墨智成 (Tomonari Sumi) - マイポータル

基本情報

所属: 岡山大学異分野基礎科学研究所准教授
: (兼任)准教授

学位: 博士 (工学)(1999年3月九州大学)

研究者番号: 40345955
ORCID ID: https://orcid.org/0000-0002-4230-5908
J-GLOBAL ID: 200901018729077270
Researcher ID: C-2292-2015
researchmap会員ID: 5000030006

外部リンク: https://www.cc.okayama-u.ac.jp/~sumi/index.html

研究キーワード

研究分野

経歴

2016年4月 - 現在

岡山大学, 異分野基礎科学研究所, 准教授
2013年4月 - 2016年3月

岡山大学, 大学院自然科学研究科, 准教授
2007年4月 - 2013年3月

豊橋技術科学大学大学院工学研究科, 助教
2002年4月 - 2007年3月

豊橋技術科学大学大学院工学研究科, 助手
1999年 - 2002年

日本学術振興会特別研究員(PD)

学歴

1994年4月 - 1999年3月

九州大学, 工学研究科, 応用物理学専攻
1990年4月 - 1994年3月

山口大学, 理学部, 物理学科

委員歴

2021年11月 - 2021年12月

分子シミュレーション学会, 第35回分子シミュレーション討論会実行委員
2018年9月 - 2018年9月

日本生物物理学会, 第56回日本生物物理学会実行委員
2012年2月 - 2012年2月

日本化学会, 第42回国際化学オリンピック準備問題翻訳担当
2006年10月 - 2011年3月

量子化学データーベースQCLDB収集
2011年2月 - 2011年2月

日本化学会, 第41回国際化学オリンピック準備問題翻訳担当
2010年2月 - 2010年2月

日本化学会, 第40回国際化学オリンピック準備問題翻訳担当
2008年5月 - 2009年4月

日本物理学会, 領域12化学物理分野運営委員

受賞

2023年7月

令和５年度岡山工学振興会科学技術賞（一般研究部門）
2022年3月

岡山大学理学部教育貢献賞, 岡山大学理学部

論文

Solvation free energies of alcohols in water: temperature and pressure dependences

Aoi Taira, Ryuichi Okamoto, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga

Physical Chemistry Chemical Physics 25(45) 31107-31117 2023年10月24日査読有り
Molecular mechanism of the common and opposing co-solvent effects of fluorinated alcohol and urea on a coiled coil protein

Noa Nakata, Ryuichi Okamoto, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga, Takeshi Morita, Hiroshi Imamura

Protein Science 32(10) e4763-1-e4763-15 2023年8月25日査読有り責任著者
How do water-mediated interactions and osmotic second virial coefficients vary with particle size?

Hidefumi Naito, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga

Faraday Discussions 2023年6月25日査読有り
Muscarinic acetylcholine receptor-dependent and NMDA receptor-dependent LTP and LTD share the common AMPAR trafficking pathway

Tomonari Sumi, Kouji Harada

iScience 26(3) 106133-106133 2023年3月査読有り筆頭著者責任著者
Immune response to SARS-CoV-2 in severe disease and long COVID-19

Tomonari Sumi, Kouji Harada

iScience 25(8) 104723-104723 2022年8月査読有り筆頭著者責任著者
Osmotic second virial coefficients for hydrophobic interactions as a function of solute size

Hidefumi Naito, Ryuichi Okamoto, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga

The Journal of Chemical Physics 156(22) 221104-221104 2022年6月14日
Improvement of Protein Solubility in Macromolecular Crowding during Myoglobin Evolution

Yasuhiro Isogai, Hiroshi Imamura, Tomonari Sumi, Tsuyoshi Shirai

Biochemistry 61(15) 1543-1547 2022年6月8日査読有り
Kinetics of the ancestral carbon metabolism pathways in deep-branching bacteria and archaea

Tomonari Sumi, Kouji Harada

Communications Chemistry 4(1) 149-1-149-9 2021年12月査読有り筆頭著者責任著者
Water‐mediated interactions destabilize proteins

