国島直樹 (Naoki Kunishima) - マイポータル

基本情報

所属: 株式会社リガク X線研究所

学位: 博士（理学）(大阪大学)

J-GLOBAL ID: 200901016625616656
researchmap会員ID: 5000072122

研究分野

ライフサイエンス / 構造生物化学 /

経歴

2018年4月 - 現在

株式会社リガク
2001年4月 - 2018年3月

独立行政法人理化学研究所
1994年4月 - 2001年3月

生物分子工学研究所

学歴

- 1994年

大阪大学, 理学研究科, 生物化学
- 1994年

大阪大学

主要な論文

Further thermo‐stabilization of thermophilic rhodopsin from Thermus thermophilus JL‐18 through engineering in extramembrane regions

Tomoki Akiyama, Naoki Kunishima, Sayaka Nemoto, Kazuki Kazama, Masako Hirose, Yuki Sudo, Yoshinori Matsuura, Hisashi Naitow, Takeshi Murata

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 89(3) 301-310 2021年3月査読有り責任著者
Visualization of internal 3D structure of small live seed on germination by laboratory-based X-ray microscopy with phase contrast computed tomography

Naoki Kunishima, Yoshihiro Takeda, Raita Hirose, Dominika Kalasová, Jakub Šalplachta, Kazuhiko Omote

Plant Methods 16(1) 7 2020年12月査読有り筆頭著者責任著者
Structural and functional characterization of thermostable biocatalysts for the synthesis of 6-aminopurine nucleoside-5'-monophospate analogues.

Jon Del Arco, Elena Pérez, Hisashi Naitow, Yoshinori Matsuura, Naoki Kunishima, Jesús Fernández-Lucas

Bioresource technology 276 244-252 2019年3月査読有り
Availability of NHS-biotin labeling to identify free protein lysine revealed by experiment and MD simulation

Aiichiro Muraoka, Yoshinori Matsuura, Hisashi Naitow, Makoto Ihara, Naoki Kunishima

Analytical Biochemistry 557 46-58 2018年9月15日査読有り責任著者
Enzymatic Production of Non-Natural Nucleoside-5′-Monophosphates by a Thermostable Uracil Phosphoribosyltransferase

Jon del Arco, Javier Acosta, Humberto M. Pereira, Almudena Perona, Neratur K. Lokanath, Naoki Kunishima, Jesús Fernández-Lucas

ChemCatChem 10(2) 439-448 2018年1月23日査読有り
Designing better diffracting crystals of biotin carboxyl carrier protein from Pyrococcus horikoshii by a mutation based on the crystal-packing propensity of amino acids

Kazunori D. Yamada, Naoki Kunishima, Yoshinori Matsuura, Koshiro Nakai, Hisashi Naitow, Yoshinori Fukasawa, Kentaro Tomii

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-STRUCTURAL BIOLOGY 73 757-766 2017年9月査読有り責任著者
Protein-ligand complex structure from serial femtosecond crystallography using soaked thermolysin microcrystals and comparison with structures from synchrotron radiation

Hisashi Naitow, Yoshinori Matsuura, Kensuke Tono, Yasumasa Joti, Takashi Kameshima, Takaki Hatsui, Makina Yabashi, Rie Tanaka, Tomoyuki Tanaka, Michihiro Sugahara …

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-STRUCTURAL BIOLOGY 73 702-709 2017年8月査読有り責任著者
Membrane protein structure determination by SAD, SIR, or SIRAS phasing in serial femtosecond crystallography using an iododetergent

Nakane Takanori, Hanashima Shinya, Suzuki Mamoru, Saiki Haruka, Hayashi Taichi, Kakinouchi Keisuke, Sugiyama Shigeru, Kawatake Satoshi, Matsuoka Shigeru, Matsumori Nobuaki …

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 113(46) 13039-13044 2016年11月15日査読有り
Thermodynamics of protein denaturation at temperatures over 100 °C: CutA1 mutant proteins substituted with hydrophobic and charged residues

Y. Matsuura, M. Takehira, Y. Joti, K. Ogasahara, T. Tanaka, N. Ono, N. Kunishima, K. Yutani

Sci. Rep. 5 15545 2015年10月査読有り
Multiple binding modes of a small molecule to human Keap1 revealed by X-ray crystallography and molecular dynamics simulation

Mikiya Satoh, Hajime Saburi, Tomoyuki Tanaka, Yoshinori Matsuura, Hisashi Naitow, Rieko Shimozono, Naoyoshi Yamamoto, Hideki Inoue, Noriko Nakamura, Yoshitaka Yoshizawa …

