倉田博之 (Hiroyuki Kurata) - マイポータル

基本情報

所属: 九州工業大学

学位: 博士（工学）(東京大学)

研究者番号: 90251371
J-GLOBAL ID: 200901073901302273
researchmap会員ID: 5000033587

外部リンク: http://labo.bio.kyutech.ac.jp/~kurata/index.html

研究キーワード

研究分野

経歴

2019年4月 - 現在

九州工業大学, 大学院情報工学研究院生命化学情報工学研究系, 教授
2012年4月 - 現在

九州工業大学, バイオメディカルインフォマティクス研究開発センター, センター長
2008年4月 - 2019年3月

九州工業大学, 大学院情報工学研究院生命情報工学研究系, 教授
2011年4月 - 2012年3月

九州工業大学, 情報工学部, 生命情報工学科長
2006年4月 - 2008年3月

九州工業大学, 情報工学部, 教授
2000年10月 - 2006年3月

九州工業大学, 情報工学部, 助教授
1993年4月 - 2000年9月

東京大学, 工学系研究科化学生命工学専攻, 助手
1994年4月 - 1996年3月

カリフォルニア大学デービス校, 植物病理学科, 日本学術振興会特別研究員

学歴

- 1993年3月

東京大学, 工学系研究科, 化学工学専攻
- 1988年3月

東京大学, 工学部, 化学工学科

論文

197

PredIL13: Stacking a variety of machine and deep learning methods with ESM-2 language model for identifying IL13-inducing peptides

Hiroyuki Kurata, Md. Harun-Or-Roshid, Sho Tsukiyama, Kazuhiro Maeda

PLOS ONE 19(8) e0309078-e0309078 2024年8月22日
MLm5C: A high-precision human RNA 5-methylcytosine sites predictor based on a combination of hybrid machine learning models

Hiroyuki Kurata, Md Harun-Or-Roshid, Md Mehedi Hasan, Sho Tsukiyama, Kazuhiro Maeda, Balachandran Manavalan

Methods 2024年5月
Elucidating Key Characteristics of PFAS Binding to Human Peroxisome Proliferator-Activated Receptor Alpha: An Explainable Machine Learning Approach.

Kazuhiro Maeda, Masashi Hirano, Taka Hayashi, Midori Iida, Hiroyuki Kurata, Hiroshi Ishibashi

Environmental science & technology 2023年12月22日
Stack-DHUpred: Advancing the accuracy of dihydrouridine modification sites detection via stacking approach

Md Harun-Or-Roshid, Kazuhiro Maeda, Phan Thi Le, Balachandran Manavalan, Hiroyuki Kurata

Computers in Biology and Medicine 107848-107848 2023年12月
Automatic Generation of SBML Kinetic Models from Natural Language Texts Using GPT

Kazuhiro Maeda, Hiroyuki Kurata

International Journal of Molecular Sciences 24(8) 7296-7296 2023年4月14日
MLAGO: machine learning-aided global optimization for Michaelis constant estimation of kinetic modeling

Kazuhiro Maeda, Aoi Hatae, Yukie Sakai, Fred C. Boogerd, Hiroyuki Kurata

BMC Bioinformatics 23(1) 2022年11月1日
Identification of a reliable sacral-sparing examination to assess the ASIA impairment scale in patients with traumatic spinal cord injury.

Yuto Ariji, Tetsuo Hayashi, Ryosuke Ideta, Ryuichiro Koga, Satoshi Murai, Tomoki Naka, Ryusei Ifuku, Fumihiro Towatari, Hiroaki Sakai, Hiroyuki Kurata …

The journal of spinal cord medicine 1-7 2022年3月30日
BERT6mA: prediction of DNA N6-methyladenine site using deep learning-based approaches.

Sho Tsukiyama, Md Mehedi Hasan, Hong-Wen Deng, Hiroyuki Kurata

Briefings in bioinformatics 23(2) 2022年3月10日
Recent Development of Bioinformatics Tools for microRNA Target Prediction.

Mst Shamima Khatun, Md Ashad Alam, Watshara Shoombuatong, Md Nurul Haque Mollah, Hiroyuki Kurata, Md Mehedi Hasan

Current medicinal chemistry 29(5) 865-880 2022年
NeuroPred-FRL: an interpretable prediction model for identifying neuropeptide using feature representation learning.

