熊坂夏彦 (Natsuhiko Kumasaka) - マイポータル

基本情報

所属: 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターデジタル・ゲノミクス分野教授
: 国立研究開発法人国立成育医療研究センターエコチル調査研究部チームリーダー

J-GLOBAL ID: 200901066970508499
researchmap会員ID: 5000097671

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論文

Spatially resolved multiomics of human cardiac niches.

Kazumasa Kanemaru, James Cranley, Daniele Muraro, Antonio M A Miranda, Siew Yen Ho, Anna Wilbrey-Clark, Jan Patrick Pett, Krzysztof Polanski, Laura Richardson, Monika Litvinukova …

Nature 619(7971) 801-810 2023年7月
Genome-wide association study of preterm birth and gestational age in a Japanese population.

Keita Hasegawa, Natsuhiko Kumasaka, Kazuhiko Nakabayashi, Hiromi Kamura, Kayoko Maehara, Yoshifumi Kasuga, Kenichiro Hata, Mamoru Tanaka

Human genome variation 10(1) 19-19 2023年6月13日
Mapping interindividual dynamics of innate immune response at single-cell resolution.

Natsuhiko Kumasaka, Raghd Rostom, Ni Huang, Krzysztof Polanski, Kerstin B Meyer, Sharad Patel, Rachel Boyd, Celine Gomez, Sam N Barnett, Nikolaos I Panousis …

Nature genetics 55(6) 1066-1075 2023年6月
A spatially resolved atlas of the human lung characterizes a gland-associated immune niche.

Elo Madissoon, Amanda J Oliver, Vitalii Kleshchevnikov, Anna Wilbrey-Clark, Krzysztof Polanski, Nathan Richoz, Ana Ribeiro Orsi, Lira Mamanova, Liam Bolt, Rasa Elmentaite …

Nature genetics 55(1) 66-77 2022年12月21日
Local and systemic responses to SARS-CoV-2 infection in children and adults.

Masahiro Yoshida, Kaylee B Worlock, Ni Huang, Rik G H Lindeboom, Colin R Butler, Natsuhiko Kumasaka, Cecilia Dominguez Conde, Lira Mamanova, Liam Bolt, Laura Richardson …

Nature 2021年12月22日
Cells of the human intestinal tract mapped across space and time.

Rasa Elmentaite, Natsuhiko Kumasaka, Kenny Roberts, Aaron Fleming, Emma Dann, Hamish W King, Vitalii Kleshchevnikov, Monika Dabrowska, Sophie Pritchard, Liam Bolt …

Nature 597(7875) 250-255 2021年9月
Mapping interindividual dynamics of innate immune response at single-cell resolution

Natsuhiko Kumasaka, Raghd Rostom, Ni Huang, Krzysztof Polanski, Kerstin B. Meyer, Sharad Patel, Rachel Boyd, Celine Gomez, Sam N. Barnett, Nikolaos I Panousis …

bioRxiv 2021年9月1日筆頭著者
A map of transcriptional heterogeneity and regulatory variation in human microglia.

Adam M H Young, Natsuhiko Kumasaka, Fiona Calvert, Timothy R Hammond, Andrew Knights, Nikolaos Panousis, Jun Sung Park, Jeremy Schwartzentruber, Jimmy Liu, Kousik Kundu …

Nature genetics 53(6) 861-868 2021年6月査読有り筆頭著者
Single-cell multi-omics analysis of the immune response in COVID-19.

Emily Stephenson, Gary Reynolds, Rachel A Botting, Fernando J Calero-Nieto, Michael D Morgan, Zewen Kelvin Tuong, Karsten Bach, Waradon Sungnak, Kaylee B Worlock, Masahiro Yoshida …

Nature medicine 27(5) 904-916 2021年5月
Population-scale single-cell RNA-seq profiling across dopaminergic neuron differentiation.

Julie Jerber, Daniel D Seaton, Anna S E Cuomo, Natsuhiko Kumasaka, James Haldane, Juliette Steer, Minal Patel, Daniel Pearce, Malin Andersson, Marc Jan Bonder …

Nature genetics 53(3) 304-312 2021年3月
Genome-wide meta-analysis, fine-mapping and integrative prioritization implicate new Alzheimer's disease risk genes.

Jeremy Schwartzentruber, Sarah Cooper, Jimmy Z Liu, Inigo Barrio-Hernandez, Erica Bello, Natsuhiko Kumasaka, Adam M H Young, Robin J M Franklin, Toby Johnson, Karol Estrada …

Nature genetics 53(3) 392-402 2021年3月
High-resolution genetic mapping of putative causal interactions between regions of open chromatin.

Natsuhiko Kumasaka, Andrew J Knights, Daniel J Gaffney

Nature genetics 51(1) 128-137 2019年1月査読有り筆頭著者
Genome-wide association study of primary sclerosing cholangitis identifies new risk loci and quantifies the genetic relationship with inflammatory bowel disease.

