工藤史貴 (Fumitaka Kudo) - マイポータル

基本情報

所属: 東京科学大学理学院准教授

学位: 理学（博士）(東京工業大学)

研究者番号: 00361783
J-GLOBAL ID: 201001056660960613
researchmap会員ID: 6000024103

生物が作る物質の化学構造と合成機構に興味があります。

現在は微生物が作る抗生物質などの生理活性天然物の生合成研究を行なっています。
またゲノムにコードされる機能未解明な遺伝子の機能に興味があります。

研究キーワード

研究分野

経歴

2016年4月 - 現在

東京工業大学, 理学院, 准教授
2010年5月 - 2016年3月

東京工業大学, 大学院理工学研究科化学専攻, 准教授
2007年4月 - 2010年4月

東京工業大学, 大学院理工学研究科化学専攻, 助教
2003年3月 - 2007年3月

東京工業大学, 化学科, 助手
2001年4月 - 2003年3月

ジョンズ・ホプキンス大学, 化学科, 博士研究員
1999年4月 - 2001年3月

ブラウン大学, 化学科, 博士研究員

学歴

1994年4月 - 1999年3月

東京工業大学, 理工学研究科, 化学専攻
1990年4月 - 1994年3月

東京工業大学, 理学部, 化学科

受賞

論文

111

Biosynthetic Incorporation of Non-native Aryl Acid Building Blocks into Peptide Products Using Engineered Adenylation Domains.

Fumihiro Ishikawa, Maya Nohara, Akimasa Miyanaga, Satoki Kuramoto, Natsuki Miyano, Shumpei Asamizu, Fumitaka Kudo, Hiroyasu Onaka, Tadashi Eguchi, Genzoh Tanabe

ACS chemical biology 2024年12月2日
The Post-Polyketide Synthase Modification Mechanism in Hitachimycin Biosynthesis.

Fumitaka Kudo, Kazuma Tsuboi, Mutsumi Ikezaki, Daiki Nagayama, Koichi Kawamura, Taishi Ando, Akimasa Miyanaga, Tadashi Eguchi

Chembiochem : a European journal of chemical biology e202400405 2024年6月7日
Engineering the Substrate Specificity of (S)-β-Phenylalanine Adenylation Enzyme HitB.

Dawei Wang, Akimasa Miyanaga, Taichi Chisuga, Fumitaka Kudo, Tadashi Eguchi

Chembiochem : a European journal of chemical biology e202400383 2024年5月28日
Structural Basis of Amide-Forming Adenylation Enzyme VinM in Vicenistatin Biosynthesis.

Akimasa Miyanaga, Kenji Nagata, Joji Nakajima, Taichi Chisuga, Fumitaka Kudo, Tadashi Eguchi

ACS chemical biology 2023年10月23日
Structure-Based Analysis of Transient Interactions between Ketosynthase-like Decarboxylase and Acyl Carrier Protein in a Loading Module of Modular Polyketide Synthase.

Taichi Chisuga, Satoshi Murakami, Akimasa Miyanaga, Fumitaka Kudo, Tadashi Eguchi

ACS chemical biology 18(6) 1398-1404 2023年5月22日
Unique Initiation and Termination Mechanisms Involved in the Biosynthesis of a Hybrid Polyketide-Nonribosomal Peptide Lyngbyapeptin B Produced by the Marine Cyanobacterium Moorena bouillonii.

Fumitaka Kudo, Takuji Chikuma, Mizuki Nambu, Taichi Chisuga, Shimpei Sumimoto, Arihiro Iwasaki, Kiyotake Suenaga, Akimasa Miyanaga, Tadashi Eguchi

ACS chemical biology 18(4) 875-883 2023年3月15日
Acyltransferase Domain Exchange between Two Independent Type I Polyketide Synthases in the Same Producer Strain of Macrolide Antibiotics.

Fumitaka Kudo, Kosuke Kishikawa, Kazuma Tsuboi, Takafusa Kido, Takeo Usui, Junko Hashimoto, Kazuo Shin-Ya, Akimasa Miyanaga, Tadashi Eguchi

Chembiochem : a European journal of chemical biology 24(6) e202200670 2023年1月5日
Cross-Linking of the Nonribosomal Peptide Synthetase Adenylation Domain with a Carrier Protein Using a Pantetheine-Type Probe.