Md Mehedi Hasan, Md Ashad Alam, Watshara Shoombuatong, Hong-Wen Deng, Balachandran Manavalan, Hiroyuki Kurata

Briefings in bioinformatics 22(6) 2021年11月5日
LSTM-PHV: prediction of human-virus protein-protein interactions by LSTM with word2vec.

Sho Tsukiyama, Md Mehedi Hasan, Satoshi Fujii, Hiroyuki Kurata

Briefings in bioinformatics 22(6) 2021年11月5日
Critical evaluation of web-based DNA N6-methyladenine site prediction tools.

Md Mehedi Hasan, Watshara Shoombuatong, Hiroyuki Kurata, Balachandran Manavalan

Briefings in functional genomics 20(4) 258-272 2021年7月17日
Meta-i6mA: an interspecies predictor for identifying DNA N6-methyladenine sites of plant genomes by exploiting informative features in an integrative machine-learning framework

Md Mehedi Hasan, Shaherin Basith, Mst Shamima Khatun, Gwang Lee, Balachandran Manavalan, Hiroyuki Kurata

Briefings in bioinformatics 22(3) 2021年5月20日
IRC-Fuse: improved and robust prediction of redox-sensitive cysteine by fusing of multiple feature representations

Md Mehedi Hasan, Md Ashad Alam, Watshara Shoombuatong, Hiroyuki Kurata

Journal of Computer-Aided Molecular Design 35(3) 315-323 2021年3月
Prednts: Improved and robust prediction of nitrotyrosine sites by integrating multiple sequence features

Andi Nur Nilamyani, Firda Nurul Auliah, Mohammad Ali Moni, Watshara Shoombuatong, Md Mehedi Hasan, Hiroyuki Kurata

International Journal of Molecular Sciences 22(5) 1-11 2021年3月1日
PUP-Fuse: Prediction of Protein Pupylation Sites by Integrating Multiple Sequence Representations.

Firda Nurul Auliah, Andi Nur Nilamyani, Watshara Shoombuatong, Md Ashad Alam, Md Mehedi Hasan, Hiroyuki Kurata

International journal of molecular sciences 22(4) 2021年2月20日
Virtual metabolic human dynamic model for pathological analysis and therapy design for diabetes

Hiroyuki Kurata

iScience 24(2) 2021年2月19日
RCGAToolbox: A real-coded genetic algorithm software for parameter estimation of kinetic models

Kazuhiro Maeda, Fred C. Boogerd, Hiroyuki Kurata

2021年2月16日
iLBE for Computational Identification of Linear B-cell Epitopes by Integrating Sequence and Evolutionary Features

Md Mehedi Hasan, Mst Shamima Khatun, Hiroyuki Kurata

Genomics, Proteomics and Bioinformatics 2021年
ProIn-Fuse: improved and robust prediction of proinflammatory peptides by fusing of multiple feature representations

Mst Shamima Khatun, Md Mehedi Hasan, Watshara Shoombuatong, Hiroyuki Kurata

Journal of Computer-Aided Molecular Design 34(12) 1229-1236 2020年12月1日

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MISC

2050年の情報処理：19. 生物学と情報科学によるトランスヒューマン研究の進化

倉田, 博之

61(5) 480-481 2020年4月15日
ヒト全身代謝システムの数理モデル

倉田博之

細胞 52(7) 376-379 2020年6月
libRCGA: 動力学モデルの高速なパラメータ推定のための遺伝的アルゴリズムライブラリ

前田和勲, Fred C. Boogerd, 倉田博之

研究報告バイオ情報学（BIO） 2018(9) 1-6 2018年9月
ネガティブフィードバック構造に基づく生物振動子の周期調節可能性の解析

前田和勲, 倉田博之

研究報告バイオ情報学（BIO） 2017(10) 1-5 2017年9月
1P-242 抗体産生を向上させるためのCHO細胞代謝の数学モデリング(生体情報工学,バイオインフォマティクス,一般講演)

バッチャモハメド, 杉本友里恵, 倉田博之

67 149 2015年
工学システムを創造するための生物設計原理 (特集バイオミメティクスエンジニアリング)

