墨智成 (Tomonari Sumi) - マイポータル

基本情報

所属: 室蘭工業大学大学院工学研究科しくみ解明系領域教授

学位: 博士（工学）(1999年3月九州大学)

研究者番号: 40345955
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-4230-5908
J-GLOBAL ID: 200901018729077270
Researcher ID: C-2292-2015
researchmap会員ID: 5000030006

外部リンク: https://rdsoran.muroran-it.ac.jp/html/200000540_ja.html

研究キーワード

研究分野

経歴

2024年10月 - 現在

室蘭工業大学, 大学院工学研究科, 教授
2016年4月 - 2024年9月

岡山大学, 異分野基礎科学研究所, 准教授
2013年4月 - 2016年3月

岡山大学, 大学院自然科学研究科, 准教授
2007年4月 - 2013年3月

豊橋技術科学大学大学院工学研究科, 助教
2011年8月 - 2012年2月

Max-Planck Institute of Colloids and Interfaces, Department of Theory and Biosystems, 滞在研究員
2002年4月 - 2007年3月

豊橋技術科学大学大学院工学研究科, 助手
1999年4月 - 2002年3月

日本学術振興会特別研究員(PD), 分子科学研究所

学歴

1994年4月 - 1999年3月

九州大学, 大学院工学研究科, 応用物理学専攻
1990年4月 - 1994年3月

山口大学, 理学部, 物理学科

委員歴

2021年11月 - 2021年12月

分子シミュレーション学会, 第35回分子シミュレーション討論会実行委員
2018年9月 - 2018年9月

日本生物物理学会, 第56回日本生物物理学会実行委員
2017年9月 - 2017年9月

第29回液体の化学夏の学校講師
2015年11月 - 2015年11月

日本化学会, 中国四国支部大会実行委員
2014年9月 - 2014年9月

第26回液体の化学夏の学校の世話人（岡山閑谷学校開催）
2012年8月 - 2012年8月

第50回分子科学若手の会・夏の学校の講師（第五分科会）
2012年2月 - 2012年2月

日本化学会, 第42回国際化学オリンピック準備問題翻訳担当
2006年10月 - 2011年3月

量子化学データーベースQCLDB収集
2011年2月 - 2011年2月

日本化学会, 第41回国際化学オリンピック準備問題翻訳担当
2010年2月 - 2010年2月

日本化学会, 第40回国際化学オリンピック準備問題翻訳担当
2008年5月 - 2009年4月

日本物理学会, 日本物理学会領域12運営委員委員

受賞

2024年10月

両備檉（てい）園記念財団生物学研究奨励賞, 両備檉（てい）園記念財団
2023年7月

令和５年度岡山工学振興会科学技術賞（一般研究部門）
2022年3月

岡山大学理学部教育貢献賞, 墨智成
2022年3月

岡山大学理学部教育貢献賞, 岡山大学理学部

論文

Clarifying pair interaction potential between poloxamer 407 micelles solvated into phosphate-buffered saline in sol-gel-sol transition

Takeshi Morita, Shunsuke Takamatsu, Hiroshi Imamura, Minami Saito, Kenjirou Higashi, Tomonari Sumi

Journal of Colloid and Interface Science 707 139642-139642 2026年4月
A neural network model that generates salt concentration memory-dependent chemotaxis in Caenorhabditis elegans

Masakatsu Hironaka, Tomonari Sumi

elife 14 RP104456 2025年2月19日査読有り最終著者責任著者
Mechanism of polymer molecular weight-dependent suppression and promotion of liquid–liquid phase separation of a protein solution by the addition of polymer

Yoshihiro Osaka, Ryuichi Okamoto, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga, Hiroshi Imamura, Tsuyoshi Shirai, Yasuhiro Isogai

The Journal of Chemical Physics 162(5) 051101-1-051101-8 2025年2月4日査読有り責任著者
The nature of the hydrophobic interaction varies as the solute size increases from methane’s to C60’s

Hidefumi Naito, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga

The Journal of Chemical Physics 161(21) 214501-1-214501-14 2024年12月2日査読有り
Vaccine and antiviral drug promise for preventing post-acute sequelae of COVID-19, and their combination for its treatment

Tomonari Sumi, Kouji Harada

Frontiers in Immunology 15 1329162-1-1329162-20 2024年8月9日査読有り筆頭著者責任著者
Pair Potential between Poloxamer 407 Micelles in 14 wt % Aqueous Solution Clarifying the Sol–Gel–Sol Transition by Temperature Rise

Takeshi Morita, Yusuke Torii, Hiroshi Imamura, Teruki Kadota, Fumie Sakuma, Kenjirou Higashi, Tomonari Sumi

The Journal of Physical Chemistry Letters 7909-7915 2024年7月27日査読有り最終著者
How do water-mediated interactions and osmotic second virial coefficients vary with particle size?

