黒河博文 (Hirofumi Kurokawa) - マイポータル

基本情報

所属: 東北大学多元物質科学研究所有機・生命科学研究部門生物分子機能計測研究分野講師

学位: 博士（農学）(京都大学)
修士(京都大学)

ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-1144-3400
J-GLOBAL ID: 200901081471908604
researchmap会員ID: 5000026465

研究分野

ライフサイエンス / 構造生物化学 /

学歴

論文

3D Electron Diffraction Structure of an Organic Semiconductor Reveals Conformational Polymorphism

Hirofumi Kurokawa, Saori Maki-Yonekura, Kiyofumi Takaba, Toshiki Higashino, Satoru Inoue, Tatsuo Hasegawa, Koji Yonekura

Journal of the American Chemical Society 2025年2月19日査読有り筆頭著者責任著者
A Graph-based Molecular Structure Identification Method via Feature Extraction for Three-dimensional Electron Diffraction Data

Yusuke Fukasawa, Kazuhiko Komatsu, Masayuki Sato, Saori Maki-Yonekura, Hirofumi Kurokawa, Koji Yonekura, Hiroaki Kobayashi

2024 Twelfth International Symposium on Computing and Networking Workshops (CANDARW) 325-329 2024年11月26日
Effects of Thiophene-Fused Isomer on High-Layered Crystallinity in π-Extended and Alkylated Organic Semiconductors

Toshiki Higashino, satoru inoue, Shunto Arai, Seiji Tsuzuki, Hiroyuki Matsui, Reiji Kumai, Kiyofumi Takaba, Saori Maki-Yonekura, Hirofumi Kurokawa, Ichiro Inoue …

Chemistry of Materials 2024年1月5日査読有り
Crystal structure of Thermobifida fusca cis-prenyltransferase reveals the dynamic nature of its RXG motif-mediated inter-subunit interactions critical for its catalytic activity

Hirofumi Kurokawa, Takanori Ambo, Seiji Takahashi, Tanetoshi Koyama

Biochemical and Biophysical Research Communications 2020年9月査読有り筆頭著者責任著者
Molecular basis distinguishing the DNA binding profile of Nrf2-Maf heterodimer from that of Maf homodimer.

Kimura M, Yamamoto T, Zhang J, Itoh K, Kyo M, Kamiya T, Aburatani H, Katsuoka F, Kurokawa H, Tanaka T …

The Journal of biological chemistry 290(17) 10644-10644 2015年4月査読有り
The selective autophagy substrate p62 activates the stress responsive transcription factor Nrf2 through inactivation of Keap1

Masaaki Komatsu, Hirofumi Kurokawa, Satoshi Waguri, Keiko Taguchi, Akira Kobayashi, Yoshinobu Ichimura, Yu-Shin Sou, Izumi Ueno, Ayako Sakamoto, Kit I. Tong …

NATURE CELL BIOLOGY 12(3) 213-U17 2010年3月査読有り
Keap1 is a forked-stem dimer structure with two large spheres enclosing the intervening, double glycine repeat, and C-terminal domains

Toshihiko Ogura, Kit I. Tong, Kazuhiro Mio, Yuusuke Maruyama, Hirofumi Kurokawa, Chikara Sato, Masayuki Yamamoto

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 107(7) 2842-2847 2010年2月査読有り
Prenyltransferase

Kurokawa, H., Koyama, T.

Comprehensive Natural Products II: Chemistry and Biology 1 2010年
Structural Basis of Alternative DNA Recognition by Maf Transcription Factors

Hirofumi Kurokawa, Hozumi Motohashi, Shinji Sueno, Momoko Kimura, Hiroaki Takagawa, Yousuke Kanno, Masayuki Yamamoto, Toshiyuki Tanaka

MOLECULAR AND CELLULAR BIOLOGY 29(23) 6232-6244 2009年12月査読有り
Maf転写因子による新規DNA配列認識の構造基盤

黒河博文

東北医学雑誌 121(2) 196-198 2009年12月招待有り
Cloning and functional analysis of cis-prenyltransferase from Thermobifida fusca

Takanori Ambo, Motoyoshi Noike, Hirofumi Kurokawa, Tanetoshi Koyama

JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING 107(6) 620-622 2009年6月査読有り
Product chain-length determination mechanism of Z,E-farnesyl diphosphate synthase

Motoyoshi Noike, Takanori Arnbo, Sayaka Kikuch, Toshihide Suzuki, Satoshi Yamashita, Seiji Takahashi, Hirofumi Kurokawa, Sebabrata Mahapatra, Dean C. Crick, Tanetoshi Koyama

BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS 377(1) 17-22 2008年12月査読有り
Resonance Raman investigation of redox-induced structural changes of protein and heme in the sensor domain of Ec DOS protein

Samir F. El-Mashtoly, Hiroto Takahashi, Hirofumi Kurokawa, Akira Sato, Toru Shimizu, Teizo Kitagawa

JOURNAL OF RAMAN SPECTROSCOPY 39(11) 1614-1626 2008年11月査読有り
Cloning and functional analysis of novel short-chain cis-prenyltransferases

Takanori Ambo, Motoyoshi Noike, Hirofumi Kurokawa, Tanetoshi Koyama

BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS 375(4) 536-540 2008年10月査読有り
Molecular basis distinguishing the DNA binding profile of Nrf2-Maf heterodimer from that of maf homodimer

Momoko Kimura, Tae Yamamoto, Jianyong Zhang, Ken Itoh, Motoki Kyo, Terue Kamiya, Hiroyuki Aburatani, Fumiki Katsuoka, Hirofumi Kurokawa, Toshiyuki Tanaka …

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 282(46) 33681-33690 2007年11月査読有り
Characterization of heme-regulated eIF2 alpha kinase: Roles of the N-terminal domain in the oligomeric state, heme binding, catalysis, and inhibition

Marketa Miksanova, Jotaro Igarashi, Masahiro Minami, Ikuko Sagami, Seigo Yamauchi, Hirofumi Kurokawa, Toru Shimizu

BIOCHEMISTRY 45(32) 9894-9905 2006年8月査読有り
Spectroscopic and DNA-binding characterization of the isolated heme-bound basic helix-loop-helix-PAS-A domain of neuronal PAS protein 2 (NPAS2), a transcription activator protein associated with circadian rhythms

Y Mukaiyama, T Uchida, E Sato, A Sasaki, Y Sato, J Igarashi, H Kurokawa, Sagami, I, T Kitagawa, T Shimizu

FEBS JOURNAL 273(11) 2528-2539 2006年6月査読有り
Critical roles of Leu99 and Leu115 at the heme distal side in auto-oxidation and the redox potential of a heme-regulated phosphodiesterase from Escherichia coli

Nao Yokota, Yasuyuki Araki, Hirofumi Kurokawa, Osamu Ito, Jotaro Igarashi, Toru Shimizu

FEBS Journal 273(6) 1210-1223 2006年3月査読有り
DOSEc, a heme-regulated phosphodiesterase, plays an important role in the regulation of the cyclic AMP level in Escherichia coli

T Yoshimura-Suzuki, Sagami, I, N Yokota, H Kurokawa, T Shimizu

JOURNAL OF BACTERIOLOGY 187(19) 6678-6682 2005年10月査読有り
Spectroscopic characterization of the isolated heme-bound PAS-B domain of neuronal PAS domain protein 2 associated with circadian rhythms

R Koudo, H Kurokawa, E Sato, J Igarashi, T Uchida, Sagami, I, T Kitagawa, T Shimizu

FEBS JOURNAL 272(16) 4153-4162 2005年8月査読有り

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MISC

見えない世界を見る：有機半導体の構造解析への挑戦

黒河博文

現代化学 5 8-9 2025年4月招待有り筆頭著者責任著者
ケミカルセンサーとしてのKeaplの立体構造と機能

黒河博文

生化學 85(8) 663-670 2013年8月25日
DNA Binding Diversity Achieved Through the Interaction of GATA1 N-Finger and GATA Motif Is Important for Embryonic Erythropoiesis

Atsushi Hasegawa, Ritsuko Shimizu, Hirofumi Kurokawa, Masayuki Yamamoto

BLOOD 120(21) 2012年11月
酸化ストレスセンサー分子Keap1 (血管医学)

黒河博文, 山本雅之

血管医学 12(4) 23-30 2011年11月10日
Structural Basis for the Inactivation of Stress Sensor Keap1 by Selective Autophagy Substrate p62. (Photon Factory Activity Report 2009)

Hirofumi Kurokawa, Masayuki Yamamoto

Photon Factory Activity Report 2009 56-57 2010年12月
酸化ストレスセンサーKeap1と選択的オートファジー基質p62複合体の結晶構造解析 (日本結晶学会誌)

黒河博文

日本結晶学会誌 52(5) 250-254 2010年10月
オートファジー選択的基質p62による転写調節機構(Discovery of novel regulation of Nrf2-Keap1 system by a selective autophagy substrate, p62)

