木村明洋 (Akihiro Kimura) - マイポータル

基本情報

所属: 名古屋大学大学院理学研究科理学専攻物理科学領域

学位: 博士（理学）(2001年3月)

J-GLOBAL ID: 200901041450240415
researchmap会員ID: 6000001635

研究キーワード

研究分野

自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理 /

論文

Improvement of Exciton Hamiltonians for Photosynthetic Reaction Centers by Bayesian Optimization

Wataru Shimooka, Hirotaka Kitoh-Nishioka, Shigeru Itoh, Akihiro Kimura

ACS Omega 10(24) 26090-26097 2025年6月12日査読有り最終著者責任著者
Key Chlorophyll a Molecules in the Uphill Energy Transfer from Chlorophyll f to P700 in Far-Red Light-Adapted Photosystem I

Yuka Nakamura, Mikihito Okochi, Shigeru Itoh, Akihiro Kimura

The Journal of Physical Chemistry B 129(2) 599-610 2025年1月3日査読有り最終著者責任著者
Extended perturbative approach including Redfield and Förster limits for qualitative analysis of exciton dynamics in any photosynthetic light harvesting and reaction center

Akihiro Kimura

The Journal of Chemical Physics 161(12) 124102 2024年9月28日査読有り筆頭著者責任著者
Experimental and Theoretical Mutation of Exciton States on the Smallest Type-I Photosynthetic Reaction Center Complex of a Green Sulfur Bacterium Chlorobaclum tepidum

Akihiro Kimura, Hirotaka Kitoh-Nishioka, Toru Kondo, Hirozo Oh-oka, Shigeru Itoh, Chihiro Azai

The Journal of Physical Chemistry B 128(3) 731-743 2024年1月25日査読有り筆頭著者
Polarizable Molecular Block Model: Toward the Development of an Induced Dipole Force Field for DNA

Setsuko Nakagawa, Akihiro Kimura, Yuko Okamoto

The Journal of Physical Chemistry B 126(50) 10646-10661 2022年12月22日査読有り
Theoretical Model of the Far-Red-Light-Adapted Photosystem I Reaction Center of Cyanobacterium Acaryochloris marina Using Chlorophyll d and the Effect of Chlorophyll Exchange

Akihiro Kimura, Hirotaka Kitoh-Nishioka, Toshimichi Aota, Tasuku Hamaguchi, Koji Yonekura, Keisuke Kawakami, Kyoko Shinzawa-Itoh, Natsuko Inoue-Kashino, Kentaro Ifuku, Eiki Yamashita …

The Journal of Physical Chemistry B 126(22) 4009-4021 2022年5月26日査読有り
Comparison between the Light-Harvesting Mechanisms of Type-I Photosynthetic Reaction Centers of Heliobacteria and Photosystem I: Pigment Site Energy Distribution and Exciton State

Akihiro Kimura, Hirotaka Kitoh-Nishioka, Yasuteru Shigeta, Shigeru Itoh

The Journal of Physical Chemistry B 125(15) 3727-3738 2021年4月22日査読有り筆頭著者責任著者
Excitonic Coupling on a Heliobacterial Symmetrical Type-I Reaction Center: Comparison with Photosystem I

Hirotaka Kitoh-Nishioka, Yasuteru Shigeta, Shigeru Itoh, Akihiro Kimura

The Journal of Physical Chemistry B 2020年1月16日査読有り
Theoretical Model of Exciton States and Ultrafast Energy Transfer in Heliobacterial Type I Homodimeric Reaction Center

Akihiro Kimura, Shigeru Itoh

The Journal of Physical Chemistry B 122(50) 11852-11859 2018年12月20日査読有り
Time-dependent renormalized Redfield theory II for off-diagonal transition in reduced density matrix

Akihiro Kimura

CHEMICAL PHYSICS LETTERS 661 70-76 2016年9月査読有り
Time-dependent renormalized Redfield theory

Akihiro Kimura

CHEMICAL PHYSICS LETTERS 645 123-126 2016年2月査読有り
Assignment of Exciton Domain in Light Harvesting Systems Based on the Variational Polaron Approach

Yuta Fujihashi, Akihiro Kimura

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 119(26) 8349-8356 2015年7月査読有り
Quantitative correction of the rate constant in the improved variational master equation for excitation energy transfer

Akihiro Kimura, Yuta Fujihashi

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 141(19) 194110 2014年11月査読有り
Improved Variational Master Equation Theory for the Excitation Energy Transfer

Yuta Fujihashi, Akihiro Kimura

JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN 83(1) 2014年1月査読有り
General theory of excitation energy transfer in donor-mediator-acceptor systems

Akihiro Kimura

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 130(15) 2009年4月査読有り
Advanced theory of excitation energy transfer in dimers

A. Kimura, T. Kakitani

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A 111(47) 12042-12048 2007年11月査読有り
Non-condon theory for the energy gap dependence of electron transfer rate

Hirotaka Nishioka, Akihiro Kimura, Takahisa Yamato, Toshiaki Kakitani

FRONTIERS OF COMPUTATIONAL SCIENCE 293-+ 2007年査読有り
Fluctuating hydration structure around nanometer-size hydrophobic solutes. I. Caging and drying around C-60 and C60H60 spheres

T Hotta, A Kimura, M Sasai

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 109(39) 18600-18608 2005年10月査読有り
Interference, fluctuation, and alternation of electron tunneling in protein media. 2. Non-Condon theory for the energy gap dependence of electron transfer rate

H Nishioka, A Kimura, T Yamato, T Kawatsu, T Kakitani

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 109(32) 15621-15635 2005年8月査読有り
Interference, fluctuation, and alternation of electron tunneling in protein media. 1. Two tunneling routes in photosynthetic reaction center alternate due to thermal fluctuation of protein conformation

