食料生産に甚大な被害を及ぼす植物病原菌の防除と植物の成長や生体防御に寄与する共棲菌の活用を同時に推進する技術の開発に向けて、病原糸状菌と共棲糸状菌が共存して病気の発現を抑えている仕組みの解明を進めた。ダイコン・小松菜などのアブラナ科植物から単離した共棲菌の中に、同時接種した病原菌の感染を抑制する植物保護菌（Colletotrichum属の一種、CgE）が含まれていた。CgEの植物保護機能には植物のエチレンを介した免疫系やトリプトファン由来の抗菌物質の産生経路が必要であることを示し、菌制御に有効な複数の代謝物質も同定した。また、CgEゲノムを解読し、近縁な病原菌株との比較ゲノム解析を行った。