三木邦夫 (Kunio Miki) - マイポータル

基本情報

所属: 京都大学大学院理学研究科化学専攻 (名誉教授)

学位: 工学博士(大阪大学)

ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-8381-0871
J-GLOBAL ID: 200901020415320662
researchmap会員ID: 1000015717

研究キーワード

研究分野

ライフサイエンス / 構造生物化学 /

経歴

2018年 - 現在

京都大学 (名誉教授)
2014年 - 現在

理化学研究所 (名誉研究員)

主要な委員歴

2000年 - 現在

PROTEINS: Structure, Function and Bioinformatics, Editorial Board
1998年10月 - 現在

Zeitschrift für Kristallographie, Advisory Board
2020年4月 - 2025年3月

日本学術振興会, 産学協力委員会 R022量子構造生物学委員会委員長
2018年 - 2020年

日本蛋白質科学会, 会長
2005年10月 - 2017年9月

Acta Crystallographica, Section D, Biological Crystallography, IUCr, Co-Editor
2014年 - 2016年

日本結晶学会, 会長
2003年10月 - 2006年10月

日本学術会議, 結晶学研究連絡委員会委員

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受賞

論文

330

Identification of the binding site and immunoreactivity of anti-Aβ antibody 11A1: Comparison with the toxic conformation-specific TxCo-1 antibody

Rara Fukui, Uswah Hafizal, Yusuke Kageyama, Yumi Irie, Yuka Matsushima, Katsuma Hosoi, Takahisa Nakayama, Daita Kaneda, Yoshio Hashizume, Kunio Miki …

Biochemical and Biophysical Research Communications 151655-151655 2025年3月
Crystal structure of the GH-46 subclass III chitosanase from Bacillus circulans MH-K1 in complex with chitotetraose

Michihiko Suzuki, Akihiro Saito, Mariko Kobayashi, Tomofumi Yokoyama, Shoko Omiya, Jian Li, Kei Sugita, Kunio Miki, Jun-ichi Saito, Akikazu Ando

Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects 1868(3) 130549-130549 2024年3月査読有り
Crystal structure of GTP‐dependent dephospho‐coenzyme A kinase from the hyperthermophilic archaeon, Thermococcus kodakarensis

Akiko Kita, Yuna Ishida, Takahiro Shimosaka, Yuta Michimori, Kira Makarova, Eugene Koonin, Haruyuki Atomi, Kunio Miki

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 2024年1月18日査読有り最終著者
Description of peptide bond planarity from high-resolution neutron crystallography.

Yuya Hanazono, Yu Hirano, Taro Tamada, Kunio Miki

Biophysics and Physicobiology 20(3) e200035 2023年査読有り招待有り最終著者
Structural basis of the 24B3 antibody against the toxic conformer of amyloid β with a turn at positions 22 and 23

Yumi Irie, Yuka Matsushima, Akiko Kita, Kunio Miki, Tatsuya Segawa, Masahiro Maeda, Ryo C. Yanagita, Kazuhiro Irie

Biochemical and Biophysical Research Communications 621 162-167 2022年7月査読有り
Revisiting the concept of peptide bond planarity in an iron-sulfur protein by neutron structure analysis

Yuya Hanazono, Yu Hirano, Kazuki Takeda, Katsuhiro Kusaka, Taro Tamada, Kunio Miki

Science Advances 8(20) eabn2276 2022年5月20日査読有り最終著者責任著者
Structures of oxygen dissociation intermediates of 400 kDa V2 hemoglobin provide coarse snapshots of the protein allostery

Nobutaka Numoto, Seiko Onoda, Yoshiaki Kawano, Hideo Okumura, Seiki Baba, Yoshihiro Fukumori, Kunio Miki, Nobutoshi Ito

Biophysics and Physicobiology 19 e190019-n/a 2022年査読有り
Coarse snapshots of oxygen-dissociation intermediates of a giant hemoglobin elucidated by determining the oxygen saturation in individual subunits in the crystalline state

Nobutaka Numoto, Yoshiaki Kawano, Hideo Okumura, Seiki Baba, Yoshihiro Fukumori, Kunio Miki, Nobutoshi Ito