Akimasa Miyanaga, Fumitaka Kudo, Tadashi Eguchi

Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) 2670 207-217 2023年
Structural Basis of Transient Interactions of Acyltransferase VinK with the Loading Acyl Carrier Protein of the Vicenistatin Modular Polyketide Synthase

Akimasa Miyanaga, Koichi Kawada, Taichi Chisuga, Fumitaka Kudo, Tadashi Eguchi

Biochemistry 62(1) 17-21 2022年12月13日査読有り
Mechanism of S-Adenosyl-l-methionine C-Methylation by Cobalamin-dependent Radical S-Adenosyl-l-methionine Methylase in 1-Amino-2-methylcyclopropanecarboxylic Acid Biosynthesis.

Fumitaka Kudo, Atsushi Minato, Shusuke Sato, Nayuta Nagano, Chitose Maruyama, Yoshimitsu Hamano, Junko Hashimoto, Ikuko Kozone, Kazuo Shin-Ya, Tadashi Eguchi

Organic letters 2022年12月2日
Recent advances in the structural analysis of adenylation domains in natural product biosynthesis

Akimasa Miyanaga, Fumitaka Kudo, Tadashi Eguchi

Current Opinion in Chemical Biology 2022年12月査読有り招待有り
Structural Insight into the Reaction Mechanism of Ketosynthase-Like Decarboxylase in a Loading Module of Modular Polyketide Synthases.

Taichi Chisuga, Akira Nagai, Akimasa Miyanaga, Ena Goto, Kosuke Kishikawa, Fumitaka Kudo, Tadashi Eguchi

ACS chemical biology 17(1) 198-206 2022年1月21日
Characterization of the cobalamin-dependent radical S-adenosyl-l-methionine enzyme C-methyltransferase Fom3 in fosfomycin biosynthesis

Shusuke Sato, Fumitaka Kudo, Tadashi Eguchi

Methods in Enzymology 45-70 2022年
Biochemical and Mutational Analysis of Radical S-Adenosyl-L-Methionine Adenosylhopane Synthase HpnH from Zymomonas mobilis Reveals that the Conserved Residue Cysteine-106 Reduces a Radical Intermediate and Determines the Stereochemistry

Shusuke Sato, Fumitaka Kudo, Michel Rohmer, Tadashi Eguchi

Biochemistry 60(38) 2865-2874 2021年9月10日
Complex structure of the acyltransferase VinK and the carrier protein VinL with a pantetheine cross-linking probe.

Akimasa Miyanaga, Risako Ouchi, Fumitaka Kudo, Tadashi Eguchi

Acta crystallographica. Section F, Structural biology communications 77(Pt 9) 294-302 2021年9月1日
Mutational Biosynthesis of Hitachimycin Analogs Controlled by the β-Amino Acid-Selective Adenylation Enzyme HitB.

Fumitaka Kudo, Sotaro Takahashi, Akimasa Miyanaga, Yuichiro Nakazawa, Kota Nishino, Yuki Hayakawa, Koichi Kawamura, Fumihiro Ishikawa, Genzoh Tanabe, Naeko Iwai …

ACS chemical biology 16(3) 539-547 2021年3月19日
One-pot enzymatic synthesis of 2-deoxy-scyllo-inosose from d-glucose and polyphosphate.

Fumitaka Kudo, Ayaka Mori, Mai Koide, Ryo Yajima, Ryohei Takeishi, Akimasa Miyanaga, Tadashi Eguchi

Bioscience, biotechnology, and biochemistry 85(1) 108-114 2021年1月7日
Stepwise Post-glycosylation Modification of Sugar Moieties in Kanamycin Biosynthesis.

Fumitaka Kudo, Yukinobu Kitayama, Akimasa Miyanaga, Mario Numakura, Tadashi Eguchi

Chembiochem : a European journal of chemical biology 2021年1月5日
Structural characterization of complex of adenylation domain and carrier protein by using pantetheine cross-linking probe

Akimasa Miyanaga, Shohei Kurihara, Taichi Chisuga, Fumitaka Kudo, Tadashi Eguchi

ACS Chemical Biology 2020年7月1日査読有り
Generation of incednine derivatives by mutasynthesis.

