山本雅貴 (Masaki Yamamoto) - マイポータル

基本情報

所属: 特定国立研究開発法人理化学研究所放射光科学総合研究センター部門長

研究者番号: 60241254
ORCID ID: https://orcid.org/0000-0002-1311-1768
J-GLOBAL ID: 200901005641981494
researchmap会員ID: 5000072186

研究分野

経歴

2018年4月 - 現在

理研・放射光科学総合研究センター, 利用システム開発研究部門・生物系ビームライン基盤グループ, グループディレクター
2010年4月 - 現在

理研・放射光科学総合研究センター, 利用システム開発研究部門, 部門長
2005年4月 - 現在

兵庫県立大学大学院, 生命理学研究科・連携分野, 客員教授
2012年7月 - 2019年3月

神戸大学, 連携創造本部, 客員教授
2013年4月 - 2018年3月

理研・放射光科学総合研究センター, 利用システム開発研究部門・ビームライン基盤研究部, 部長
2008年11月 - 2013年3月

理研・放射光科学総合研究センター, 利用システム開発研究部門・基盤研究部, 部長
2004年10月 - 2008年10月

理化学研究所播磨研究所, 研究技術開発室, 室長（副主任研究員）
2005年4月 - 2007年3月

高輝度光科学研究センター, 利用研究促進部門, 副部門長
2003年8月 - 2004年9月

理化学研究所播磨研究所, 石川X線干渉光学研究室, 副主任研究員
2002年

（財）高輝度光科学研究センター利用研究促進部門II 構造生物グループリーダ
1997年

（財）高輝度光科学研究センター副主管研究員兼務
1991年

理化学研究所研究員

学歴

1988年4月 - 1991年9月

大阪大学大学院, 理学研究科, 高分子科学専攻
1986年4月 - 1988年3月

大阪大学大学院, 基礎工学研究科, 生物工学専攻
1982年4月 - 1986年3月

大阪大学, 基礎工学部, 生物工学科

受賞

2005年12月

学術賞, トリクロマティック多波長異常分散法およびデータ収集の自動化に関する開発研究, 日本結晶学会

山本雅貴
2003年

ひょうごSPring-8賞

論文

280

Monomer-dimer structural comparison in quinol-dependent nitric oxide reductase reveals a functional basis for superior enzymatic activity in the dimer

Chai C. Gopalasingam, Haruka Egami, Hideki Shigematsu, Masatora Sakaue, Kouki Fukumoto, Christoph Gerle, Masaki Yamamoto, Yoshitsugu Shiro, Kazumasa Muramoto, Takehiko Tosha

2024年5月17日
Crystal structure reveals the binding mode and selectivity of a photoswitchable ligand for the adenosine A2A receptor.

Tsuyoshi Araya, Yuya Matsuba, Harufumi Suzuki, Tomohiro Doura, Nipawan Nuemket, Eriko Nango, Masaki Yamamoto, Dohyun Im, Hidetsugu Asada, Shigeki Kiyonaka …

Biochemical and biophysical research communications 695 149393-149393 2024年2月5日
Structural‐Functional Correlations between Unique N‐terminal Region and C‐terminal Conserved Motif in Short‐chain cis‐Prenyltransferase from Tomato

Riki Imaizumi, Hiroaki Matsuura, Taro Yanai, Kohei Takeshita, Shuto Misawa, Haruhiko Yamaguchi, Naoki Sakai, Yukino Miyagi‐Inoue, Miki Suenaga‐Hiromori, Toshiyuki Waki …

ChemBioChem 2024年1月29日
Ultrastructure and fractal property of chromosomes in close-to-native yeast nuclei visualized using X-ray laser diffraction

So Uezu, Takahiro Yamamoto, Mao Oide, Yuki Takayama, Koji Okajima, Amane Kobayashi, Masaki Yamamoto, Masayoshi Nakasako

Scientific Reports 13(1) 2023年7月5日
Elucidation of the liver pathophysiology of COVID-19 patients using liver-on-a-chips.

Sayaka Deguchi, Kaori Kosugi, Rina Hashimoto, Ayaka Sakamoto, Masaki Yamamoto, Rafal P Krol, Peter Gee, Ryosuke Negoro, Takeshi Noda, Takuya Yamamoto …

PNAS nexus 2(3) pgad029 2023年3月
De novo Fc-based receptor dimerizers differentially modulate PlexinB1 function.