H Nishioka, A Kimura, T Yamato, T Kawatsu, T Kakitani

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 109(5) 1978-1987 2005年2月査読有り

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MISC

多様な光合成生物が持つ反応中心の光捕集と進化の理論的解析

木村明洋

Precision Medicine 8(7) 38-42 2025年5月
21aAF-3 中間結合領域での励起移動機構に関するエネルギーギャツプ依存性

木村明洋

日本物理学会講演概要集 70 3236-3236 2015年
8aAQ-3 励起移動を記述する変分マスター方程式理論の改良III : 速度定数の高次補正(8aAQ 光生物・タンパク質・核酸,領域12(ソフトマター物理・化学物理・生物物理))

木村明洋, 藤橋裕太

日本物理学会講演概要集 69(2) 201-201 2014年8月22日
27pAB-7 励起移動を記述する変分マスター方程式理論の改良II(27pAB 溶液・液体・光関係等,領域12(ソフトマター物理・化学物理・生物物理))

藤橋祐太, 木村明洋

日本物理学会講演概要集 69(1) 396-396 2014年3月5日
3P261 Quantitative refinement of the theory of the improved variational master equation(光生物 : 光合成,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

Yuta Fujihashi, Akihiro Kimura

生物物理 54(1) S292 2014年
26aXC-5 自由エネルギー最小状態の探索に基づくPSII内における励起子状態の解析(26aXC 化学物理1,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

藤橋裕太, 木村明洋

日本物理学会講演概要集 68(1) 415-415 2013年3月26日
26pAH-9 励起移動を記述する変分マスター方程式の改良(26pAH 溶液・液体2 量子系・光合成,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

藤橋裕太, 木村明洋

日本物理学会講演概要集 67(1) 413-413 2012年3月5日
3D0936 励起移動を記述する変分マスター方程式の改良およびPSIIへの適用(光生物-光合成,口頭発表,日本生物物理学会第50回年会(2012年度))

Fujihashi Yuta, Kimura Akihiro

生物物理 52 S62 2012年
27pYW-1 蛋白質中電子トンネル移動経路のダイナミカルモデル(生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

西岡宏任, 垣谷俊昭, 倭剛久, 木村明洋, 河津励

日本物理学会講演概要集 60(1) 374-374 2005年3月4日
27pYW-2 光合成反応中心における非弾性トンネル電子移動(生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

西岡宏任, 河津励, 木村明洋, 倭剛久, 垣谷俊昭

日本物理学会講演概要集 60(1) 375-375 2005年3月4日
3P290 非弾性トンネル機構が引き起こす蛋白質中電子移動速度の異常なエネルギーギャップ依存性(光生物 B) 光合成))

西岡宏任, 木村明洋, 倭剛久, 河津励, 垣谷俊昭

生物物理 45 S276 2005年
29pWE-4 蛋白質中長距離電子移動の電子トンネル因子の超高速ゆらぎの物理的意味と観測量に与える影響(タンパク質・核酸・生体膜)(領域12)

西岡宏任, 河津励, 木村明洋, 倭剛久, 垣谷俊昭

日本物理学会講演概要集 59(1) 375-375 2004年3月3日
29pPSB-28 多量体における中間結合的な励起エネルギー移動に関する理論の構築とそのB850への応用(ソフトマスター・化学物理・生物物理)(領域12ポスターセッション)

木村明洋, 垣谷俊昭

日本物理学会講演概要集 59(1) 393-393 2004年3月3日
28aWE-9 双極子場によるフラーレンC_<60>の水和構造の解析(化学物理理論)(領域12)

堀田剛史, 木村明洋, 笹井理生

日本物理学会講演概要集 59(1) 360-360 2004年3月3日
2P248 光合成バクテリア反応中心のBacteriopheophytinからprimary quinoneへの電子移動における非弾性トンネル現象(光生物 B) 光合成)

西岡宏任, 河津励, 木村明洋, 倭剛久, 垣谷俊昭

生物物理 44 S171 2004年
23aPS-67 双極子場によるフラーレン C_<60> の水和構造の解析

堀田剛史, 木村明洋, 笹井理生

日本物理学会講演概要集 58(2) 277-277 2003年8月15日
29aZD-12 Interatomic tunneling current map を用いた光合成反応中心における長距離電子移動の研究

西岡宏任, 河津励, 木村明洋, 倭剛久, 垣谷俊昭

日本物理学会講演概要集 58(1) 348-348 2003年3月6日
光合成反応中心の電子トンネル経路は蛋白質構造の熱揺らぎによって変化する

西岡宏任, 河津励, 木村明洋, 倭剛久, 垣谷俊昭

生物物理 43 S199 2003年
光合成アンテナ系では中間結合励起エネルギー移動のメカニズムが働いている

木村明洋, 垣谷俊昭

生物物理 43 S200 2003年
7aQC-6 蛋白質構造の熱揺らぎが電子因子に与える影響(生体高分子のシミュレーション・計算機的手法,領域12)

西岡宏任, 花井雄彦, 河津励, 木村明洋, 倭剛久, 垣谷俊昭

日本物理学会講演概要集 57(2) 296-296 2002年8月13日

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共同研究・競争的資金等の研究課題

近赤外光適応型酸素発生光合成の多様性と機構の解明、理論解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2020年4月 - 2024年3月

伊藤繁, 木村明洋, 井原邦夫
多様な光合成反応中心の光捕集と電子移動と進化の理論的解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2020年4月 - 2023年3月

木村明洋

木村明洋

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共同研究・競争的資金等の研究課題

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