村上裕 (Hiroshi Murakami) - マイポータル

基本情報

所属: 名古屋大学大学院工学研究科生命分子工学専攻分子生命化学教授

学位: 博士（工学）(岡山大学)

J-GLOBAL ID: 200901097764016035
researchmap会員ID: 5000074819

外部リンク: http://www.chembio.nagoya-u.ac.jp/labhp/bioanal2/publications.html

研究キーワード

研究分野

ライフサイエンス / 応用生物化学 /

経歴

2019年4月 - 現在

名古屋大学, 未来社会創造機構ナノライフシステム研究所ナノバイオデバイス・ライフサイエンス・ELSI/EHS研究部門, 兼任教授
2015年4月 - 現在

名古屋大学, 大学院工学研究科, 教授
2009年4月 - 2015年3月

東京大学大学院総合文化研究科准教授
2003年4月 - 2009年3月

東京大学先端科学研究センター助教

学歴

1997年4月 - 2000年3月

岡山大学, 自然科学研究科, 生物資源科学専攻
1995年4月 - 1997年3月

岡山大学, 工学研究科, 生体機能応用工学専攻

委員歴

論文

De novo chemo-optogenetics through the rational design of photoresponsive molecules and selection of their artificial protein binding pairs

Tomoki Miyazaki, Tomoshige Fujino, Tatsuyuki Yoshii, Haruto Kosugi, Mamoru Funane, Naoya Murata, Kim Chung Nguyen, Satoru Nagatoishi, Kouhei Tsumoto, Gosuke Hayashi …

Nature Chemistry 2026年4月23日
Crystallization and X-ray structure of a highly aggregation-prone monobody engineered for high-affinity small-molecule recognition.

Koushirou Endo, Shun Umemoto, Nariaki Tsuzuki, Hideo Okumura, Yusuke Sato, Tatsuyuki Yoshii, Shinya Tsukiji, Shingo Nagano, Hiroshi Murakami, Tomoya Hino

Acta crystallographica. Section F, Structural biology communications 82(Pt 3) 75-82 2026年3月1日
Chemical Protein Synthesis via Direction-Switching One-Pot Peptide Ligation Enabled by Orthogonal Cysteinyl Protection.

Koki Nakatsu, Fumika Yoshitomi, Hiroki Onoda, Reia Shikimachi, Kyohei Arita, Akimitsu Okamoto, Hiroshi Murakami, Gosuke Hayashi

Journal of the American Chemical Society 148(4) 4622-4634 2026年2月4日
Design and Evaluation of Stable Cysteine-Modified Monobody Scaffolds for Mirror-Image Synthesis.

Naoya Iwamoto, Saya Ohno, Kensuke Nakamura, Toshinori Naito, Sayaka Miura, Shinsuke Inuki, Hiroaki Ohno, Gosuke Hayashi, Hiroshi Murakami, Shinya Oishi

Bioconjugate chemistry 36(7) 1504-1515 2025年7月16日
De novo chemo-optogenetics through rational small-molecule design and TRAP display

Tomoki Miyazaki, Tomoshige Fujino, Tatsuyuki Yoshii, Mamoru Funane, Naoya Murata, Chung Nguyen Kim, Satoru Nagatoishi, Kouhei Tsumoto, Gosuke Hayashi, Hiroshi Murakami …

bioRxiv 2025年4月10日
Generating a mirror-image monobody targeting MCP-1 via TRAP display and chemical protein synthesis.

Gosuke Hayashi, Toshinori Naito, Sayaka Miura, Naoya Iwamoto, Yusuke Usui, Mika Bando-Shimizu, Sae Suzuki, Katsuaki Higashi, Motohiro Nonaka, Shinya Oishi …

Nature communications 15(1) 10723-10723 2024年12月23日
The effect of Fc region affinity of protein-based antibody-recruiting molecules on antibody-dependent cellular cytotoxicity.

Hiroshi Tagawa, Riku Saeki, Chihaya Yamamoto, Kenta Tanito, Chihiro Tanaka, Shoki Munekawa, Teruki Nii, Akihiro Kishimura, Hiroshi Murakami, Takeshi Mori …

RSC advances 14(32) 22860-22866 2024年7月19日
Ser/Leu-swapped cell-free translation system constructed with natural/in vitro transcribed-hybrid tRNA set.

Tomoshige Fujino, Ryogo Sonoda, Taito Higashinagata, Emi Mishiro-Sato, Keiko Kano, Hiroshi Murakami

Nature communications 15(1) 4143-4143 2024年5月16日
High-affinity mirror-image monobody targeting MCP-1 generated via TRAP display and chemical protein synthesis

Hiroshi Murakami, Gosuke Hayashi, Toshinori Naito, Sayaka Miura, Naoya Iwamoto, Yusuke Usui, Motohiro Nonaka, Shinya Oishi

2024年4月25日
Optineurin provides a mitophagy contact site for TBK1 activation

Koji Yamano, Momoha Sawada, Reika Kikuchi, Kafu Nagataki, Waka Kojima, Ryu Endo, Hiroki Kinefuchi, Atsushi Sugihara, Tomoshige Fujino, Aiko Watanabe …

