奥村久士 (Okumura Hisashi) - マイポータル

基本情報

所属: 自然科学研究機構生命創成探究センター准教授

学位: 博士（理学）(慶應義塾大学)

J-GLOBAL ID: 200901071682526451
researchmap会員ID: 5000040537

外部リンク: http://okweb.ims.ac.jp/

研究キーワード

研究分野

自然科学一般 / 数理物理、物性基礎 /

経歴

2018年4月 - 現在

生命創成探究センター, 准教授
2009年5月 - 現在

分子科学研究所, 准教授
2009年2月 - 2009年4月

Rutgers University, Assistant Research Professor
2008年2月 - 2009年1月

Rutgers University, Research Assistant
2006年4月 - 2008年1月

名古屋大学, COE特任講師
2002年10月 - 2006年3月

分子科学研究所, 助手
2002年4月 - 2002年9月

東京大学大学院工学系研究科, 日本学術振興会特別研究員（PD）

学歴

2000年4月 - 2002年3月

慶應義塾大学, 大学院理工学研究科, 基礎理工学専攻博士課程
1998年4月 - 2000年3月

慶應義塾大学, 大学院理工学研究科, 物理学専攻修士課程
1994年4月 - 1998年3月

慶應義塾大学, 理工学部, 物理学科

受賞

2014年11月

学術賞, 「生体分子系液体系における分子動力学シミュレーション手法の開発と応用」, 分子シミュレーション研究会

奥村久士

主要な論文

106

Key Residue for Aggregation of Amyloid-β Peptides.

Satoru G Itoh, Maho Yagi-Utsumi, Koichi Kato, Hisashi Okumura

ACS chemical neuroscience 13(22) 3139-3151 2022年11月16日査読有り最終著者責任著者
"Bucket brigade" using lysine residues in RNA-dependent RNA polymerase of SARS-CoV-2.

Shoichi Tanimoto, Satoru G Itoh, Hisashi Okumura

Biophysical journal 2021年7月31日査読有り最終著者責任著者
Role of Water Molecules and Helix Structure Stabilization in the Laser-Induced Disruption of Amyloid Fibrils Observed by Nonequilibrium Molecular Dynamics Simulations

Hisashi Okumura, Satoru G. Itoh, Kazuhiro Nakamura, Takayasu Kawasaki

The Journal of Physical Chemistry B 125(19) 4964-4976 2021年5月20日査読有り筆頭著者責任著者
Effects of a Hydrophilic/Hydrophobic Interface on Amyloid-β Peptides Studied by Molecular Dynamics Simulations and NMR Experiments.

Itoh SG, Yagi-Utsumi M, Kato K, Okumura H

The journal of physical chemistry. B 123(1) 160-169 2019年1月査読有り最終著者責任著者
Structural and fluctuational difference between two ends of Aβ amyloid fibril: MD simulations predict only one end has open conformations.

Okumura H, Itoh SG

Scientific reports 6 38422 2016年12月査読有り筆頭著者責任著者
Molecular dynamics of the structural changes of helical peptides induced by pressure

Yoshiharu Mori, Hisashi Okumura

PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS 82(11) 2970-2981 2014年11月査読有り最終著者責任著者
Amyloid Fibril Disruption by Ultrasonic Cavitation: Nonequilibrium Molecular Dynamics Simulations

Hisashi Okumura, Satoru G. Itoh

JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 136(30) 10549-10552 2014年7月査読有り筆頭著者責任著者
Pressure-Induced Helical Structure of a Peptide Studied by Simulated Tempering Molecular Dynamics Simulations

Yoshiharu Mori, Hisashi Okumura

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY LETTERS 4(12) 2079-2083 2013年6月査読有り最終著者責任著者
Replica-Permutation Method with the Suwa-Todo Algorithm beyond the Replica-Exchange Method

Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura

JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION 9(1) 570-581 2013年1月査読有り最終著者責任著者
Temperature and pressure denaturation of chignolin: Folding and unfolding simulation by multibaric-multithermal molecular dynamics method

Hisashi Okumura

PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS 80(10) 2397-2416 2012年10月査読有り筆頭著者最終著者責任著者
Explicit symplectic integrators of molecular dynamics algorithms for rigid-body molecules in the canonical, isobaric-isothermal, and related ensembles

Hisashi Okumura, Satoru G. Itoh, Yuko Okamoto

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 126(8) 084103 2007年2月査読有り筆頭著者責任著者
Nonequilibrium molecular dynamics simulations of a bubble

H Okumura, N Ito

PHYSICAL REVIEW E 67(4) 045301 2003年4月査読有り筆頭著者責任著者
Reliable determination of the liquid-vapor critical point by the NVT plus test particle method

H Okumura, F Yonezawa

JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN 70(7) 1990-1994 2001年7月査読有り筆頭著者責任著者
Liquid-vapor coexistence curves of several interatomic model potentials

H Okumura, F Yonezawa

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 113(20) 9162-9168 2000年11月査読有り筆頭著者責任著者