Miyanaga, A., Takaku, R., Takaishi, M., Tashiro, E., Kudo, F., Eguchi, T.

J. Antibiot. 2020年6月査読有り

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MISC

新規なβ-アミノ酸生合成酵素の構造機能解析

宮永顕正, 千菅太一, 工藤史貴, 江口正

Photon Factory Activity Report 2017 PartB 2018年6月
ヌクレオシド系抗生物質アリステロマイシンの生合成における炭素五員環形成の立体

山口海斗, 角田毅, 宮永顕正, 工藤史貴, 江口正

日本化学会春季年会講演予稿集(CD-ROM) 98th 2018年
マクロライド系抗生物質FD-891の生合成におけるシトクロムP450酸化酵素GfsFの基質特異性

高柳龍一, 古谷隆, 宮永顕正, 工藤史貴, 江口正, 川又綾乃, 岩渕好治, 叶直樹

日本化学会春季年会講演予稿集(CD-ROM) 97th 2017年
ポリケタイド化合物の分子多様性を生み出す生合成酵素の結晶構造解析

宮永顕正, 篠原雄治, 岩沢翔平, 工藤史貴, 江口正

Photon Factory Activity Report 2015 PartB 2016年3月
ヌクレオシド系抗生物質アリステロマイシンの生合成遺伝子のゲノムマイニング

工藤史貴, 角田毅, 宮永顕正, 高島惇, 江口正

天然有機化合物討論会講演要旨集(Web) 58th 2016年
ヌクレオシド系抗生物質アリステロマイシン生合成に関わるOrf2の機能解析

角田毅, 高島惇, 宮永顕正, 工藤史貴, 江口正

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2015 2015年
Characterization of a Radical S-Adenosyl-L-methionine Epimerase, NeoN, in the Last Step of Neomycin B Biosynthesis (vol 136, pg 13909, 2014)

Fumitaka Kudo, Shota Hoshi, Taiki Kawashima, Toshiaki Kamachi, Tadashi Eguchi

JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 136(49) 17356-17356 2014年12月
ビセニスタチンの特異アミノ酸スターターユニット生合成酵素の結晶構造解析

宮永顕正, 篠原雄治, 工藤史貴, 江口正

Photon Factory Activity Report 2013 Part B 2014年7月
Cloning and Characterization of the Biosynthetic Gene Cluster of 16-Membered Macrolide Antibiotic FD-891: Involvement of a Dual Functional Cytochrome P450 Monooxygenase Catalyzing Epoxidation and Hydroxylation (vol 11, pg 1574, 2010)

F. Kudo, A. Motegi, K. Mizoue, T. Eguchi

CHEMBIOCHEM 11(13) 1798-1798 2010年9月
Novel versipelostatin analogues from Streptomyces versipellis 4083-SVS6

Ping Zhao, Jun'ya Ueda, Motoki Takagi, Fumitaka Kudo, Kazuo Shin-ya, Tomohisa Kuzuyama

JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY 136 S330-S330 2008年10月
ブチロシン生合成におけるアミノ基転移酵素BtrBの機能解析

遠藤由美恵, 為我井秀行, 沼倉真理緒, 工藤史貴, 南後恵理子, 江口正

日本化学会講演予稿集 87th(2) 2007年
2-デオキシストレプタミン含有アミノ配糖体抗生物質のコア構造の生合成

工藤史貴, 川部憲一, 横山健一, 沼倉真理緒, 久力久子, 桑原三恵子, 為我井秀行, 中西(南後)恵理子, 江口正

天然有機化合物討論会講演要旨集 46th 2004年
2-デオキシストレプタミン含有抗生物質生合成系の分子解析

柿沼勝己, 工藤史貴, 太田康勝, 久力久子, 佐々木聡子, 南後恵理子, 為我井秀行, 松島芳隆, 江口正

天然有機化合物討論会講演要旨集 42nd 2000年

講演・口頭発表等

Biosynthetic studies of macrocyclic polyketide antibiotics in Actinomycetes

KUDO Fumitaka

The 4th A3 foresight symposium on Chemical & Synthetic Biology of Natural Products 2019年7月6日
Study on radical SAM C-methyltransferase Fom3 in fosfomycin biosynthesis