IUCrJ 8(6) 954-962 2021年11月1日査読有り
Characterization of a Conformation-Restricted Amyloid β Peptide and Immunoreactivity of Its Antibody in Human AD brain

Yusuke Kageyama, Yumi Irie, Yuka Matsushima, Tatsuya Segawa, Jean-Pierre Bellier, Kumi Hidaka, Hiroshi Sugiyama, Daita Kaneda, Yoshio Hashizume, Hiroyasu Akatsu …

ACS Chemical Neuroscience 12 3418-3432 2021年8月31日査読有り
Identification and enzymatic analysis of an archaeal ATP-dependent serine kinase from the hyperthermophilic archaeon Staphylothermus marinus

Yasunobu Mori, Hiroki Kawamura, Takaaki Sato, Takayuki Fujita, Ryuhei Nagata, Masahiro Fujihashi, Kunio Miki, Haruyuki Atomi

Journal of Bacteriology 203(16) e00025-21 2021年6月7日査読有り
Altering the Phosphorylation Position of Pyrophosphate-Dependent myo-Inositol-1-Kinase Based on Its Crystal Structure.

Ryo Tashiro, Takaaki Sato, Haruyuki Atomi, Kunio Miki, Masahiro Fujihashi

ACS Chemical Biology 16(5) 794-799 2021年5月21日査読有り
Split conformation of Chaetomium thermophilum Hsp104 disaggregase

Yosuke Inoue, Yuya Hanazono, Kentaro Noi, Akihiro Kawamoto, Masato Kimatsuka, Ryuhei Harada, Kazuki Takeda, Ryoichi Kita, Natsuki Iwamasa, Kyoka Shibata …

Structure 29(7) 721-730 2021年3月査読有り
Characterization of Class IB Terpene Synthase: The First Crystal Structure Bound with a Substrate Surrogate.

Rafaella Stepanova, Hayato Inagi, Kei Sugawara, Kazuya Asada, Tomoyuki Nishi, Daijiro Ueda, Yoko Yasuno, Tetsuro Shinada, Kunio Miki, Masahiro Fujihashi …

ACS Chemical Biology 15(6) 1517-1525 2020年6月19日査読有り
Structural Insight into [NiFe] Hydrogenase Maturation by Transient Complexes between Hyp Proteins.

Kunio Miki, Haruyuki Atomi, Satoshi Watanabe

Accounts of Chemical Research 53(4) 875-886 2020年4月21日査読有り筆頭著者責任著者
Characterization of perdeuterated high‐potential iron‐sulfur protein with high‐resolution X‐ray crystallography

Yuya Hanazono, Kazuki Takeda, Kunio Miki

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 88(2) 251-259 2020年2月査読有り最終著者責任著者
X-ray crystallographic studies on the hydrogen isotope effects of green fluorescent protein at sub-ångström resolutions

Yang Tai, Kiyofumi Takaba, Yuya Hanazono, Hoang-Anh Dao, Kunio Miki, Kazuki Takeda

Acta Crystallographica Section D Structural Biology 75(12) 1096-1106 2019年12月1日査読有り
Crystal structure of pantoate kinase from Thermococcus kodakarensis.

Kita A, Kishimoto A, Shimosaka T, Tomita H, Yokooji Y, Imanaka T, Atomi H, Miki K

Proteins 88(5) 718-724 2019年11月査読有り最終著者責任著者
Subatomic resolution X-ray structures of green fluorescent protein

Kiyofumi Takaba, Yang Tai, Haruhiko Eki, Hoang Anh Dao, Yuya Hanazono, Kazuya Hasegawa, Kunio Miki, Kazuki Takeda

IUCrJ 6 387-400 2019年1月1日査読有り
X-ray structure analysis of bacteriorhodopsin at 1.3 Å resolution

Nagayuki Hasegawa, Hideyuki Jonotsuka, Kunio Miki, Kazuki Takeda

Scientific Reports 8 2018年12月1日査読有り
Identification of a pyrophosphate-dependent kinase and its donor selectivity determinants

