秋山泰 (Yutaka Akiyama) - マイポータル

基本情報

所属: 東京工業大学情報理工学院教授

学位: 工学博士(慶應義塾大学)

研究者番号: 30243091
J-GLOBAL ID: 200901096694313316
Researcher ID: D-2048-2015
researchmap会員ID: 5000086752

外部リンク: http://www.bi.cs.titech.ac.jp/

研究キーワード

研究分野

情報通信 / 生命、健康、医療情報学 /

経歴

2007年4月 - 現在

東京工業大学, 情報理工学院, 教授
2001年4月 - 2007年3月

国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命情報科学研究センター, 研究センター長
2000年4月 - 2001年3月

工業技術院, 電子技術総合研究所, 主任研究官
1996年4月 - 2000年3月

技術研究組合新情報処理開発機構, つくば研究センター, 研究チーム長
1992年4月 - 1996年3月

京都大学, 化学研究所, 助教授
1990年4月 - 1992年3月

工業技術院, 電子技術総合研究所, 研究官

学歴

1986年4月 - 1990年3月

慶應義塾大学, 理工学研究科, 電気工学専攻
1984年4月 - 1986年3月

慶應義塾大学, 工学研究科, 電気工学専攻
1980年4月 - 1984年3月

慶應義塾大学, 工学部, 電気工学科

委員歴

2008年 - 2010年

Information Processing Society of Japan, editorial board of SIGMPS、Secretary of SIGMPS
2008年 - 2010年

Japanese Society for Bioinformatics, Secretary、Board member、Vice President、Secretary
2008年 - 2010年

情報処理学会, 研究会運営委員(MPS)、研究会運営委員(HPS)、研究会論文誌編集委員、研究会幹事(MPS)
2008年 - 2010年

日本バイオインフォマティクス学会, 幹事、評議員、副会長、幹事
2005年 - 2007年

Japanese Society of Artificial Intelligence, Board member
2005年 - 2007年

人工知能学会, 理事

受賞

2013年8月

第11回産学官連携功労者表彰厚生労働大臣賞, 「顧みられない熱帯感染症」創薬研究データベースの開発, 内閣府

秋山泰東京工業大学, 北潔東京大学, アステラス製薬株式会社熱帯感染症研究チーム
1988年

Best Paper Award for Young Researcher
1988年

学術奨励賞

論文

112

Improving Performance on Replica-Exchange Molecular Dynamics Simulations by Optimizing GPU Core Utilization

Taisuke Boku, Masatake Sugita, Ryohei Kobayashi, Shinnosuke Furuya, Takuya Fujie, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama

ACM International Conference Proceeding Series 1082-1091 2024年8月12日
Discovery of a Hidden Trypanosoma cruzi Spermidine Synthase Binding Site and Inhibitors through In Silico, In Vitro, and X-ray Crystallography

Ryunosuke Yoshino, Nobuaki Yasuo, Yohsuke Hagiwara, Takashi Ishida, Daniel Ken Inaoka, Yasushi Amano, Yukihiro Tateishi, Kazuki Ohno, Ichiji Namatame, Tatsuya Niimi …

ACS Omega 2023年7月12日
CycPeptMPDB: A Comprehensive Database of Membrane Permeability of Cyclic Peptides.

Jianan Li, Keisuke Yanagisawa, Masatake Sugita, Takuya Fujie, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama

Journal of chemical information and modeling 63(7) 2240-2250 2023年4月10日
Lipid Composition Is Critical for Accurate Membrane Permeability Prediction of Cyclic Peptides by Molecular Dynamics Simulations.

Masatake Sugita, Takuya Fujie, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama

Journal of chemical information and modeling 62(18) 4549-4560 2022年9月26日
Effective Protein-Ligand Docking Strategy via Fragment Reuse and a Proof-of-Concept Implementation.

Keisuke Yanagisawa, Rikuto Kubota, Yasushi Yoshikawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama

ACS omega 7(34) 30265-30274 2022年8月30日
Plasma protein binding prediction focusing on residue-level features and circularity of cyclic peptides by deep learning.