Nozomi Sugano-Nakamura, Kyoko Matoba, Mika Hirose, Nasir K Bashiruddin, Yukiko Matsunaga, Keitaro Yamashita, Kunio Hirata, Masaki Yamamoto, Takao Arimori, Hiroaki Suga …

Structure (London, England : 1993) 30(10) 1411-1423 2022年10月6日
SARS-CoV-2 disrupts respiratory vascular barriers by suppressing Claudin-5 expression.

Rina Hashimoto, Junya Takahashi, Keisuke Shirakura, Risa Funatsu, Kaori Kosugi, Sayaka Deguchi, Masaki Yamamoto, Yugo Tsunoda, Maaya Morita, Kosuke Muraoka …

Science advances 8(38) eabo6783 2022年9月23日
Elucidating polymorphs of crystal structures with intensity-based hierarchical clustering analysis on multiple diffraction datasets

Hiroaki Matsuura, Naoki Sakai, Sachiko Toma-Fukai, Norifumi Muraki, Koki Hayama, Hironari Kamikubo, Shigetoshi Aono, Yoshiaki Kawano, Masaki Yamamoto, Kunio Hirata

2022年9月14日
Dynamic mechanisms of CRISPR interference by Escherichia coli CRISPR-Cas3

Kazuto Yoshimi, Kohei Takeshita, Noriyuki Kodera, Satomi Shibumura, Yuko Yamauchi, Mine Omatsu, Kenichi Umeda, Yayoi Kunihiro, Masaki Yamamoto, Tomoji Mashimo

NATURE COMMUNICATIONS 13(1) 2022年8月
Single crystal spectroscopy and multiple structures from one crystal (MSOX) define catalysis in copper nitrite reductases.

Samuel L Rose, Seiki Baba, Hideo Okumura, Svetlana V Antonyuk, Daisuke Sasaki, Tobias M Hedison, Muralidharan Shanmugam, Derren J Heyes, Nigel S Scrutton, Takashi Kumasaka …

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 119(30) e2205664119 2022年7月26日
Structure of the bile acid transporter and HBV receptor NTCP.

Jinta Asami, Kanako Terakado Kimura, Yoko Fujita-Fujiharu, Hanako Ishida, Zhikuan Zhang, Yayoi Nomura, Kehong Liu, Tomoko Uemura, Yumi Sato, Masatsugu Ono …

Nature 606(7916) 1021-1026 2022年6月
In situ crystal data-collection and ligand-screening system at SPring-8.

Hideo Okumura, Naoki Sakai, Hironori Murakami, Nobuhiro Mizuno, Yuki Nakamura, Go Ueno, Takuya Masunaga, Takashi Kawamura, Seiki Baba, Kazuya Hasegawa …

Acta crystallographica. Section F, Structural biology communications 78(Pt 6) 241-251 2022年6月1日
Guidelines for de novo phasing using multiple small-wedge data collection. Corrigendum

Seiki Baba, Hiroaki Matsuura, Takashi Kawamura, Naoki Sakai, Yuki Nakamura, Yoshiaki Kawano, Nobuhiro Mizuno, Takashi Kumasaka, Masaki Yamamoto, Kunio Hirata

Journal of Synchrotron Radiation 29(2) 593-593 2022年3月1日
CRISPR-Cas3-based diagnostics for SARS-CoV-2 and influenza virus

Kazuto Yoshimi, Kohei Takeshita, Seiya Yamayoshi, Satomi Shibumura, Yuko Yamauchi, Masaki Yamamoto, Hiroshi Yotsuyanagi, Yoshihiro Kawaoka, Tomoji Mashimo

ISCIENCE 25(2) 2022年2月
A crystal-processing machine using a deep-ultraviolet laser: application to long-wavelength native SAD experiments.

Yoshiaki Kawano, Masahide Hikita, Naohiro Matsugaki, Masaki Yamamoto, Toshiya Senda

Acta crystallographica. Section F, Structural biology communications 78(Pt 2) 88-95 2022年2月1日
The structure of NLRP9 reveals a unique C-terminal region with putative regulatory function.