Sun-Gou Ji, Brian D Juran, Sören Mucha, Trine Folseraas, Luke Jostins, Espen Melum, Natsuhiko Kumasaka, Elizabeth J Atkinson, Erik M Schlicht, Jimmy Z Liu …

Nature genetics 49(2) 269-273 2017年2月
Mutational History of a Human Cell Lineage from Somatic to Induced Pluripotent Stem Cells.

Foad J Rouhani, Serena Nik-Zainal, Arthur Wuster, Yilong Li, Nathalie Conte, Hiroko Koike-Yusa, Natsuhiko Kumasaka, Ludovic Vallier, Kosuke Yusa, Allan Bradley

PLoS genetics 12(4) e1005932 2016年4月査読有り
Fine-mapping cellular QTLs with RASQUAL and ATAC-seq.

Natsuhiko Kumasaka, Andrew J Knights, Daniel J Gaffney

Nature genetics 48(2) 206-13 2016年2月査読有り筆頭著者
Genetic background drives transcriptional variation in human induced pluripotent stem cells.

Foad Rouhani, Natsuhiko Kumasaka, Miguel Cardoso de Brito, Allan Bradley, Ludovic Vallier, Daniel Gaffney

PLoS genetics 10(6) e1004432 2014年6月査読有り筆頭著者
A genome-wide association study identifies 2 susceptibility Loci for Crohn's disease in a Japanese population.

Keiko Yamazaki, Junji Umeno, Atsushi Takahashi, Atsushi Hirano, Todd Andrew Johnson, Natsuhiko Kumasaka, Takashi Morizono, Naoya Hosono, Takaaki Kawaguchi, Masakazu Takazoe …

Gastroenterology 144(4) 781-8 2013年4月
Genetic differences in the two main groups of the Japanese population based on autosomal SNPs and haplotypes.

Yumi Yamaguchi-Kabata, Tatsuhiko Tsunoda, Natsuhiko Kumasaka, Atsushi Takahashi, Naoya Hosono, Michiaki Kubo, Yusuke Nakamura, Naoyuki Kamatani

Journal of human genetics 57(5) 326-34 2012年5月
Common variants at CDKAL1 and KLF9 are associated with body mass index in east Asian populations.

Yukinori Okada, Michiaki Kubo, Hiroko Ohmiya, Atsushi Takahashi, Natsuhiko Kumasaka, Naoya Hosono, Shiro Maeda, Wanqing Wen, Rajkumar Dorajoo, Min Jin Go …

Nature genetics 44(3) 302-6 2012年2月19日
Haplotypes with copy number and single nucleotide polymorphisms in CYP2A6 locus are associated with smoking quantity in a Japanese population.

Natsuhiko Kumasaka, Masayuki Aoki, Yukinori Okada, Atsushi Takahashi, Kouichi Ozaki, Taisei Mushiroda, Tomomitsu Hirota, Mayumi Tamari, Toshihiro Tanaka, Yusuke Nakamura …

PloS one 7(9) e44507 2012年査読有り筆頭著者

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MISC

Dual genetic structure of the Japanese population based on autosomal SNPs and haplotypes

Yumi Yamaguchi, Tatsuhiko Tsunoda, Natsuhiko Kumasaka, Atsushi Takahashi, Naoya Hosono, Michiaki Kubo, Yusuke Nakamura, Naoyuki Kamatani

GENES & GENETIC SYSTEMS 86(6) 441-441 2011年12月
Making a haplotype catalog with estimated frequencies based on SNP homozygotes: an application to the Japanese population

Yumi Yamaguchi, Natsuhiko Kumasaka, Tatsuhiko Tsunoda, Atsushi Takahashi, Naoya Hosono, Michiaki Kubo, Yusuke Nakamura, Naoyuki Kamatani

GENES & GENETIC SYSTEMS 85(6) 440-440 2010年12月

共同研究・競争的資金等の研究課題

ヒト幹細胞とゲノム・エピゲノム編集による初期発生原理の統合的理解

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2023年4月 - 2027年3月

福田篤, 中林一彦, 阿久津英憲, 石本人士, 熊坂夏彦
ヒト胎盤・子宮内膜細胞のゲノム空間配置解明と疾患ゲノム研究への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

中林一彦, 内山徹, 阿久津英憲, 熊坂夏彦, 横溝陵
ヒト胎盤・子宮内膜細胞のゲノム空間配置解明と疾患ゲノム研究への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

中林一彦, 内山徹, 阿久津英憲, 熊坂夏彦
統合シークエンス解析による免疫アレルギー疾患ダイナミクスの解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2022年4月 - 2025年3月

岡田随象, 田中良哉, 藤本学, 駒形嘉紀, 奥野龍禎, 熊坂夏彦, 王青波, 竹島雄介
Textile Plotによる新たな遺伝子型地図表示の提案と実装

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2009年 - 2010年

熊坂夏彦
高次元データの視覚化：テクスタイルプロット

2004年 - 2007年
High Dimensional Data Visulaisation: Textile Plot

2004年 - 2007年