櫛田達矢 (Tatsuya Kushida) - マイポータル

基本情報

所属: 国立研究開発法人理化学研究所バイオリソース研究センター統合情報開発室研究員

学位: 博士（学術）

ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-0784-4113
J-GLOBAL ID: 200901011091120160
researchmap会員ID: 5000077204

研究分野

論文

Zero-Shot Entailment Learning for Ontology-Based Biomedical Annotation Without Explicit Mentions.

Rumana Ferdous Munne, Noriki Nishida, Shanshan Liu, Narumi Tokunaga, Yuki Yamagata, Kouji Kozaki, Yuji Matsumoto 0001

COLING 8148-8159 2025年
Homeostasis imbalance process ontology: a study on COVID-19 infectious processes.

Yuki Yamagata, Tatsuya Kushida, Shuichi Onami, Hiroshi Masuya

BMC medical informatics and decision making 23(Suppl 4) 301-301 2024年5月22日
BioHackJP 2023 Report R1:Improving phenotype ontology interoperability

Eisuke Dohi, Tatsuya Kushida, Yuki Yamagata, Terue Takatsuki, Thomas Liener, Robert Hoehndorf

BioHackrXiv 2024年1月査読有り
MoG+: a database of genomic variations across three mouse subspecies for biomedical research.

Toyoyuki Takada, Kentaro Fukuta, Daiki Usuda, Tatsuya Kushida, Shinji Kondo, Shoko Kawamoto, Atsushi Yoshiki, Yuichi Obata, Asao Fujiyama, Atsushi Toyoda …

Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society 33(1) 31-43 2022年3月
A community effort for COVID-19 Ontology Harmonization.

Asiyah Yu Lin, Yuki Yamagata, William D Duncan, Leigh C Carmody, Tatsuya Kushida, Hiroshi Masuya, John Beverley, Biswanath Dutta, Michael DeBellis, Zoë May Pendlington …

CEUR workshop proceedings 3073 122-127 2022年
Establishment and application of information resource of mutant mice in RIKEN BioResource Research Center

Hiroshi Masuya, Daiki Usuda, Hatsumi Nakata, Naomi Yuhara, Keiko Kurihara, Yuri Namiki, Shigeru Iwase, Toyoyuki Takada, Nobuhiko Tanaka, Kenta Suzuki …

Laboratory Animal Research 37(1) 6-6 2021年12月
BioHackathon 2015: Semantics of data for life sciences and reproducible research

Katayama, T., Vos, R.A., Mishima, H., Kawano, S., Kawashima, S., Kim, J.-D., Moriya, Y., Tokimatsu, T., Yamaguchi, A., Yamamoto, Y. …

F1000Research 9 136-136 2020年
Choosing preferable labels for the japanese translation of the human phenotype ontology

Ninomiya, K., Takatsuki, T., Kushida, T., Yamamoto, Y., Ogishima, S.

Genomics and Informatics 18(2) 62-67 2020年
Investigating schema definitions using RDFS and OWL 2 for RDF databases in life sciences

Yamaguchi, A., Kushida, T., Yamamoto, Y., Kozaki, K.

Communications in Computer and Information Science 1157 CCIS 137-144 2020年査読有り
Building knowledge graph across different subdomains using interlinking ontology for biomedical concepts

Kozaki, K., Kushida, T., Yamamoto, Y., Takagi, T.

Communications in Computer and Information Science 1157 CCIS 182-190 2020年査読有り
Interconnection of Biological Knowledge Using NikkajiRDF and Interlinking Ontology for Biological Concepts

Kushida, T., Kozaki, K., Kawamura, T., Tateisi, Y., Yamamoto, Y., Takagi, T.

New Generation Computing 37(4) 525-549 2019年査読有り
BioHackathon series in 2013 and 2014: Improvements of semantic interoperability in life science data and services

Katayama, T., Kawashima, S., Micklem, G., Kawano, S., Kim, J.-D., Kocbek, S., Okamoto, S., Wang, Y., Wu, H., Yamaguchi, A. …

F1000Research 8 2019年
Reconstruction of Hierarchical Structures in the IOBC Ontology developed from a Thesaurus through Curation by domain Experts

T. Kushida, K. Kozaki, Y. Yamamoto, A. Yamaguchi, T. Kawamura, T. Nakagawa, Y. Tateisi, T. Takagi

Proceedings of 10th International Conference on Biomedical Ontologies (ICBO 2019), Poster track 1-1 2019年査読有り
PubCaseFinder: A Case-Report-Based, Phenotype-Driven Differential-Diagnosis System for Rare Diseases.

Toyofumi Fujiwara, Yasunori Yamamoto, Jin-Dong Kim, Orion Buske, Toshihisa Takagi

American journal of human genetics 103(3) 389-399 2018年9月6日
分類観点毎の概念階層の包括的な比較に基づくオントロジー品質向上支援システムの開発

増田壮志, 古崎晃司, 駒谷和範

人工知能学会論文誌 33(2) B-H82_1-10 2018年3月査読有り
A Quantitative Evaluation of Natural Language Question Interpretation for Question Answering Systems.

Takuto Asakura, Jin-Dong Kim, Yasunori Yamamoto, Yuka Tateisi, Toshihisa Takagi

CoRR abs/1809.07485 2018年
Inference of functions, roles, and applications of chemicals using linked open data and ontologies

Kushida, T., Kozaki, K., Kawamura, T., Tateisi, Y., Yamamoto, Y., Takagi, T.

Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics) 11341 LNCS 385-397 2018年査読有り
NBDC RDF portal: a comprehensive repository for semantic data in life sciences

Kawashima, S., Katayama, T., Hatanaka, H., Kushida, T., Takagi, T.

