亀田倫史 (Tomoshi Kameda) - マイポータル

基本情報

所属: 独立行政法人産業技術総合研究所人工知能研究センター上級主任研究員

学位: 博士（理学）(2004年3月神戸大学)

J-GLOBAL ID: 200901086392890475
researchmap会員ID: 5000087161

外部リンク: https://staff.aist.go.jp/kameda-tomoshi/index.html

研究分野

ライフサイエンス / 生物物理学 /

論文

131

Identification of ANT2 as a Druggable Target for Endocrine-Resistant ERα-Positive Breast Cancer

Erika Iguchi, Motoki Watanabe, Kaito Kobayashi, Shogen Boku, Wataru Nishio, Chikage Kato, Midori Morita, Koichi Sakaguchi, Michihiro Mutoh, Tomoshi Kameda …

International Journal of Molecular Sciences 2026年4月
Caffeic acid suppresses cyclin D1 expression by directly binding to ribosomal protein S5 in colorectal cancer cells

Motoki Watanabe, Shogen Boku, Mamiko Sukeno, Kaito Kobayashi, Tomoshi Kameda, Yosuke Iizumi, Wataru Nishio, Michihiro Mutoh, Toshiyuki Sakai

Scientific Reports 2026年3月5日
Mechanism of 1,6-hexanediol-induced protein droplet dissolution: Thermodynamic insights from amino acid solubility

Haruna Oda, Tomoto Ura, Hideaki Ono, Shinji Tanaka, Tomoshi Kameda, Momoyo Wada, Kentaro Shiraki, Atsushi Hirano

International Journal of Biological Macromolecules 149841-149841 2025年12月
ATP as a Key Modulator of Fused-in-sarcoma Phase Separation and Aggregation: Insights into Amyotrophic Lateral Sclerosis Pathogenesis

Keiji Kitamura, Itta Tsukui, Fuka Sasaki, Yutaro Shiramasa, Miyu Arayama, Manato Morishita, Ayano Oshima, Soichiro Kitazawa, Tomoshi Kameda, Ryo Kitahara

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 437(17) 2025年9月1日
Discovery and affinity maturation of antibody fragments from an unfavorably enriched phage display selection by deep sequencing and machine learning

Sakiya Kawada, Yoichi Kurumida, Tomoyuki Ito, Thuy Duong Nguyen, Hafumi Nishi, Hikaru Nakazawa, Yutaka Saito, Tomoshi Kameda, Koji Tsuda, Mitsuo Umetsu

JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING 140(2) 51-58 2025年8月
Computational Design of Burkholderia cepacia Lipase Mutants that Show Enhanced Stereoselectivity in the Production of l-Menthol.

Jinzen Ikebe, Kazunori Yoshida, Satoru Ishihara, Yoichi Kurumida, Tomoshi Kameda

Journal of agricultural and food chemistry 73(8) 4829-4839 2025年2月26日
An aberrant fused in sarcoma liquid droplet of amyotrophiclateral sclerosis pathological variant, R495X, accelerates liquid-solid phasetransition

Yutaro Shiramasa, Ryu Yamamoto, Norika Kashiwagi, Fuka Sasaki, Sawaka Imai, Mikihito Ike, Soichiro Kitazawa, Tomoshi Kameda, Ryo Kitahara

BIOPHYSICAL JOURNAL 124(3) 2025年2月13日
Tuning biomolecular liquid-liquid phase separations by preferential hydration and interaction of small osmolytes with proteins

Keiji Kitamura, Ayano Ohshima, Fuka Sasaki, Ryu Yamamoto, Yutaro Shiramasa, Tomoshi Kameda, Soichiro Kitazawa, Ryo Kitahara, Tomoshi Kameda, Soichiro Kitazawa …

BIOPHYSICAL JOURNAL 124(3) 2025年2月13日
Molecular mechanism of the interactions between coffee polyphenols and milk proteins.