Ryuhei Nagata, Masahiro Fujihashi, Takaaki Sato, Haruyuki Atomi, Kunio Miki

Nature Communications 9(1) 1765 2018年12月1日査読有り最終著者責任著者

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主要なMISC

114

プレニル鎖変換に関わる酵素の反応機構の解析

藤橋雅宏, 三登一八, 岩田有希, 廣瀬加奈, 渡辺文太, 邊見久, 三木邦夫

SPring-8/SACLA利用研究成果集 6(1) 6-8 2018年最終著者

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書籍等出版物

膜タンパク質工学ハンドブック（津本浩平，浜窪隆雄監修）

三木邦夫, 平野優 (担当:分担執筆, 範囲:Ｘ線結晶解析による光合成初期過程の構造生物学)

エヌ・ティー・エス 2020年4月
CSJ カレントレビュー（第17号「極限環境の生体分子」，日本化学会編）

西谷優一, 三木邦夫 (担当:分担執筆, 範囲:好熱菌タンパク質の構造と機能改良)

化学同人 2014年11月
日本の結晶学 (II) — その輝かしい発展 —，「日本の結晶学 (II)」出版編集委員会編

三木邦夫 (担当:分担執筆, 範囲:第5章「タンパク質結晶学」，タンパク質の超高分解能構造解析)

日本結晶学会 2014年7月
構造生物学（Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard: Textbook of Strutural Biology）

田中勲, 三木邦夫 (担当:共訳)

化学同人 2012年9月
Handbook of Metalloproteins, Vol. 4, A. Messerschmidt ed.

S. Watanabe, K. Miki (担当:分担執筆, 範囲:[NiFe] Hydrogenase Maturing Proteins, HypC, HypD, and HypE/[2Fe-2S] Oxidative-Stress Sensor SoxR Bound to DNA)

John Wiley & Sons Ltd., Chichester, UK 2011年
入門構造生物学ー放射光Ｘ線と中性子で最新の生命現象を読み解くー

沼本修孝, 三木邦夫 (担当:分担執筆, 範囲:4.4 分子シャペロンとタンパク質のフォールディング)

共立出版 2010年4月
光科学研究の最前線２

三木邦夫 (担当:分担執筆, 範囲:タンパク質結晶構造解析)

強光子場科学研究懇談会，ミュージアム図書 2009年12月
ナノバイオ計測の実際（三原久和，小畠英理，馬場嘉信編）

竹田一旗, 三木邦夫 (担当:分担執筆, 範囲:シンクロトロン放射光による構造解析)

講談社サイエンティフィク 2007年5月
生物物理学ハンドブック（石渡信一，桂勲，桐野豊，美宅成樹編）

三木邦夫 (担当:分担執筆, 範囲:光合成反応中心と光捕捉蛋白質複合体)

朝倉書店 2007年4月
第５版実験化学講座，第29巻「バイオテクノロジーの基本技術」（日本化学会編）

岩崎わかな, 三木邦夫 (担当:分担執筆, 範囲:バイオインフォマティクス：タンパク質の解析)

丸善 2006年7月
第５版実験化学講座，第11巻「物質の構造III，回折」（日本化学会編）

三木邦夫, 喜田昭子, 宮武秀行, 久野玉雄, 田中勲, 渡邉信久, 姚閔 (担当:分担執筆, 範囲:生体高分子の結晶構造)

丸善 2006年5月
物理学辞典（三訂版），物理学辞典編集委員会編

三木邦夫 (担当:分担執筆)

培風館 2005年9月
光科学研究の最前線

三木邦夫 (担当:分担執筆, 範囲:タンパク質結晶構造解析)

強光子場科学研究懇談会，ミュージアム図書 2005年8月
タンパク質の結晶化−回折構造生物学のために（坂部知平監修）

竹田一旗, 久野玉雄, 三木邦夫 (担当:分担執筆, 範囲:膜タンパク質の結晶化，Ｘ線回折による結晶の評価)

京都大学学術出版会 2005年3月
ナノテクノロジーによる生命科学，ナノバイオロジー（竹安邦夫編）

三木邦夫, 田中勲 (担当:分担執筆, 範囲:放射光で探るナノの世界：世界最高の光によるタンパク質結晶構造の決定)

共立出版 2004年7月
ゲノミクス・プロテオミクスの新展開〜生物情報の解析と応用（今中忠行監修）

三木邦夫 (担当:分担執筆, 範囲:Ｘ線結晶構造解析)

