琉球在来豚アグー（アグー）と他品種との識別（アグーの識別）の精度を向上させることを目的として、マイクロサテライトマーカー（MSマーカー）を用いて、沖縄県アグーブランド豚推進協議会（協議会）が登録認定したアグー171頭、また県内において飼養されている他品種35頭およびアグー交雑種60頭についてMSマーカーの遺伝的多型性を調査し、アグーの識別を行った結果、以下のとおりであった。1．現在、協議会がアグーの識別に利用している23個のMSマーカー（Aセット）を用いた結果、供試豚全体の対立遺伝子（アリル）数、ヘテロ接合度観察値（Ho）および多型情報含有値（PIC）の平均値はそれぞれは5.5、0.40、0.45で、遺伝的類似度0.26でアグーが識別可能である。2．新たに選抜した14MSマーカー（Bセット）を用いた結果、供試豚全体のアリル数、HoおよびPICの平均値はそれぞれは7.8、0.63、0.63で、遺伝的類似度0.13でアグーが識別可能である。3．アリルサイズが重ならないマーカー同士を混合（セット化）する場合としない場合との分析コストを比較すると、AセットおよびBセットはセット化した場合がセット化しない場合よりそれぞれ約50％および約40％低減できる。また、Aセット化とBセット化との分析コストを比較すると、Bセット化がAセット化に比べ約30％低減できる。以上のことから、アグーを識別する際、BセットはAセットより高精度に識別可能である。また、Bセット化はAセット化より効率的な分析が可能で、コストを低減できる。