Hidefumi Naito, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga

Faraday Discussions 249 440-452 2024年6月査読有り
Solvation free energies of alcohols in water: temperature and pressure dependences

Aoi Taira, Ryuichi Okamoto, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga

Physical Chemistry Chemical Physics 25(45) 31107-31117 2023年10月24日査読有り
Molecular mechanism of the common and opposing co-solvent effects of fluorinated alcohol and urea on a coiled coil protein

Noa Nakata, Ryuichi Okamoto, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga, Takeshi Morita, Hiroshi Imamura

Protein Science 32(10) e4763-1-e4763-15 2023年8月25日査読有り責任著者
Muscarinic acetylcholine receptor-dependent and NMDA receptor-dependent LTP and LTD share the common AMPAR trafficking pathway

Tomonari Sumi, Kouji Harada

iScience 26(3) 106133-1-106133-23 2023年3月査読有り筆頭著者責任著者
Immune response to SARS-CoV-2 in severe disease and long COVID-19

Tomonari Sumi, Kouji Harada

iScience 25(8) 104723-1-104723-19 2022年8月査読有り筆頭著者責任著者
Osmotic second virial coefficients for hydrophobic interactions as a function of solute size

Hidefumi Naito, Ryuichi Okamoto, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga

The Journal of Chemical Physics 156(22) 221104-221104 2022年6月14日
Improvement of Protein Solubility in Macromolecular Crowding during Myoglobin Evolution

Yasuhiro Isogai, Hiroshi Imamura, Tomonari Sumi, Tsuyoshi Shirai

Biochemistry 61(15) 1543-1547 2022年6月8日査読有り
Kinetics of the ancestral carbon metabolism pathways in deep-branching bacteria and archaea

Tomonari Sumi, Kouji Harada

Communications Chemistry 4(1) 149-1-149-9 2021年12月査読有り筆頭著者責任著者
Water‐mediated interactions destabilize proteins

Tomonari Sumi, Hiroshi Imamura

Protein Science 30(10) 2132-2143 2021年8月20日査読有り筆頭著者責任著者
Common and unique strategies of myoglobin evolution for deep-sea adaptation of diving mammals

Yasuhiro Isogai, Hiroshi Imamura, Setsu Nakae, Tomonari Sumi, Ken-ichi Takahashi, Tsuyoshi Shirai

iScience 24(8) 102920-1-102920-22 2021年8月査読有り
Ion Size Dependences of the Salting-Out Effect: Reversed Order of Sodium and Lithium Ions

Hiroyuki Katsuto, Ryuichi Okamoto, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga

The Journal of Physical Chemistry B 125(23) 6296-6305 2021年6月17日査読有り
A mathematical study on the effects of a combination of an immune checkpoint inhibitor and a mutagen for anti-HIV-1 therapy

Kouji Harada, Tomonari Sumi

Artificial Life and Robotics 26(2) 210-215 2021年5月査読有り招待有り
Unveiling the Interaction Potential Surface between Drug-Entrapped Polymeric Micelles Clarifying the High Drug Nanocarrier Efficiency

Takeshi Morita, Sayaka Mukaide, Ziqiao Chen, Kenjirou Higashi, Hiroshi Imamura, Kunikazu Moribe, Tomonari Sumi

Nano Letters 21(3) 1303-1310 2021年2月10日査読有り最終著者責任著者
Two different regimes in alcohol-induced coil–helix transition: effects of 2,2,2-trifluoroethanol on proteins being either independent of or enhanced by solvent structural fluctuations

Hiroyo Ohgi, Hiroshi Imamura, Tomonari Sumi, Keiko Nishikawa, Yoshikata Koga, Peter Westh, Takeshi Morita

Physical Chemistry Chemical Physics 23(10) 5760-5772 2021年査読有り責任著者

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MISC

A neural network model that generates salt concentration memory-dependent chemotaxis in Caenorhabditis elegans

Masakatsu Hironaka, Tomonari Sumi

2024年11月5日最終著者責任著者
タンパク質は疎水効果で安定化しているのか

墨智成, 今村比呂志

月刊「アグリバイオ」4月号（月刊「細胞」 Vol. 55, 162–165からの転載） 7(4) 372-377 2023年3月20日招待有り筆頭著者責任著者
タンパク質は疎水効果で安定化しているのか？