FEBS OPEN BIO 5 557-570 2015年査読有り責任著者
Crystal structure studies of NADP(+) dependent isocitrate dehydrogenase from Thermus thermophilus exhibiting a novel terminal domain

S. M. Kumar, K. J. Pampa, M. Manjula, M. M. M. Abdoh, Naoki Kunishima, N. K. Lokanath

BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS 449(1) 107-113 2014年6月査読有り
Anomalous signal from S atoms in protein crystallographic data from an X-ray free-electron laser

Thomas Barends, Lutz Foucar, Robert Shoeman, Sadia Bari, Sascha Epp, Robert Hartmann, Gunter Hauser, Martin Huth, Christian Kieser, Lukas Lomb …

Acta Crystallographica Section D 69 838-842 2013年5月査読有り
Integrated database of information from structural genomics experiments

Yukuhiko Asada, Michihiro Sugahara, Hisashi Mizutani, Hisashi Naitow, Tomoyuki Tanaka, Yoshinori Matsuura, Yoshihiro Agari, Akio Ebihara, Akeo Shinkai, Seiki Kuramitsu …

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY 69 914-919 2013年5月査読有り責任著者
Imaging fully hydrated whole cells by coherent x-ray diffraction microscopy

Daewoong Nam, Jaehyun Park, Marcus Gallagher-Jones, Sangsoo Kim, Sunam Kim, Yoshiki Kohmura, Hisashi Naitow, Naoki Kunishima, Takashi Yoshida, Tetsuya Ishikawa …

Physical Review Letters 110(9) 2013年2月28日査読有り
Role of charged residues in stabilization of Pyrococcus horikoshii CutA1, which has a denaturation temperature of nearly 150 °C.

Matsuura Y, Takehira M, Sawano M, Ogasahara K, Tanaka T, Yamamoto H, Kunishima N, Katoh E, Yutani K

The FEBS journal 279(1) 78-90 2012年1月査読有り
Packing Space Expansion of Protein Crystallization Screening with Synthetic Zeolite as a Heteroepitaxic Nucleant

Michihiro Sugahara, Yuko Kageyama-Morikawa, Naoki Kunishima

CRYSTAL GROWTH & DESIGN 11(1) 110-120 2011年1月査読有り責任著者
Dimeric crystal structure of rabbit L-gulonate 3-dehydrogenase/lambda-crystallin: Insights into the catalytic mechanism.

Yukuhiko Asada, Chizu Kuroishi, Yoko Ukita, Rie Sumii, Satoshi Endo, Toshiyuki Matsunaga, Akira Hara, Naoki Kunishima

J. Mol. Biol. 401(5) 906-920 2010年査読有り責任著者
Crystal Structural and Functional Analysis of the Putative Dipeptidase from Pyrococcus horikoshii OT3

Jeyaraman Jeyakanthan, Katsumi Takada, Masahide Sawano, Kyoko Ogasahara, Hisashi Mizutani, Naoki Kunishima, Shigeyuki Yokoyama, Katsuhide Yutani

Journal of Biophysics 2009 1-12 2009年6月28日査読有り
HATODAS II - heavy-atom database system with potentiality scoring

Michihiro Sugahara, Yukuhiko Asada, Hiroki Shimada, Hideyuki Taka, Naoki Kunishima

JOURNAL OF APPLIED CRYSTALLOGRAPHY 42(3) 540-544 2009年6月査読有り責任著者
High-throughput crystallization-to-structure pipeline at RIKEN SPring-8 Center.

Michihiro Sugahara, Yukuhiko Asada, Katsumi Shimizu, Hitoshi Yamamoto, Neratur K Lokanath, Hisashi Mizutani, Bagautdin Bagautdinov, Yoshinori Matsuura, Midori Taketa, Yuichi Kageyama …

Journal of structural and functional genomics 9(1-4) 21-8 2008年12月査読有り責任著者
Crystal structure of glucose-6-phosphate isomerase from Thermus thermophilus HB8 showing a snapshot of active dimeric state

Hitoshi Yamamoto, Hiroshi Miwa, Naoki Kunishima

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 382(3) 747-762 2008年10月査読有り責任著者
Systematic study on crystal-contact engineering of diphthine synthase: influence of mutations at crystal-packing regions on X-ray diffraction quality

Hisashi Mizutani, K. Saraboji, S. M. Malathy Sony, M. N. Ponnuswamy, T. Kumarevel, B. S. Krishna Swamy, D. K. Simanshu, M. R. N. Murthy, Naoki Kunishima