Tomonari Sumi, Hiroshi Imamura

Protein Science 30(10) 2132-2143 2021年8月20日査読有り筆頭著者責任著者
Common and unique strategies of myoglobin evolution for deep-sea adaptation of diving mammals

Yasuhiro Isogai, Hiroshi Imamura, Setsu Nakae, Tomonari Sumi, Ken-ichi Takahashi, Tsuyoshi Shirai

iScience 24(8) 102920-102920 2021年8月査読有り
Ion Size Dependences of the Salting-Out Effect: Reversed Order of Sodium and Lithium Ions

Hiroyuki Katsuto, Ryuichi Okamoto, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga

The Journal of Physical Chemistry B 125(23) 6296-6305 2021年6月17日査読有り
A mathematical study on the effects of a combination of an immune checkpoint inhibitor and a mutagen for anti-HIV-1 therapy

Kouji Harada, Tomonari Sumi

Artificial Life and Robotics 26(2) 210-215 2021年5月査読有り招待有り
Unveiling the Interaction Potential Surface between Drug-Entrapped Polymeric Micelles Clarifying the High Drug Nanocarrier Efficiency

Takeshi Morita, Sayaka Mukaide, Ziqiao Chen, Kenjirou Higashi, Hiroshi Imamura, Kunikazu Moribe, Tomonari Sumi

Nano Letters 21(3) 1303-1310 2021年2月10日査読有り最終著者責任著者
Two different regimes in alcohol-induced coil–helix transition: effects of 2,2,2-trifluoroethanol on proteins being either independent of or enhanced by solvent structural fluctuations

Hiroyo Ohgi, Hiroshi Imamura, Tomonari Sumi, Keiko Nishikawa, Yoshikata Koga, Peter Westh, Takeshi Morita

Physical Chemistry Chemical Physics 23(10) 5760-5772 2021年査読有り責任著者
Mechanism underlying hippocampal long-term potentiation and depression based on competition between endocytosis and exocytosis of AMPA receptors

Tomonari Sumi, Kouji Harada

Scientific Reports 10(14711) 14711-1-14711-14 2020年12月査読有り筆頭著者責任著者
An Improved Model-potential-free Analysis of the Structure Factor Obtained from a Small-angle Scattering: Acquisitions of the Pair Distribution Function and the Pair Potential

Ken-ichi Amano, Ryosuke Sawazumi, Hiroshi Imamura, Tomonari Sumi, Kota Hashimoto, Kazuhiro Fukami, Haru Kitaoka, Naoya Nishi, Tetsuo Sakka

Chemistry Letters 49(9) 1017-1021 2020年9月5日査読有り
Is F1-ATPase a Rotary Motor with Nearly 100% Efficiency? Quantitative Analysis of Chemomechanical Coupling and Mechanical Slip

Tomonari Sumi, Stefan Klumpp

Nano Letters 19(5) 3370-3378 2019年5月8日筆頭著者責任著者
Interaction potential surface between Raman scattering enhancing nanoparticles conjugated with a functional copolymer

Takeshi Morita, Yuki Ogawa, Hiroshi Imamura, Kouki Ookubo, Nobuo Uehara, Tomonari Sumi

Phys. Chem. Chem. Phys. 21(31) 16889-16894 2019年5月査読有り最終著者
Theoretical analysis on thermodynamic stability of chignolin

Tomonari Sumi, Kenichiro Koga

Sci. Rept. 9 5186-1-5186-9 2019年3月査読有り筆頭著者責任著者
Application of reference-modified density functional theory: Temperature and pressure dependences of solvation free energy

Tomonari Sumi, Yutaka Maruyama, Ayori Mitsutake, Kenji Mochizuki, Kenichiro Koga

JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 39(4) 202-216 2018年2月査読有り筆頭著者責任著者

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MISC

タンパク質は疎水効果で安定化しているのか

墨智成, 今村比呂志

月刊「アグリバイオ」4月号（月刊「細胞」 Vol. 55, 162–165からの転載） 7(4) 372-377 2023年3月20日招待有り筆頭著者責任著者
タンパク質は疎水効果で安定化しているのか？