墨智成, 今村比呂志

月刊「細胞」3月号 55(2) 162-165 2023年2月22日招待有り筆頭著者責任著者
新型コロナ後遺症と宿主内持続感染新型コロナ後遺症に関する仮説

墨智成

「BAN」３月号 286 56-63 2023年2月20日招待有り筆頭著者責任著者
タンパク質構造安定性機序の新たな理解〜水は疎水基を嫌っていなかった〜

墨智成

化学と工業 75(11) 803-803 2022年11月筆頭著者責任著者
Model-potential-free determination of the interaction potential between biological sensing nanoparticles

Takeshi Morita, Nobuo Uehara, Hiroshi Imamura, Tomonari Sumi

Photon Factory Highlights 38-39 2016年12月査読有り招待有り最終著者
X 線小角散乱と液体論に基づくコロイド粒子間相互作用のモデルポテンシャルフリー解析

墨智成

Colloid and Interface Communication 41 1-3 2016年12月査読有り招待有り筆頭著者責任著者
ポツダム滞在記

墨智成

アンサンブル 14(4) 206-210 2012年招待有り筆頭著者責任著者
A possible mechanism of high-pressure unfolding of proteins: Formation of high-density hydration shell

Tomonari Sumi

物性研究 95(3) 310-313 2010年12月招待有り筆頭著者責任著者
塩による疎水性相互作用とDNAの自己凝縮転移

墨智成

アンサンブル 12 22-26 2010年12月招待有り筆頭著者
28aYH-2 密度汎関数法に基づく相互作用モデルによる分子性液体の積分方程式

墨智成, 平田文男

日本物理学会講演概要集 56(1) 712-712 2001年3月9日
1p-YT-7 低密度化液体水銀の分子動力学計算

墨智成, 三好永作, 酒井嘉子

日本物理学会講演概要集 53(1) 506-506 1998年3月10日
30p-YJ-2 水銀の2体ポテンシャルと分子動力学計算

墨智成, 三好永作, 酒井嘉子, 田中皓

日本物理学会講演概要集 52(1) 717-717 1997年3月17日

書籍等出版物

タンパク質の構造解析手法とIn silicoスクリーニングへの応用事例

技術情報協会 (担当:共著, 範囲:タンパク質構造安定性における疎水性相互作用仮説の検証 (第4章第8節))

技術情報協会 2023年7月 (ISBN: 9784861049712)

講演・口頭発表等

水中の個別イオンの部分モル体積に基づく電荷スケールイオンモデルの開発

平良碧生, 墨智成, 甲賀研一郎

日本物理学会第79回年次大会 2024年9月18日招待有り
疎水性相互作用の溶質サイズ依存性を定める熱力学的及び微視的要因

内藤秀文, 墨智成, 甲賀研一郎

日本物理学会第79回年次大会 2024年9月18日招待有り
二つのイオン特異的効果の関係性：塩析と塩誘起有効相互作用

甲賀研一郎, 甲藤寛之, 岡本隆一, 墨智成

日本物理学会第79回年次大会 2024年9月18日招待有り
線虫の塩濃度記憶に依存した塩走性の神経回路メカニズム

弘中誠勝, 墨智成, 甲賀研一郎

日本物理学会第79回年次大会 2024年9月16日

担当経験のある科目(授業)

2025年4月 - 2026年3月

物理化学Ｄ（後半8週） (室蘭工業大学)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

高分子ナノミセルの相互作用場に立脚した治療薬徐放作用の起源に関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2022年4月 - 2026年3月

森田剛, 墨智成, 東顕二郎, 今村比呂志
線虫C. elegansの育成環境記憶に依存した味覚嗜好性に関するニューラルネットワークシミュレーション解析

公益財団法人両備檉（てい）園記念財団生物学研究助成 2024年10月
新型コロナ後遺症の原因となる宿主内持続感染の予防法並びに治療法の細胞免疫学的研究

公益財団法人岡山工学振興会令和５年度岡山工学振興会（一般研究） 2023年4月 - 2024年3月

墨智成
タンパク質構造安定性における疎水性相互作用仮説の検証と共溶媒効果の理論・実験解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2020年4月 - 2023年3月

墨智成
多彩な環境応答を示す溶媒誘起力の解明：理論・実験融合研究

日本学術振興会科学研究費助成事業国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B)) 国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B)) 2018年10月 - 2023年3月