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY 64 1020-1033 2008年10月査読有り責任著者
Nucleant-mediated protein crystallization with the application of microporous synthetic zeolites

Michihiro Sugahara, Yukuhiko Asada, Yuko Morikawa, Yuichi Kageyama, Naoki Kunishima

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY 64 686-695 2008年6月査読有り責任著者
Protein biotinylation visualized by a complex structure of biotin protein ligase with a substrate

Bagautdin Bagautdinov, Yoshinori Matsuura, Svetlana Bagautdinova, Naoki Kunishima

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 283(21) 14739-14750 2008年5月査読有り責任著者
Structure of peptidyl-tRNA hydrolase 2 from Pyrococcus horikoshii OT3: insight into the functional role of its dimeric state

Katsumi Shimizu, Chizu Kuroishi, Mitsuaki Sugahara, Naoki Kunishima

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY 64 444-453 2008年4月査読有り責任著者
Structures of two archaeal diphthine synthases: insights into the post-translational modification of elongation factor 2.

Kishishita S, Shimizu K, Murayama K, Terada T, Shirouzu M, Yokoyama S, Kunishima N

Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 64(4) 397-406 2008年4月査読有り責任著者
Structures of dimeric nonstandard nucleotide triphosphate pyrophosphatase from Pyrococcus horikoshii OT3: Functional significance of interprotomer conformational changes

Neratur K. Lokanath, Kudigana J. Pampa, Koji Takio, Naoki Kunishima

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 375(4) 1013-1025 2008年1月査読有り責任著者
Crystal structures of shikimate dehydrogenase AroE from Thermus thermophilus HB8 and its cofactor and substrate complexes: Insights into the enzymatic mechanism

Bagautdin Bagautdinov, Naoki Kunishima

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 373(2) 424-438 2007年10月査読有り責任著者
Dimeric core structure of modular stator subunit E of archaeal H+-ATPase

Neratur K. Lokanath, Yoshinori Matsuura, Chizu Kuroishi, Naoko Takahashi, Naoki Kunishima

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 366(3) 933-944 2007年2月査読有り責任著者
Novel versatile cryoprotectants for heavy-atom derivatization of protein crystals

M Sugahara, N Kunishima

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY 62 520-526 2006年5月査読有り責任著者
Structure of ATP-dependent phosphoenolpyruvate carboxykinase from Thermus thermophilus HB8 showing the structural basis of induced fit and thermostability

M Sugahara, N Ohshima, Y Ukita, M Sugahara, N Kunishima

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY 61 1500-1507 2005年11月査読有り責任著者
Crystal structures of biotin protein ligase from Pyrococcus horikoshii OT3 and its complexes: Structural basis of biotin activation

B Bagautdinov, C Kuroishi, M Sugahara, N Kunishima

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 353(2) 322-333 2005年10月査読有り責任著者
Heavy-atom Database System: a tool for the preparation of heavy-atom derivatives of protein crystals based on amino-acid sequence and crystallization conditions

M Sugahara, Y Asada, H Ayama, H Ukawa, H Taka, N Kunishima

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY 61 1302-1305 2005年9月査読有り責任著者
Crystal structure of novel NADP-dependent 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase from Thermus thermophilus HB8.

Lokanath NK, Ohshima N, Takio K, Shiromizu I, Kuroishi C, Okazaki N, Kuramitsu S, Yokoyama S, Miyano M, Kunishima N

Journal of molecular biology 352(4) 905-917 2005年9月査読有り責任著者
A novel induced-fit reaction mechanism of asymmetric hot dog thioesterase PaaI

N Kunishima, Y Asada, M Sugahara, J Ishijima, Y Nodake, M Sugahara, M Miyano, S Kuramitsu, S Yokoyama, M Sugahara

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 352(1) 212-228 2005年9月査読有り筆頭著者責任著者
Crystal structure of a component of glycine cleavage system: T-protein from Pyrococcus horikoshii OT3 at 1.5 A resolution.