小松雅明, 黒河博文, 和栗聡, 小林聡, 田中啓二, 山本雅之

日本細胞生物学会大会講演要旨集 61回 196-196 2009年5月
シス型プレニル鎖延長酵素の生成物特異性を決定する分子機構の解明

鈴木俊秀, 野池基義, 安保貴永, 菊地明香, KHAREL Yugesh, 山下哲, 高橋征司, 黒河博文, 古山種俊

化学系学協会東北大会プログラムおよび講演予稿集 2007 283 2007年9月21日
真正細菌の細胞壁生合成における糖キャリア脂質リサイクル機構の解明

野池基義, 関俊輔, 小関弘恵知, 山下哲, 高橋征司, 黒河博文, 古山種俊

化学系学協会東北大会プログラムおよび講演予稿集 2007 288 2007年9月21日
Gene cloning and functional analysis of novel short-chain cis-prenyltransferase

Takanori Ambo, Motoyoshi Noike, Hirofumi Kurokawa, Tanetoshi Koyama

JOURNAL OF MOLECULAR CATALYSIS B-ENZYMATIC 48(3-4) 111-111 2007年9月
真正細菌の細胞壁生合成における糖キャリア脂質リサイクル機構の解明

野池基義, 関俊輔, 小関弘恵知, 山下哲, 高橋征司, 黒河博文, 古山種俊

生化学 3P-0038 2007年
シス型プレニルトランスフェラーゼの生成物特異性を決定する分子機構の解明

鈴木俊秀, 野池基義, 安保貴永, 菊地明香, KHAREL Yugesh, 山下哲, 高橋征司, 黒河博文, 古山種俊

生化学 1P-0238 2007年
細菌細胞壁生合成におけるウンデカプレニルリン酸リサイクル機構の解明

関俊輔, 小関弘恵知, 山下哲, 高橋征司, 野池基義, 黒河博文, 古山種俊

ドリコールおよびイソプレノイド研究会例会講演要旨集 16th 9 2006年9月14日
短鎖cis型プレニルトランスフェラーゼの鎖長制御機構の解明

安保貴永, 野池基義, 菊地明香, 山下哲, 高橋征司, 黒河博文, 古山種俊

ドリコールおよびイソプレノイド研究会例会講演要旨集 16th 10 2006年9月14日
Perspectives on structure elucidation of the cadherin-catenin complex

Hirofumi Kurokawa, Mitsuhiko Ikura

SEIKAGAKU 78(7) 595-600 2006年7月
カドヘリン・カテニン複合体系の立体構造解析の展望 (特集:細胞間接着の機能と病態) -- (カドヘリンとアドヘレンスジャンクション)

黒河博文, 伊倉光彦

生化学 78(7) 595-600 2006年
Structure-function relationships of EcDOS, a heme-regulated phosphodiesterase from Escherichia coli. (Acc Chem Res)

Sasakura Yukie, Yoshimura-Suzuki Tokiko, Kurokawa Hirofumi, Shimizu Toru

Acc Chem Res 39(1) 37-43 2006年1月
ヘム鉄の酸化ー還元を利用する分子センサータンパク質：結晶構造が解き明かす分子スイッチの制御機構

黒河博文, 清水透

化学と生物 42(7) 428-430 2004年
Molecular Sensor Protein Using Heme Redox Change: Regulation Mechanism of Molecular Switch Revealed by Crystal Structures

Hirofumi Kurokawa, Toru Shimizu

Chemistry, Biology 42(7) 428-430 2004年
Redoxセンサータンパク質, ヘム制御ホスホジエスエラーゼの構造と機能

黒河博文, 吉村登紀子, 笹倉由貴江, 渡部美紀, 平田智士, 田口須恵, 五十嵐城太郎, 佐上郁子, 清水透

生物物理 45(2) 84-89 2004年

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書籍等出版物

Comprehensive Natural Products II: Chemistry and Biology

Mander L, Lui HW, eds, Kurokawa H, Koyama T (担当:共著, 範囲:Prenyltransferase, 557-583)

Elsevier Science 2010年5月20日
基礎から学ぶ構造生物学

河野敬一, 田之倉優, ds, 黒河博文, 伊倉光彦 (担当:共著, 範囲:細胞接着分子カドヘリン, 169-175)

共立出版 2008年2月

講演・口頭発表等

Chirality Determination Using Qualitative Bijvoet Difference by 3D ED Analysis

Tianyu Liu, Daisuke Morikawa, Kurokawa Hirofumi, Shun Narai, Yusuke Seto, Koji Yonekura, Kenji Tsuda