倉田博之

78(6) 384-386 2014年6月
大腸菌アンモニア同化制御機構のダイナミックモデルの構築

前田和勲, FredC.Boogerd, FrankJ.Bruggeman, HansV.Westerhoff, 倉田博之

研究報告バイオ情報学（BIO） 2013(7) 1-6 2013年9月12日
Database for predicting a metabolic flux distribution within a cell

Noorlin Mohd Ali, Kentaro Inoue, Hiroyuki Kurata

情報処理学会バイオ情報学研究報告 35(6) 1-2 2013年
医学や環境へのバイオインフォマティックスの進展

倉田博之, 前田和勲, 井上健太郎

化学工学会バイオ部会 NewsLetter 29 1-4 2012年
The effect of implementing objective functions in analyzing the changes of enzyme activity profiles

Noorlin Mohd Ali, Kentaro Inoue, Soma Tabata, Hiroyuki Kurata

情報処理学会バイオ情報学研究報告 30(8) 1-2 2012年
Efficient Grid Graph Layout by Approximate Point-set Matching on the Plane

Shinichi Shimozono, Kentaro Inoue, Hiroyuki Kurata

情報処理学会バイオ情報学研究報告 30(1) 1-3 2012年
Hybrid Layout Algorithm using Approximate Pattern Matching in Two Dimensional Space for Biochemical Network Layout

Kentaro Inoue, Shinichi Shimozono, Hideaki Yoshida, Hiroyuki Kurata

情報処理学会バイオ情報学研究報告 24(6) 1-6 2011年
スペクトルクラスタリングによるタンパク質相互作用ネットワークの機能モジュール分解

井上健太郎, 倉田博之

ソフトウェアバイオロジー 9 37-41 2010年
概日リズムのインターロックフィードバックのロバストネス解析 (ニューロコンピューティング)

前田和勲, 倉田博之

電子情報通信学会技術研究報告 109(53) 97-101 2009年5月25日
Modular decomposition based spectrum for protein-protein interaction network

Kentaro Inoue, Weijiang Li, Hiroyuki Kurata

情報処理学会バイオ情報学研究報告 17(14) 1-4 2009年
大規模生命分子ネットワークのトポロジカル解析

井上健太郎, 下川由紀, 倉田博之

ソフトウェアバイオロジー 6 45-49 2007年
大腸菌熱ショック応答の制御の複雑性はロバスト性と高いパフォーマンスを生み出す

倉田博之

人工知能学会全国大会論文集 = Proceedings of the Annual Conference of JSAI 13 326-327 1999年6月15日
生命システムにおいて複雑性はロバスト性を生み出す

倉田博之

電子情報通信学会技術研究報告. AI, 人工知能と知識処理 99(95) 33-38 1999年5月27日
私の原典

倉田博之

化学工学 63(1) 45-46 1999年1月5日
NONISOTROPIC SCATTERING MODEL FOR ESTIMATION OF LIGHT-ABSORPTION RATES IN A SUSPENSION-CULTURE OF COFFEA-ARABICA CELLS (VOL 9, PG 91, 1993)

H KURATA, S FURUSAKI

BIOTECHNOLOGY PROGRESS 10(3) 344-344 1994年5月

書籍等出版物

バイオデザイン日本語版

倉田博之, 多数 (担当:共著)

バイオの杜 2015年10月1日
システム工学的アプローチを用いた細胞モデリング，In 抗体医薬における細胞構築・培養・ダウンストリームのすべて（ファインケミカルシリーズ)

倉田博之 (担当:共編者(共編著者))

シーエムシー出版 2015年4月
Modularity of biochemical networks, Technological Advancements in Biomedicine for Healthcare Applicationsm. In: Biomedical Engineering and Cognitive Neuroscience for Healthcare: Interdisciplinary Applications

Hiroyuki Kurata (担当:共著)

IGI Global 2012年4月
システム工学的アプローチを用いた細胞設計，In 抗体医薬のための細胞構築と培養技術（ファインケミカルシリーズ），監修：大政健史

倉田博之 (担当:共著)

シーエムシー出版 2010年4月
コンピュータエイデッドなバイオシステムの構築, In: バイオプロセスシステム

倉田博之 (担当:共著)

シーエムシー出版 2009年4月
システム生物学入門生物回路の設計原理

倉田博之, 宮野悟 (担当:共著)

