奥田修二郎 (Shujiro Okuda) - マイポータル

基本情報

所属: 新潟大学医学部メディカルAIセンター教授

研究者番号: 00512310
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-7704-8104
J-GLOBAL ID: 200901054853171620
researchmap会員ID: 6000017415

外部リンク: https://bioinfo.med.niigata-u.ac.jp

研究キーワード

研究分野

経歴

2021年4月 - 現在

新潟大学医学部メディカルAIセンター, 教授
2017年4月 - 2021年3月

新潟大学大学院医歯学総合研究科, 准教授
2013年2月 - 2017年3月

新潟大学大学院医歯学総合研究科, テニュア・トラック准教授
2008年4月 - 2013年1月

立命館大学総合理工学院・生命科学部生命情報学科総合理工学院・生命科学部生命情報学科, 助教

学歴

2001年 - 2006年

京都大学, 理学研究科, 生物科学専攻
1997年 - 2001年

立命館大学, 理工学部, 生物工学科

論文

210

Mutation profile and chromosomal abnormality in adenomyosis

Kazuaki Suda, Kotaro Takahashi, Ryo Tamura, Kyota Saito, Manako Yamaguchi, Nozomi Yachida, Sosuke Adachi, Hiroaki Kase, Shujiro Okuda, Kosuke Yoshihara …

Reproduction 2025年7月7日
Evaluation of potential of targeted sequencing through mutational signature simulation

Keisuke Kodama, Yiwei Ling, Hiroshi Ichikawa, Toshifumi Wakai, Shujiro Okuda

PLOS One 2025年6月25日
Identification of Endogenous Sequences Interacting with METTL3/METTL14 RNA Methyltransferase

Tamaki Endoh, Yiwei Ling, Shujiro Okuda, Miki Imanishi

ChemBioChem 2025年6月3日
Phylogenetic tree-based amino acid sequence generation for proteomics data analysis of unknown species

Nobuaki Miura, Tsuyoshi Tabata, Yasushi Ishihama, Shujiro Okuda

Computational and Structural Biotechnology Journal 2025年5月
Cooperation of GlycoPOST and UniCarb-DR towards a comprehensive glycomics data repository workflow

Yushi Takahashi, Niclas G. Karlsson, Shujiro Okuda, Kiyoko F. Aoki-Kinoshita

Analytical and Bioanalytical Chemistry 2025年2月
Clinical utility of tumor-infiltrating lymphocyte evaluation by two different methods in breast cancer patients treated with neoadjuvant chemotherapy.

Masayuki Nagahashi, Eri Ishikawa, Takahiro Nagai, Haruka Kanaoka, Aoi Oshiro, Yusa Togashi, Akira Hattori, Junko Tsuchida, Tomoko Higuchi, Arisa Nishimukai …

Breast cancer (Tokyo, Japan) 2025年1月14日
jPOST environment accelerates the reuse and reanalysis of public proteome mass spectrometry data

Shujiro Okuda, Akiyasu C Yoshizawa, Daiki Kobayashi, Yushi Takahashi, Yu Watanabe, Yuki Moriya, Atsushi Hatano, Tomoyo Takami, Masaki Matsumoto, Norie Araki …

Nucleic Acids Research 2025年1月6日
Reevaluating hybrid neurofibroma/schwannoma: Predominance of schwannoma features despite CD34 positivity and initial neurofibroma diagnosis.

Tatsuya Katsumi, Ryota Hayashi, Shingo Takei, Osamu Ansai, Sumiko Takatsuka, Tatsuya Takenouchi, Kyota Saito, Kazuaki Suda, Kosuke Yoshihara, Takahiro Nagai …

The Journal of dermatology 51(11) 1461-1469 2024年11月
Insights into predicting small molecule retention times in liquid chromatography using deep learning

Yuting Liu, Akiyasu C. Yoshizawa, Yiwei Ling, Shujiro Okuda

Journal of Cheminformatics 2024年10月7日
頭頸部扁平上皮癌におけるmRNAスプライシングシグネチャーと病理学的意義の探索(Alternative splicing signatures of mRNA in head and neck squamous cell carcinoma and pathological significance)

阿部達也, 凌一葦, 奥田修二郎, 山崎学, 丸山智, 田沼順一

日本癌学会総会記事 83回 P-2222 2024年9月
PCPE-1, a brown adipose tissue-derived cytokine, promotes obesity-induced liver fibrosis.

