渡邊直樹 (Naoki Watanabe) - マイポータル

基本情報

所属: 京都大学大学院生命科学研究科分子動態生理学教授
: (兼任)医学研究科神経・細胞薬理学教授

学位: 医博(京都大学)

研究者番号: 80303816
J-GLOBAL ID: 201001069870112040
researchmap会員ID: 6000024811

外部リンク: http://www.pharm2.med.kyoto-u.ac.jp/

研究キーワード

研究分野

ライフサイエンス / 細胞生物学 /

経歴

2015年1月 - 現在

京都大学大学院生命科学研究科, 分子動態生理学, 教授
2014年7月 - 現在

京都大学大学院医学研究科, 神経・細胞薬理学, 教授
2010年4月 - 2014年6月

東北大学大学院生命科学研究科分子生命科学専攻遺伝子システム学講座単分子動態生物学分野, 教授
2002年6月 - 2010年3月

京都大学医学研究科, 神経・細胞薬理学, 准教授
1999年 - 2002年

ハーバード大学医学部
1999年 - 2002年

Harvard Medical School
1991年6月

大阪赤十字病院, 医員
1990年6月

京都大学医学部附属病院, 医員（研修医）

学歴

受賞

2005年

日本学術振興会賞(第１回、平成16年度)
2005年

JSPS Prize (FY2004)

主要な論文

Force transmission by retrograde actin flow-induced dynamic molecular stretching of Talin

Sawako Yamashiro, David M. Rutkowski, Kelli Ann Lynch, Ying Liu, Dimitrios Vavylonis, Naoki Watanabe

Nature Communications 14(1) 2023年12月20日査読有り最終著者
Protocol to generate fast-dissociating recombinant antibody fragments for multiplexed super-resolution microscopy

Qianli Zhang, Akitoshi Miyamoto, Naoki Watanabe

STAR Protocols 4(3) 102523-102523 2023年9月
多重高密度超解像顕微鏡IRISによる多分子複合体マッピングの病理診断への応用

宮本章歳, 渡邊直樹

プレシジョンメディシン 6(8) 33-37 2023年7月招待有り最終著者
ブラウンラチェットを介する力の受容器ラメリポディア

渡邊直樹

生物物理 63(3) 143-147 2023年5月査読有り招待有り筆頭著者最終著者責任著者
Brownian ratchet force sensor at the contacting point between F-actin barbed end and lamellipodium tip plasma membrane

Naoki Watanabe

Plasma Membrane Shaping 295-306 2023年査読有り招待有り筆頭著者最終著者責任著者
Engineered fast-dissociating antibody fragments for multiplexed super-resolution microscopy

Qianli Zhang, Akitoshi Miyamoto, Shin Watanabe, Takao Arimori, Masanori Sakai, Madoka Tomisaki, Tai Kiuchi, Junichi Takagi, Naoki Watanabe

Cell Reports Methods 2(10) 100301-100301 2022年9月査読有り最終著者責任著者
A mechanism with severing near barbed ends andannealing explains structure and dynamics of dendriticactin networks.

Danielle Holz, Aaron R Hall, Eiji Usukura, Sawako Yamashiro, Naoki Watanabe, Dimitrios Vavylonis

eLife 11 2022年6月7日査読有り
Paradoxical activation of c-Src as a drug-resistant mechanism.

Makio Higuchi, Kenichi Ishiyama, Masahiro Maruoka, Ryosuke Kanamori, Akifumi Takaori-Kondo, Naoki Watanabe

Cell reports 34(12) 108876-108876 2021年3月23日査読有り最終著者責任著者
Semi-automated single-molecule microscopy screening of fast-dissociating specific antibodies directly from hybridoma cultures.

Takushi Miyoshi, Qianli Zhang, Takafumi Miyake, Shin Watanabe, Hiroe Ohnishi, Jiji Chen, Harshad D Vishwasrao, Oisorjo Chakraborty, Inna A Belyantseva, Benjamin J Perrin …

Cell reports 34(5) 108708-108708 2021年2月2日査読有り最終著者責任著者
Lamellipodium tip actin barbed ends serve as a force sensor.

Koseki K, Taniguchi D, Yamashiro S, Mizuno H, Vavylonis D, Watanabe N

Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms 24(11) 705-718 2019年11月査読有り最終著者責任著者
Convection-Induced Biased Distribution of Actin Probes in Live Cells.

Yamashiro S, Taniguchi D, Tanaka S, Kiuchi T, Vavylonis D, Watanabe N

Biophysical journal 116 142-150 2019年1月査読有り最終著者責任著者
Mechanostress resistance involving formin homology proteins: G- and F-actin homeostasis-driven filament nucleation and helical polymerization-mediated actin polymer stabilization.

