation of endocytic vesicle transport by yeast Eps15-like protein Pan1p and epsins

Nao Yoshida Ippo Ogura Makoto Nagano Tadashi Ando Junko Y. Toshima Jiro Toshima

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 297(5) 101254 2021年11月査読有り
Crystal structure of Nanoarchaeum equitans tyrosyl-tRNA synthetase and its aminoacylation activity toward tRNATyr with an extra guanosine residue at the 5ʹ-terminus

Horikoshi, T. Noguchi, H. Umehara, T. Mutsuro-Aoki, H. Kurihara, R. Noguchi, R. Hashimoto, T. Watanabe, Y. Ando, T. Kamata, K. Park, S. Y. Tamura, K.

BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS 575 90-95 2021年10月査読有り
Molecular Dynamics Study of Resist Filling Process in UV-nanoimprint Lithography

Hiroki Uchida, Ryosuke Imoto, Tadashi Ando, Takao Okabe, and Jun Taniguchi

JOURNAL OF PHOTOPOLYMER SCIENCE AND TECHNOLOGY 34(2) 139-144 2021年6月査読有り
Hi-CO: 3D genome structure analysis with nucleosome resolution

Masae Ohno, Tadashi Ando, David G. Priest, Yuichi Taniguchi

Nature Protocols 16(7) 3439-3469 2021年5月査読有り
Stable replication technique of anti-reflection structure forhigh-hardness and anti-fouling UV curable resin

Daiki OKAZAKI, Tadashi ANDO, Shin HIWASA, Jun TANIGUCHI

Proceedings of 18th International Conference on Precision Engineering 440-441 2020年12月査読有り

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MISC

量子化学計算による原始 RNA のL- アミノ酸選択的アミノアシル化の分子機構解明

安藤格士田村浩二

アグリバイオ 9(2) 70-74 2025年2月
量子化学計算による原始 RNA のL- アミノ酸選択的アミノアシル化の分子機構解明

安藤格士田村浩二

細胞 57(1) 39-42 2024年12月
量子化学計算による原始 RNA のL- アミノ酸選択的アミノアシル化の分子機構解明

安藤格士・田村浩二

Medical Science Digest 49(9) 46-49 2023年7月
IMPORTANCE OF EXCLUDED VOLUME AND HYDRODYNAMIC INTERACTIONS ON MACROMOLECULAR DIFFUSION IN VIVO

Tadashi Ando, Jeffrey Skolnick

QUANTUM BIO-INFORMATICS V 30 375-387 2013年
BROWNIAN DYNAMICS SIMULATION OF MACROMOLECULE DIFFUSION IN A PROTOCELL

Tadashi Ando, Jeffrey Skolnick

QUANTUM BIO-INFORMATICS IV: FROM QUANTUM INFORMATION TO BIO-INFORMATICS 28 413-426 2011年
BASICS OF MOLECULAR SIMULATION AND ITS APPLICATION TO BIOMOLECULES

Tadashi Ando, Ichiro Yamato

QUANTUM BIO-INFORMATICS II: FROM QUANTUM INFORMATION TO BIO-INFORMATICS 24 228-241 2009年
Toward in Silico Biology (From Sequence to Sytems)

Ichiro Yamato, Tadashi Ando, Ayumi Suzuki, Kazuo Harada, Seigo Itho, Satoru Miyazaki, Naoki Kobayashi, Masayuki Takeda

Quantum Bio-Informatics 440-455 2008年
Brownian dynamics approach to protein folding

Tadashi Ando, Ichiro Yamato

FRONTIERS OF COMPUTATIONAL SCIENCE 157-+ 2007年

書籍等出版物

ナノインプリント・リソグラフィの社会実装と将来展望第2章・第2節 UVナノインプリントリソグラフィ充填プロセスの分子動力学シミュレーション

安藤格士 (担当:分担執筆)

株式会社AndTech 2025年3月31日 (ISBN: 9784909118790)
膜タンパク質工学ハンドブック（第3章第3節膜タンパク質・膜の粗視化シミュレーション）

監修:津本浩平、浜窪隆雄編集幹事:秋吉一成、園山正史、富田泰輔 (担当:分担執筆)

株式会社エヌ・ティー・エス 2020年4月20日 (ISBN: 9784860435370)
バイオインフォマティクス事典 (ランジュバン・ブラウン動力学法)

日本バイオインフォマティクス学会〈JSBi学会〉編集(宮野悟(委員長),江口至洋(副委員長),金久實,高木利久,中井謙太編集委員) (担当:共著)

