沼田倫征 (Tomoyuki Numata) - マイポータル

基本情報

所属: 九州大学大学院農学研究院生物化学分野准教授

学位: 農学(九州大学)

J-GLOBAL ID: 200901016391614310
researchmap会員ID: 6000008679

外部リンク: https://www.agr.kyushu-u.ac.jp/lab/seibutsukagaku/

研究キーワード

研究分野

経歴

2019年4月 - 現在

九州大学, 大学院農学研究院
2010年4月 - 2019年3月

産業技術総合研究所, バイオメディカル研究部門
2016年1月 - 2019年1月

National Heart, Lung, and Blood Institute / NIH
2007年4月 - 2010年3月

産業技術総合研究所, 生物機能工学研究部門
2004年4月 - 2007年3月

東京工業大学, 大学院生命理工学研究科
2003年4月 - 2004年3月

九州大学, 大学院生物資源環境科学府

学歴

受賞

2014年3月

平成26年度農芸化学奨励賞, 日本農芸化学会

沼田倫征
2013年4月

平成25年度科学技術分野の文部科学大臣表彰若手科学者賞, 文部科学省

沼田倫征
2007年2月

平成18年度手島記念研究賞, 財団法人手島工業教育資金団

論文

Mechanistic analysis of Riboswitch Ligand interactions provides insights into pharmacological control over gene expression.

Shaifaly Parmar, Desta Doro Bume, Colleen M Connelly, Robert E Boer, Peri R Prestwood, Zhen Wang, Henning Labuhn, Krishshanthi Sinnadurai, Adeline Feri, Jimmy Ouellet …

Nature communications 15(1) 8173-8173 2024年9月17日
Characterization of two rice GH18 chitinases belonging to family 8 of plant pathogenesis-related proteins.

Jun Tanaka, Tomoya Takashima, Naojiro Abe, Tamo Fukamizo, Tomoyuki Numata, Takayuki Ohnuma

Plant science : an international journal of experimental plant biology 111524-111524 2022年10月31日
Structure, mechanism, and phylogeny of LysM-chitinase conjugates specifically found in fern plants.

Yoshihito Kitaoku, Toki Taira, Tomoyuki Numata, Takayuki Ohnuma, Tamo Fukamizo

Plant science : an international journal of experimental plant biology 321 111310-111310 2022年8月
GET pathway mediates transfer of mislocalized tail-anchored proteins from mitochondria to the ER.

Shunsuke Matsumoto, Suzuka Ono, Saori Shinoda, Chika Kakuta, Satoshi Okada, Takashi Ito, Tomoyuki Numata, Toshiya Endo

The Journal of cell biology 221(6) 2022年6月6日
Family D DNA polymerase interacts with GINS to promote CMG-helicase in the archaeal replisome.

Keisuke Oki, Mariko Nagata, Takeshi Yamagami, Tomoyuki Numata, Sonoko Ishino, Takuji Oyama, Yoshizumi Ishino

Nucleic acids research 50(7) 3601-3615 2022年4月22日
Genetic and biochemical characterizations of aLhr1 helicase in the thermophilic crenarchaeon sulfolobus acidocaldarius

Shoji Suzuki, Norio Kurosawa, Takeshi Yamagami, Shunsuke Matsumoto, Tomoyuki Numata, Sonoko Ishino, Yoshizumi Ishino

Catalysts 12(1) 2022年1月
A conserved loop structure of GH19 chitinases assists the enzyme function from behind the core-functional region.

Daiki Kawamoto, Tomoya Takashima, Tamo Fukamizo, Tomoyuki Numata, Takayuki Ohnuma

Glycobiology 2021年11月22日
A chemical probe based on the PreQ1 metabolite enables transcriptome-wide mapping of binding sites.

Sumirtha Balaratnam, Curran Rhodes, Desta Doro Bume, Colleen Connelly, Christopher C Lai, James A Kelley, Kamyar Yazdani, Philip J Homan, Danny Incarnato, Tomoyuki Numata …

Nature communications 12(1) 5856-5856 2021年10月6日
Minimal protein-only RNase P structure reveals insights into tRNA precursor recognition and catalysis.

