腸内細菌叢によって産生された短鎖脂肪酸（プロピオン酸・酢酸・酪酸等）は短鎖脂肪酸受容体FFAR2およびFFAR3に作用する。神経節にはFFAR3が発現しており、神経活動を制御している可能性がある。短鎖脂肪酸は、（１）作用時間によって反応に違いが生じ、（２）細胞内カルシウムイオン濃度を一過性に増加させ、（３）cAMPの産生を抑制していることが明らかとなった。
以上より、短鎖脂肪酸はFFARを介して神経活動を制御している可能性が高まった。