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MISC

IgGのフコシル化によるFcのダイナミクスの変化がFcγ受容体との相互作用に及ぼす影響

谷中冴子, 與語理那, 矢木宏和, 伊藤暁, 奥村久士, 山口拓実, 加藤晃一

日本細胞生物学会大会(Web) 71st 2019年
Fcの構造ダイナミクスがFcγ受容体との相互作用に及ぼす影響の解明

谷中冴子, 與語理那, 矢木宏和, 伊藤暁, 奥村久士, 加藤晃一

日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 139th 2019年
レア・イベントを捕えるための新たな分子シミュレーション手法-アミロイド線維形成の理解に向けた取り組み-

伊藤暁, 奥村久士, 伊藤暁, 奥村久士

日本物理学会誌 71(7) 2016年
Oligomerization process of A beta(29-42) by Coulomb replica-permutation MD simulations

S. G. Itoh, H. Okumura

EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS 44 S147-S147 2015年7月査読有り
Nonequilibrium molecular dynamics simulations of amyloid disruption by ultrasonic cavitation

H. Okumura, S. G. Itoh

EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS 44 S207-S207 2015年7月査読有り
29pAC-4 タンパク質におけるレア・イベントを効率よく引き起こす分子動力学シミュレーション : 拡張アンサンブル法(29pAC 領域12,領域11,領域1合同シンポジウム:理論物質科学の最前線:レア・イベントを中心として,領域12(ソフトマター物理・化学物理・生物物理))

奥村久士

日本物理学会講演概要集 69(1) 417-417 2014年3月5日
High Pressure Effect on a Helical Peptide Studied by Simulated Tempering Molecular Dynamics Simulations

Yoshiharu Mori, Hisashi Okumura

BIOPHYSICAL JOURNAL 106(2) 611A-611A 2014年1月
27aKN-7 拡張アンサンブルシミュレーションによるAK16ペプチドにおける構造圧力依存性(化学物理・生物物理(電子系・分子シミュレーション等),領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

森義治, 奥村久士

日本物理学会講演概要集 68(2) 317-317 2013年8月26日
27aKN-5 諏訪・藤堂法を用いた拡張アンサンブル法 : レプリカ置換法(化学物理・生物物理(電子系・分子シミュレーション等),領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

伊藤暁, 奥村久士

日本物理学会講演概要集 68(2) 316-316 2013年8月26日
Replica-permutation method for biomolecules as a better alternative to replica-exchange method

S. G. Itoh, H. Okumura

EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS 42 S91-S91 2013年7月査読有り
Amyloid Disruption by Hypersonic Wave in Non-equilibrium Molecular Dynamics Simulations

H. Okumura, S. G. Itoh

EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS 42 S68-S68 2013年7月査読有り
荷電粒子と電磁場の系のシンプレクティック時間積分法

伊藤篤史, 奥村久士, 沼波政倫, 高山有道, 中村浩章, 中村浩章

日本物理学会講演概要集 68(1) 2013年
Pressure Effect on the Secondary Structure of Peptides Studied by Generalized-Ensemble Molecular Dynamics Simulations

Yoshiharu Mori, Hisashi Okumura

BIOPHYSICAL JOURNAL 104(2) 171A-171A 2013年1月
20pAK-12 平均力ダイナミクスに基づく新しい自由エネルギー計算手法の開発(20pAK 化学物理2,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

森下徹也, 伊藤暁, 奥村久士, 三上益弘

日本物理学会講演概要集 67(2) 342-342 2012年8月24日
20pAB-2 αへリックス・βストランドレプリカ交換分子動力学シミュレーション法の開発とデザインペプチドへの応用(20pAB 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

奥村久士, 伊藤暁

日本物理学会講演概要集 67(2) 337-337 2012年8月24日
Efficiency of the Coulomb replica-exchange method for biomolecular systems

Satoru Itoh, Hisashi Okumura

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 243 2012年3月
Temperature and pressure denaturation of chignolin: Folding and unfolding simulation by multibaric-multithermal molecular dynamics algorithm

Hisashi Okumura

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 243 2012年3月
Protein Simulations by Multibaric–Multithermal Molecular Dynamics Algorithm (Proceedings of the 5th Mini-Symposium on Liquids : Fundamental Problems on Liquids and Related Topics)

OKUMURA Hisashi

Journal of the Physical Society of Japan 81 SA001-1-8 2012年
1516 アフィン結合法による多階層分子動力学シミュレーション(OS15.固体物理/流体物理のマルチフィジックス/マルチスケール解析(4),OS・一般セッション講演)

伊藤篤史, 斎藤誠紀, 奥村久士, 高山有道, 中村浩章

計算力学講演会講演論文集 2011(24) 504-506 2011年10月8日
21pJF-12 クーロンレプリカ交換シミュレーション法の提案(21pJF 化学物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

伊藤暁, 奥村久士

日本物理学会講演概要集 66(2) 309-309 2011年8月24日

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共同研究・競争的資金等の研究課題

新しい分子動力学シミュレーション手法の開発とタンパク質折りたたみ問題への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2011年4月 - 2015年3月

奥村久士

奥村久士

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学歴

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主要な論文

MISC

共同研究・競争的資金等の研究課題

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