Takamasa Teramoto, Takeshi Koyasu, Naruhiko Adachi, Masato Kawasaki, Toshio Moriya, Tomoyuki Numata, Toshiya Senda, Yoshimitsu Kakuta

The Journal of biological chemistry 297(3) 101028-101028 2021年7月31日
DNA polymerase D temporarily connects primase to the CMG-like helicase before interacting with proliferating cell nuclear antigen

Keisuke Oki, Takeshi Yamagami, Mariko Nagata, Kouta Mayanagi, Tsuyoshi Shirai, Naruhiko Adachi, Tomoyuki Numata, Sonoko Ishino, Yoshizumi Ishino

Nucleic Acids Research 49(8) 4599-4612 2021年5月7日
Crystal structure and biochemical characterization of CJP38, a β-1,3-glucanase and allergen of Cryptomeria japonica pollen.

Takashima T, Taku T, Yamanaka T, Fukamizo T, Numata T, Ohnuma T

Molecular immunology 116 199-207 2019年11月査読有り
Synthetic ligands for PreQ₁ riboswitches provide structural and mechanistic insights into targeting RNA tertiary structure.

Connelly CM, Numata T, Boer RE, Moon MH, Sinniah RS, Barchi JJ, Ferré-D'Amaré AR, Schneekloth JS J

Nature communications 10(1) 1501 2019年4月査読有り
Crystal Structures of Csm2 and Csm3 in the Type III-A CRISPR-Cas Effector Complex.

Takeshita D, Sato M, Inanaga H, Numata T

Journal of molecular biology 431(4) 748-763 2019年2月査読有り
Structure and Enzymatic Properties of a Two-Domain Family GH19 Chitinase from Japanese Cedar (Cryptomeria japonica) Pollen

Tomoya Takashima, Tomoyuki Numata, Toki Taira, Tamo Fukamizo, Takayuki Ohnuma

Journal of Agricultural and Food Chemistry 66(22) 5699-5706 2018年6月6日査読有り
Metabolic and chemical regulation of tRNA modification associated with taurine deficiency and human disease

Kana Asano, Takeo Suzuki, Ayaka Saito, Fan-Yan Wei, Yoshiho Ikeuchi, Tomoyuki Numata, Ryou Tanaka, Yoshihisa Yamane, Takeshi Yamamoto, Takanobu Goto …

Nucleic Acids Research 46(4) 1565-1583 2018年1月査読有り
Crystal structure and thermodynamic dissection of chitin oligosaccharide binding to the LysM module of chitinase-A from Pteris ryukyuensis

Takayuki Ohnuma, Toki Taira, Naoyuki Umemoto, Yoshihito Kitaoku, Morten Sorlie, Tomoyuki Numata, Tamo Fukamizo

BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS 494(3-4) 736-741 2017年12月査読有り
Chitin oligosaccharide binding to the lysin motif of a novel type of chitinase from the multicellular green alga, Volvox carteri

Yoshihito Kitaoku, Tamo Fukamizo, Tomoyuki Numata, Takayuki Ohnuma

PLANT MOLECULAR BIOLOGY 93(1-2) 97-108 2017年1月査読有り
Mechanism of chitosan recognition by CBM32 carbohydrate-binding modules from a Paenibacillus sp IK-5 chitosanase/glucanase

Shoko Shinya, Shigenori Nishimura, Yoshihito Kitaoku, Tomoyuki Numata, Hisashi Kimoto, Hideo Kusaoke, Takayuki Ohnuma, Tamo Fukamizo

BIOCHEMICAL JOURNAL 473(8) 1085-1095 2016年4月査読有り
A class III chitinase without disulfide bonds from the fern, Pteris ryukyuensis: crystal structure and ligand-binding studies

Yoshihito Kitaoku, Naoyuki Umemoto, Takayuki Ohnuma, Tomoyuki Numata, Toki Taira, Shohei Sakuda, Tamo Fukamizo

PLANTA 242(4) 895-907 2015年10月査読有り
Modulation of the transglycosylation activity of plant family GH18 chitinase by removing or introducing a tryptophan side chain

