奥野恭史 (Yasushi Okuno) - マイポータル

基本情報

所属: 京都大学大学院医学研究科ビッグデータ医科学分野教授

学位: 博士（薬学）

ORCID ID: https://orcid.org/0000-0003-3596-4208
J-GLOBAL ID: 200901094457032954
researchmap会員ID: 5000059106

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

京都大学大学院, 薬学研究科修士課程薬品作用制御システム専攻

受賞

2021年4月

内閣総理大臣賞, スーパーコンピュータ「富岳」, 日刊工業新聞社主催「第50回日本産業技術大賞」
2020年12月

優秀発表賞, 創薬応用を目指したテンプレートマッチンングによる生体分子構造多形評価法の開発, 量子生命科学会

徳久淳師、奥野恭史
2020年

第２回日本オープンイノベーション大賞厚生労働大臣賞, 内閣府
2011年

第43回市村学術賞, 財団法人新技術開発財団
2009年

文部科学大臣表彰科学技術賞（科学技術振興部門）, 文部科学省
2008年

第8回バイオビジネスコンペJAPAN 優秀賞, 第8回バイオビジネスコンペJAPAN 優秀賞, バイオビジネスコンペJAPAN委員会
2008年

日本薬学会奨励賞

日本薬学会
2006年

薬学ビジョン部会部会賞, 日本薬学会

論文

226

LTK mutations responsible for resistance to lorlatinib in non-small cell lung cancer harboring CLIP1-LTK fusion

Shunta Mori, Hiroki Izumi, Mitsugu Araki, Jie Liu, Yu Tanaka, Yosuke Kagawa, Yukari Sagae, Biao Ma, Yuta Isaka, Yoko Sasakura …

Communications Biology 7(1) 2024年4月4日
Idiopathic pulmonary fibrosis-specific Bayesian network integrating extracellular vesicle proteome and clinical information

Mei Tomoto, Yohei Mineharu, Noriaki Sato, Yoshinori Tamada, Mari Nogami-Itoh, Masataka Kuroda, Jun Adachi, Yoshito Takeda, Kenji Mizuguchi, Atsushi Kumanogoh …

Scientific Reports 14(1) 2024年1月15日
Recent developments in machine learning modeling methods for hypertension treatment.

Hirohiko Kohjitani, Hiroshi Koshimizu, Kazuki Nakamura, Yasushi Okuno

Hypertension research : official journal of the Japanese Society of Hypertension 2024年1月12日
Enhanced Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulation with a Smoothed Hybrid Potential Using a Neural Network Model.

Ryo Kanada, Atsushi Tokuhisa, Yusuke Nagasaka, Shingo Okuno, Koichiro Amemiya, Shuntaro Chiba, Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Koichiro Kato, Yasushi Okuno

Journal of chemical theory and computation 20(1) 7-17 2024年1月9日
Developing a GNN-based AI model to predict mitochondrial toxicity using the bagging method

Yoshinobu Igarashi, Ryosuke Kojima, Shigeyuki Matsumoto, Hiroaki Iwata, Yasushi Okuno, Hiroshi Yamada

The Journal of Toxicological Sciences 49(3) 117-126 2024年
Network-based prediction approach for cancer-specific driver missense mutations using a graph neural network.

Narumi Hatano, Mayumi Kamada, Ryosuke Kojima, Yasushi Okuno

BMC bioinformatics 24(1) 383-383 2023年10月10日
Establishment of an MR1 Presentation Reporter Screening System and Identification of Phenylpropanoid Derivatives as MR1 Ligands.

Takuro Matsuoka, Akira Hattori, Shinya Oishi, Mitsugu Araki, Biao Ma, Toshiki Fujii, Norihito Arichi, Yasushi Okuno, Hideaki Kakeya, Sho Yamasaki …

Journal of medicinal chemistry 66(17) 12520-12535 2023年9月14日
Individual health-disease phase diagrams for disease prevention based on machine learning

Kazuki Nakamura, Eiichiro Uchino, Noriaki Sato, Ayano Araki, Kei Terayama, Ryosuke Kojima, Koichi Murashita, Ken Itoh, Tatsuya Mikami, Yoshinori Tamada …

Journal of Biomedical Informatics 144 104448-104448 2023年8月
Improving Compound–Protein Interaction Prediction by Self-Training with Augmenting Negative Samples

Takuto Koyama, Shigeyuki Matsumoto, Hiroaki Iwata, Ryosuke Kojima, Yasushi Okuno

Journal of Chemical Information and Modeling 63(15) 4552-4559 2023年7月17日
Deep-learning-based differential diagnosis of follicular thyroid tumors using histopathological images

Satoshi Nojima, Tokimu Kadoi, Ayana Suzuki, Chiharu Kato, Shoichi Ishida, Kansuke Kido, Kazutoshi Fujita, Yasushi Okuno, Mitsuyoshi Hirokawa, Kei Terayama …

Modern Pathology 100296-100296 2023年7月査読有り
Inhibition of the bone morphogenetic protein pathway suppresses tumor growth through downregulation of epidermal growth factor receptor in MEK/ERK-dependent colorectal cancer.