Watanabe N, Tohyama K, Yamashiro S

Biochemical and biophysical research communications 2018年10月査読有り筆頭著者責任著者
Helical rotation of the diaphanous-related formin mDia1 generates actin filaments resistant to cofilin

Hiroaki Mizuno, Kotaro Tanaka, Sawako Yamashiro, Akihiro Narita, Naoki Watanabe

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 115(22) E5000-E5007 2018年5月29日査読有り最終著者責任著者
Myosin-dependent actin stabilization as revealed by single-molecule imaging of actin turnover.

Yamashiro S, Tanaka S, McMillen LM, Taniguchi D, Vavylonis D, Watanabe N

Molecular biology of the cell mbcE18010061 2018年5月査読有り最終著者
An Infrared Actin Probe for Deep-Cell Electroporation-Based Single-Molecule Speckle (eSiMS) Microscopy

Sawako Yamashiro, Naoki Watanabe

SENSORS 17(7) E1545 2017年7月査読有り最終著者
Constitutive activation of DIA1 (DIAPH1) via C-terminal truncation causes human sensorineural hearing loss

Takehiko Ueyama, Yuzuru Ninoyu, Shin-ya Nishio, Takushi Miyoshi, Hiroko Torii, Koji Nishimura, Kazuma Sugahara, Hideaki Sakata, Dean Thumkeo, Hirofumi Sakaguchi …

EMBO MOLECULAR MEDICINE 8(11) 1310-1324 2016年11月査読有り
Multitarget super-resolution microscopy with high-density labeling by exchangeable probes

Tai Kiuchi, Makio Higuchi, Akihiro Takamura, Masahiro Maruoka, Naoki Watanabe

NATURE METHODS 12(8) 743-U69 2015年8月査読有り最終著者責任著者
An easy-to-use single-molecule speckle microscopy enabling nanometer-scale flow and wide-range lifetime measurement of cellular actin filaments

Sawako Yamashiro, Hiroaki Mizuno, Naoki Watanabe

BIOPHYSICAL METHODS IN CELL BIOLOGY 125 43-59 2015年査読有り招待有り最終著者
New single-molecule speckle microscopy reveals modification of the retrograde actin flow by focal adhesions at nanometer scales

Sawako Yamashiro, Hiroaki Mizuno, Matthew B. Smith, Gillian L. Ryan, Tai Kiuchi, Dimitrios Vavylonis, Naoki Watanabe

MOLECULAR BIOLOGY OF THE CELL 25(7) 1010-1024 2014年4月査読有り最終著者責任著者
Rotational Movement of Formins Evaluated by Using Single-Molecule Fluorescence Polarization

Hiroaki Mizuno, Naoki Watanabe

RECONSTITUTING THE CYTOSKELETON 540 73-94 2014年査読有り招待有り
Can filament treadmilling alone account for the F-actin turnover in lamellipodia?

Takushi Miyoshi, Naoki Watanabe

CYTOSKELETON 70(4) 179-190 2013年4月査読有り
F-and G-actin homeostasis regulates mechanosensitive actin nucleation by formins

Chiharu Higashida, Tai Kiuchi, Yushi Akiba, Hiroaki Mizuno, Masahiro Maruoka, Shuh Narumiya, Kensaku Mizuno, Naoki Watanabe

Nature Cell Biology 15(4) 395-405 2013年4月査読有り最終著者責任著者
Diffusion, capture and recycling of SCAR/WAVE and Arp2/3 complexes observed in cells by single-molecule imaging

Arthur Millius, Naoki Watanabe, Orion D. Weiner

JOURNAL OF CELL SCIENCE 125(5) 1165-1176 2012年3月査読有り
Abi-1-bridged tyrosine phosphorylation of VASP by Abelson kinase impairs association of VASP to focal adhesions and regulates leukaemic cell adhesion

Masahiro Maruoka, Mizuho Sato, Yunfeng Yuan, Masayoshi Ichiba, Ryosuke Fuji, Takuya Ogawa, Norihiro Ishida-Kitagawa, Tatsuo Takeya, Naoki Watanabe

BIOCHEMICAL JOURNAL 441(3) 889-899 2012年2月査読有り
mDia1 and formins: Screw cap of the actin filament

Hiroaki Mizuno, Naoki Watanabe

Biophysics (Japan) 8 95-102 2012年査読有り最終著者責任著者
FLUORESCENCE SINGLE-MOLECULE IMAGING OF ACTIN TURNOVER AND REGULATORY MECHANISMS