甲賀研一郎, 岡本隆一, 墨智成, 望月建爾, 植松祐輝
タンパク質の構造安定性と分子間相互作用に関する実験と理論による研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2016年4月 - 2020年3月

墨智成
粒子間相互作用のモデルポテンシャルフリー解析

2015年6月 - 2017年3月

墨智成
微小管系分子モーターの化学-力学共役機構と力学的破断特性の統一的解明

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究 2013年4月 - 2016年3月

墨智成
ソフトマターを対象とした液体論的マルチスケール解析手法の開発とその応用

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2009年 - 2010年

墨智成
大きな揺らぎの存在する媒体中での高分子挙動に関する理論的解析手法の開発とその応用

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2007年 - 2008年

墨智成
イオン液体の統計力学

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2006年 - 2008年

吉森明, 小田垣孝, 墨智成, 吉留崇
大規模分散処理に適したマルチ分子オブジェクト法による分子計算技術の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2005年 - 2007年

後藤仁志, 関野秀男, 墨智成, 市川周一
統合的分子シミュレーションによる新規ナノ光機能材料の提案

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2003年 - 2004年

関野秀男, 栗田典之, 墨智成
高圧下および気一液共存曲線近傍におけるセシウムの分子動力学計算

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 1999年 - 2001年

墨智成

学術貢献活動

第35回分子シミュレーション討論会実行委員

企画立案・運営等

分子シミュレーション学会 (岡山大学) 2021年11月 - 2021年12月
第56回日本生物物理学会実行委員

企画立案・運営等

日本生物物理学会 2018年9月 - 2018年9月
第42回国際化学オリンピック準備問題翻訳担当

監修

日本化学会 2012年2月 - 2012年2月
第41回国際化学オリンピック準備問題翻訳担当

監修

日本化学会 2011年2月 - 2011年2月
量子化学データーベースQCLDB収集

学術調査立案・実施

2006年 - 2011年
第40回国際化学オリンピック準備問題翻訳担当

監修

日本化学会 2010年2月 - 2010年2月
日本物理学会領域12化学物理分野運営委員

企画立案・運営等

日本物理学会 2008年5月 - 2009年4月

社会貢献活動

分子シミュレーションと小角散乱データを用いたタンパク質構造への共溶媒効果の解析

講師

新領域研究グループ「分子統計化学の開拓」新領域研究グループ「分子統計化学の開拓」研究会愛媛大学理学部 2024年11月7日 - 2024年11月8日
分子シミュレーションと小角散乱データを用いたタンパク質構造への共溶媒効果の解析

講師

福岡大学理学部福岡大学理学部 2024年8月7日 - 2024年8月7日
福岡大学理学部化学科物質化学特別講義

講師

福岡大学理学部福岡大学理学部 2024年8月6日 - 2024年8月7日
分子シミュレーションと小角散乱データを用いたタンパク質構造への共溶媒効果の解析

講師

高エネルギー加速器研究機構 PF研究会「物質・生命研究における小角散乱法の展開：現状と展望のための討論会」 KEKつくばキャンパス 2024年3月26日 - 2024年3月27日
理論化学からみた身近な現象

講師

岡山大学異分野基礎科学研究所岡山大学異分野基礎科学研究所公開講座 2022年11月12日 - 2022年11月12日
最近の研究から：タンパク質安定性，分子モーター，薬剤送達ミセル

講師

CAMMフォーラム CAMMフォーラム34期オンライン開催 2021年6月4日 - 2021年6月4日
タンパク質折り畳みのエネルギー論と溶媒効果

講師

計算生命科学研究会 ~多体問題から生命システムへ~ 神戸大学瀧川記念学術交流会館 2019年8月31日 - 2019年8月31日
タンパク質の熱力学的安定性と溶媒効果