Shota Shimizu, Jumpei Kondo, Kunishige Onuma, Roberto Coppo, Kasumi Ota, Mayumi Kamada, Yohei Harada, Yoshihisa Tanaka, Mai Adachi Nakazawa, Yoshinori Tamada …

Cancer science 2023年6月25日
Ensemble-Learning and Feature Selection Techniques for Enhanced Antisense Oligonucleotide Efficacy Prediction in Exon Skipping.

Alex Zhu, Shuntaro Chiba, Yuki Shimizu, Katsuhiko Kunitake, Yasushi Okuno, Yoshitsugu Aoki, Toshifumi Yokota

Pharmaceutics 15(7) 2023年6月24日
VGAE-MCTS: a New Molecular Generative Model combining Variational Graph Auto-Encoder and Monte Carlo Tree Search

Hiroaki Iwata, Taichi Nakai, Takuto Koyama, Shigeyuki Matsumoto, Ryosuke Kojima, Yasushi Okuno

2023年6月5日
Mutual induced-fit mechanism drives binding between intrinsically disordered Bim and cryptic binding site of Bcl-xL

Gert-Jan Bekker, Mitsugu Araki, Kanji Oshima, Yasushi Okuno, Narutoshi Kamiya

Communications Biology 6(1) 2023年3月30日
Improved Prediction of Antisense Oligonucleotide Efficacy for Exon Skipping Using Ensemble Learning and Feature Selection

Alex Zhu, Shuntaro Chiba, Yuki Shimizu, Katsuhiko Kunitake, Yasushi Okuno, Yoshitsugu Aoki, Toshifumi Yokota

2023年3月22日
Use of 3-Way Voting of Machine Learning Algorithms Improves Prediction Performance of the Efficacy of Antisense-Mediated Exon Skipping and Reduces the Computational Burden

Alex Zhu, Shuntaro Chiba, Yuki Shimizu, Katsuhiko Kunitake, Yasushi Okuno, Yoshitsugu Aoki, Toshifumi Yokota

2023年3月9日
Exploring the mechanism of BK polyomavirus-associated nephropathy through consensus gene network approach.

Noriaki Sato, Keita P Mori, Kaoru Sakai, Hitomi Miyata, Shinya Yamamoto, Takashi Kobayashi, Hironori Haga, Motoko Yanagita, Yasushi Okuno

PloS one 18(6) e0282534 2023年
An Auto-Encoder to Reconstruct Structure with Cryo-EM Images via Theoretically Guaranteed Isometric Latent Space, and Its Application for Automatically Computing the Conformational Pathway

Kimihiro Yamazaki, Yuichiro Wada, Atsushi Tokuhisa, Mutsuyo Wada, Takashi Katoh, Yuhei Umeda, Yasushi Okuno, Akira Nakagawa

Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics) 14220 LNCS 394-404 2023年
Enhanced Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulation with a Smoothed Hybrid Potential Using a Neural Network Model

Ryo Kanada, Atsushi Tokuhisa, Yusuke Nagasaka, Shingo Okuno, Koichiro Amemiya, Shuntaro Chiba, Gert Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Koichiro Kato, Yasushi Okuno

Journal of Chemical Theory and Computation 2023年
Structure-Based Affinity Maturation of Antibody Based on Double-Point Mutations.