Kazuki Horita, Tomoshi Kameda, Hiroshi Suga, Atsushi Hirano

Food research international (Ottawa, Ont.) 202 115573-115573 2025年2月
Site-specific effects of acetylation within the histone H3 tail on liquid-liquid phase separation with DNA

Masahiro Mimura, Hiroka Sugai, Tomoshi Kameda, Ryo Kitahara, Soichiro Kitazawa, Yoichi Shinkai, Ryoji Kurita, Shunsuke Tomita

2024年10月7日
Bovine lactoferrin inhibits Plasmodium berghei growth by binding to heme.

Momoka Obayashi, Momoko Kimura, Asako Haraguchi, Mari Gotanda, Taiki Kitagawa, Misato Matsuno, Kozue Sakao, Daisuke Hamanaka, Kodai Kusakisako, Tomoshi Kameda …

Scientific reports 14(1) 20344-20344 2024年9月2日
Modulation of Biomolecular Liquid-Liquid Phase Separation by Preferential Hydration and Interaction of Small Osmolytes with Proteins.

Keiji Kitamura, Ayano Oshima, Fuka Sasaki, Yutaro Shiramasa, Ryu Yamamoto, Tomoshi Kameda, Soichiro Kitazawa, Ryo Kitahara

The journal of physical chemistry letters 15(30) 7620-7627 2024年8月1日
An aberrant fused in sarcoma liquid droplet of amyotrophic lateral sclerosis pathological variant, R495X, accelerates liquid-solid phase transition.

Yutaro Shiramasa, Ryu Yamamoto, Norika Kashiwagi, Fuka Sasaki, Sawaka Imai, Mikihito Ike, Soichiro Kitazawa, Tomoshi Kameda, Ryo Kitahara

Scientific reports 14(1) 8914-8914 2024年4月17日
Elucidation of an anti-cancer mechanism using a method to identify target proteins of compounds with a hydroxyl group

Yosuke Iizumi, Yoshihiro Sowa, Wakana Goi, Yuichi Aono, Motoki Watanabe, Yoichi Kurumida, Tomoshi Kameda, Kenichi Akaji, Masatoshi Kitagawa, Toshiyuki Sakai

CANCER SCIENCE 115 633-633 2024年3月
N-acetyl amino acid amide solubility in aqueous 1,6-hexanediol solutions: Insights into the protein droplet deformation mechanism

Atsushi Hirano, Momoyo Wada, Takehiro K. Sato, Tomoshi Kameda

International Journal of Biological Macromolecules 261 2024年3月
Solubilization of Carbon Nanobelts in Aqueous Solutions: Optical and Colloidal Properties

Atsushi Hirano, Tomoshi Kameda, Momoyo Wada, Takeshi Tanaka, Hiromichi Kataura

Nano Letters 23(23) 11167-11173 2023年12月13日
Fine-Tuning and Enhancement of pH-Dependent Membrane Permeation of Cyclic Peptides by Utilizing Noncanonical Amino Acids with Extended Side Chains.

Motomi Matsuda, Keisuke Ikeda, Tomoshi Kameda, Hiroyuki Nakao, Minoru Nakano

Journal of medicinal chemistry 66(10) 7054-7062 2023年5月15日
Dissociation Rate Calculation via Constant-Force Steered Molecular Dynamics Simulation.

Shinji Iida, Tomoshi Kameda

Journal of chemical information and modeling 63(11) 3369-3376 2023年5月15日
Coenzyme corona formation on carbon nanotubes leads to disruption of the redox balance in metabolic reactions.