Jianan Li, Keisuke Yanagisawa, Yasushi Yoshikawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama

Bioinformatics (Oxford, England) 38(4) 1110-1117 2022年1月27日
Improved Large-Scale Homology Search by Two-Step Seed Search Using Multiple Reduced Amino Acid Alphabets

Kazuki Takabatake, Kazuki Izawa, Motohiro Akikawa, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama

Genes 12(9) 2021年9月
Large-Scale Membrane Permeability Prediction of Cyclic Peptides Crossing a Lipid Bilayer Based on Enhanced Sampling Molecular Dynamics Simulations

Masatake Sugita, Satoshi Sugiyama, Takuya Fujie, Yasushi Yoshikawa, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama

Journal of Chemical Information and Modeling 61(7) 3681-3695 2021年7月26日査読有り最終著者責任著者
MEGADOCK-GUI: a GUI-based complete cross-docking tool for exploring protein-protein interactions

Masahito Ohue, Yutaka Akiyama

Proceedings of The 27th International Conference on Parallel & Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA’21) abs/2105.03617 2021年5月8日査読有り最終著者責任著者
Taxonomic and Gene Category Analyses of Subgingival Plaques from a Group of Japanese Individuals with and without Periodontitis

Kazuki Izawa, Kazuko Okamoto-Shibayama, Daichi Kita, Sachiyo Tomita, Atsushi Saito, Takashi Ishida, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama, Kazuyuki Ishihara

International Journal of Molecular Sciences 22(10) 5298-5298 2021年5月
糞便Microbiota移植による細菌とビロームの機能的回復【JST・京大機械翻訳】

Fujimoto Kosuke, Fujimoto Kosuke, Fujimoto Kosuke, Kimura Yasumasa, Allegretti Jessica R., Yamamoto Mako, Zhang Yao-zhong, Katayama Kotoe, Tremmel Georg, Kawaguchi Yunosuke …

Gastroenterology 160(6) 2089-+ 2021年
Metagenome Data on Intestinal Phage-Bacteria Associations Aids the Development of Phage Therapy against Pathobionts

Kosuke Fujimoto, Yasumasa Kimura, Masaki Shimohigoshi, Takeshi Satoh, Shintaro Sato, Georg Tremmel, Miho Uematsu, Yunosuke Kawaguchi, Yuki Usui, Yoshiko Nakano …

Cell Host and Microbe 28(3) 380-389.e9 2020年9月9日
Mathematical proof of the third order accuracy of the speedy double bootstrap method

Aizhen Ren, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama

Communications in Statistics - Theory and Methods 49(16) 3950-3964 2020年8月17日
Comprehensive fungal community analysis of house dust using next-generation sequencing

Kazuki Izawa, Atsutaka Kubosaki, Naoki Kobayashi, Yutaka Akiyama, Akiko Yamazaki, Kazuhiro Hashimoto, Rumi Konuma, Yoichi Kamata, Yukiko Hara-Kudo, Kenichi Hasegawa …

International Journal of Environmental Research and Public Health 17(16) 1-11 2020年8月2日
High-performance cloud computing for exhaustive protein-protein docking

Masahito Ohue, Kento Aoyama, Yutaka Akiyama

CoRR abs/2006.08905 2020年6月16日
Multidomain protein structure prediction using information about residues interacting on multimeric protein interfaces

Shumpei Matsuno, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama

BIOPHYSICS AND PHYSICOBIOLOGY 17 2-13 2020年
Development of computational pipeline software for genome/exome analysis on the K computer

Kento Aoyama, Masanori Kakuta, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama

Supercomputing Frontiers and Innovations 7(1) 37-54 2020年1月1日
Multiple HPC Environments-Aware Container Image Configuration Workflow for Large-Scale All-to-All Protein–Protein Docking Calculations

Kento Aoyama, Hiroki Watanabe, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama

Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics) 12082 LNCS 23-39 2020年
A prospective compound screening contest identified broader inhibitors for Sirtuin 1

Shuntaro Chiba, Masahito Ohue, Anastasiia Gryniukova, Petro Borysko, Sergey Zozulya, Nobuaki Yasuo, Ryunosuke Yoshino, Kazuyoshi Ikeda, Woong Hee Shin, Daisuke Kihara …

Scientific Reports 9(1) 19585-19585 2019年12月1日査読有り
Learning-to-rank technique based on ignoring meaningless ranking orders between compounds

Masahito Ohue, Shogo D. Suzuki, Yutaka Akiyama

Journal of Molecular Graphics and Modelling 92 192-200 2019年11月

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MISC

323

MEGADOCK-Web-Mito: human mitochondrial protein-protein interaction prediction database

Masahito Ohue, Hiroki Watanabe, Yutaka Akiyama

2021年5月2日
標的配列との結合・開放エネルギー推定によるアンチセンス核酸の阻害活性モデルの研究

井澤和也, 井澤和也, 柳澤渓甫, 柳澤渓甫, 大上雅史, 大上雅史, 秋山泰, 秋山泰

情報処理学会研究報告(Web) 2021(MPS-134) 2021年
標的配列との結合・開放エネルギー推定に基づくアンチセンス核酸の阻害活性モデルの研究

井澤和也, 柳澤渓甫, 柳澤渓甫, 大上雅史, 大上雅史, 秋山泰, 秋山泰

情報処理学会研究報告(Web) 2021(BIO-65) 2021年
圧縮アミノ酸を利用した二段階のシード探索によるメタゲノム配列相同性検索の改良

高畠和輝, 伊澤和輝, 秋川元宏, 大上雅史, 秋山泰

情報処理学会研究報告(Web) 2020(BIO-61) 2020年
共通な部分構造の再利用による高速なタンパク質リガンドドッキング手法の開発

久保田陸人, 柳澤渓甫, 吉川寧, 大上雅史, 秋山泰

情報処理学会研究報告(Web) 2020(BIO-61) 2020年
次世代シークエンシングを用いたハウスダストの包括的真菌コミュニティ分析【JST・京大機械翻訳】