エヌ・ティー・エス 2004年4月
Oxygen and Life, Oxygenase, Oxidases and Lipid Mediators, International Congress Series No. 1233

T. Ishida, A. Kita, K. Miki, M. Nozaki, K. Horiike (担当:分担執筆, 範囲:Structure and Reaction Mechanism of Catechol 2,3-Dioxygenase (Metapyrocatechase) pp.213-220)

Elsevier, Amsterdam 2002年
Handbook of Metalloproteins, A. Messerschmidt, R. Huber, T. L. Poulos and K.Wieghardt eds.

K. Miki, S. Sogabe (担当:分担執筆, 範囲:Cytochrome c₂)

John Wiley, Chichester 2001年
現代化学への招待（廣田襄，梶本興亜編）

三木邦夫 (担当:分担執筆, 範囲:立体構造が解き明かす生体高分子のはたらき)

朝倉書店 2001年
生化学—分子から病態まで（香川靖雄編）

松本治, 三木邦夫 (担当:分担執筆, 範囲:生体分子の構造と機能生化学—分子から病態まで)

東京化学同人 2000年

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講演・口頭発表等

248

NADH-シトクロムb₅還元酵素反応系のX線および中性子構造解析

平野優, 栗原和男, 日下勝弘, OSTERMANN Andreas, 木村成伸, 三木邦夫, 玉田太郎

日本結晶学会年会講演要旨集 2021年
クラスIBテルペン合成酵素の環状構造形成機構の解析

浅田和也, 上田大次郎, 三木邦夫, 藤橋雅宏, 品田哲郎, 佐藤努

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2021年
NADH-シトクロムb₅還元酵素の結晶構造解析

平野優, 栗原和男, 日下勝弘, OSTERMANN Andreas, 木村成伸, 三木邦夫, 玉田太郎

日本結晶学会年会講演要旨集 2020年
高分解能立体構造解析で迫る酸化還元酵素の反応機構

平野優, 栗原和男, 日下勝弘, OSTERMANN Andreas, 木村成伸, 三木邦夫, 玉田太郎

日本生化学会大会(Web) 2020年
TRANSIENT SPLITTING OF HSP104 HEXAMERIC RING AND ITS IMPLICATION IN PROTEIN DISAGGREGATION

Yohda Masafumi, Inoue Yosuke, Hanazono Yuya, Noi Kentaro, Kawamoto Akihiro, Takeda Kazuki, Noguchi Keiichi, Namba Keiichi, Ogura Teru, Miki Kunio, Shinohara Kyosuke

PROTEIN SCIENCE 2019年9月
NADH‐シトクロムb5還元酵素反応系の高分解能構造解析

平野優, 栗原和男, 日下勝弘, オスターマンアンドレアス, 木村成伸, 三木邦夫, 玉田太郎

第19回日本蛋白質科学会年会 2019年
NADH-シトクロムb₅還元酵素反応系の結晶構造解析

平野優, 栗原和男, 日下勝弘, OSTERMANN Andreas, 木村成伸, 三木邦夫, 玉田太郎

日本結晶学会年会講演要旨集 2019年
NADH-シトクロムb5還元酵素反応系の高分解能構造解析

平野優, 栗原和男, 日下勝弘, オスターマンアンドレアス, 木村成伸, 三木邦夫, 玉田太郎

日本細胞生物学会大会(Web) 2019年
クラスIBテルペン合成酵素の基質認識機構の解析

稲木隼人, 佐藤努, 保野陽子, 品田哲郎, 三木邦夫, 藤橋雅宏

量子ビームサイエンスフェスタ(Web) 2019年
Class IB大型テルペン合成酵素の基質認識機構の解析

藤橋雅宏, 稲木隼人, 西智之, 上田大次郎, 佐藤努, 品田哲朗, 三木邦夫

イソプレノイド研究会例会講演要旨集 2019年
NADHシトクロムb₅還元酵素の高分解能構造解析

平野優, 栗原和男, 日下勝弘, OSTERMANN Andreas, 木村成伸, 三木邦夫, 玉田太郎

日本結晶学会年会講演要旨集 2018年11月1日
新規ファミリーに属するテルペン合成酵素の基質認識部位の同定

稲木隼人, 佐藤努, 保野陽子, 品田哲郎, 三木邦夫, 藤橋雅宏

日本結晶学会年会講演要旨集 2018年11月1日
酸化型NADHシトクロムb5還元酵素の中性子構造解析

平野優, 栗原和男, 日下勝弘, 木村成伸, 三木邦夫, 玉田太郎

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 2018年5月23日
Large‐terpene合成酵素の結晶構造解析