KUDO Fumitaka

2nd China-Japan Joint Symposium on Natural Product Biosynthesis 2019年1月14日
Biosynthesis of macrocyclic polyketide antibiotics

工藤史貴

RIKEN Center for Sustainable Resource Science Seminar 2018年12月5日
Biosynthesis of macrocyclic polyketide antibiotics

Fumitaka Kudo

"Department of Life Science and Biochemical Engineering Sun Moon University", Seminar 2018年11月23日
抗腫瘍抗生物質パクタマイシンの生合成研究

工藤史貴, 平山茜, 張家浩, 宮永顕正, 江口正

第60回天然有機化合物討論会 2018年9月28日天然有機化合物討論会
Biosynthesis of aminoglycoside antibiotics

Fumitaka Kudo

1st German_Japan biosynthesis seminar 2018年9月6日生合成リデザイン
Study on a dual functional cytochrome P450 in the biosynthesis of macrolide antibiotic FD-891

Fumitaka Kudo, Akimasa Miyanaga, Ryuichi Takayanagi, Takashi Furuya, Atsushi Motegi, Tadashi Eguchi

3rd ECNP 2018年9月4日
Biosynthesis of macrocyclic polyketide antibiotics

Fumitaka Kudo

Institute for Technical Microbiology, Mannheim University of Applied Science. Seminar 2018年8月31日
Radical SAM enzymes in natural products biosynthesis

Fumitaka Kudo, Shusuke Sato, Tadashi Eguchi

The 3rd A3 foresight symposium on Chemical & Synthetic Biology of Natural Products 2018年7月11日
抗腫瘍性マクロライド抗生物質生合成マシナリーのリデザイン

工藤史貴

新学術領域研究「生合成リデザイン」第４回公開シンポジウム 2018年5月26日生合成リデザイン
Biosynthesis of β-amino acid containing macrolactam antibiotics

Fumitaka Kudo

Natural Product Discovery and Development in the Genomic Era 2018年1月23日
Biosynthesis of Carbocyclic Nucleoside Aristeromycin

Fumitaka Kudo

1st China-Japan Joint Symposium on Natural Product Biosynthesis 2017年10月2日生合成リデザイン
ポリケチド生合成マシナリーの精密解析

工藤史貴

第２回新学術領域研究（生合成リデザイン）若手の会 2017年8月27日生合成リデザイン
Radical SAM enzymes involved in natural product biosynthesis

Fumitaka Kudo

The 18th International Symposium on the Biology of Actinomycetes (ISBA18) 2017年5月26日
Functional analysis of radical SAM enzyme AprD4 and reductase AprD3 in the C3′-deoxygenation in apramycin biosynthesis

Fumitaka Kudo, Takahiro Tokumitsu, Tadashi Eguchi

Directing Biosynthesis V 2017年3月22日
Resent biosynthetic study of natural products

Fumitaka Kudo

日本化学会第97春季年会（2017）アジア国際シンポジウム(天然物化学) 2017年日本化学会
公募班ショートプレゼンテーション

新学術領域研究（研究領域提案型）「生物合成系の再設計による複雑骨格機能分子の革新的創成科学（生合成リデザイン）」2017 第二回シンポジウム 2017年
Biosynthesis of Macrolactam Antibiotics in Actinomycetes

Fumitaka Kudo, Akimasa Miyanaga, Tadashi Eguchi

13th International Symposium on the Genetics of Industrial Microorganisms (GIM) 2016年10月18日
ヌクレオシド系抗生物質アリステロマイシンの生合成遺伝子のゲノムマイニング

工藤史貴, 角田毅, 宮永顕正, 高島惇, 江口正

第５８回天然有機化合物討論会 2016年9月16日天然有機化合物討論会
Biosynthetic Study of Macrocyclic Polyketide Antibiotics

Fumitaka Kudo

The 1st A3 Foresight Symposium on “Chemical & Synthetic Biology of Natural Products” 2016年8月22日

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担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

細胞核形成における分子機構についての研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2025年3月

藤芳暁, 工藤史貴, 志見剛
アミノグリコシド系抗生物質の生合成酵素構造解析を基盤とする新規物質生産系の開拓

日本学術振興会：科研費基盤研究(B) 2019年4月 - 2024年3月

工藤史貴
抗腫瘍性マクロライド抗生物質生合成マシナリーのリデザイン

文部科学省新学術領域研究（公募研究） 2017年4月 - 2019年3月

工藤史貴
有用海洋シアノバクテリアの培養株構築と生合成遺伝子の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2016年4月 - 2018年3月

