大林 武

J-GLOBALへ         更新日: 18/10/08 17:27
 
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研究者氏名
大林 武
 
オオバヤシ タケシ
URL
http://db.tohoku.ac.jp/whois/detail/654583dd6714e56d865e4bb6434f09d6.html
所属
東北大学
部署
大学院情報科学研究科 応用情報科学専攻 応用生命情報学講座 生命情報システム科学分野
職名
准教授
学位
博士(理学)(東京工業大学)
ORCID ID
0000-0002-3106-722X

研究分野

 
 

経歴

 
2009年12月
 - 
現在
東北大学大学院情報科学研究科 研究支援者
 
2009年10月
 - 
2009年11月
東北大学大学院情報科学研究科 研究支援者
 
2006年4月
 - 
2009年9月
東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター 学術研究支援員
 
2005年4月
 - 
2006年3月
千葉大学大学院薬学研究院 科学技術振興事業団研究員
 
2004年10月
 - 
2005年3月
東京工業大学大学院生命理工学研究科 産学官連携研究院
 

学歴

 
 
 - 
2004年3月
東京工業大学 生命理工学研究科 
 
 
 - 
1997年3月
東京工業大学 生命理工学部 
 

委員歴

 
2013年4月
 - 
2017年3月
日本バイオインフォマティクス学会  理事
 
2015年4月
 - 
2017年3月
日本バイオインフォマティクス学会  会計幹事
 
2012年1月
 - 
2016年3月
日本植物生理学会  広報委員
 
2010年4月
 - 
2012年3月
日本バイオインフォマティクス学会  評議員
 

受賞

 
2015年4月
文部科学省 平成27年度科学技術分野の文部科学大臣表彰若手科学者賞 遺伝子発現量データに基づく遺伝子機能の網羅的予測法の研究
 
2015年4月
船井情報科学振興財団 2014年度船井学術賞 遺伝子発現量データに基づく遺伝子機能予測手法の開発と大規模実装
 
2014年3月
日本植物生理学会 2014年度日本植物生理学会奨励賞 遺伝子共発現法に基づく遺伝子機能推定プラットフォームの開発
 
2013年10月
日本バイオインフォマティクス学会 Oxford Journals - Japanese Society for Bioinformatics Prize, 2013 遺伝子共発現法を用いた遺伝子機能予測プラットフォームの開発
 
2009年9月
日本植物学会 第6回日本植物学会賞特別賞(技術) シロイヌナズナ遺伝子発現に関する汎用性の高いデータベースの構築
 
 特別賞は2004年から始まった日本植物学会賞のなかで最もユニークな賞です.植物科学や植物学会の発展に貢献のあった個人や団体を,分野や年齢を問わず選考して顕彰し,さまざまな面から植物科学の活性化をはかろうと創設されたものです.「技術」「教育」「その他」の分野で,評議員から推薦のあった個人や団体について選考しました.

技術  大林 武(東京大学医科学研究所 特任研究員) 
    「シロイヌナズナ遺伝子発現に関する汎用性の高いデータベースの構築」
 大林 武氏は、モデル植物シロイヌナズナ...

論文

 
Aoki, Yuichi Okamura, Yasunobu Tadaka, Shu Kinoshita, Kengo Obayashi, Takeshi
Plant Cell Physiol   57(1) e5-e5   2016年1月   [査読有り]
Obayashi, Takeshi Okamura, Yasunobu Ito, Satoshi Tadaka, Shu Motoike, Ikuko N Kinoshita, Kengo
Nucleic Acids Res   41(D1) D1014-D1020   2013年1月   [査読有り]
Obayashi, Takeshi Nishida, Kozo Kasahara, Kota Kinoshita, Kengo
Plant Cell Physiol   52(2) 213-219   2011年2月   [査読有り]
Obayashi, Takeshi Kinoshita, Kengo
DNA Res   16(5) 249-260   2009年10月   [査読有り]
Obayashi, Takeshi Hayashi, Shinpei Saeki, Motoshi Ohta, Hiroyuki Kinoshita, Kengo
Nucleic Acids Res   37(Database issue) D987-D991   2009年1月   [査読有り]

Misc

 
大林武, 木下賢吾
化学と生物   49(1) 48-56   2011年
Usadel, Bjorn Obayashi, Takeshi Mutwil, Marek Giorgi, Federico M Bassel, George W Tanimoto, Mimi Chow, Amanda Steinhauser, Dirk Persson, Staffan Provart, Nicholas J
Plant Cell Environ   32(12) 1633-1651   2009年12月
Obayashi, Takeshi Kinoshita, Kengo
J Plant Res   123(3) 311-319   2010年5月
大林武, 木下賢吾
Surgery Frontier   19(2) 89-95   2012年6月
大林武、木下賢吾
Transportsome   4 16-20   2007年5月

