池田修己 (Masami Ikeda) - マイポータル

基本情報

学位: 博士（農学）(岩手大学)

J-GLOBAL ID: 200901017800293020
researchmap会員ID: 5000086714

研究キーワード

論文

A novel corpus of molecular to higher-order events that facilitates the understanding of the pathogenic mechanisms of idiopathic pulmonary fibrosis.

Nozomi Nagano, Narumi Tokunaga, Masami Ikeda, Hiroko Inoura, Duong A Khoa, Makoto Miwa, Mohammad G Sohrab, Goran Topić, Mari Nogami-Itoh, Hiroya Takamura

Scientific reports 13(1) 5986-5986 2023年4月12日
BiomedCurator: Data Curation for Biomedical Literature.

Mohammad Golam Sohrab, Khoa Duong, Ikeda Masami, Goran Topic, Yayoi Natsume-Kitatani, Masakata Kuroda, Mari Nogami Itoh, Hiroya Takamura

AACL/IJCNLP (System Demonstrations) 63-71 2022年
PreBINDS: An Interactive Web Tool to Create Appropriate Datasets for Predicting Compound-Protein Interactions.

Kazuyoshi Ikeda, Takuo Doi, Masami Ikeda, Kentaro Tomii

Frontiers in molecular biosciences 8 758480-758480 2021年
BENNERD: A Neural Named Entity Linking System for COVID-19.

Mohammad Golam Sohrab, Khoa Duong, Makoto Miwa, Goran Topic, Ikeda Masami, Hiroya Takamura

Proceedings of the 2020 Conference on Empirical Methods in Natural Language Processing: System Demonstrations 182-188 2020年
Signal-anchor sequences are an essential factor for the Golgi-plasma membrane localization of type II membrane proteins.

Tatsuki Kikegawa, Takuya Yamaguchi, Ryohei Nambu, Kenji Etchuya, Masami Ikeda, Yuri Mukai

Bioscience, biotechnology, and biochemistry 82(10) 1708-1714 2018年10月
SEVENS: a database for comprehensive GPCR genes obtained from genomes: -Update to 68 eukaryotes.

Ikeda, M, Sugihara, M, Suwa, M

Biophysics and physicobiology 15 104-110 2018年査読有り
Discrimination of Mammalian GPI-Anchored Proteins by Hydropathy and Amino Acid Propensities

Yuri Mukai, Masami Ikeda, Hirotaka Tanaka, Tatsuya Konishi, Osamu Oura, Takanori Sasaki

BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY 77(3) 526-533 2013年3月査読有り
A computational method for detecting GPI-anchored proteins and their GPI modification sites by neural networks.

Tanaka, H, Konishi, T, Sasaki, T, Ikeda, M, Mukai, Y

Proceedings of the 11th European Conference on Computational Biology (ECCB2012) 121-121 2012年9月査読有り
A Computational Identification Method for GPI-Anchored Proteins by Artificial Neural Network

Yuri Mukai, Hirotaka Tanaka, Masao Yoshizawa, Osamu Oura, Takanori Sasaki, Masami Ikeda

CURRENT BIOINFORMATICS 7(2) 125-131 2012年6月査読有り
Discrimination of Golgi Type II Membrane Proteins Based on Their Hydropathy Profiles and the Amino Acid Propensities of Their Transmembrane Regions

Yuri Mukai, Masao Yoshizawa, Takanori Sasaki, Masami Ikeda, Kentaro Tomii, Takatsugu Hirokawa, Makiko Suwa

BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY 75(1) 82-88 2011年1月査読有り
Identification of mammalian GPI-anchored proteins based on amino acid propensities in their GPI attachment signal sequences

Yuri Mukai, Takanori Sasaki, Osamu Oura, Masami Ikeda

Proceedings of the 2nd International Conference on Trendz in Information Sciences and Computing, TISC-2010 106-110 2010年査読有り
A discrimination method for Golgi type II membrane proteins based on the hydropathy alignment and the position-specific score matrix around their transmembrane regions

Yuri Mukai, Masao Yoshizawa, Hirotaka Tanaka, Takanori Sasaki, Masami Ikeda

Proceedings of the 2nd International Conference on Trendz in Information Sciences and Computing, TISC-2010 82-87 2010年査読有り
Identification of GPI-anchored proteins using position specific score matrix

Y. Ikeda, O. Oura, T. Sasaki, Y. Yabuki, M. Ikeda

FEBS JOURNAL 276 126-127 2009年7月査読有り
Development of prediction method for GPCR - G-protein coupling selectivity using amino acid properties.