Lokanath NK, Kuroishi C, Okazaki N, Kunishima N

Proteins 58(3) 769-773 2005年2月査読有り責任著者
Crystal structure of dehydroquinate synthase from Thermus thermophilus HB8 showing functional importance of the dimeric state

M Sugahara, Y Nodake, M Sugahara, N Kunishima

PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS 58(1) 249-252 2005年1月査読有り責任著者
Structure of aldolase from Thermus thermophilus HB8 showing the contribution of oligomeric state to thermostability

NK Lokanath, Shiromizu, I, N Ohshima, Y Nodake, M Sugahara, S Yokoyama, S Kuramitsu, M Miyano, N Kunishima

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY 60 1816-1823 2004年10月査読有り責任著者
Crystallization and preliminary X-ray crystallographic studies of NADP-dependent 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase from Thermus thermophilus HB8

NK Lokanath, Shiromizu, I, Y Nodake, M Sugahara, S Yokoyama, S Kuramitsu, M Miyano, N Kunishima

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY 59 2294-2296 2003年12月査読有り責任著者
Structural views of the ligand-binding cores of a metabotropic glutamate receptor complexed with an antagonist and both glutamate and Gd3+

D Tsuchiya, N Kunishima, N Kamiya, H Jingami, K Morikawa

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 99(5) 2660-2665 2002年3月査読有り
Crystal structure of the Holliday junction migration motor protein RuvB from Thermus thermophilus HB8

Kazuhiro Yamada, Naoki Kunishima, Kouta Mayanagi, Takayuki Ohnishi, Tatsuya Nishino, Hiroshi Iwasaki, Hideo Shinagawa, Kosuke Morikawa

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 98(4) 1442-1447 2001年2月13日査読有り
Structural basis of glutamate recognition by a dimeric metabotropic glutamate receptor

N Kunishima, Y Shimada, Y Tsuji, T Sato, M Yamamoto, T Kumasaka, S Nakanishi, H Jingami, K Morikawa

NATURE 407(6807) 971-977 2000年10月査読有り筆頭著者責任著者
Atomic structure of the GCSF-receptor complex showing a new cytokine-receptor recognition scheme

M Aritomi, N Kunishima, T Okamoto, R Kuroki, Y Ota, K Morikawa

NATURE 401(6754) 713-718 1999年10月査読有り
Crystallographic and functional studies of very short patch repair endonuclease

SE Tsutakawa, T Muto, T Kawate, H Jingami, N Kunishima, M Ariyoshi, D Kohda, M Nakagawa, K Morikawa

MOLECULAR CELL 3(5) 621-628 1999年5月査読有り
The novel acidophilic structure of the killer toxin from halotolerant yeast demonstrates remarkable folding similarity with a fungal killer toxin

Tatsuki Kashiwagi, Naoki Kunishima, Chise Suzuki, Fumihiko Tsuchiya, Sayuki Nikkuni, Yoji Arata, Kosuke Morikawa

Structure 5(1) 81-94 1997年1月15日査読有り
Crystal structure of rat Bcl-xL: Implication for the function of the Bcl-2 protein family

Aritomi M, Kunishima N, Inohara N, Ishibashi Y, Ohta S, Morikawa K

J Biol Chem. 272(44) 27886-27892 1997年査読有り
CRYSTAL-STRUCTURES OF CYANIDE-BOUND AND TRIIODIDE-BOUND FORMS OF ARTHROMYCES-RAMOSUS PEROXIDASE AT DIFFERENT PH VALUES - PERTURBATIONS OF ACTIVE-SITE RESIDUES AND THEIR IMPLICATION IN ENZYME CATALYSIS

K FUKUYAMA, N KUNISHIMA, F AMADA, T KUBOTA, H MATSUBARA

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 270(37) 21884-21892 1995年9月査読有り
Crystal structure of the fungal peroxidase from Arthromyces ramosus at 1.9 Å resolution: structural comparisons with the lignin and cytochrome c peroxidases

N. Kunishima, K. Fukuyama, H. Matsubara, H. Hatanaka, Y. Shibano, T. Amachi

J. Mol. Biol. 235(1) 331-344 1994年1月査読有り筆頭著者

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MISC

タンパク質分子表面リジン残基のNHS-ビオチン修飾による実験的検出法とその有効性評価

村岡愛一郎, 松浦祥悟, 内藤久志, 伊原誠, 伊原誠, 国島直樹, 国島直樹

日本生化学会大会(Web) 91st 2018年
SACLA産学連携プログラム/産業利用推進プログラムを通じて

高橋瑞稀, 南後恵理子, 国島直樹, 登野健介, 登野健介, 城地保昌, 城地保昌, 半沢宏之, 岩田想, 岩田想

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web) 31st 2018年
XFELの創薬利用を目指したタンパク質‐リガンド複合体微結晶のシリアルフェムト秒構造解析