共立出版 2008年10月
九工大世界トップ技術2

倉田博之 (担当:共著, 範囲:1章)

西日本新聞社 2008年4月1日
バイオプロダクション-ものつくりのためのバイオテクノロジー

倉田博之 (担当:共著, 範囲:生命現象のシミュレーション)

コロナ社 2006年5月26日
バイオインフォマティクス事典

倉田博之, 多数 (担当:共著)

共立出版 2006年4月
ゲノム研究実験ハンドブック

宮野悟, 松野浩嗣, 倉田博之 (担当:共著)

羊土社 2004年10月1日

講演・口頭発表等

123

嫌気好気条件下での回分培養大腸菌の代謝動力学モデル

松岡結, 倉田博之

化学工学会第83回年会 2018年3月13日
A critical evaluation of bioinformatics tools for the prediction of protein succinylation sites

Md. Mehedi Hasan, Hiroyuki Kurata

Conference of Informatics In Biology, Medicine and Pharmacology (IIBMP2017) 2017年9月27日
スマートセルインダストリーを指向した中心代謝系の定量的モデル

松岡結, 倉田博之

第6回生命医薬情報学連合大会 2017年9月27日
ネガティブフィードバック構造に基づく生物振動子の周期調節可能性の解析

前田和勲, 倉田博之

情報処理学会バイオ情報学研究会研究報告 2017年9月26日
中心代謝反応系のコンピュータモデル:酸素制限下での発酵性能

松岡結, 倉田博之

情報処理学会バイオ情報学研究会研究報告 2017年9月26日
細胞工場のコンピュータ支援設計

倉田博之

化学工学会第49回秋季大会 2017年9月20日
ノイズ下でロバストなメモリー機能を生み出す遺伝子ネットワーク機構の解明

Shamim Ul Hasan, 倉田博之

化学工学会第82回年会 2017年3月8日
動的感度を用いたErbBシグナル伝達ネットワークのロバストネス解析

増永拓之, 倉田博之

化学工学会第81回年会 2016年3月15日
抗体産生を向上させるためのCHO 細胞代謝の数学モデリング

バッチャモハメド, 杉本友里恵, 倉田博之

第67回日本生物工学会大会 2015年10月26日
抗体生産強化のためのCHO細胞メタボロームの統計解析

倉田博之

化学工学会第47回秋季大会 2015年9月19日
アンモニア同化システムの詳細なダイナミックモデル

倉田博之

化学工学第80回年会 2015年3月19日
マルチパラメータ感度を用いたネガティブフィードバック振動子のロバストネス解析

前田和勲

生命情報科学若手の会第6回研究会 2014年10月30日
生物システムの合理的設計を支援するBioFNetデータベース

倉田博之

化学工学会第46回秋季大会 2014年9月17日
生物学的基本ネットワークの組み立てによるダイナミックモデルの合理的設計

倉田博之

化学工学会第79年会 2014年3月18日
ゲノムスケールヒト代謝ネットワークの高速エレメンタリモード解析

倉田博之

化学工学会第45回秋季大会 2013年9月16日
合理的生物回路設計のためのバイオアルゴリズムデータベース

倉田博之

化学工学会第78年会 2013年3月17日
アンモニア同化システムのダイナミックモデルの開発

倉田博之

化学工学会第77年会 2012年3月15日
Grid layout algorithm for biochemical networks using approximate pattern matching

Kentaro Inoue, Sinichi Shimozono, Hiroyuki Kurata

The 10-th International Conference on Bioinformatics (InCoB2011) 2011年11月30日
Hybrid Grid Layout Algorithm For Biochemical. Network Maps

Kentaro Inoue, Shinichi Shimozono, Hiroyuki Kurata

The 2011 annual conference of Japanese Society for Bioinformatics 2011年11月8日
ゲノムネットワークを構成する全基本回路の構造と機能のデータベース化

倉田博之

化学工学会第43回秋季大会 2011年9月14日

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担当経験のある科目(授業)

所属学協会

Works(作品等)

