渡邉 日出海

J-GLOBALへ         更新日: 17/10/18 13:45
 
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研究者氏名
渡邉 日出海
所属
北海道大学
部署
大学院情報科学研究科 生命人間情報科学専攻 バイオインフォマティクス講座
職名
教授
学位
博士(理学)(東京理科大学)

研究分野

 
 

経歴

 
2004年4月
 - 
現在
北海道大学 大学院・情報科学研究科 教授
 
2002年4月
 - 
2004年3月
奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 助教授
 
2002年7月
 - 
2004年3月
国立情報学研究所 情報学基礎研究系 客員助教授
 
2002年4月
 - 
2004年3月
理化学研究所 ゲノム科学総合研究センター 客員主管研究員
 
1999年5月
 - 
2002年3月
理化学研究所 ゲノム科学総合研究センター
 
1997年5月
 - 
1999年4月
米国国立衛生研究所 国立生物技術情報センター
 
1995年4月
 - 
1997年3月
国立遺伝学研究所
 

委員歴

 
2016年
 - 
現在
International Committee on Taxonomy of Viruses  Adenoviridae Study Group
 
2014年
 - 
2015年
日本進化学会  評議員
 
2010年
 - 
2011年
日本進化学会  評議員
 

受賞

 
2012年6月
画像電子学会 優秀論文賞 補完的投票に基づくオプティカルフローのロバスト推定
受賞者: 方 明、髙氏 秀則、金子 俊一、渡邉 日出海
 

論文

 
Marcin Jąkalski, Kazutaka Takeshita, Mathieu Deblieck, Kanako O. Koyanagi, Izabela Makalowska, Hidemi Watanabe, Wojciech Makalowski
Biology Direct   11(1)    2016年8月   [査読有り]
Background
Retroposition, one of the processes of copying the genetic material, is an important RNA-mediated mechanism leading to the emergence of new genes. Because the transcription controlling segments are usually not copied to the new location...
Gabriel Gonzalez, Kanako Ono Koyanagi, Koki Aoki, Hidemi Watanabe
Journal of Virology   89(12) 6209-6217   2015年6月   [査読有り]
Human mastadenovirus D (HAdV-D) is exceptionally rich in type among the seven human adenovirus species. This feature is attributed to frequent intertypic recombination events that have reshuffled orthologous genomic regions between different HAdV-...
Gabriel Gonzalez, Kanako O. Koyanagi, Koki Aoki, Nobuyoshi Kitaichi, Shigeaki Ohno, Hisatoshi Kaneko, Susumu Ishida, Hidemi Watanabe
Gene   547(1) 10-17   2014年8月   [査読有り]
Tsuguto Fujimoto, Shotaro Yamane, Tomoko Ogawa, Nozomu Hanaoka, Atsushi Ogura, Chiemi Hotta, Takeshi Niwa, Yakou Chiba, Gabriel Gonzalez, Koki Aoki, Kanako Ono Koyanagi, Hidemi Watanabe
Japanese Journal of Infectious Diseases   67(4) 282-287   2014年7月   [査読有り]
青木功喜, 金子久俊, 北市伸義, 渡邉日出海, 石田晋, 大野重昭
日本眼科学会雑誌   117(9) 721-726   2013年9月   [査読有り]
流行性角結膜炎を引き起こすヒトアデノウイルス(HAdV)はすべてD種かE種である。バイオインフォマティクスの進歩により、その病態は宿主の免疫応答に関与するearly transcription unit 3(E3)、標的器官に接着するファイバー.ノブ、細胞に侵入するためのペントンベースにあるRGDモチーフ、中和決定基のヘキソンとその可変領域であるループ1と2という構造が関与することがあきらかになってきた。サルからヒトへ種の壁を越えた感染が起こった可能性が指摘され(HAdV-52型)、さらに...
山本 潤,岩森利弘,星 直樹,阿部拓三,坂岡桂一郎,亀井佳彦,高木省吾,沼本 修,阪 幸宏,桜井泰憲,末岡和久,有村博紀,渡邉日出海
水産技術   5(2) 171-174   2013年2月   [査読有り]
We developed a battery powered compact 2000m class ROV (Remotely Operated Vehicle) system with a High-Definition video camera. It does not require specialized equipment to operate. It can be operated using only general purpose equipment. This syst...
Yamane S, Lee AW, Hanaoka N, Gonzalez G, Kaneko H, Ishida S, Kitaichi N, Ohno S, Koyanagi KO, Aoki K, Fujimoto T, Yawata N, Watanabe H
Journal of virology   87(2) 1285-1286   2013年1月   [査読有り]
長谷川尭史, 小川貴弘, 渡邉日出海, 長谷山美紀
電子情報通信学会技術研究報告   111(442(IE2011 105-132)) 73-78   2012年2月
Hayashida K, Hara Y, Abe T, Yamasaki C, Toyoda A, Kosuge T, Suzuki Y, Sato Y, Kawashima S, Katayama T, Wakaguri H, Inoue N, Homma K, Tada-Umezaki M, Yagi Y, Fujii Y, Habara T, Kanehisa M, Watanabe H, Ito K, Gojobori T, Sugawara H, Imanishi T, Weir W, Gardner M, Pain A, Shiels B, Hattori M, Nene V, Sugimoto C
mBio   3(5)    2012年   [査読有り]