The EMBO Journal 43(5) 754-779 2024年1月29日
Large-scale analysis of mRNA sequences localized near the start and amber codons and their impact on the diversity of mRNA display libraries

Shun Umemoto, Taishi Kondo, Tomoshige Fujino, Gosuke Hayashi, Hiroshi Murakami

Nucleic Acids Research 51(14) 7465-7479 2023年8月11日
Thiocholine-Mediated One-Pot Peptide Ligation and Desulfurization

Sae Suzuki, Yuya Nakajima, Naoki Kamo, Akihisa Osakabe, Akimitsu Okamoto, Gosuke Hayashi, Hiroshi Murakami

Molecules 28(9) 3655-3655 2023年4月22日
Repetitive Thiazolidine Deprotection Using a Thioester‐Compatible Aldehyde Scavenger for One‐Pot Multiple Peptide Ligation**

Koki Nakatsu, Akimitsu Okamoto, Gosuke Hayashi, Hiroshi Murakami

Angewandte Chemie International Edition 61(39) 2022年9月26日
Monobodies with potent neutralizing activity against SARS-CoV-2 Delta and other variants of concern

Taishi Kondo, Kazuhiro Matsuoka, Shun Umemoto, Tomoshige Fujino, Gosuke Hayashi, Yasumasa Iwatani, Hiroshi Murakami

Life Science Alliance 5(6) 2022年6月
Construction of a highly diverse mRNA library for in vitro selection of monobodies

Taishi Kondo, Minori Eguchi, Nariaki Tsuzuki, Naoya Murata, Tomoshige Fujino, Gosuke Hayashi, Hiroshi Murakami

Bio-protocol 11(16) 2021年8月20日
cDNA TRAP display for rapid and stable in vitro selection of antibody-like proteins

Taishi Kondo, Minori Eguchi, Seita Kito, Tomoshige Fujino, Gosuke Hayashi, Hiroshi Murakami

Chemical Communications 57(19) 2416-2419 2021年
Organoruthenium-catalyzed chemical protein synthesis to elucidate the functions of epigenetic modifications on heterochromatin factors

Naoki Kamo, Tomoya Kujirai, Hitoshi Kurumizaka, Hiroshi Murakami, Gosuke Hayashi, Akimitsu Okamoto

Chemical Science 12(16) 5926-5937 2021年
Antibody-like proteins that capture and neutralize SARS-CoV-2

Taishi Kondo, Y. Iwatani, Kazuhiro Matsuoka, Tomoshige Fujino, S. Umemoto, Y. Yokomaku, Keigo Ishizaki, 清太鬼頭, Sezaki Takahiro, G. Hayashi …

Science Advances 6(42) 2020年10月16日
An Amino Acid-Swapped Genetic Code

Tomoshige Fujino, Masahiro Tozaki, Hiroshi Murakami

ACS Synthetic Biology 9(10) 2703-2713 2020年10月16日
Exploring the Minimal RNA Substrate of Flexizymes

Tomoshige Fujino, Taishi Kondo, Hiroaki Suga, Hiroshi Murakami

ChemBioChem 20(15) 1959-1965 2019年8月

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MISC

D体アミノ酸の翻訳伸長反応への適合性

藤野公茂, 後藤佑樹, 菅裕明, 村上裕

Chemical biology = ケミカルバイオロジー 9(1) 11-14 2016年6月
In vitro selection of macrocyclic peptides with a reprogrammed genetic code to discover VEGFR2 antagonists

KAWAKAMI Takashi, ISHIZAWA Takahiro, FUJINO Tomoshige, MURAKAMI Hiroshi

Peptide science : proceedings of the ... Japanese Peptide Symposium 2012 291-292 2013年3月1日
Ribosomal Synthesis of Peptides Containing P-Amino Acids

FUJINO Tomoshige, MURAKAMI Hiroshi

Peptide science : proceedings of the ... Japanese Peptide Symposium 2012 47-48 2013年3月1日
質量分析計によるRNA制御因子の同定法の開発とその応用

足達俊吾, 穂本真佐江, 田中利好, 日置雄策, 村上裕, 菅裕明, 松本雅記, 中山敬一, 堀本勝久, 家村俊一郎 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 35th 3W12III-1 (WEB ONLY) 2012年
Ribosome-catalyzed incorporation of various N-substituted glycines into a nascent polypeptide backbone

Takashi Kawakami, Hiroshi Murakami, Hiroaki Suga

JOURNAL OF MOLECULAR CATALYSIS B-ENZYMATIC 62(1) 116-116 2010年1月
Peptide deformylase- and methionine aminopepitdase-catalyzed formyl-methionine-removal toward ribosome-catalyzed non-natural peptide synthesis

Takashi Kawakami, Atsushi Ohta, Hiroshi Ashigai, Hiroshi Murakami, Hiroaki Suga

JOURNAL OF MOLECULAR CATALYSIS B-ENZYMATIC 62(1) 115-116 2010年1月
A flexizyme that selectively charges amino acids activated by a water-friendly leaving group (vol 19, pg 3892, 2009)