Naoki Watanabe

METHODS IN ENZYMOLOGY, VOL 505: IMAGING AND SPECTROSCOPIC ANALYSIS OF LIVING CELLS 505 219-232 2012年招待有り筆頭著者最終著者責任著者
Actin-Independent Behavior and Membrane Deformation Exhibited by the Four-Transmembrane Protein M6a

Yasufumi Sato, Naoki Watanabe, Nanae Fukushima, Sakura Mita, Tatsumi Hirata

PLOS ONE 6(12) e26702-e26702-WN000234 2011年12月査読有り
Interactive, Computer-Assisted Tracking of Speckle Trajectories in Fluorescence Microscopy: Application to Actin Polymerization and Membrane Fusion

Matthew B. Smith, Erdem Karatekin, Andrea Gohlke, Hiroaki Mizuno, Naoki Watanabe, Dimitrios Vavylonis

BIOPHYSICAL JOURNAL 101(7) 1794-1804 2011年10月査読有り
Rotational Movement of the Formin mDia1 Along the Double Helical Strand of an Actin Filament

Hiroaki Mizuno, Chiharu Higashida, Yunfeng Yuan, Toshimasa Ishizaki, Shuh Narumiya, Naoki Watanabe

SCIENCE 331(6013) 80-83 2011年1月査読有り最終著者責任著者
Inside view of cell locomotion through single-molecule: fast F-/G-actin cycle and G-actin regulation of polymer restoration

Naoki Watanabe

PROCEEDINGS OF THE JAPAN ACADEMY SERIES B-PHYSICAL AND BIOLOGICAL SCIENCES 86(1) 62-83 2010年1月査読有り招待有り筆頭著者最終著者責任著者
Cdc42 and Rac Family GTPases Regulate Mode and Speed but Not Direction of Primary Fibroblast Migration during Platelet-Derived Growth Factor-Dependent Chemotaxis

James Monypenny, Daniel Zicha, Chiharu Higashida, Fabian Oceguera-Yanez, Shuh Narumiya, Naoki Watanabe

MOLECULAR AND CELLULAR BIOLOGY 29(10) 2730-2747 2009年5月査読有り最終著者
An Order of Magnitude Faster AIP1-Associated Actin Disruption than Nucleation by the Arp2/3 Complex in Lamellipodia

Takahiro Tsuji, Takushi Miyoshi, Chiharu Higashida, Shuh Narumiya, Naoki Watanabe

PLOS ONE 4(3) e4921-e4921-WN000234 2009年3月査読有り最終著者責任著者
A Possible Role of Homeostasis Between Monomeric and Filamentous Actin in Filament Nucleation Revealed by Pharmacokinetic Modeling

Naoki Watanabe, Chiharu Higashida

SYSTEMS BIOLOGY: THE CHALLENGE OF COMPLEXITY 143-149 2009年査読有り筆頭著者責任著者
Imatinib Mesylate (STI571)-Induced Cell Edge Translocation of Kinase-Active and Kinase-Defective Abelson Kinase: Requirements of Myristoylation and src Homology 3 Domain

Akiko Fujita, Tomoyuki Shishido, Yunfeng Yuan, Eiji Inamoto, Shuh Narumiya, Naoki Watanabe

MOLECULAR PHARMACOLOGY 75(1) 75-84 2009年1月査読有り最終著者責任著者
G-actin regulates rapid induction of actin nucleation by mDia1 to restore cellular actin polymers

Chiharu Higashida, Shiro Suetsugu, Takahiro Tsuji, James Monypenny, Shuh Narumiya, Naoki Watanabe

JOURNAL OF CELL SCIENCE 121(20) 3403-3412 2008年10月査読有り最終著者責任著者
Actin turnover-dependent fast dissociation of capping protein in the dendritic nucleation actin network: evidence of frequent filament severing

Takushi Miyoshi, Takahiro Tsuji, Chiharu Higashida, Maud Hertzog, Akiko Fujita, Shuh Narumiya, Giorgio Scita, Naoki Watanabe

JOURNAL OF CELL BIOLOGY 175(6) 947-955 2006年12月査読有り最終著者責任著者
Actin polymerization-driven molecular movement of mDia1 in living cells

C Higashida, T Miyoshi, A Fujita, F OcegueraYanez, J Monypenny, Y Andou, S Narumiya, N Watanabe

SCIENCE 303(5666) 2007-2010 2004年3月査読有り最終著者責任著者
Single-molecule speckle analysis of Aactin filament turnover in lamellipodia