末永聖武, 岩﨑有紘, 工藤史貴
アミノグリコシド抗生物質の構造多様性の鍵を握るラジカルSAM酵素の精密反応解析

日本学術振興会科研費基盤研究(C)一般 2014年4月 - 2017年3月

工藤史貴
合成プローブを用いた天然物生合成酵素の精密解析

上原記念生命科学財団公益財団法人上原記念生命科学財団研究助成金 2017年 - 2017年

工藤史貴
テトロドトキシン生産菌のゲノム解析に基づく生合成機構の解明

日本学術振興会科研費若手研究(B) 2011年4月 - 2013年3月

工藤史貴
非天然型生合成マシナリーのデザインと機能化

文部科学省新学術領域研究（公募研究） 2011年4月 - 2013年3月

工藤史貴
アミノグリコシド抗生物質生合成における特異修飾酵素の機能解明と応用

内藤記念科学振興財団公益財団法人内藤記念科学振興財団 2012年度奨励金・研究助成 2012年 - 2012年

工藤史貴
ハイブリッド型ポリケチド抗生物質の精密生合成解析に基づく新規物質創製法の開発

武田科学技術振興財団公益財団法人武田科学技術振興財団 2012年度研究助成 2012年 - 2012年

工藤史貴
放線菌が生産するハイブリッド型ポリチケド抗生物質の生合成研究と応用

長瀬科学技術振興財団公益財団法人長瀬科学技術振興財団平成24年度研究助成 2012年 - 2012年

工藤史貴
Ｓ−アデノシルメチオニンを酸化剤とする特異ラジカルＳＡＭ酵素の探索と機能解析

日本学術振興会科研費若手研究(B) 2009年4月 - 2011年3月

工藤史貴
A unique amino acid carrying strategy in the biosynthesis of macrolactam polyketide antibiotics, Directing Biosynthesis III (September 19-21, 2012, University of Nottingham, United Kingdom)

（財）金原一郎記念医学医療振興財団研究交流助成金 2011年 - 2011年

工藤史貴
Biosynthesis of 16-membered macrolide antibiotic FD-891, Pacifichem2010（Biosynthesis of Natural Products）, (December 14-20, 2010, Honolulu, HI)

第10回（2010年度）内藤記念若手研究者海外派遣助成金（秋季） 2010年 - 2010年

工藤史貴
Biosynthesis of 16-membered macrolide antibiotic FD-891, Directing Biosynthesis: Discovery, Evolution, Function, (September 15-17, 2010, Durham University, United Kingdom)

平成２２年度国際交流（研究集会）援助（ライフサイエンス振興財団） 2010年 - 2010年

工藤史貴
放線菌由来ポリケチドの特異生合成酵素の機能解明と応用研究

内藤記念科学振興財団第38回（2009年度）内藤記念特定研究助成金 2010年 - 2010年

工藤史貴
アミノグリコシド抗生物質生合成酵素の機能解析と応用

天野エンザイム第11回酵素応用シンポジウム研究奨励賞（天野エンザイム） 2010年 - 2010年

工藤史貴
アミノグリコシド抗生物質生合成に関わるラジカルSAM脱水素酵素の機能解析

内藤記念科学振興財団第37回（2008年度）内藤記念特定研究助成金 2009年 - 2009年

工藤史貴
アミノグリコシド抗生物質生合成システムの分子解析に基づいた新規有用物質創製

日本学術振興会科研費若手研究(B) 2006年4月 - 2008年3月

工藤史貴
ラジカルSAMタンパク質の機能解析

三菱化学研究奨励基金公益信託三菱化学研究奨励基金平成20年度研究助成金 2008年 - 2008年

工藤史貴

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産業財産権

2012211752 酵素法によるD-グルコースから2-デオキシ-scyllo-イノソースの調製法

江口正, 工藤史貴
特開2006-204169 ラクタム及びラクトン合成酵素

柿沼勝己, 工藤史貴, 江口正

工藤史貴

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研究分野

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学歴

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論文

MISC

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

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