細胞内寄生原虫Trypanosoma cruziは宿主のオートファジー機構で排除されない。原虫感染により、オートファジーの初期過程が活性化され、LC3の局在変化、隔離膜形成が起こることが明らかとなった。しかし、オートリソソーム形成はみられず、成熟したオートファゴソームが形成されないと考えられた。LC3-Atg3までは進行するが、LC3の脂質化のステップが阻害されていることが示唆された。