墨智成, 今村比呂志

月刊「細胞」3月号 55(2) 162-165 2023年2月22日招待有り筆頭著者責任著者
新型コロナ後遺症と宿主内持続感染新型コロナ後遺症に関する仮説

墨智成

「BAN」３月号 286 56-63 2023年2月20日招待有り筆頭著者責任著者
タンパク質構造安定性機序の新たな理解〜水は疎水基を嫌っていなかった〜

墨智成

化学と工業 75(11) 803-803 2022年11月筆頭著者責任著者
Model-potential-free determination of the interaction potential between biological sensing nanoparticles

Takeshi Morita, Nobuo Uehara, Hiroshi Imamura, Tomonari Sumi

Photon Factory Highlights 38-39 2016年12月査読有り招待有り最終著者
X 線小角散乱と液体論に基づくコロイド粒子間相互作用のモデルポテンシャルフリー解析

墨智成

Colloid and Interface Communication 41 1-3 2016年12月査読有り招待有り筆頭著者責任著者
ポツダム滞在記

墨智成

アンサンブル 14(4) 206-210 2012年招待有り筆頭著者責任著者
A possible mechanism of high-pressure unfolding of proteins: Formation of high-density hydration shell

Tomonari Sumi

物性研究 95(3) 310-313 2010年12月招待有り筆頭著者責任著者
塩による疎水性相互作用とDNAの自己凝縮転移

墨智成

アンサンブル 12 22-26 2010年12月招待有り筆頭著者
28aYH-2 密度汎関数法に基づく相互作用モデルによる分子性液体の積分方程式

墨智成, 平田文男

日本物理学会講演概要集 56(1) 712-712 2001年3月9日
1p-YT-7 低密度化液体水銀の分子動力学計算

墨智成, 三好永作, 酒井嘉子

日本物理学会講演概要集 53(1) 506-506 1998年3月10日
30p-YJ-2 水銀の2体ポテンシャルと分子動力学計算

墨智成, 三好永作, 酒井嘉子, 田中皓

日本物理学会講演概要集 52(1) 717-717 1997年3月17日

書籍等出版物

タンパク質の構造解析手法とIn silicoスクリーニングへの応用事例

技術情報協会 (担当:共著, 範囲:タンパク質構造安定性における疎水性相互作用仮説の検証 (第4章第8節))

技術情報協会 2023年7月 (ISBN: 9784861049712)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

高分子ナノミセルの相互作用場に立脚した治療薬徐放作用の起源に関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2022年4月 - 2026年3月

森田剛, 墨智成, 東顕二郎, 今村比呂志
新型コロナ後遺症の原因となる宿主内持続感染の予防法並びに治療法の細胞免疫学的研究

公益財団法人岡山工学振興会令和５年度岡山工学振興会（一般研究） 2023年4月 - 2024年3月

墨智成
タンパク質構造安定性における疎水性相互作用仮説の検証と共溶媒効果の理論・実験解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2020年4月 - 2023年3月

墨智成
多彩な環境応答を示す溶媒誘起力の解明：理論・実験融合研究

日本学術振興会科学研究費助成事業国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B)) 国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B)) 2018年10月 - 2023年3月

甲賀研一郎, 岡本隆一, 墨智成, 望月建爾, 植松祐輝
タンパク質の構造安定性と分子間相互作用に関する実験と理論による研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2016年4月 - 2020年3月

墨智成
粒子間相互作用のモデルポテンシャルフリー解析

2015年6月 - 2017年3月

墨智成
微小管系分子モーターの化学-力学共役機構と力学的破断特性の統一的解明

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究 2013年4月 - 2016年3月

墨智成
ソフトマターを対象とした液体論的マルチスケール解析手法の開発とその応用

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2009年 - 2010年

墨智成
大きな揺らぎの存在する媒体中での高分子挙動に関する理論的解析手法の開発とその応用

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2007年 - 2008年

墨智成
イオン液体の統計力学

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2006年 - 2008年

吉森明, 小田垣孝, 墨智成, 吉留崇
大規模分散処理に適したマルチ分子オブジェクト法による分子計算技術の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2005年 - 2007年