Yung Ting Hsiao, Yohko Yoshida, Shujiro Okuda, Manabu Abe, Seiya Mizuno, Satoru Takahashi, Hironori Nakagami, Ryuichi Morishita, Kenya Kamimura, Shuji Terai …

The EMBO journal 2024年8月19日
Landscape of homologous recombination deficiency in gastric cancer and clinical implications for first-line chemotherapy.

Hiroshi Ichikawa, Masaki Aizawa, Yosuke Kano, Takaaki Hanyu, Yusuke Muneoka, Sou Hiroi, Hiroto Ueki, Kazuki Moro, Yuki Hirose, Kohei Miura …

Gastric cancer : official journal of the International Gastric Cancer Association and the Japanese Gastric Cancer Association 2024年8月7日
トリプルネガティブ乳癌における変異シグネチャーと遺伝子バリアントとの関連

土田純子, 原佳美, 内田遥, 成瀬香菜, 小幡泰生, 大路麻巳子, 諸和樹, 庭野稔之, 山浦久美子, 五十嵐麻由子 …

日本乳癌学会総会プログラム抄録集 32回 79-79 2024年7月
トリプルネガティブ乳癌における変異シグネチャーと遺伝子バリアントとの関連

土田純子, 原佳美, 内田遥, 成瀬香菜, 小幡泰生, 大路麻巳子, 諸和樹, 庭野稔之, 山浦久美子, 五十嵐麻由子 …

日本乳癌学会総会プログラム抄録集 32回 79-79 2024年7月
Clinical application of targeted tumour sequencing tests for detecting ERBB2 amplification and optimizing anti-HER2 therapy in gastric cancer.

Hiroshi Ichikawa, Kenji Usui, Masaki Aizawa, Yoshifumi Shimada, Yusuke Muneoka, Yosuke Kano, Mika Sugai, Kazuki Moro, Yuki Hirose, Kohei Miura …

BMC cancer 24(1) 719-719 2024年6月11日
Pathological and biological significance of the specific glycan, TRA-1-60, on aggressive gastric adenocarcinoma.

Ayaka Mitsui, Hidekazu Iioka, Yiwei Ling, Shujiro Okuda, Akira Kurose, Michael Schopperle, Tomoko Kondo, Masakiyo Sakaguchi, Ken Saito, Eisaku Kondo

Laboratory Investigation 102073-102073 2024年5月
Reduced chondroitin sulfate content prevents diabetic neuropathy through transforming growth factor-β signaling suppression.

Hajime Ishiguro, Takashi Ushiki, Atsuko Honda, Yasuhiro Yoshimatsu, Riuko Ohashi, Shujiro Okuda, Asami Kawasaki, Kaori Cho, Suguru Tamura, Tatsuya Suwabe …

iScience 27(4) 109528-109528 2024年4月19日
新規治療やバイオマーカー標的を探る-大腸癌の発癌から転移のメカニズムまで- 大腸癌患者における腫瘍内細菌叢と化学療法効果の関連についての検討

田島陽介, 島田能史, 中野麻恵, 阿部馨, 松本瑛生, 山井大介, 大関瑛, 諸和樹, 土田純子, 宗岡悠介 …

日本外科学会定期学術集会抄録集 124回 WS-4 2024年4月
Precision medicineを目指したdMMRおよびTMB-H大腸癌診療

島田能史, 中野麻恵, 大関瑛, 山井大介, 松本瑛生, 阿部馨, 田島陽介, 土田純子, 諸和樹, 宗岡悠介 …

日本外科学会定期学術集会抄録集 124回 SF-5 2024年4月
Clonal origin and genomic diversity in Lynch syndrome‐associated endometrial cancer with multiple synchronous tumors: Identification of the pathogenicity of <scp>MLH1</scp> p.<scp>L582H</scp>

Kotaro Takahashi, Nozomi Yachida, Ryo Tamura, Sosuke Adachi, Shuhei Kondo, Tatsuya Abé, Hajime Umezu, Hiromi Nyuzuki, Shujiro Okuda, Hirofumi Nakaoka …