Shuntaro Chiba, Yasushi Okuno, Masateru Ohta

Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) 2552 323-331 2023年

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MISC

339

ライフインテリジェンスコンソーシアム(LINC)

奥野恭史

医学のあゆみ 278(6) 109-112 2023年6月
総論 COVID-19から学ぶシミュレーションの可能性

奥野恭史

Precision Medicine 新型コロナウイルスとシミュレーション 6(2) 1-4 2023年1月
AIと高血圧

糀谷泰彦, 小清水宏, 中村和貴, 奥野恭史

日本臨牀 81 55-59 2023年1月
製剤処方設計AIの開発

岩田浩明, 千葉峻太朗, 長谷川亜樹, 大田雅照, 奥野恭史

月刊 PHARMSTAGE (11月号) 2022年11月
AI・シミュレーションによる薬剤開発の迅速化

田中良尚, 松本篤幸, 奥野恭史

実験医学 40(13) 2122-2127 2022年10月
スーパーコンピュータ「富岳」によるCOVID-19治療薬探索,特集：新興ウイルス感染症の早期予防・治療を目指して～COVID-19対策から考える～

奥野恭史

日本薬理学雑誌 157 巻(2 号) 111-114 2022年3月
創薬におけるAIの活用

奧野恭史

先進医療 Navigator 『医療とAI最前線』 58-60 2022年2月
薬として使えそうな物質をAIが提案

奧野恭史

ニュートン別冊「ゼロからわかる人口知能完全版」 56-57 2022年2月
日本人疾患バリアントデータベース MgeND

鎌田真由美, 芦根怜, 峰晴陽平, 奧野恭史

遺伝子医学 Vol12(No1) 65-69 2022年1月
薬として使えそうな物質をAIが提案

奧野恭史

ニュートン別冊『ゼロからわかる人口知能』増補第2版 2022年1月
A deep-learning-based system to diagnose tumor malignancy beyond classical morphological cytopathology techniques(和訳中)

藤田和利, 野島聡, 寺山慧, 中山尭仁, 藤本西蔵, 橋本士, 安富正悟, 清水信貴, 吉村一宏, 植村天受 …

日本泌尿器科学会総会 109回 ISA03-01 2021年12月
これまでの創薬の”常識”をくつがえす新薬たち

奧野恭史

ニュートン別冊『くすりの科学知識』改訂第3版 74-76 2021年11月
「AIによるAKI発症予測」

櫻木実, 内野詠一郎, 佐藤憲明, 奧野恭史, 柳田素子

腎臓内科第14巻(第4) 466-471 2021年10月
ライフインテリジェンスコンソーシアム(LINC)

奥野恭史

医学のあゆみ 278巻(6号) 637-640 2021年8月7日
医薬品開発におけるAI活用

岩田浩明, 奥野恭史

検査と技術第49巻(第7号) 766-769 2021年7月
【日本人の疾患と健康のためのバイオバンクとデータベース活用法試料と情報の的確な探し方と使い方】(第3章)公共データベースを使う使うための情報・手続き日本人疾患ゲノム情報統合データベースMGeND

鎌田真由美, 中津井雅彦, 奥野恭史

実験医学 39(7) 1084-1090 2021年5月
【小児外科医が学ぶ人工知能(AI)・情報伝達技術(ICT)】AIと創薬

奥野恭史

小児外科 53(4) 378-381 2021年4月
【新型データ駆動型サイエンスの起動】「富岳」で飛躍するコンピュータ創薬

奥野恭史

医学のあゆみ 276(9) 837-841 2021年2月
Digital Hypertension 人工知能の利活用-診断・治療支援を高度化する予測医療

奥野恭史

月刊メディカル・サイエンス・ダイジェスト 47(1) 2021年
ダウン症候群の乳幼児の視線位置の特徴探索と発達の関連

岡本麻里, 植田彰彦, 小島諒介, 毎原敏郎, 土屋賢治, 和田敬仁, 奥野恭史

日本小児遺伝学会学術集会プログラム・抄録集 43rd 2021年

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書籍等出版物

医薬品開発におけるオミクス解析技術ゲノム・トランスクリプトーム・プロテオーム・メタボローム

鎌田真由美, 奥野恭史 (担当:共著, 範囲:第1章第1節「ゲノム解析の概要と現状」)

情報機構 2020年3月
サイエンスビュー化学総合資料四訂版2刷

奥野恭史 (担当:共著, 範囲:スーパーコンピューターと創薬)

実教出版 2019年3月
NEWS LETTER Vol.12

奥野恭史 (担当:共著, 範囲:創薬を加速する心毒性スクリーニングシステムの開発)

文部科学省 2019年2月
2章1節スーパーコンピュータによる創薬プロセスの高速化と精度向上

奥野恭史 (担当:共著, 範囲:in silico創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術)

技術情報協会 2018年
日本人のためのゲノム医療用AI，2018年度中に試行開始

奥野恭史 (担当:共著)

週刊医学界新聞 2018年
AI導入によるバイオテクノロジーの発展

奥野恭史 (担当:共著, 範囲:創薬におけるビックーデータの可能性)