Izawa Kazuki, Kubosaki Atsutaka, Kobayashi Naoki, Akiyama Yutaka, Yamazaki Akiko, Hashimoto Kazuhiro, Konuma Rumi, Kamata Yoichi, Kamata Yoichi, Hara-Kudo Yukiko …

International Journal of Environmental Research and Public Health (Web) 17(16) 2020年
クローズアップ実験法 311 タンパク質間相互作用と複合体構造の予測結果を検索できるウェブサイト「MEGADOCK-Web」

大上雅史, 林孝紀, 秋山泰

実験医学 37(9) 2019年
マルチドメインタンパク質の相互作用残基ペア予測を用いた立体構造予測手法の改良

松野駿平, 松野駿平, 大上雅史, 秋山泰

情報処理学会研究報告(Web) 2019(MPS-123) 2019年
代表タンパク質構造群との構造アラインメントスコアプロファイルに基づくタンパク質間相互作用予測の高速化

林孝紀, 大上雅史, 秋山泰

情報処理学会研究報告(Web) 2019(BIO-57) 2019年
タンパク質分子の柔軟性を考慮した新規ドッキングゲーム

飯野, 翼, 大上, 雅史, 秋山, 泰, 清水, 佳奈

第80回全国大会講演論文集 2018(1) 931-932 2018年3月13日
共通な部分構造の再利用アルゴリズムを用いたタンパク質リガンドドッキング手法の開発

久保田陸人, 久保田陸人, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰

情報処理学会研究報告(Web) 2018(MPS-118) 2018年
複数のLasso回帰解に基づく解釈性の良い予測モデルを目指した環状ペプチド医薬品の体内安定性予測

多治見隆志, 和久井直樹, 大上雅史, 秋山泰

情報処理学会研究報告(Web) 2018(MPS-118) 2018年
クラウド上の分散GPU環境におけるタンパク質間相互作用予測計算フレームワークの開発

山本悠生, 大上雅史, 秋山泰

情報処理学会研究報告(Web) 2018(BIO-53) 2018年
ミトコンドリアに関連したヒトタンパク質間相互作用予測データベースMEGADOCK-Web-Mitoの開発

渡辺紘生, 渡辺紘生, 林孝紀, 大上雅史, 秋山泰

情報処理学会研究報告(Web) 2018(MPS-118) 2018年
高速相同性解析ツールGHOSTXを用いた口腔内メタゲノム解析 (情報論的学習理論と機械学習)

山澤まりな, 伊澤和輝, 大上雅史, 石田貴士, 石原和幸, 秋山泰

電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報 117(110) 155-161 2017年6月23日
高速相同性解析ツールGHOSTXを用いた口腔内メタゲノム解析 (ニューロコンピューティング)

山澤まりな, 伊澤和輝, 大上雅史, 石田貴士, 石原和幸, 秋山泰

電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報 117(109) 209-215 2017年6月23日
歯周病の発症要因の特定に向けた口腔内細菌叢解析 (ニューロコンピューティング)

伊澤和輝, 山澤まりな, 大上雅史, 石田貴士, 秋山泰

電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報 117(109) 203-208 2017年6月23日
歯周病の発症要因の特定に向けた口腔内細菌叢解析 (情報論的学習理論と機械学習)

伊澤和輝, 山澤まりな, 大上雅史, 石田貴士, 秋山泰

電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報 117(110) 149-154 2017年6月23日
Cloud Computing for All-To-All Protein-Protein Docking on Azure HPC

Masahito Ohue, Yuki Yamamoto, Takanori Hayashi, Yuri Matsuzaki, Yutaka Akiyama

BIOPHYSICAL JOURNAL 112(3) 451A-451A 2017年2月
Interaction Surfaces of Proteins Involved in Bacterial Chemotaxis with Rigid-Body Docking Decoys

Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama

BIOPHYSICAL JOURNAL 112(3) 290A-290A 2017年2月

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書籍等出版物

細胞丸ごとRNA解析に向けたバイオインフォマティクス技術

ＣＭＣ出版 2006年 (ISBN: 4882315955)
ポストゲノム－ライフサイエンス最前線

丸善 2002年
並列タンパク質情報解析(PAPIA)システム

共立出版 1999年
WWWによる統合データベース環境

共立出版 1996年
トリッキープログラムの謎を解け－RNA２次構造予測への組合せ最適化的アプローチ

共立出版 1994年
ボルツマンマシンとその応用

サイエンスフォーラム 1990年
ニューロチップ

共立出版 1989年
ニューロチップの開発

三田出版会 1989年

講演・口頭発表等

231

Proposal of an all-to-all protein-protein interaction prediction technique

2010年
Improvement of accuracy of the protein-protein docking calculation by a re-ranking method and its application to all-to-all protein-protein interaction predictions

IPSJ SIG Technical Report 2010年
A computational screening system of protein-protein interactions: connecting structural information to pathway estimation.

The 2nd Biosupercomputing Symposium 2010年
MEGADOCK: An all-to-all protein-protein interaction prediction system -- Improving the accuracy using boosting and binding energy reranking.

The 2nd Biosupercomputing Symposium 2010年
Improvement of rigid-body prediction for unbound docking based on protein feature

IPSJ SIG Technical Report 2010年
MEGADOCK: an all-to-all protein-protein interaction prediction system using tertiary structure data and its application to systems biology study

IPSJ Technical Report 2010年
エネルギー計算に基づくリランキングとクラスタリングを用いた網羅的タンパク質間相互作用予測手法の提案

第2回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム(DEIM2010) 2010年
リランキングを用いたタンパク質ドッキングの精度向上と網羅的タンパク質間相互作用予測への応用

情報処理学会第20回バイオ情報学研究会 2010年
A computational screening system of protein-protein interactions: connecting structural information to pathway estimation.

The 2nd Biosupercomputing Symposium 2010年
MEGADOCK: An all-to-all protein-protein interaction prediction system -- Improving the accuracy using boosting and binding energy reranking.

The 2nd Biosupercomputing Symposium 2010年
タンパク質の特性に基づくunboundドッキングのための剛体予測手法の改良

情報処理学会第20回バイオ情報学研究会 2010年
MEGADOCKの新機能と開発状況

第１０回データ解析融合ワークショップ 2010年
MEGADOCK：立体構造情報からの網羅的タンパク質間相互作用予測とそのシステム生物学への応用

情報処理学会数理モデル化と問題解決研究会 2010年
A computational screening system of protein-protein interactions using tertiary structure data: with application to pathway analysis

Joint Computational Science Workshop 2009 2009年
Bioinformatics provides models for complex biological systems

The Society for Biotechnology, Japan / Annual Meeting 2009 2009年
In silico screening of protein-protein interactions with all-to-all rigid docking and clustering: an application to pathway analysis

The 10th International Conference on Systems Biology (ICSB 2009) 2009年
Improvement of the classification performance in all-to-all protein-protein interaction prediction system

IPSJ SIG BIO 2009年
Protein structure sampling based on molecular dynamics and improvement of docking prediction

IPSJ SIG BIO 2009年
In Silico Prediction System of Major Drug Clearance Pathways by Feature Selection and Support Vector Machines

BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference 2009年
A computational screening system of protein-protein interactions using tertiary structure data: an application to signaling pathway analysis.

BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference 2009年

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所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

部分構造の重複を利用した大規模化合物データベース向けバーチャルスクリーニング手法

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

秋山泰, 柳澤渓甫
室内環境における真菌およびダニの増殖関連性に関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2021年4月 - 2024年3月

渡辺麻衣子, 秋山泰, 伊澤和輝
ミトコンドリア病細胞死阻止機構の解明と創薬

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2020年4月 - 2023年3月

小坂仁, 秋山泰, 山口雄輝
中分子創薬に適した特性を有する環状ペプチド分子設計手法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2017年4月 - 2020年3月

秋山泰, 大上雅史
in silicoとin vitroの融合によるトリパノソーマ原虫治療薬探索

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2015年4月 - 2019年3月

関嶋政和, 秋山泰, 平山謙二, 北潔
複数分子を標的とした新薬設計手法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2012年4月 - 2017年3月

秋山泰, 瀬々潤, 関嶋政和
候補サイトの空間分布に注目した信頼度の高いタンパク質ドッキング判定手法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2007年 - 2010年

秋山泰, 塚本弘毅, 塚本弘毅
次世代PCクラスタを活用する超大規模仮想メモリ空間支援システムの研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2006年 - 2008年

石川裕, 佐藤三久, 朴泰祐, 秋山泰, 松葉浩也
ライフサーベイヤをめざしたデジタル精密計測技術の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2005年 - 2008年

神原秀記, 竹山春子, 珠玖仁, 小畠英理, 秋山泰, 岡村好子

秋山泰

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

委員歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

産業財産権

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