内藤久志, 松浦祥悟, 登野健介, 登野健介, 城地保昌, 城地保昌, 亀島敬, 亀島敬, 初井宇記, 初井宇記 …

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 17th 126 2017年5月22日
結晶パッキング傾向に基づくタンパク質結晶の合理設計

国島直樹, 山田和範, 松浦祥悟, 仲井光四郎, 内藤久志, 深沢嘉紀, 富井健太郎

日本結晶学会年会講演要旨集 2017 2017年
荷電性残基の挙動をMD simulationにより評価することで明らかになった蛋白質の熱安定化に果たす静電相互作用の役割

松浦祥悟, 竹平美千代, 城地保昌, 内藤久志, 小野直子, 国島直樹, 油谷克英

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 17th 2017年
網羅的なCutA1荷電性残基変異型の安定性変化のデータから解明された高温での熱安定化戦略

松浦祥悟, 竹平美千代, 城地保昌, 小野直子, 国島直樹, 油谷克英

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 16th 2016年
化学修飾によるタンパク質表面リジン残基の簡便な検出法

村岡愛一郎, 松浦祥悟, 伊原誠, 伊原誠, 国島直樹

日本生化学会大会(Web) 88th 2015年
ヒト由来Keap1と低分子化合物の複合体の結晶構造および分子動力学シミュレーションによる構造評価

佐藤幹也, 佐藤幹也, 佐分元, 佐分元, 田中智之, 松浦祥悟, 内藤久志, 下薗利恵子, 山本尚義, 井上秀樹 …

日本生化学会大会(Web) 88th 2015年
化学修飾によるタンパク質表面残基の簡便な検出法

村岡愛一郎, 松浦祥悟, 伊原誠, 国島直樹

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 14th 2014年
100°C以上の高温での蛋白質の熱安定化をもたらす荷電残基の探索

松浦祥悟, 竹平美千代, 田中智之, 小野直子, 国島直樹, 油谷克英

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 13th 2013年
放射光生命科学を加速するタンパク質構造研究基盤

国島直樹, 油谷克英, 堀哲哉, 菅原道泰, 内藤久志, 田中智之, 松浦祥悟, 村岡愛一郎, 山本雅貴, 石川哲也

日本生化学会大会(Web) 85th 2012年
100°C以上の高温での蛋白質変性の熱力学

松浦祥悟, 竹平美千代, 国島直樹, 油谷克英

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 12th 2012年
タンパク質X線結晶構造解析における結晶化支援ツール

田中智之, 国島直樹, 油谷克英, 内藤久志, 松浦祥悟, 村岡愛一郎, 菅原道泰

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 35th 2012年
超好熱菌由来CutA1に異常に多く存在するイオン性残基の熱安定化戦略

松浦祥悟, 国島直樹, 油谷克英

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2012 2012年
理論的に推定された静電相互作用のタンパク質熱安定化への寄与の検証:超好熱菌由来蛋白質PhCutA1の場合

松浦祥悟, 竹平美千代, 田中智之, 国島直樹, 油谷克英

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 11th 2011年
大腸菌由来CutA1変異型の熱変性の熱力学的解析

松浦祥悟, 竹平美千代, 田中智之, 太田元規, 国島直樹, 油谷克英

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 10th 2010年
Effective Protein Crystallization Screening with Synthetic Zeolite Molecular Sieves as Hetero-Epitaxic Nucleant

Michihiro Sugahara, Yuko Kageyama-Morikawa, Naoki Kunishima

BIOPHYSICAL JOURNAL 98(3) 251A-251A 2010年1月
大腸菌CutA1の安定性の蛋白質工学;超好熱菌レベルをめざして

松浦祥悟, 太田元規, 竹平美千代, BAGAUTDINOV Bagautdin, 国島直樹, 油谷克英

日本農芸化学会大会講演要旨集 2009 2009年
大腸菌由来CutA1へのイオン性残基導入による熱安定性の変化

松浦祥悟, 竹平美千代, MAKHATADZE George, BAGAUTDIN Bagautdinov, 国島直樹, 油谷克英

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 9th 2009年
大腸菌CutA1蛋白質の熱安定性を超好熱菌レベル(変性温度150°C)に近づける試み

松浦祥悟, 山本等, 太田元規, 小笠原京子, 竹平美千代, BAGAUTDINOV Bagautdin, 国島直樹, XIANG Hongyu, 加藤悦子, 油谷克英

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 8th 2008年

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所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

創薬に向けたヒト由来アセチルCoAカルボキシラーゼの活性化機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2010年 - 2012年

国島直樹, 松浦祥悟

国島直樹

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共同研究・競争的資金等の研究課題

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