The 13th Asia Pacific Microscopy Congress 2025 (APMC13) 2025年2月5日
Structural determination of water-soluble gold cluster by cryo-electron microscopy

Megumi Suyama, Tasuku Hamaguchi, Daisuke Unabara, Hirofumi Kurokawa, Koji Yonekura, Kiyoshi Kanie

38th conference of European Colloid & Interface Society (ECIS2024) 2024年9月
水溶性配位子保護金クラスターの構造決定におけるクライオ電子顕微鏡の導入

陶山めぐみ, 福士真生, 濱口佑, 海原大輔, 黒河博文, 米倉功治, 蟹江澄志

ナノ学会第22会大会 2024年5月24日
放射光で解析困難なナノ有機結晶の構造解析-クライオ電顕＋3D ED解析による構造解析-

黒河博文

東北大学ソフトマテリアル研究拠点会議 2022年8月10日
Ph-BTBTT-Cn系有機半導体の分子構造異性による結晶構造の転換

東野寿樹, 井上悟, 荒井俊人, 松井弘之, 都築誠二, 高場圭章, 眞木さおり, 黒河博文, 米倉功治, 長谷川達生

応用物理学会春季学術講演会 2022年3月23日
cis型プレニル基転移酵素の構造ダイナミクス

黒河博文

第29回イソプレノイド研究会 2019年10月26日イソプレノイド研究会
結晶構造解析によるcis型プレニル基転移酵素のダイナミクスと活性制御

黒河博文

第28回イソプレノイド研究会 2018年8月29日イソプレノイド研究会
Keap1-Nrf2生体防御系センサーの結晶構造解析

黒河博文

平成22年度ターゲットタンパク研究プログラム成果報告会 2010年10月20日
発癌性物質や酸化ストレスに応答する生体防御系センサーの構造基盤

黒河博文

ターゲットタンパク研究プログラム第3回全体交流会 2009年8月31日

共同研究・競争的資金等の研究課題

クライオ電子顕微鏡による次世代結晶構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2023年6月 - 2026年3月

黒河博文
酸化ストレスセンサーと選択的蛋白質分解系によるシグナリング複合体の構造と機能

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2013年4月 - 2015年3月

黒河博文
酸化ストレスセンサーＫｅａｐ１と選択的蛋白質分解系による新規シグナリング複合体

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2011年4月 - 2013年3月

黒河博文
第二相解毒酵素群の発現を誘導するNrf2-Maf転写因子複合体の三次元構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2009年 - 2011年

黒河博文
酸素や食物が内包する毒性に対する細胞の適応・応答の分子機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業学術創成研究費 2007年 - 2011年

山本雅之, 勝岡史城, 峯岸直子, 本橋ほづみ, 黒河博文, 鈴木教郎, 森口尚, 鈴木隆史, 田口恵子
環境汚染物質による体内時計の破壊:ヘム-NO-蛋白質合成-時計遺伝子のクロストーク

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(S) 2005年 - 2009年

清水透, 黒河博文, 田中敦成, 五十嵐城太郎
レドックスをセンスする新規ヘム制御ホスホジエステラーゼの結晶構造

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2005年 - 2006年

黒河博文
蛋白質生合成を翻訳レベルで調節するヘム関連キナーゼのX線結晶構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2003年 - 2004年

黒河博文
環境汚染物質によるポルフィリン症の解析・ヘム合成と蛋白質合成の協奏とテンポ

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2002年 - 2004年

清水透, 黒河博文, 五十嵐城太郎, 佐上郁子
触媒反応を光スイッチや分子スイッチで制御できる環境修復酵素の構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2001年 - 2004年

清水透, 黒河博文, 五十嵐城太郎, 佐上郁子, 松井敏高

社会貢献活動

[日本国内] 細胞内にたんぱく質が異常蓄積することで酸化ストレスからの防御システムが活性化される仕組みを解明（が

情報提供

毎日新聞、河北新報 2010年2月22日

メディア報道

[日本国内] 生体の酸化ストレスセンサーの形を解明

日刊工業新聞、日経産業新聞、河北新報 2010年1月19日新聞・雑誌

その他

NRF2/ARE経路に対する抗がん薬の評価系構築

2010年11月 - 2010年11月

NRF2/ARE経路に対する抗がん薬の評価系構築
発癌性物質や酸化ストレスに応答する生体防御系センサーの構造基盤

2007年7月 - 2007年7月

発癌性物質や酸化ストレスに応答する生体防御系センサーの構造基盤