Database : the journal of biological databases and curation 2018 bay123 2018年査読有り
Extending A Bioscience Ontology Based on Comparison between Sibling Concepts

Takeshi Masuda, Kouji Kozaki, Tatsuya Kushida, Yuka Tateisi, Katsutaro Watanabe, Katsuji Matsumura, Takahiro Kawamura, Kazunori Komatani

The 8th International Conference on Internet Technologies & Society 2017年12月査読有り
Expanding science and technology thesauri from bibliographic datasets using word embedding

Takahiro Kawamura, Kouji Kozaki, Tatsuya Kushida, Katsutaro Watanabe, Katsuji Matsumura

Proceedings - 2016 IEEE 28th International Conference on Tools with Artificial Intelligence, ICTAI 2016 857-864 2017年1月11日査読有り

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MISC

表現型データの類似度に基づく疾患モデル生物推定

櫛田達矢, SHIN Jae-Moon, 臼田大輝, 山縣友紀, 高田豊行, 小林紀郎, 藤原豊史, 桝屋啓志

人工知能学会全国大会論文集(Web) 38th 2024年
理研BRCにおけるバイオリソース検索システムの運用と機能強化

臼田大輝, 櫛田達矢, 高田豊行, 桝屋啓志

日本実験動物学会総会講演要旨集(Web) 70th 2023年
マウスゲノム多型に基づいた遺伝子機能解析を支援するMoG+のアップデート

高田豊行, 臼田大輝, 櫛田達矢, 城石俊彦, 桝屋啓志

日本実験動物学会総会講演要旨集(Web) 70th 2023年
BRCバイオリソース検索システムにおける疾患検索機能の強化

櫛田達矢, 臼田大輝, 高田豊行, 桝屋啓志

日本実験動物学会総会講演要旨集(Web) 70th 2023年
バイオリソースの知識グラフの作成とその活用

櫛田達矢, 臼田大輝, 藤澤貴智, 山本泰智, 小林紀郎, 桝屋啓志

人工知能学会全国大会論文集(Web) 37th 2023年
ヒト-哺乳類表現型オントロジーマッピングを活用したヒト疾患モデル生物の推定方法の検討

櫛田達矢, 臼田大輝, 高田豊行, 山縣友紀, 桝屋啓志

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 46th 2023年
マウスゲノム多型データベースMoG+の機能拡張

高田豊行, 臼田大輝, 櫛田達矢, 城石俊彦, 桝屋啓志

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 46th 2023年
食品オントロジーの構築

樋口千洋, 櫛田達矢, 畠中秀樹, 長尾知生子, 長尾知生子, 古崎晃司, 荒木通啓, 水口賢司, 水口賢司

人工知能学会第二種研究会資料(Web) 2022(SWO-058) 2022年
研究から医療までの網羅的な希少疾患関連知識の集約/共有プラットフォーム

仁宮洸太, 櫛田達矢, 高月照江, 菊池敦生, 藤原豊史

細胞 53(13) 834-839 2021年11月
日本の難病に関する中心的基盤となる難病オントロジーNANDOと難病ポータルサイトNanbyoDataの正式リリース

仁宮洸太, 高月照江, 菊池敦生, 櫛田達矢, 山田涼太, 浅野由衣, 山本泰智, Orion Buske, 片山俊明, 桝屋啓志 …

トーゴーの日2021 1 2021年10月5日
BRCカタログシステムを使った疾患-バイオリソース関係検索-

櫛田達矢, 臼田大輝, 高田豊行, 桝屋啓志

日本実験動物学会総会講演要旨集(Web) 68th 2021年
MoG+:生物医科学研究推進のためのマウスゲノム多型データベース

高田豊行, 臼田大輝, 櫛田達矢, 城石俊彦, 桝屋啓志

日本実験動物学会総会講演要旨集(Web) 68th 2021年
マウスリソース情報の高度化

吉木淳, 水野沙織, 中田初美, 櫛田達矢, 臼田大輝, 高田豊行, 桝屋啓志

日本先天異常学会学術集会プログラム・抄録集 61st (CD-ROM) 2021年
生命科学領域知識基盤構築に向けたオントロジー開発とCOVID-19機序解明に向けた取り組み

山縣友紀, 櫛田達矢, 大浪修一, 桝屋啓志

人工知能学会全国大会(Web) 35th 2021年
セマンティックWeb技術を用いた,バイオリソースカタログシステムの運用の実際

臼田大輝, 櫛田達矢, 小林紀郎, 桝屋啓志

人工知能学会全国大会(Web) 35th 2021年
セマンテイックWeb技術を用いた,バイオリソースカタログシステムの開発と運用

臼田大輝, 櫛田達矢, 小林紀郎, 桝屋啓志

人工知能学会全国大会論文集(Web) 34th 2020年
理研バイオリソース研究センター(BRC)ホームページのリニューアル

櫛田達矢, 岩瀬秀, 湯原直美, 栗原恵子, 並木由理, 臼田大輝, 高田豊行, 田中信彦, 鈴木健大, 桝屋啓志

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 43rd 2020年
MoG+:実験動物学推進のためのマウスゲノム多型データベース

高田豊行, 櫛田達矢, 城石俊彦, 桝屋啓志

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 43rd 2020年
作物品種の形質情報に対するセマンティックウェブ技術の適用

市原寿子, 藤井浩, 磯部祥子, 櫛田達矢, 田畑哲之, 中谷明弘

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 42nd 2019年
バイオインフォマティクスを使い尽くす秘訣教えます!【第5回】Cytoscapeを使ったパスウェイ,ネットワーク解析

櫛田達矢

生物工学会誌 95(5) 284‐289-289 2017年5月25日

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共同研究・競争的資金等の研究課題

シグナルオントロジーとバイオタームバンクの開発

2001年 - 2005年

櫛田達矢

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MISC

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