Yabuki, Y, Ikeda, M, Mukai-Ikeda, Y, Ishida, Y

The Open Structural Biology Journal, 3, 149-158. 3 149-158 2009年2月査読有り
ConPred II: a consensus prediction method for obtaining transmembrane topology models with high reliability

M Arai, H Mitsuke, M Ikeda, JX Xia, T Kikuchi, M Satake, T Shimizu

NUCLEIC ACIDS RESEARCH 32(Web Server Issue) W390-W393 2004年7月査読有り
ConPred_elite: a highly reliable approach to transmembrane topology prediction

JX Xia, M Ikeda, T Shimizu

COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY 28(1) 51-60 2004年2月査読有り
Proteome-wide classification and identification of mammalian-type GPCRs by binary topology pattern

Y Inoue, M Ikeda, J Shimizu

COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY 28(1) 39-49 2004年2月査読有り
Genomic analysis of immunity in a Urochordate and the emergence of the vertebrate immune system: "waiting for Godot"

K Azumi, R De Santis, A De Tomaso, Rigoutsos, I, F Yoshizaki, MR Pinto, R Marino, K Shida, M Ikeda, M Ikeda …

IMMUNOGENETICS 55(8) 570-581 2003年11月査読有り
A highly reliable approach to transmembrane topology prediction.

Ikeda, M, Xia, J.-X, Okuno, T, Shimizu, T

Proceedings of the European Conference on Computational Biology (ECCB) 2003 177-178 2003年査読有り
Comprehensive analysis of transmembrane topologies in prokaryotic genomes

M Arai, M Ikeda, T Shimizu

GENE 304 77-86 2003年1月査読有り

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MISC

人工知能による科学技術研究の加速

長野希美, 池田修己, 三輪誠, 坂田一郎, 浅谷公威, 大知正直, 市瀬龍太郎

人工知能 34(6) 783-789 2019年11月1日

講演・口頭発表等

BiomedCurator：医学・生物学文献からの構造化データ抽出のためのデータキュレーションシステムの開発.

Mohammad Golam Sohrab, Khoa N. A. Duong, 池田修己, Goran Topić, 夏目やよい, 黒田正孝, 伊藤眞里, 高村大也

言語処理学会第29回年次大会 2023年3月16日
BiomedCurator: Data Curation for Biomedical Literature.

Mohammad Golam Sohrab, Khoa N.A. Duong, Masami Ikeda, Goran Topić, Yayoi Natsume-Kitatani, Masakata Kuroda, Mari Nogami Itoh, Hiroya Takamura

2nd Conference of the Asia-Pacific Chapter of the Association for Computational Linguistics and the 12th International Joint Conference on Natural Language Processing (AACL-IJCNLP2022) 2022年11月
BENNERD: A neural named entity linking system for COVID-19.

Mohammad Golam Sohrab, Khoa Duong, Makoto Miwa, Goran Topic, Masami Ikeda, Hiroya Takamura

Conference on Empirical Methods in Natural Language Processing (EMNLP2020) 2020年11月
電顕画像と立体構造情報との照合による膜タンパク質ファミリーの判別技術開発

篠﨑竜二, 池田修己, 佐藤主税, 諏訪牧子

日本生物物理学会第58回年会 2020年9月
GPCR − Gタンパク質の結合選択性に関わる部位同定および結合Gタンパク種予測への応用

川村茉由, 笠戸理佐子, 間中智美, 篠﨑竜二, 池田修己, 諏訪牧子

日本生物物理学会第57回年会 2019年9月
GPCRと複数種のGタンパク質の選択的共役予測

川村茉由, 笠戸理佐子, 間中智美, 堀口渉, 篠﨑竜二, 池田修己, 諏訪牧子

GPCR研究会 2019年5月26日
膜タンパク質電子顕微鏡画像と立体構造の二次元的照合技術の開発

篠﨑竜二, 池田修己, 諏訪牧子

第7回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2018) 2018年9月

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

II型膜タンパク質細胞内局在経路における折り返し地点・最終局在位置決定要因の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2024年4月 - 2027年3月

池田有理, 越中谷賢治, 池田修己
細胞表面ビジュアルプロテミクスに向けた技術開発と応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2019年4月 - 2023年3月

諏訪牧子, 佐藤主税, 池田修己

産業財産権

特許5773406 GPIアンカー型タンパク質の判定装置、判定方法及び判定プログラム

池田有理, 田中大貴, 吉澤昌朗, 佐々木貴規, 池田修己
特許5433894 立体構造データ帰属方法、立体構造データ帰属プログラム及び立体構造データ帰属装置

池田修己, 池田有理, 矢葺幸光, 諏訪牧子
特許4608698 GPIアンカー型タンパク質の判別装置、判別方法及びプログラム

池田有理, 大浦修, 佐々木貴規, 池田修己

池田修己

基本情報

研究キーワード

論文

MISC

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

産業財産権

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