BioFNet 生物ネットワーク機能のデータベース

2013年4月 - 現在その他
ゲノムスケールヒト代謝のdFBAモデル開発と多剤併用療法への応用

2016年 - 2019年
ノイズが引き起こす確率的挙動を考慮した生体分子ネットワークの実用的設計

2014年 - 2017年
バーチャルメタボリズム：代謝システムの標準ダイナミックモデル開発

2013年 - 2016年
メタボロームを代謝ネットワークへ統合する数理モデルの開発

2011年 - 2013年
生物回路の設計原理に基づく合成生物学

2010年 - 2013年
翻訳後・分泌プロセスを含む生化学ネットワークに基づく抗体生産モデルの開発

2013年
BioFNet Biological functional network database

2013年
分子ネットワークのコンピュータ支援設計法の開発とグルコース同化システムへの応用

2008年 - 2010年
大規模代謝・遺伝子ネットワークのダイナミックシミュレーションとシステム解析

2006年 - 2009年
癌細胞統合シミュレータの開発

2007年 - 2008年
ファイブロブラスト運動制御の画像解析とシミュレーション

2003年 - 2006年
ネットワークマップに基づく大規模生命分子ネットワークのロバスト解析

2004年 - 2005年
植物遺伝子機能解析のためのハイブリッド型リボザイムの開発

2001年 - 2003年
2相分離計算法を用いた生命分子ネットワーク解析により生命の設計原理の解明

2001年 - 2002年

共同研究・競争的資金等の研究課題

翻訳後・分泌プロセスを含む生化学ネットワークに基づく抗体生産モデルの開発

経済産業省次世代バイオ医薬品製造技術開発研究組合「個別化医療に向けた次世代医薬品創出基盤技術開発 2013年4月 - 現在
オミックスを統合するヒト全身代謝マルチスケール動力学モデルの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2027年3月

倉田博之
オミックスを統合するヒト全身代謝マルチスケール動力学モデルの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2022年4月 - 2027年3月

倉田博之
深層ニューラルネットワークによる構造情報に基づくコンピュータ支援創薬

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2019年11月 - 2022年3月

倉田博之, HASAN MD MEHEDI
臓器連関システムのマルチスケール数理モデルの開発と糖尿病の病態解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2019年4月 - 2022年3月

倉田博之
脊損患者の再生治療の有効性を予測する神経ネットワークモデルの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 挑戦的研究(萌芽) 2017年6月 - 2020年3月

倉田博之, 坂井宏旭
ゲノムスケールヒト代謝のdFBAモデル開発と多剤併用療法への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2016年4月 - 2019年3月
ノイズが引き起こす確率的挙動を考慮した生体分子ネットワークの実用的設計

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究 2014年4月 - 2017年3月
バーチャルメタボリズム：代謝システムの標準ダイナミックモデル開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2013年4月 - 2016年3月
メタボロームを代謝ネットワークへ統合する数理モデルの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究 2011年4月 - 2013年3月
生物回路の設計原理に基づく合成生物学

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2010年4月 - 2013年3月
分子ネットワークのコンピュータ支援設計法の開発とグルコース同化システムへの応用

文部科学省科学研究費助成事業特定領域研究 2008年4月 - 2010年3月
大規模代謝・遺伝子ネットワークのダイナミックシミュレーションとシステム解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2006年4月 - 2009年3月
癌細胞統合シミュレータの開発

独立行政法人科学技術振興機構シーズ発掘試験 2007年4月 - 2008年3月
ファイブロブラスト運動制御の画像解析とシミュレーション

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2003年4月 - 2006年3月
ネットワークマップに基づく大規模生命分子ネットワークのロバスト解析

文部科学省科学研究費助成事業特定領域研究 2004年4月 - 2005年3月
植物遺伝子機能解析のためのハイブリッド型リボザイムの開発

科学研究費助成事業奨励研究(A)→若手研究(B) 2001年4月 - 2003年3月
機能性核酸を用いた生体における遺伝子機能解析プロセスの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2000年 - 2003年

多比良和誠, 川崎広明, 倉田博之, 岩井成憲, 宮岸真
2相分離計算法を用いた生命分子ネットワーク解析により生命の設計原理の解明

文部科学省科学研究費助成事業特定領域研究 2001年4月 - 2002年3月
数学モデリングとリボザイムの共同による生命システム設計原理の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究(C) 2000年 - 2000年

倉田博之, 川崎広明

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倉田博之

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研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

Works(作品等)

共同研究・競争的資金等の研究課題

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