Genes, Chromosomes and Cancer 63(3) 2024年3月9日

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MISC

117

シン・マスバンクプロジェクト:MassBankレコード拡充に向けたスペクトル平均化法の開発

松田史生, 平山明由, 早坂亮祐, 高橋政友, 吉沢明康, 西田孝三, 鳥越大平, 木内貴仁, 松沢佑紀, 津川裕司 …

質量分析総合討論会講演要旨集 72nd 2024年
メタボロミクス用質量分析データリポジトリMB-POSTの構築とその運用

奥田修二郎, 木内貴仁, 吉沢明康, 松田史生

質量分析総合討論会講演要旨集 72nd 2024年
タンパク質言語モデルによる代謝回転率予測と精度関連因子の解析

石野公基, 劉ぎょくてい, 吉沢明康, 奥田修二郎

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 47th 2024年
jPOSTの10年間:プロテオーム統合データベースの未来に向けて

吉沢明康, 高橋悠志, 小林大樹, 守屋勇樹, 幡野敦, 高見知代, 松本雅記, 荒木令江, 田畑剛, 田畑剛 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 47th 2024年
アグマチンおよびオルニチンをプトレッシンに変換する腸内細菌の探索

網優太, 瀧原速仁, 奥田修二郎, 栗原新

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2024 2024年
JPDMデータ論文のメタデータを用いたjPOSTデータ再解析の加速

高橋悠志, 吉沢明康, 小林大樹, 守屋勇樹, 幡野敦, 高見知代, 松本雅記, 荒木令江, 田畑剛, 田畑剛 …

日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集 2024 (Web) 2024年
PBMCを用いたアテゾリズマブ+カルボプラチン+パクリタキセル+ベバシズマブの効果予測因子の検討 NEJ043試験

仲地一郎, 渡部聡, 古屋直樹, 中村敦, 椎原淳, 田中寿志, 中尾美香, 増渕健, 清家正博, 佐々木信一 …

肺癌 63(5) 505-505 2023年10月
jPOST&JPDM:プロテオームデータベースとデータ論文ジャーナル

吉沢明康, 小林大樹, 守屋勇樹, 幡野敦, 高見知代, 松本雅記, 荒木令江, 田畑剛, 田畑剛, 岩崎未央 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 46th 2023年
アグマチンおよびオルニチンを添加した培地でプトレッシンを産生するヒト腸内常在菌の探索

網優太, 瀧原速仁, 奥田修二郎, 栗原新

日本ポリアミン学会年会プログラム及び抄録集 14th 2023年
バイオインフォマティクスの世界(第16回)やってみようバイオインフォマティクス : エンリッチメント解析編

凌一葦, 永井貴大, 奥田修二郎

医学のあゆみ 282(7・8) 767-774 2022年8月20日
バイオインフォマティクスの世界(第13回)やってみようバイオインフォマティクス : RNA-seq解析編—Let's try bioinformatics : RNA-seq analysis

永井貴大, 凌一葦, 奥田修二郎

医学のあゆみ 282(3) 228-235 2022年7月16日
バイオインフォマティクスの世界(第13回)やってみようバイオインフォマティクス : SNP解析編—Let's try bioinformatics : SNP analysis

永井貴大, 凌一葦, 奥田修二郎

医学のあゆみ 282(2) 158-168 2022年7月9日
発酵食品に由来するポリアミン高産生菌Staphylococcus epidermidis FB146のポリアミン関連遺伝子の同定

白澤秀斗, 西山知里, 平野里佳, 平野里佳, 小柳喬, 奥田修二郎, 高木宏樹, 栗原新

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2022 2022年
メタプロテオミクスを強力に支援するタンパク質配列データベース構築法の研究-近縁種のゲノム情報活用による未知生物のアミノ酸配列予測-

三浦信明, 石濱泰, 奥田修二郎, 奥田修二郎

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 44th 2021年
糖鎖科学ポータルGlyCosmos2021

山田一作, 塩田正明, 高橋悠志, 新町大輔, 小野多美子, 土屋伸一郎, 松原正陽, 木村直貴, 瀬野瑛, 細田正恵 …

日本糖質学会年会要旨集 40th 2021年
糖鎖とオミクスデータを統合化したGlyCosmos糖鎖科学ポータル

木下聖子, 塩田正明, 高橋悠志, 新町大輔, 小野多美子, 土屋伸一郎, 松原正陽, 木村直貴, 瀬野瑛, 細田正恵 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 44th 2021年
発酵食品由来乳酸菌Latilactobacillus curvatus KP3-4はオルニチンデカルボキシラーゼを介してプトレッシンを合成する