書籍等出版物

 
バイオインフォマティクス入門
秋山 泰 中井 謙太 冨田 勝 向井 有理 長崎 英樹 中村 保一 池田 修己 向井 友花 越中谷賢治 飯田 泰広 濱田 康太 榊原 康文 舟橋 啓 鎌田真由美 小森 隆 佐藤 健吾 浜田 道昭 内山 郁夫 阿部 貴志 野口 英樹 白井 剛 土方 敦司 諏訪 牧子 有田 正規 後藤 修 大林 武 竹本 和弘 櫻井 望 (担当:共著, 範囲:6章「オーミクス解析」)
慶應義塾大学出版会   2015年8月   ISBN:978-4766422511
実験医学2011年9月増刊号「バイオデータベースとソフトウェアアップデート」
有田正則編 (担当:共著, 範囲:第2章-4 遺伝子発現データベースの利用と応用の最前線)
羊土社   2011年9月   ISBN:978-4-7581-0290-2
ゲノムが拓く生態学―遺伝子の網羅的解析で迫る植物の生きざま
永野 惇 (編集), 森長 真一 (編集), 種生物学会 (編集) (担当:共著, 範囲:第10章 遺伝子共発現データベースATTED-II:共にはたらく遺伝子を探そう(大林武),第11章 生態学者のためのDNAマイクロアレイ入門(永野淳,大林武))
文一総合出版   2011年7月   ISBN:978-4829910870
http://www.amazon.co.jp/dp/4829910879
実験医学MOOK「トランスポートソーム-生体膜輸送機構の全体像に迫る―基礎、臨床、創薬応用研究の最新成果」
金井好克編 (担当:共著, 範囲:第4章-4 COXPRESdb:共発現データに基づいた機能関連遺伝子の探索(大林武,木下賢吾))
メディカルドゥ   2011年3月   ISBN:4944157495
http://www.amazon.co.jp/dp/4944157495
Protein function prediction for omics era
Edited by Daisuke Kihara (Purdue Univ, USA) (担当:共著, 範囲:Chapter 11)
Springer Verlag   2010年5月   ISBN:940-0708807

講演・口頭発表等

 
ATTED-II
19th International Conference on Arabidopsis Research   2011年3月11日   
How to measure the similarity of gene expression patterns to identify gene function
QBIC2011 Bio-Informatics Workshop   2011年3月11日   
Application of large-scale mRNA expression data sets for comprehensive analysis of plant hormone signaling
Ohta H
QBIC2007 Bio-Informatics Workshop   2007年3月17日   

競争的資金等の研究課題

 
組織横断型遺伝子共発現法を用いた細胞間コミュニケーション解析
科学研究費補助金
研究期間: 2015年4月 - 現在
遺伝子共発現に基づく生命システム進化学
科学研究費補助金
研究期間: 2012年4月 - 現在
微細藻類の遺伝子共発現データベースALCOdbの構築・運用
JST戦略的創造研究推進制度(研究チーム型) (戦略的基礎研究推進事業:CREST)
研究期間: 2011年10月 - 現在
動物の遺伝子共発現データベースCOXPRESdbの構築・運用
科学研究費補助金
研究期間: 2007年4月 - 現在
植物の遺伝子共発現データベースATTED-II の構築・運用
科学研究費補助金
研究期間: 2005年4月 - 現在

社会貢献活動

 
東北大学・飛翔型「科学者の卵養成講座」
【その他】  2014年4月1日 - 現在
研究発展コースI

その他

 
2003年11月
ATTED-II; gene coexpression database for plants
2007年1月
COXPRESdb; gene coexpression database for animals
2014年12月
微細藻類の遺伝子共発現データベースALCOdb
2011年10月   植物栄養細胞をモデルとした藻類脂質生産系の戦略的構築
多くの藻類は、植物のような貯蔵器官を持たず、光合成を行う細胞で貯蔵脂質の合成・蓄積を行います。そのため栄養飢餓などの限られた条件で脂質の高生産が起こります。研究代表者らは最近、植物でも葉のような栄養細胞では、種子と異なり、必須元素であるリンの飢餓時に顕著な脂質蓄積が起こることを見出しました。本研究では、このような植物葉と藻類の脂質蓄積の共通性を基に、藻類脂質の高生産系を戦略的に構築することを目的とします。そのため、有用藻類のゲノムや栄養飢餓応答遺伝子の情報などを網羅した基盤情報の集積とデータベース化を行い、それらを駆使してDHAなど種々の有用脂肪酸類の高生産系を創製し、バイオ燃料や有用物質を藻類で高効率に生産するための基盤技術の創出を目指します。