シーエムシー出版 2018年
最新創薬インフォマティクス活用マニュアル

奥野, 恭史

メディカルドゥ 2011年10月 (ISBN: 9784944157754)
インシリコ創薬科学 : ゲノム情報から創薬へ

藤井, 信孝, 辻本, 豪三, 奥野, 恭史

京都廣川書店 2008年7月 (ISBN: 9784901789035)

講演・口頭発表等

260

特別講演「DXで目指す創薬イノベーション」

奥野恭史

第73回日本薬学会関西支部総会・大会 2023年10月14日
Comprehensive Clinical Risk Assessment of Drug Candidate Compounds using ADMET-AI Models

Ito S, Iwata H, Matsumoto S, Kojima R, Igarashi Y, Kuroda M, Kawashima H, Watanabe R, Yamada H, Mizuguchi K, Okuno Y

日本薬物動態学会第38回年会／第23回シトクロムP450国際会議国際合同大会 2023年9月27日
創薬科学副専攻「創薬科学特殊講義」「AI・シミュレーションが拓く創薬の未来」

奥野恭史

大阪公立大学第 11 回創薬科学研究所セミナー、第 133 回生物科学フロンティアセミナー 2023年9月22日
INGOR / SiGN-BN - Gene Network Estimation Software

玉田嘉紀, 中澤麻衣, 太田可純, 原田陽平, 藤本健二, 鎌田真由美, 奥野恭史

第12回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2023） 2023年9月7日
Network-Based Prediction Method for Cancer Driver Missense Mutations.

Hatano N, Kamada M, Kojima R, Okuno Y

Intelligent Systems for Molecular Biology/European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB) 2023 2023年7月26日
Latent State Estimation of Cancer Patients Treated with Nivolumab Using Deep State Space Model.

Nakamura A, Kojima R, Okamoto Y, Mineharu Y, Harada Y, Kamada M, Okuno Y

Intelligent Systems for Molecular Biology/European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB) 2023年7月25日
Iterative Data Augmentation of Near Boundary Negative Samples Improves the Model Generalizability in Compound-Protein Interaction Prediction.

Koyama T, Matsumoto S, Iwata H, Kojima R, Okuno Y

Intelligent Systems for Molecular Biology/European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB) 2023 2023年7月24日
動脈硬化研究道場〜シングルセル、AIからビッグデータまで〜AI・シミュレーションが拓く創薬の未来

奥野恭史

第55回日本動脈硬化学会総会・学術集会シンポジウム12 2023年7月9日
The Accuracy Differences in Developing A Deep Neural Network to Identify Pulmonary Vein Potentials Depend On Input Leads of A 12-leads Electrocardiogram.

Tanaka M, Kohjitani H, Yoneda F, Nishiwaki S, Shizuta S, Okuno Y

第69回日本不整脈心電学会学術大会 2023年7月7日
若手教育セミナー1 「ビッグデータからみた循環器疾患」

奥野恭史

第59回日本循環器病予防学会学術集会 2023年6月3日
メディカルAIの現状と未来〜腎領域応用を中心に〜

奥野恭史

AIによる腎疾患診療の未来を考える会 2023年5月22日
Toward universally explainable Oriental Medicine: correlation analysis of the “Syndrome(証)” using real-world health care data.

Wonja HAN(Sonoko, NAKAMICHI, Zikang LI, KOJIMA R, UCHINO E, TAMADA Y, MIKAMI T, MURASHITA K, NAKAJI S, OKUNO Y

SAR International Research Conference
DXによる創薬イノベーション

奥野恭史

日本薬剤学会第38年
ビッグデータ医科学

奥野恭史

第31回日本医学会総会2023東京柱1:ビッグデータがもたらす医学・医療の変革顕微鏡ビッグデータは医学に何をもたらすか？
DX drives the innovation in drug development

奥野恭史

第110回日本泌尿器科学会総会
新薬開発を効率化・加速する製剤処方設計 AI の開発

奥野恭史

AI NEXT FORUM 2023―ビジネスとAI最新技術が出会う、新たなイノベーションが芽生える―
特別企画２デジタルツイン戦略最前線

奥野恭史

弘前大学COI-NEXT Well-beingイノベーションサミット2023 2023年2月10日
「富岳」NOW 「富岳」を活用した研究の現在と今後の展望

奥野恭史

シンポジウム「富岳」EXPANDS ～可能性を拡張する～
データ駆動型医療・ヘルスケアに向けて

AI技術・画像センシングワーキンググループ合同技術部会(オムロン技術・知財本部)
データ科学に基づく医学・医療・創薬の変革

奥野恭史

一般社団法人日本腎臓学会第四回scChemRISC研究会

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所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