平野里佳, 平野里佳, 久米愛子, 西山知里, 本田涼将, 白澤秀斗, 凌一葦, 杉山友太, 奈良未沙希, 下川ひろみ …

日本ポリアミン学会年会プログラム及び抄録集 12th (CD-ROM) 2021年
発酵食品に由来するポリアミン高産生菌Staphylococcus epidermidis FB146のプトレッシン産生機構の解明を目的とした全ゲノム解析

白澤秀斗, 西山知里, 平野里佳, 平野里佳, 小柳喬, 奥田修二郎, 高木宏樹, 栗原新

日本ポリアミン学会年会プログラム及び抄録集 12th (CD-ROM) 2021年
早期発症者と長期潜伏後発症者より分離した結核菌北京株のゲノム変異解析

袴田真理子, 袴田真理子, 瀧原速仁, 岩本朋忠, 岩本朋忠, 田丸亜貴, 尾関百合子, 西山晃史, 立石善隆, 菊地利明 …

結核(Web) 96(3) 2021年
結核菌北京株のゲノム解析と組織透明化/3次元イメージング「CUBIC」による抗酸菌感染の生体内モニタリング

袴田真理子, 袴田真理子, 瀧原速仁, 尾関百合子, 西山晃史, 立石善隆, 大橋璃子, 奥田修二郎, 田井中一貴, 菊地利明 …

日本細菌学雑誌(Web) 76(1) 2021年

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講演・口頭発表等

Computational Methods for the Interpretation of Clinical MetaOmics Data: from a ‘Bag of Genes’ to Ecosystem Networks and Clinical Markers.

International Human microbiome Congress 2011年
From Parts Lists to Ecosystem Networks: Development of a 2nd Generation Toolkit for MetaOmics Analysis.

Human Microbiome Research Conference 2010年
From Parts Lists to Ecosystem Networks: Development of a 2nd Generation Toolkit for MetaOmics Analysis.

Human Microbiome Research Conference 2010年
iPath: Interactive Pathways Explorer.

ECCB 2010 2010年
Network analysis of adverse drug interactions.

IBSB 2008 2008年
A systems biology approach to elucidating mechanisms underlying smog-induced airway inflammation.

8th Siena Meeting 2008年
Analysis of Tissue Specific Expression Patterns of Metabolic Pathway.

IBSB 2007 2007年
Pseudo-clique extraction method towards comprehensive clustering of orthologous genes in KEGG.

JSBI 2007 2007年
Analysis of the differences in metabolic network expansion between prokaryotes and eukaryotes.

IBSB 2006 2006年
Construction of the drug substructure library from the KEGG DRUG database.

IBSB 2006 2006年
Analysis of Tissue Specific Expression Patterns of Isozymes.

GIW 2006 2006年
Conservation of gene co-regulation between two prokaryotes: Bacillus subtilis and Escherichia coli.

IBSB 2005 2005年
Determining the Evolutionary direction of Protein Domain-Fusion Using Genomic Fusion Flux.

ISMB 2005 2005年
Analysis of the bacterial mRNAs recognized by RNA-binding proteins and compounds.

IBSB 2005 2005年
KAAS: KEGG Automatic Annotation Server.

GIW 2005 2005年
Prediction and Comparison of Coiled-Coil Proteins in Multiple Genomes.

IBSB 2004 2004年
Integration of biological features of multiple genomes: the construction of "Genome Indices" database.

IBSB 2004 2004年
Functional classification of coiled-coil proteins in multiple genomes.

GIW 2004 2004年
Analysis of the bacterial sequences recognized by RNA-binding proteins and compounds.

GIW 2004 2004年
Functional categorization of multiple genomes using KEGG OC in the genome indices.

