草木湖を水源とする桐生市水道局元宿浄水場において原水、沈澱水、ろ過水について18S rRNA遺伝子の塩基配列のクローン解析により真核微小プランクトンの検出を行った。緑藻綱のMychonastes homosphaeraに近縁なクローンが検出され、濁度障害の原因となる可能性が示唆された。