Misc

 
福尾悠平, 山根翔太郎, 小柳香奈子, 渡邉日出海
情報処理学会研究報告(CD-ROM)   2011(6) ROMBUNNO.BIO-28,NO.6   2012年4月
田尻鮎美, 小柳香奈子, 渡邉日出海
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   35th WEB ONLY 3P-0026   2012年
山本潤, 岩森利弘, 星直樹, 坂岡桂一郎, 高木省吾, 沼本修, 阪幸宏, 有村博紀, 渡邉日出海
日本水産学会大会講演要旨集   2011 10   2011年9月
青木功喜, 北市伸義, 北市伸義, 石田晋, 石古博昭, 金子久俊, 渡邉日出海, 小柳香奈子, ゴンザレス ガブリエル, 大野重昭
日本眼科学会雑誌   115 202   2011年4月
長谷川尭史, 小川貴弘, 渡邉日出海, 長谷山美紀
電子情報通信学会技術研究報告   110(421(IE2010 104-144)) 125-129   2011年2月

競争的資金等の研究課題

 
単一細胞シークエンスデータに基づく細胞社会学のための情報手法の開発とデータ解析
文部科学省: 科学研究費補助金(新学術領域研究(研究領域提案型))
研究期間: 2017年 - 2021年    代表者: 池尾 一穂
文部科学省: 科学研究費補助金(新学術領域研究(研究領域提案型))
研究期間: 2010年 - 2014年    代表者: 渡邉 日出海
本申請研究では、ゲノム領域における突然変異率の直接計測法を開発し、分子進化解析に基づく適応進化関連領域の検出を可能にすることを目指す。また、その有効性を確かめるために、塩基配列決定を伴うゲノム解析を実施する。初めに、本領域において解析されている酵母実験株の次世代シーケンサーによる配列決定データを用いて、既に公開されている酵母ゲノムとの比較解析を行い、重点的に解析すべき領域の選定を進めた。また、並行してそれらの酵母実験株を至適条件下で継代培養するための実験環境を整え、試験的培養を始めている。...
文部科学省: 科学研究費補助金(基盤研究(B))
研究期間: 2006年 - 2008年    代表者: 渡邉 日出海
生物種の分岐年代を高精度で推定するために、従来広く利用されてきた化石試料には依存しない方法を新たに開発した。本方法では、生物学とは独立に年代が詳しく調べられている地殻変動イベントとそれによって引き起こされたと考えられる種分化を基準とする。これにより、化石試料に伴う大きな曖昧さを回避し、化石を得ることが困難な系統についても現生生物のDNAを用いて種分岐年代を正確に求めることができるようになった。
文部科学省: 科学研究費補助金(特定領域研究)
研究期間: 2006年 - 2007年    代表者: 渡邉 日出海
本研究課題の目的は、ヒト固有形質に密接に関連すると推定されるヒト固有遺伝情報を同定することである。この目的のために、ヒトとチンパンジーの種分岐後にヒトゲノムに生じたヒト固有遺伝情報ならびにヒト特異的進化状態を示すゲノム領域の同定を行った。まず、基盤となるデータとして、ヒト-チンパンジー一マカク間の高精度なゲノム直系領域多重アラインメントの作成を行った。具体的には、曖昧なゲノム領域の実験による確認、ゲノム概要配列に加えてBACクローン配列を用いた解析、詳細な分子進化学的解析によるゲノム直系領...
文部科学省: 科学研究費補助金(特定領域研究)
研究期間: 2005年 - 2005年    代表者: 渡邉 日出海
新たにゲノム比較解析アルゴリズムとツールを開発し、これまでの科研費で構築してきたPCクラスタを活用して、ヒトゲノム完成配列データとチンパンジー概要配列データの間の高精度アラインメントを作成し、両ゲノム間の相違に関する詳細なデータを作成した。次に、両ゲノム間の違いのうちどれがヒトゲノムで生じた変化によるものなのかを明らかにするために、米国で実施されているマカクゲノムの全ゲノムショットガン配列決定によるデータを用いた比較解析を実施した。まず、最優先領域として遺伝子領域に対する詳細な解析を行った...

社会貢献活動

 
Associate Editor
【編集】  Oxford University Press  Genome Biology and Evolution  2009年1月1日 - 現在

その他

 
2017年9月   日本学術振興会表彰
科研費審査における有意義な審査意見を付し公正・公平な審査に大きく貢献したことに対する表彰