後藤仁志, 関野秀男, 墨智成, 市川周一
統合的分子シミュレーションによる新規ナノ光機能材料の提案

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2003年 - 2004年

関野秀男, 栗田典之, 墨智成

社会貢献活動

理論化学からみた身近な現象

講師

岡山大学異分野基礎科学研究所岡山大学異分野基礎科学研究所公開講座 2022年11月12日 - 2022年11月12日

メディア報道

いったいなぜ｢コロナ後遺症｣はこうも長引くのか

東洋経済東洋経済オンライン 2023年1月18日インターネットメディア
なぜ「コロナ後遺症」は長引くのか持続感染で8日目以降もウイルス排出？専門家が指摘

朝日新聞出版 AERA.dot 2023年1月15日インターネットメディア
持続感染と後遺症

STV札幌放送テレビ情報ワイド番組「どさんこワイド１７９」 2022年8月29日テレビ・ラジオ番組
新型コロナの持続感染

HBC北海道放送情報番組「今日ドキ」 2022年8月17日テレビ・ラジオ番組
新型コロナウイルスによる持続感染

テレビ朝日モーニングショー 2022年8月12日テレビ・ラジオ番組
回復後もウイルスが残る持続感染

TBSテレビ「THE TIME,」 2022年8月9日テレビ・ラジオ番組
【解説】体内に新型コロナウイルスが残り続ける『持続感染』の脅威...一方で「ミルナイン」みれば事前にわかる「重症化予測」と「入院日数」

MBSテレビよんチャンTV 2022年8月2日テレビ・ラジオ番組
少量のウイルスが残り続ける「持続感染」も…新型コロナ“第7波”拡大で専門家が警鐘体内でずっと感染が続いて“後遺症”に?

yahooニュース国内 2022年7月29日インターネットメディア
少量のウイルスが体内に残り続ける「持続感染」新型コロナ後遺症について新たな研究結果発表

CBCテレビチャント 2022年7月29日テレビ・ラジオ番組
新型コロナの後遺症はなぜ起きるのか？岡山大学と豊橋技術科学大学の研究チームが発表「感染するとウイルスが体内に残り続ける可能性」

JNN TBS NEWS DIG 新型コロナ特集 2022年7月20日インターネットメディア
新型コロナの後遺症はなぜ起きるのか? 岡山大学と豊橋技術科学大学の研究チームが発表「感染するとウイルスが体内に残り続ける可能性」

Yahooニュース地域 2022年7月20日インターネットメディア
新型コロナの後遺症はなぜ起きるのか？岡山大学と豊橋技術科学大学の研究チームが発表「感染するとウイルスが体内に残り続ける可能性」

RSK山陽放送 RSKイブニングニュース 2022年7月19日テレビ・ラジオ番組
コロナ後遺症原因の一つ宿主内持続感染と解明

日刊工業新聞 21科学技術・大学 2022年7月19日新聞・雑誌
水はタンパク質天然構造を不安定化岡山大定説に見直し迫る

科学新聞 2021年10月1日新聞・雑誌
アザラシの長時間潜水解明筋肉に酸素蓄えるたんぱく質

日本経済新聞サイエンス 26面 2021年9月19日新聞・雑誌
水がたんぱく質の構造不安定化岡山大・立命館大が解明、バイオ薬開発指針に

日刊工業新聞 2021年9月10日新聞・雑誌
長年信じられてきた「疎水基が水を嫌う」というイメージは間違いだったことが判明

マイナビニュース 2021年9月6日インターネットメディア
海馬興奮生シナプス長期増強と長期抑制分子機構提案「統一的理解可能に」

科学新聞 2020年10月2日新聞・雑誌
生物の脳が学習や記憶できる仕組みに関する新たなモデルを岡山大などが提案

マイナビニュース 2020年9月9日インターネットメディア
F1回転分子モーターエネルギー変換効率40~80%

科学新聞 2019年6月21日新聞・雑誌

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