Nobuyoshi Niwa, Yusuke Yamagishi, Hiroshi Murakami, Hiroaki Suga

BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY LETTERS 20(1) 423-423 2010年1月
Ribosomal Synthesis of C-Terminally Modified Peptides

NAKAJIMA Eiji, MURAKAMI Hiroshi, SUGA Hiroaki

Peptide science : proceedings of the ... Japanese Peptide Symposium 2008 187-188 2009年3月1日
Post-translational Chemical Construction of Backbone-thioester for DNA-programmed Synthesis of Backbone-cyclized Non-natural Peptides

KAWAKAMI Takashi, OHTA Atsushi, ASHIGAI Hiroshi, MURAKAMI Hiroshi, SUGA Hiroaki

Peptide science : proceedings of the ... Japanese Peptide Symposium 2008 55-56 2009年3月1日
新創薬技術RAPIDシステムとマイクロ・ナノデバイスへの期待 (特集新世代ナノデバイス・材料の世界)

村上裕, 菅裕明

化学工業 59(6) 463-469 2008年6月
Ribosomal Synthesis of Cyclic Peptides Composed of non-Proteinogenic Amino Acids

SAKO Yusuke, GOTO Yuki, MURAKAMI Hiroshi, SUGA Hiroaki

Peptide science : proceedings of the ... Japanese Peptide Symposium 2007 389-390 2008年3月1日
Ribosomal Incorporation of Various N^α-Methylated Amino Acids into a Peptide Backbone

KAWAKAMI Takashi, MURAKAMI Hiroshi, SUGA Hiroaki

Peptide science : proceedings of the ... Japanese Peptide Symposium 2007 175-176 2008年3月1日
A Novel Method for Modification and Cyclization of Peptides Using an Oxidative Coupling Reaction

YAMAGISHI Yusuke, ASHIGAI Hiroshi, GOTO Yuki, MURAKAMI Hiroshi, SUGA Hiroaki

Peptide science : proceedings of the ... Japanese Peptide Symposium 2007 177-178 2008年3月1日
Ribosomal Synthesis of Peptides Containing Various Unusual Structures and Its Application to the Synthesis of Cyclic Peptides

GOTO Yuki, MURAKAMI Hiroshi, SUGA Hiroaki

Peptide science : proceedings of the ... Japanese Peptide Symposium 2007 39-40 2008年3月1日
Ribosomal Synthesis of Peptides having Various Cyclic Elements and Acyl Groups on the C-Terminus

Eiji Nakajima, Hiroshi Murakami, Hiroaki Suga

YAKUGAKU ZASSHI-JOURNAL OF THE PHARMACEUTICAL SOCIETY OF JAPAN 128 61-61 2008年
[Reprogramming the genetic code using flexizyme].

Sako Y, Murakami H, Suga H

Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme 52(13 Suppl) 1643-1648-1648 2007年10月査読有り
特殊ペプチドのコンビナトリアル翻訳合成 (特集コンビナトリアルケミストリーの新展開)

後藤佑樹, 太田淳, 村上裕

化学工業 58(4) 255-262 2007年4月
Ribosomal Synthesis of Peptides Having Various Acyl Groups on the N-Terminus

GOTO Yuki, ASHIGAI Hiroshi, SAKO Yusuke, MURAKAMI Hiroshi, SUGA Hiroaki

Peptide science : proceedings of the ... Japanese Peptide Symposium 2006 46-47 2007年3月1日
フレキシザイムを用いた遺伝暗号の拡張とリプログラミング (RNAと生命) -- (RNAテクノロジーと創薬)

村上裕, 菅裕明

蛋白質核酸酵素 51(16) 2496-2501-2501 2006年12月
[Expansion and reprogramming of genetic code by Flexizyme].

Murakami H, Suga H

Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme 51(16 Suppl) 2496-2501 2006年12月査読有り

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所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

超並列ペプチド1分子アミノ酸配列決定法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(S) 2023年4月 - 2028年3月

村上裕, 林剛介, 日野智也
抗体医薬を真に置き換える小タンパク質医薬の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2025年3月

森健, 村上裕
抗体医薬を真に置き換える小タンパク質医薬の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2025年3月

森健, 村上裕
高速人工抗体創製法の開発とタンパク質１分子単位定量への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2015年4月 - 2019年3月
新遺伝暗号の創成

日本学術振興会科学研究費助成事業萌芽研究 2015年4月 - 2016年3月
JSPS 特殊ペプチド増幅法の開発と創薬への応

科学研究費助成事業最先端・次世代研究開発支援プログラ 2010年4月 - 2014年3月
ポリペプチド翻訳合成:D体アミノ酸とベータアミノ酸への新展開

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(A) 2008年4月 - 2011年3月
広汎用リボソームの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2011年 - 2011年

村上裕
脂肪酸生合成リボザイムとRNA生命体の創成

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(S) 2004年 - 2008年

菅裕明, 村上裕, 二井一樹, 神紘一郎, 大内政樹, 太田淳, 川上隆史, 丹羽慶吉
新規アミノアシルtRNA合成リボザイムの創製

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2005年4月 - 2007年3月

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