Atsushi Hirano, Tomoshi Kameda, Momoyo Wada, Takeshi Tanaka, Hiromichi Kataura

Nanoscale 15(5) 2340-2353 2023年2月2日
Chemoproteoinformatics-based drug screening in the post-genome era -from natural products to chemopreventive drugs-

Motoki Watanabe, Shogen Boku, Tomoshi Kameda

CANCER SCIENCE 114 1535-1535 2023年2月

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MISC

環状ペプチドのpH依存的な脂質膜透過活性の制御

池田恵介, 松田幹望, 亀田倫史, 中尾裕之, 中野実

生体膜と薬物の相互作用シンポジウム講演要旨集 44th 2023年
ケモプロテオミクスおよび分子動力学シミュレーションが明らかにした,延命草の苦味成分ラブドシアノンIの標的タンパク質と抗腫瘍メカニズム

渡邉元樹, 山田恭正, 来見田遥一, 亀田倫史, 助野真美子, 飯塚まひろ, 曽和義広, 飯泉陽介, 高倉英樹, 宮本真吾 …

電気泳動(Web) 65(Suppl) 2021年
Can Machine Learning Guide Directed Evolution of Functional Proteins

Yutaka Saito, Misaki Oikawa, Hikaru Nakazawa, Takumi Sato, Tomoshi Kameda, Koji Tsuda, Mitsuo Umetsu

BIOPHYSICAL JOURNAL 118(3) 339A-339A 2020年2月
天然物ラブドシアノンI結合蛋白質ANT2及びPHB2によるチミジル酸シンターゼの二重調節

渡邉元樹, 山田恭正, 来見田遥一, 亀田倫史, 曽和義広, 飯塚まひろ, 飯泉陽介, 増田光治, 成田匠, 成田匠 …

日本生化学会大会(Web) 93rd [P-555] 2020年
放線菌における遺伝子配列改変による発現調節の解析

田島直幸, 北川航, 齋藤裕, 西宮佳志, 玉野孝一, 安武義晃, 田村具博, 亀田倫史

日本放線菌学会大会講演要旨集 34th 69 2019年9月23日
Rhodococcus erythropolisを用いた遺伝子配列改変によるタンパク質発現調節法の開発

田島直幸, 北川航, 齋藤裕, 西宮佳志, 玉野孝一, 安武義晃, 田村具博, 亀田倫史

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2019 ROMBUNNO.3C4a15 (WEB ONLY) 2019年3月5日
機械学習支援によるタンパク質進化工学検証:GFPからYFPへ

及川未早来, 齋藤裕, 亀田倫史, 中澤光, 二井手哲平, 津田宏治, 梅津光央

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM) 84th 2019年
AIが導くタンパク質の進化:指向性が強い変異体は必要か?

及川未早来, 齋藤裕, 齋藤裕, 亀田倫史, 亀田倫史, 中澤光, 二井手哲平, 津田宏治, 津田宏治, 梅津光央 …

日本細胞生物学会大会(Web) 71st 2019年
抗体の配列柔軟性を利用した部分構造移植による機能性タンパク質の創出

阿久津澪, 中澤光, 二井手哲平, 亀田倫史, 宮田健, 梅津光央

日本生物工学会大会講演要旨集 71st 2019年
膜透過性を有するGST共有結合性阻害剤の開発

友池史明, 宍戸裕子, 宍戸裕子, 藤川遥加, 木村康明, 桑田啓子, 村上優子, 福井健二, 関戸好孝, 矢野貴人 …

日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 139th 2019年
放線菌ロドコッカス属における遺伝子配列改変による発現調節手法の開発

田島直幸, 北川航, 齋藤裕, 西宮佳志, 玉野孝一, 安武義晃, 田村具博, 亀田倫史

日本細胞生物学会大会(Web) 71st ROMBUNNO.2P‐064 (WEB ONLY) 2019年
機械学習支援による蛋白質高機能化

亀田倫史, 齋藤裕, 及川未早来, 梅津光央, 津田宏治

分子シミュレーション研究会誌「アンサンブル」 21(1) 34-38 2019年査読有り
Development of glutathione S-transferase (GST) covalent inhibitor

Shishido Yuko, Tomoike Fumiaki, Kimura Yasuaki, Kuwata Keiko, Yano Takato, Fukui Kenji, Fujikawa Haruka, Sekido Yoshitaka, Murakami-Tonami Yuko, Kameda Tomoshi …

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 255 . 2018年3月18日
AIを利用したスマートホットライブラリーデザイン:AIはGFPをYFP化できるか?