GIW 2004 2004年

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所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

マルチオミクス解析によるアスリートの多血小板血漿に共通する特徴的分子基盤の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2025年4月 - 2029年3月

牛木隆志, 松本雅記, 奥田修二郎, 望月友晴, 川瀬知之, 布施香子, 江玉睦明, 大森豪, 山本智章
タンパク質寿命の大規模計測技術と寿命制御原理

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 2023年4月 - 2028年3月

石濱泰, 奥田修二郎, 今見考志
精密メタプロテオーム解析を実現する高度情報科学基盤の構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2024年4月 - 2027年3月

奥田修二郎, 石濱泰, 吉沢明康, 凌一葦, 三浦信明
膜透過ペプチドとAIを用いた「ライブセルイメージングシステム」の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2024年4月 - 2027年3月

奥田明子, 奥田修二郎
ミトコンドリア病ゲノムコホートを対象とした多階層オミックス解析の確立

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2023年4月 - 2026年3月

岡崎康司, 奥田修二郎, 木下善仁, 村山圭, 大竹明
放射線・病理画像テクスチャ解析を用いた肺癌の腫瘍遺伝子変異量予測モデルの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2023年4月 - 2026年3月

山崎元彦, 石川浩志, 大橋瑠子, 若井俊文, 奥田修二郎, 島田能史, 後藤達哉, 土田正則, 竹中朋祐, 河野幹寛
人工知能による心筋生検の読影を用いた重症心不全の統合的予後推測法の確立

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2023年4月 - 2026年3月

猪又孝元, 奥田修二郎, 柏村健
人工知能を用いた顔面神経麻痺の客観的主観評価システムの確立

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2022年4月 - 2026年3月

松田健, 奥田修二郎, 曽束洋平
腫瘍内細菌叢が引き起こす癌遺伝子異常の同定と変異シグネチャー解析による要因の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2022年6月 - 2025年3月

若井俊文, 奥田修二郎, 宗岡悠介, 島田能史, 中野麻恵, 市川寛, 坂田純, 凌一葦, 田島陽介
乳癌における脂質メディエーターを標的とする薬物送達システムを用いた新規治療の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

永橋昌幸, 奥田修二郎, 盛本浩二, 張宗哲, 阿部学, 三好康雄, 大村谷昌樹, PRADIPTA AMBARA
緑内障による構造と機能の変化はどのように患者のQOLを障害するのか？

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2022年4月 - 2025年3月

福地健郎, 赤木忠道, 坂上悠太, 五十嵐遼子, 植木智志, 奥田修二郎
不均一性の強い胃癌のHER2関連遺伝子異常を高精度に同定可能とする人工知能の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2022年4月 - 2025年3月

臼井賢司, 宗岡悠介, 諸和樹, 島田能史, 梅津哉, 市川寛, 坂田純, 加納陽介, 須貝美佳, 奥田修二郎
乳癌における脂質メディエーターを標的とする薬物送達システムを用いた新規治療の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

永橋昌幸, 奥田修二郎, 盛本浩二, 張宗哲, 阿部学, 三好康雄, 大村谷昌樹, PRADIPTA AMBARA
難治性リンパ腫の免疫回避機構の解明と新しい治療法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2025年3月

高田尚良, 奥田修二郎, 近藤英作, 齋藤憲
難治性リンパ腫の免疫回避機構の解明と新しい治療法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2025年3月

高田尚良, 奥田修二郎, 近藤英作, 齋藤憲
細胞追跡法と遺伝子ネットワーク解析による幹細胞の分化制御メカニズムの解明

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2021年7月 - 2024年3月

加来賢, 奥田修二郎
トリプルネガティブ乳癌におけるTP53と脂質分子の相補的な細胞制御機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2021年7月 - 2024年3月

永橋昌幸, 奥田修二郎, 阿部学, 諸和樹, 土田純子
変異シグネチャー解析による固形癌の塩基置換パターン分類の確立及び臨床的意義の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2021年4月 - 2024年3月

廣瀬雄己, 若井俊文, 奥田修二郎, 竹内志穂, 市川寛, 永橋昌幸, 坂田純, 島田能史
直腸癌化学放射線療法後の臨床的完全奏効に対する新規サーベイランス方法の確立

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2021年4月 - 2024年3月

島田能史, 奥田修二郎, 太田篤, 大橋瑠子, 若井俊文, 竹内志穂, 中野雅人, 凌一葦
消化器癌のゲノム高次元データ解析システムを基盤とした深層学習による人工知能の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2024年3月

若井俊文, 奥田修二郎, 諸和樹, 島田能史, 永橋昌幸, 松田康伸, 市川寛, 坂田純

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産業財産権

WO2019-159821 高頻度変異型癌の判別システム、プログラム及び方法

若井俊文, 奥田修二郎, 島田能史, 井筒浩, 兒玉啓輔

奥田修二郎

基本情報

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論文

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所属学協会

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