講師

応用物理学会 M&BE 研究会繋がり広がり深まる有機分子・バイオエレクトロニクス研究 2019年6月3日 - 2019年6月4日
金沢大学理工学部集中講義

講師

金沢大学理工学部金沢大学理工学部 2017年12月11日 - 2017年12月13日
溶媒和自由エネルギーの温度および圧力依存性から見たタンパク質の変性機構

講師

金沢大学理工学部第17回計算分子科学コロキウム金沢大学理工学部 2017年12月12日 - 2017年12月12日
第29回液体の化学夏の学校の講師

講師

2017年9月 - 2017年9月
愛媛大学理学部集中講義

講師

愛媛大学理学部物理学科愛媛大学理学部 2014年12月23日 - 2014年12月26日
剛体球参照系を用いた密度汎関数理論の定式化

講師

愛媛大学理学部愛媛大学理学部物理学科教室講演会愛媛大学理学部 2014年12月25日 - 2014年12月25日
第26回液体の化学夏の学校の世話人

企画, 運営参加・支援

岡山閑谷学校，岡山県 2014年9月 - 2014年9月
九州大学理学府集中講義

講師

九州大学理学部物理学科九州大学理学部 2013年1月21日 - 2013年1月23日
蛋白質の高圧変性と水和水の体積および圧縮率変化

講師

九州大学理学部物理学科物理教室談話会九州大学理学部 2013年1月22日 - 2013年1月22日
第50回分子科学若手の会・夏の学校の講師（第五分科会）

講師

2012年8月 - 2012年8月

メディア報道

新型コロナ後遺症ワクチンと抗ウイルス薬の“同時併用”で回復に期待岡山大

Yahooニュース地域(岡山) 2024年8月29日インターネットメディア
新型コロナ後遺症ワクチンと抗ウイルス薬の“同時併用”で回復に期待岡山大

KSB瀬戸内海放送 Newsニュース 2024年8月29日インターネットメディア
いったいなぜ｢コロナ後遺症｣はこうも長引くのか

東洋経済オンライン東洋経済新聞社 2023年1月18日インターネットメディア
なぜ「コロナ後遺症」は長引くのか持続感染で8日目以降もウイルス排出？専門家が指摘

AERA.dot 朝日新聞出版 2023年1月15日インターネットメディア
持続感染と後遺症

STV札幌放送テレビ情報ワイド番組「どさんこワイド１７９」 2022年8月29日テレビ・ラジオ番組
新型コロナの持続感染

HBC北海道放送情報番組「今日ドキ」 2022年8月17日テレビ・ラジオ番組
新型コロナウイルスによる持続感染

テレビ朝日モーニングショー 2022年8月12日テレビ・ラジオ番組
回復後もウイルスが残る持続感染

TBSテレビ THE TIME, 2022年8月9日テレビ・ラジオ番組
【解説】体内に新型コロナウイルスが残り続ける『持続感染』の脅威...一方で「ミルナイン」みれば事前にわかる「重症化予測」と「入院日数」

MBSテレビよんチャンTV 2022年8月2日テレビ・ラジオ番組
回復後もウイルスが残る持続感染少量のウイルスが体内に残り続ける「持続感染」新型コロナ後遺症について新たな研究結果発表

CBCテレビチャント 2022年7月29日テレビ・ラジオ番組
少量のウイルスが残り続ける「持続感染」も…新型コロナ“第7波”拡大で専門家が警鐘体内でずっと感染が続いて“後遺症”に?

yahooニュース国内 2022年7月29日インターネットメディア
少量のウイルスが体内に残り続ける「持続感染」新型コロナ後遺症について新たな研究結果発表

CBCテレビチャント 2022年7月29日テレビ・ラジオ番組
新型コロナの後遺症はなぜ起きるのか？岡山大学と豊橋技術科学大学の研究チームが発表「感染するとウイルスが体内に残り続ける可能性」

JNN TBS NEWS DIG 新型コロナ特集 2022年7月20日インターネットメディア
新型コロナの後遺症はなぜ起きるのか? 岡山大学と豊橋技術科学大学の研究チームが発表「感染するとウイルスが体内に残り続ける可能性」

Yahooニュース地域 2022年7月20日インターネットメディア
コロナ後遺症原因の一つ宿主内持続感染と解明

日刊工業新聞 21科学技術・大学 2022年7月19日新聞・雑誌
新型コロナの後遺症はなぜ起きるのか？岡山大学と豊橋技術科学大学の研究チームが発表「感染するとウイルスが体内に残り続ける可能性」

RSK山陽放送 RSKイブニングニュース 2022年7月19日テレビ・ラジオ番組
水はタンパク質天然構造を不安定化岡山大定説に見直し迫る

科学新聞 2021年10月1日新聞・雑誌
アザラシの長時間潜水解明筋肉に酸素蓄えるたんぱく質

日本経済新聞サイエンス 26面 2021年9月19日新聞・雑誌
水がたんぱく質の構造不安定化岡山大・立命館大が解明、バイオ薬開発指針に

日刊工業新聞 2021年9月10日新聞・雑誌
長年信じられてきた「疎水基が水を嫌う」というイメージは間違いだったことが判明

マイナビニュース 2021年9月6日インターネットメディア

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学歴

委員歴

受賞

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MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

学術貢献活動

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