及川未早来, 中澤光, 二井手哲平, 亀田倫史, 齋藤裕, 津田宏治, 津田宏治, 梅津光央, 梅津光央

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 18th 2018年
AIはタンパク質進化を導くか?:機械学習支援によるGFPのYFP化検証

及川未早来, 齋藤裕, 亀田倫史, 中澤光, 二井手哲平, 津田宏治, 津田宏治, 梅津光央, 梅津光央

日本生物工学会大会講演要旨集 70th 2018年
終止コドンを除去したライブラリーを使った生体外選択法

伊藤智之, 西羽美, 亀田倫史, 二井手哲平, 中澤光, 梅津光央

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 18th 2018年
ドライとウェットの両側面からの抗体に代わる分子標的足場タンパク質の検討

伊藤智之, 西羽美, 亀田倫史, 二井手哲平, 中澤光, 梅津光央

日本生物工学会大会講演要旨集 70th 2018年
放線菌ロドコッカス属における遺伝子配列改変による発現調節手法の開発

田島直幸, 北川航, 齋藤裕, 西宮佳志, 玉野孝一, 安武義晃, 田村具博, 亀田倫史

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 41st ROMBUNNO.2P‐0791 (WEB ONLY) 2018年
繰り返し飽和変異法の確実性を高める迅速な変異体群の作製と機能評価プロセスの開発

及川未早来, 中澤光, 二井手哲平, 亀田倫史, 齋藤裕, 津田宏治, 津田宏治, 梅津光央, 梅津光央

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 17th 2017年
Contact orderから見た組換えタンパク質の物性相関

伊藤智之, 西羽美, 亀田倫史, 二井手哲平, 中澤光, 梅津光央

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 17th 2017年

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共同研究・競争的資金等の研究課題

ナノプラスチックのコロナ形成の科学

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(開拓) 2024年6月 - 2030年3月

平野篤, 亀田倫史, 白木賢太郎
脂質二重膜透過アッセイ系と人工知能による膜透過性環状ペプチドの合理的設計

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2023年4月 - 2027年3月

池田恵介, 中尾裕之, 亀田倫史
ナノ粒子と遷移金属が協同的に引き起こす酸化ストレスの原理実証

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2026年3月

平野篤, 亀田倫史, 白木賢太郎
ナノ粒子と遷移金属が協同的に引き起こす酸化ストレスの原理実証

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2026年3月

平野篤, 亀田倫史
分子動力学シミュレーション・機械学習を組み合わせた新型コロナウイルス進化予測

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2022年4月 - 2026年3月

亀田倫史, 中道優介, 齋藤裕, 森田英嗣
ケモプロテオミクスと分子動力学シミュレーションによるがん予防創薬基盤の創製

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2022年4月 - 2025年3月

渡邉元樹, 亀田倫史
機械学習が道先案内する進化分子工学：がん治療抗体のスマート成熟プロセス提案

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2020年4月 - 2024年3月

梅津光央, 亀田倫史, 齋藤裕, 津田宏治
超高純度カーボンナノチューブを用いたタンパク質コロナ形成機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2018年4月 - 2022年3月

平野篤, 亀田倫史, 白木賢太郎, 田中丈士
カーボンナノチューブを活用したタンパク質の高効率リフォールディング

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2018年6月 - 2020年3月

平野篤, 亀田倫史
エピトランスクリプトーム解析のためのRNAインフォマティクス基盤技術

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2016年4月 - 2019年3月

浅井潔, 浜田道昭, 亀田倫史, 阿部洋, 櫻庭俊
RNA・タンパク質相互作用の網羅的予測と検証

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2013年4月 - 2016年3月

浅井潔, 浜田道昭, 亀田倫史, 石黒亮, 由良敬
マルチスケールシミュレーションによる核酸立体構造予測

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2011年 - 2012年

亀田倫史

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