ヘルスリテラシーを高め行動変容を促すALD・NAFLD予兆モデルの社会実装試行

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2022年4月 - 2027年3月

本村純, 奥野恭史, 花城和彦, 池松真也, 神谷義人, 砂川昌範, 奥本正, 立津慶幸
「富岳」で目指すシミュレーション・ AI 駆動型次世代医療・創薬

文部科学省スーパーコンピュータ「富岳」成果創出加速プログラム（次世代超高速電子計算機システム利用の成果促進） 2023年4月 - 2027年3月
卵巣がんのがん・宿主多様性の解明による新たな診断・治療戦略の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2021年4月 - 2025年3月

万代昌紀, 濱西潤三, 山口建, 山ノ井康二, 滝真奈, 河本宏, 奥野恭史, 安彦郁, 茶本健司, 村上隆介
がんクリニカルシークエンスにおけるVUS変異の生物学的・臨床的意義の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2018年4月 - 2021年3月

武藤学, 奥野恭史, 大橋真也
“Hypermutated-type” 大腸がんの診断バイオマーカーの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2016年4月 - 2019年3月

山田敦, 奥野恭史, 小杉眞司
侵襲性及び治療コストを低減させる新規加齢黄斑変性疾患治療薬の探索検討

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2015年4月 - 2018年3月

河野雅之, 堀部智久, 川上浩司, 武蔵国弘, 奥野恭史, 池田華子, 瀬原淳子, 飯田敦夫
メタボロームとプロテオームの融合解析による糸球体硬化の病態解明と創薬化研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2015年4月 - 2018年3月

楊國昌, 福冨俊之, 秋元義弘, 西堀由紀野, 奥野恭史, 松阪泰二
NDBレセプトデータの利活用に向けたデータ解析法の開発研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2016年4月 - 2017年3月

森由希子, 黒田知宏, 奥野恭史, 岡本和也
生物情報学的な予測に基づくカタユウレイボヤにおけるペプチド性因子の受容体解明

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2014年4月 - 2017年3月

白石慧, 奥野恭史, 佐竹炎, 奥田利美
統合的多階層生体機能学領域の確立とその応用

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2010年4月 - 2016年3月

倉智嘉久, 井上隆司, 山下富義, 鈴木洋史, 北野宏明, 大槻純男, 天野晃, 木下賢吾, 張功幸, 蒔田直昌, 石川義弘, 本荘晴朗, 中沢一雄, 奥野恭史, 楠原洋之, 影近弘之
生活習慣病予防・治療を目指した膜型脂溶性リガンド受容体の新規機能解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2012年4月 - 2015年3月

足達哲也, 松永哲郎, 奥野恭史
小分子－生体システム相互作用の分子階層における統合的解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2011年4月 - 2015年3月

山下富義, 新島聡, 猪口明博, 奥野恭史, 伊藤貴之
小分子-生体システム相互作用の分子階層における統合的解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2010年 - 2014年

奥野恭史, 新島聡
ケミカルゲノミクスに基づく創薬インフォマティクスの開拓

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(A) 若手研究(A) 2010年 - 2012年

奥野恭史
包括的トランスクリプトーム解析による新たなゲノム医学,創薬研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(S) 基盤研究(S) 2007年 - 2011年

辻本豪三, 平澤明, 木村郁夫, 奥野恭史, 輿水崇鏡, 足達哲也, 寺澤和哉
次世代型創薬「ネットワーク創薬」の創成

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究 2009年 - 2010年

奥野恭史, 瀬木恵里, 新島聡
抗うつ治療モデルにおける脳部位特異的な遺伝子ネットワークのシステム解析

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2009年 - 2010年

瀬木恵里, 杉本幸彦, 奥野恭史
微量臨床検体発現プロファイルによるがんの個別化治療

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2006年 - 2007年

辻本豪三, 平澤明, 輿水崇鏡, 奥野恭史, 足達哲也
ケミカルゲノミクスのためのパスウェイ解析法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2006年 - 2007年

奥野恭史
ゲノム情報に基づく新規遊離脂肪酸受容体群のリガンド同定と機能解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2005年 - 2006年

辻本豪三, 平澤明, 輿水崇鏡, 奥野恭史, 足達哲也, 門脇正史