Naoyuki Umemoto, Takayuki Ohnuma, Takuo Osawa, Tomoyuki Numata, Tamo Fukamizo

FEBS LETTERS 589(18) 2327-2333 2015年8月査読有り

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MISC

CRISPR-Cas系における環状オリゴアデニル酸シグナリングの役割

沼田倫征, 大内凌

日本結晶学会誌 66(2) 2024年
Crystal Structure of the CRISPR-Cas RNA Silencing Complex

沼田倫征

Photon Factory Highlights 2015 42-43 2016年
標的アナログと結合したCRISPR-Cas系のCmr複合体の結晶構造

沼田倫征, 大澤拓生

ライフサイエンス新着論文レビュー 2015年
標的類似体と結合したCRISPR-Cas系Cmr複合体の結晶構造

沼田倫征, 大澤拓生

日本結晶学会誌 57 317-323 2015年
糖質関連酵素の最近の進歩‐2 リゾチーム遷移状態アナログの設計に基づく反応機構の検証

尾形慎, 碓氷泰市, 梅本尚之, 大沼貴之, 深溝慶, 沼田倫征

化学と生物 52(12) 819-824 2014年12月査読有り招待有り
リゾチーム遷移状態アナログの合成と反応機構の解析

尾形慎, 碓氷泰市, 梅本尚之, 大沼貴之, 深溝慶, 沼田倫征

応用糖質科学 4(4) 308-313 2014年11月査読有り招待有り
結晶構造から見る古細菌tRNAIle2のアグマチニル化反応：新しいtRNAアンチコドン修飾メカニズムの解明

大澤拓生, 沼田倫征

化学と生物 50(7) 481-483 2012年
結晶構造解析から明らかとなったtRNAのアグマチニル化修飾機構

沼田倫征, 大澤拓生

日本結晶学会誌 54 213-219 2012年
AUAコドンの解読に不可欠なtRNAIleアグマチニル化修飾の分子基盤

沼田倫征

生化学 84(12) 1004-1008 2012年
tRNAをアグマチンで化学修飾するしくみ

大澤拓生, 沼田倫征

ライフサイエンス新着論文レビュー 2011年
tRNAチオ化修飾酵素によるアンチコドンウリジン硫化反応における構造的基盤の解明

沼田倫征, 濡木理

細胞工学 25 1176-1177 2006年
2P059 tRNAのチオ化修飾に関与するTusBCD複合体の結晶構造解析(蛋白質 A) 構造)

沼田倫征, 深井周也, 池内与志穂, 鈴木勉, 濡木理

生物物理 44 S124 2004年
植物リボヌクレアーゼの基質認識機構

沼田倫征, 河野慎, 角田佳充, 木村誠

化学と生物 41(11) 718-723 2003年

書籍等出版物

入門構造生物学 -放射光X線と中性子で最新の生命現象を読み解く

富田耕造, 沼田倫征 (担当:共著, 範囲:第4章生命現象の理解に迫る構造生物学研究，4.3 翻訳)

共立出版 2010年4月 (ISBN: 9784320057043)

共同研究・競争的資金等の研究課題

独自に発見したCRISPR-Casエフェクターの機能構造解析と新たなゲノム編集技術の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2024年4月 - 2027年3月

沼田倫征, 岡田悟, 寺坂尚紘
細菌の非コードRNAの作動原理の解明と創薬への展開

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 挑戦的研究(萌芽) 2020年7月 - 2023年3月

沼田倫征
新規テクノロジー開発を見据えた新規Casタンパク質候補の機能解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2020年4月 - 2023年3月

石野良純, 白井剛, 沼田倫征, 跡見晴幸
CRISPR-Cas系とトランスポゾンの相互作用によるDNA転移の分子基盤解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2020年4月 - 2023年3月

沼田倫征
原核生物に特異的な遺伝子発現調節機構の解明

日本学術振興会国際共同研究加速基金（国際共同研究強化）国際共同研究加速基金（国際共同研究強化） 2017年4月 - 2020年3月

沼田倫征
CRISPR-Casエフェクター複合体の構造機能解析

基盤研究 (B) 2016年4月 - 2020年3月

沼田倫征
CRISPRシステムにおけるエフェクター複合体の構造機能解析

新学術領域研究 (研究領域提案型) 2013年4月 - 2015年3月

沼田倫征
ミトコンドリアにおけるtRNAプロセシング機構の解明

若手研究 (A) 2011年4月 - 2015年3月

沼田倫征
CRISPRシステムにおけるAGO2様活性を有するRNP複合体の構造機能

新学術領域研究 (研究領域提案型) 2011年4月 - 2013年3月

沼田倫征
tRNAアンチコドンの転写後修飾における酵素反応機構の分子的基盤解明

日本学術振興会若手研究 (A) 若手研究(A) 2008年4月 - 2011年3月

沼田倫征
RNAによる生命反応制御機構の構造的基盤の解明

戦略的創造研究推進事業さきがけ 2006年10月 - 2010年3月

沼田倫征
tRNAチオ化修飾経路における硫黄転移反応メカニズムの解明

日本学術振興会若手研究 (B) 若手研究(B) 2006年4月 - 2008年3月

沼田倫征
ニガウリ種子ウリジン特異性リボヌクレアーゼMC1の構造と基質特異性に関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2002年 - 2003年

沼田倫征

沼田倫征

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共同研究・競争的資金等の研究課題

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