共立出版 2006年7月1日

講演・口頭発表等

陰溶媒モデルを用いた分子動力学シミュレーションによるタンパク質-ペプチド結合の研究

松本和樹、足利尚哉、姜潤官、安藤格士

日本化学会第105春季年会（2025） 2025年3月27日
陰溶媒モデルを用いた分子動力学シミュレーションにおけるRNA力場の評価

池田舞香、畠野佑悟、安藤格士

日本化学会第105春季年会（2025） 2025年3月27日
一般化ボルン陰溶媒モデルにおけるアミノ酸ヘリックス傾向性について

川合進之介、中村瞭太、安藤格士

日本化学会第105春季年会（2025） 2025年3月27日
ヒスタミンH3受容体-アンタゴニスト結合の分子動力学シミュレーション

岩田守弘、西脇大登、伊藤翼、安藤格士、白石充典

日本化学会第105春季年会（2025） 2025年3月27日
ATP力場の改良

馬場凜人、新井優介、安藤格士

日本化学会第105春季年会（2025） 2025年3月27日
Mechanism of Chiral-Selective Aminoacylation of an RNA Minihelix

Tadashi Ando Hiromi Mutsuro-Aoki Yusuke Saga Koji Tamura

29th tRNA Conference 2024年11月20日
Free energy calculations of E- and Z-doxepin isomers binding to histamine H1 receptor

Ryota Nakamura Shinnosuke Kawai Hiroto Kaneko Ryunosuke Korenaga Tadashi Ando Mitsunori Shiroishi

第61回日本生物物理学会年会 2023年11月14日
Binding properties of E/Z-Doxepin isomers to histamine H1 receptor

Hiroto Kaneko Ryunosuke Korenaga Ryota Nakamura Shinnosuke Kawai Tadashi Ando Mitsunori Shiroishi

第61回日本生物物理学会年会 2023年11月14日
二重鎖DNA修飾金ナノ粒子の表層部に導入したアルキル鎖長がコロイド分散性に与える影響

福森泰地, 高橋雄大, 石山蓮, 小松周平, 宝田徹, 前田瑞夫, 池田舞香, 荻野聖, 安藤格士, 菊池明彦, 秋山好嗣

第72回高分子学会年次大会 2023年5月24日
鎖長の異なるアルキルアミンの突出構造を有する二重鎖DNA修飾金ナノ粒子の分散制御

福森泰地, 高橋雄大, 石山蓮, 小松周平, 宝田徹, 前田瑞夫, 安藤格士, 菊池明彦, 秋山好嗣

日本化学会第103春季年会 2023年3月22日
分子動力学シミュレーションによるアルキルアミンの突出構造を有する二重鎖DNAの結合解析

池田舞香, 荻野聖, 福森泰地, 小松周平, 菊池明彦, 秋山好嗣, 安藤格士

日本化学会第103春季年会 2023年3月22日
原始PTCによるアミノアシルtRNA間のペプチド結合生成

川端舞、川島健太郎、無津呂(青木)裕美、安藤格士、楳原琢哉、田村浩二

第45回日本分子生物学会年会 2022年12月1日
クロマチン構造をヌクレオソーム単位で明らかにする

大野雅恵、安藤格士、谷口雄一

第45回日本分子生物学会年会 2022年12月1日
Chiral selectivity mechanism on aminoacylation of an RNA minihelix studied by quantum mechanics/molecular mechanics free energy simulations

Tadashi Ando

第60回日本生物物理学会年会 2022年9月28日
3D simulation and experiment of the fluid flow around structure with nano step made by UV-NIL

Tadashi Ando, Yusei Honda, Tomoki Yanagawa, Noriyuki Unno, Jun Taniguchi, Shin-ichi Satake

The 39th International Conference of Photopolymer Science and Technology 2022年6月29日
Mechanism of chiral-selective aminoacylation of an RNA minihelix studied by quantum mechanics/molecular mechanics free energy simulations

Takato Masui Tadashi Ando

第59回日本生物物理学会年会 2021年11月26日
Molecular Dynamics Study of Resist Filling Process in UV-nanoimprint Lithography

Hiroki Uchida, Ryosuke Imoto, Takao Okabe, Jun Taniguchi, Tadashi Ando

The 38th International Conference of Photopolymer Science and Technology 2021年6月15日
分子動力学シミュレーション１～計算を始めるための基礎知識～

安藤格士

MRMフォーラム2020 2020年12月9日
Stable replication technique of anti-reflection structure using high-hardness and anti-fouling UV curable resin

Daiki Okazaki, Tadashi Ando, Shin Hiwasa, Jun Taniguchi

18th International Conference on Precision Engineering (ICPE2020) 2020年11月23日
tRNAのL-アミノ酸特異的アミノアシル化の起源と分子メカニズム

安藤格士、田村浩二

第41回日本分子生物学会年会 2018年11月28日

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安藤格士

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書籍等出版物

講演・口頭発表等

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