N Watanabe, TJ Mitchison

SCIENCE 295(5557) 1083-1086 2002年2月査読有り筆頭著者責任著者
Signaling from rho to the actin cytoskeleton through protein kinases ROCK and LIM-kinase

M Maekawa, T Ishizaki, S Boku, N Watanabe, A Fujita, A Iwamatsu, T Obinata, K Ohashi, K Mizuno, S Narumiya

SCIENCE 285(5429) 895-898 1999年8月査読有り
Cooperation between mDia1 and ROCK in Rho-induced actin reorganization

N Watanabe, T Kato, A Fujita, T Ishizaki, S Narumiya

NATURE CELL BIOLOGY 1(3) 136-143 1999年7月査読有り筆頭著者
Role of citron kinase as a target of the small GTPase Rho in cytokinesis

P Madaule, M Eda, N Watanabe, K Fujisawa, T Matsuoka, H Bito, T Ishizaki, S Narumiya

NATURE 394(6692) 491-494 1998年7月査読有り
Molecular dissection of the Rho-associated protein kinase (p160ROCK)-regulated neurite remodeling in neuroblastoma N1E-115 cells

M Hirose, T Ishizaki, N Watanabe, M Uehata, O Kranenburg, WH Moolenaar, F Matsumura, M Maekawa, H Bito, S Narumiya

JOURNAL OF CELL BIOLOGY 141(7) 1625-1636 1998年6月査読有り
p140mDia, a mammalian homolog of Drosophila diaphanous, is a target protein for Rho small GTPase and is a ligand for profilin

N Watanabe, P Madaule, T Reid, T Ishizaki, G Watanabe, A Kakizuka, Y Saito, K Nakao, BM Jockusch, S Narumiya

EMBO JOURNAL 16(11) 3044-3056 1997年6月査読有り筆頭著者
The small GTP-binding protein Rho binds to and activates a 160 kDa Ser/Thr protein kinase homologous to myotonic dystrophy kinase

T Ishizaki, M Maekawa, K Fujisawa, K Okawa, A Iwamatsu, A Fujita, N Watanabe, Y Saito, A Kakizuka, N Morii …

EMBO JOURNAL 15(8) 1885-1893 1996年4月

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主要なMISC

細胞という名の小宇宙

渡邊直樹

細胞生物 19(178) 2008年4月

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書籍等出版物

阻害剤・活性化剤ハンドブック

渡邊直樹 (担当:共著, 範囲:第32章細胞骨格・細胞分裂関連薬剤① アクチン細胞骨格系)

羊土社 2019年
ラング・デール薬理学

Rang H. P, Ritter James M, Flower R. J, Henderson G, 渡邊

エルゼビア・ジャパン, 丸善出版 (発売) 2018年 (ISBN: 9784621301708)
京大発！フロンティア生命科学

渡邊直樹 (担当:共著, 範囲:細胞骨格～動的な形態制御のメカニズム 4章 4.2節)

2018年
実験医学

渡邊直樹 (担当:共著, 範囲:Timothy J. Mitchison 細胞骨格研究の偉大なジーク)

羊土社 2014年
A possible role of homeostasis between monomeric and filamentous actin in filament nucleation revealed by pharmacokinetic modeling.

WATANABE Naoki, HIGASHIDA Chiharu (担当:共著, 範囲:Systems Biology The Challenge of Complexity)

Springer 2009年
アクチン重合に駆動される分子移動装置フォルミン蛋白質の生細胞内動態

渡邊直樹, 京都大学大学院医学研究科

[渡邊直樹] 2007年
細胞の中を分子でのぞく－Less is moreとSerendipity－

渡邊直樹 (担当:共著, 範囲:巻頭言)

学術月報第58巻第5号 389－391

所属学協会

主要な共同研究・競争的資金等の研究課題

分子・構造変換のリアルタイム可視化からの病気の解明と治療戦略

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2022年4月 - 2025年3月

渡邊直樹

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メディア報道

キナーゼ阻害薬は諸刃の剣か？抵抗性変異との遭遇で細胞を増殖京大グループがc-Srcシグナルの逆説的活性化を報告

日経バイオテクONLINE 日経バイオテク 2021年5月インターネットメディア
細胞内たんぱく質さらに精密に観察

朝日新聞 23面 2015年8月13日
細胞骨格くっきり撮影

京都新聞夕刊1面 2015年7月27日
京大、同時に複数のたんぱく質を染色し高精細な画像撮影できる超解像顕微鏡法を開発

日刊工業新聞 2015年7月7日

渡邊直樹

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受賞

主要な論文

主要なMISC

書籍等出版物

所属学協会

主要な共同研究・競争的資金等の研究課題

メディア報道

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