Yukie Kamitsukasa, Kenji Nakano, Karin Murakami, Kunio Hirata, Masaki Yamamoto, Toshiyuki Shimizu, Umeharu Ohto

FEBS letters 596(7) 876-885 2022年1月28日
Guidelines for de novo phasing using multiple small-wedge data collection

Seiki Baba, Hiroaki Matsuura, Takashi Kawamura, Naoki Sakai, Yuki Nakamura, Yoshiaki Kawano, Nobuhiro Mizuno, Takashi Kumasaka, Masaki Yamamoto, Kunio Hirata

Journal of Synchrotron Radiation 28(5) 1284-1295 2021年9月1日
Short-lived intermediate in N2O generation by P450 NO reductase captured by time-resolved IR spectroscopy and XFEL crystallography

Takashi Nomura, Tetsunari Kimura, Yusuke Kanematsu, Daichi Yamada, Keitaro Yamashita, Kunio Hirata, Go Ueno, Hironori Murakami, Tamao Hisano, Raika Yamagiwa …

Proceedings of the National Academy of Sciences 118(21) e2101481118-e2101481118 2021年5月25日
XFEL Crystal Structures of Peroxidase Compound II

Hanna Kwon, Jaswir Basran, Chinar Pathak, Mahdi Hussain, Samuel L Freeman, Alistair J Fielding, Anna J Bailey, Natalia Stefanou, Hazel A Sparkes, Takehiko Tosha …

Angewandte Chemie International Edition 2021年4月7日
Cryo-EM Structure of the Prostaglandin E Receptor EP4 Coupled to G Protein.

Shingo Nojima, Yoko Fujita, Kanako Terakado Kimura, Norimichi Nomura, Ryoji Suno, Kazushi Morimoto, Masaki Yamamoto, Takeshi Noda, So Iwata, Hideki Shigematsu …

Structure (London, England : 1993) 29(3) 252-260 2021年3月4日

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MISC

187

室温構造解析・時分割構造解析に向けたSPring-8構造生物学ビームラインの高度化

矢野直峰, 馬場清喜, 奥村英夫, 河村高志, 村上博則, 増永拓也, NIPAWAN Nuemket, NIPAWAN Nuemket, KANG Jungmin, 保坂俊彰 …

日本結晶学会年会講演要旨集 2023 2023年
CRISPR-Cas3によるDNA切断機構の解析と受精卵への応用

吉見一人, 竹下浩平, 古寺哲幸, 渋村里美, 山内祐子, 谷口ひろみ, 山本雅貴, 真下知士

日本実験動物学会総会講演要旨集(Web) 69th 2022年
SPring-8生体超分子複合体構造解析ビームライン(大阪大学蛋白質研究所)BL44XUの現状

櫻井啓介, 山下栄樹, 吉村政人, 長谷川和也, 村上博則, 熊坂崇, 古川行人, 上野剛, 山本雅貴, 中川敦史

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web) 35th 2022年
超高分解能X線結晶解析により解明された[2Fe-2S]型フェレドキシンの酸化還元に伴う構造変化

OHNISHI Yusuke, TANAKA Hideaki, OKUMURA Hideo, BABA Kiyoki, KAWANO Yoshiaki, KUMASAKA Takashi, TESHIMA Kezo, IKEGAMI Takahisa, IKEGAMI Takahisa, AGO Hideo …

日本化学会春季年会講演予稿集(CD-ROM) 100th 2020年
常温X線結晶構造解析のためのマイクロデバイスの開発

舟久保智瑛, 真栄城正寿, 真栄城正寿, 伊藤翔, 伊藤翔, 上野剛, 石田晃彦, 谷博文, 山本雅貴, 渡慶次学

分析化学討論会講演要旨集(Web) 80th 2020年
マイクロデバイスを用いたタンパク質結晶の室温複合体構造解析

竹田怜央, 真栄城正寿, 真栄城正寿, 伊藤翔, 伊藤翔, 上野剛, 石田晃彦, 谷博文, 山本雅貴, 渡慶次学

化学とマイクロ・ナノシステム学会研究会講演要旨集 42nd (Web) 2020年
理研構造ゲノムビームラインI&IIの現状

上野剛, 仲村勇樹, 奥村英夫, 伊藤翔, 水野伸宏, 水野伸宏, 引間孝明, 平田邦生, 河野能顕, 村上博則 …

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web) 33rd 2020年
SPring-8タンパク結晶ビームラインにおける自動データ収集システムの現状

