杭基礎で支持された免震建物においても、中間層免震構造と同様にモード連成作用による応答増幅が生じる。しかし、その増幅量は小さく、動的相互作用の影響も小さいので、従来通りの設計法で対応可能である。また、杭頭免震構造において、基礎簡略化により、積層ゴム端部に回転が生じる場合、回転が生じない場合に対して80%程度に剛性が低下するため、それによる変形量の増大に注意が必要となる。