平田邦生, 河野能顕, 上野剛, 山下恵太郎, 山下恵太郎, 坂井直樹, 馬場清喜, 水野伸宏, 仲村勇樹, 村上博則 …

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web) 33rd 2020年
HIGH-THROUGHPUT X-RAY CRYSTALLOGRAPHY BASED ON THE PROTEIN CRYASTAL ARRAY

Reo Takeda, Masatoshi Maeki, Sho Ito, Go Ueno, Kunio Hirata, Akihiko Ishida, Hirofumi Tani, Masaki Yamamoto, Manabu Tokeshi

Proc. Micro TAS 2019 191-192 2019年10月査読有り
選択的アンタゴニスト結合型熱安定化ムスカリンM2受容体の構造解析

寿野良二, LEE Sangbae, 前田将司, 安田賢司, 山下恵太郎, 平田邦生, 平田邦生, 堀田彰一郎, 田原本麻貴, 辻本浩一 …

日本細胞生物学会大会(Web) 71st 2019年
Crystallographic study on estimation of the valence of each of the four Mn atoms in Photosystem II using anomalous diffraction techniques

Yasufumi Umena, Keisuke Kawakami, Nobuo Kamiya, Yoshiaki Kawano, Keitaro Yamashita, Hideo Ago, Masaki Yamamoto, Jian-Ren Shen

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES 75 A363-A363 2019年
マイクロデバイスを用いたX線結晶構造解析の高速化とリガンドスクリーニングへの応用

竹田怜央, 真栄城正寿, 真栄城正寿, 伊藤翔, 伊藤翔, 上野剛, 平田邦夫, 石田晃彦, 谷博文, 山本雅貴 …

化学とマイクロ・ナノシステム学会研究会講演要旨集 39th 2019年
銅含有アミン酸化酵素触媒機構の“in crystallo“熱力学的解析

村川武志, 馬場清喜, 河野能顕, 林秀行, 矢野貴人, 熊坂崇, 山本雅貴, 谷澤克行, 岡島俊英

日本細胞生物学会大会(Web) 71st 2019年
LCP結晶から効率よくデータ収集を行う手法開発

平田邦生, 河野能顕, 上野剛, 山下恵太郎, 村上博則, 熊坂崇, 山本雅貴

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web) 32nd 2019年
理研構造ゲノムビームラインI&IIの現状

上野剛, 仲村勇樹, 奥村英夫, 伊藤翔, 水野伸宏, 水野伸宏, 引間孝明, 平田邦生, 河野能顕, 村上博則 …

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web) 32nd 2019年
Present status of SPring-8 macromolecular crystallography beamlines

Hideo Okumura, Kazuya Hasegawa, Seiki Baba, Nobuhiro Mizuno, Hironori Murakami, Takashi Kumasaka, Kunio Hirata, Go Ueno, Masaki Yamamoto

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES 74 E174-E174 2018年8月
深紫外レーザーを用いた結晶加工技術に対する位相決定への影響

原田彩佳, 松垣直宏, 松垣直宏, 河野能顕, 山本雅貴, 千田俊哉, 千田俊哉

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 18th 120 2018年5月23日
理研構造ゲノムビームラインI&IIの現状

上野剛, 仲村勇樹, 奥村英夫, 伊藤翔, 水野伸宏, 水野伸宏, 引間孝明, 平田邦生, 山下恵太郎, 河野能顕 …

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web) 31st 2018年
アディポネクチン受容体のX線結晶構造解析

田辺弘明, 田辺弘明, 田辺弘明, 藤井佳史, 岩部(岡田, 美紀, 岩部真人, 羽藤正勝, 可野邦行, 川名裕己 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 41st ROMBUNNO.1P‐0064 (WEB ONLY) 2018年
SPring‐8 BL38B1の高性能化と利用技術開発

馬場清喜, 奥村英夫, 仲村勇樹, 水野伸宏, 長谷川和也, 河野能顕, 上野剛, 梶原堅太郎, 木村滋, 鈴木凌 …

日本結晶学会年会講演要旨集 2017 93 2017年11月23日