藤橋雅宏, 佐藤努, 田中勇真, 山本大輔, 西智之, 上田大次郎, 村上瑞気, 保野陽子, 関原あい, 福和真, 品田哲郎, 三木邦夫

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2018年3月5日
超高熱性アーキアの補酵素A生合成経路に固有の酵素群の構造解析

喜田昭子, 岸本麻子, 下坂天洋, 石橋拓也, 冨田宏矢, 横大路裕介, 今中忠行, 跡見晴幸, 三木邦夫

京都大学原子炉実験所第52回学術講演会 2018年1月
酸化型NADHシトクロムb₅還元酵素の中性子構造解析

平野優, 栗原和男, 日下勝弘, 木村成伸, 三木邦夫, 玉田太郎

日本結晶学会年会講演要旨集 2017年11月23日
アーキアの補酵素A生合成経路に固有の酵素群の構造解析

喜田昭子, 岸本麻子, 下坂天洋, 石橋拓也, 冨田宏矢, 横大路裕介, 今中忠行, 跡見晴幸, 三木邦夫

第17回日本蛋白質科学会年会 2017年6月
NADHシトケロムb₅還元酵素の中性子構造解析

平野優, 栗原和男, 日下勝弘, 木村成伸, 三木邦夫, 玉田太郎

日本中性子科学会年会講演概要集 2017年
TOF-Laue法中性子線回折データのスケーリング方法の開発

花園祐矢, 竹田一旗, 平野優, 玉田太郎, 日下勝弘, 三木邦夫

日本中性子科学会年会講演概要集 2017年
サンゴ由来レクチン4糖複合体の結晶構造

喜田昭子, 神保充, 酒井隆一, 森本幸生, 武内良太, 田中浩士, 高橋孝志, 三木邦夫

KURRI-EKR (Web) 2016年12月

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所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

放射光と中性子の連携利用による電子伝達タンパク質の精密構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2020年4月 - 2023年3月

三木邦夫, 藤橋雅宏, 玉田太郎
ヒドロゲナーゼ成熟化の分子機構に関する構造生物学研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2017年4月 - 2020年3月

三木邦夫, 藤橋雅宏, 渡部聡
ヒドロゲナーゼ成熟化における金属クラスター組み込みの分子機構

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2014年4月 - 2017年3月

三木邦夫, 渡部聡, 跡見晴幸, 西谷優一
ヒドロゲナーゼ成熟化の分子機構

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2011年4月 - 2015年3月

三木邦夫, 跡見晴幸, 渡部聡
金属イオンによって誘起される光合成光捕集複合体の構造と機能変化

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2011年 - 2013年

大友征宇, 三木邦夫, 木村行宏
金属タンパク質成熟化の構造生物学

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2008年 - 2011年

三木邦夫, 跡見晴幸, 渡部聡
ペルオキシソーム形成因子群の構造と機能の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2008年 - 2010年

藤木幸夫, 田村茂彦, 三木邦夫
複製開始タンパク質の分子変換と機能発現

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2006年 - 2007年

三木邦夫
DnaK分子シヤペロンによるDNA複製開始タンパク質の活性化過程の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2005年 - 2006年

三木邦夫
分子シャペロンによるDNA複製開始タンパク質(RepE)の活性化の分子機構:repE遺伝子の転写、翻訳、活性化過程におけるシャペロンの働きとRepE-シャペロン複合体の構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2003年 - 2004年

三木邦夫
DAN修復酵素とその相同タンパク質の構造と機能

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2002年 - 2004年

三木邦夫, 喜田昭子, 藤橋雅宏
シンクロトロン放射光による生物マシーナリーの構造生物学

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 1998年 - 2003年

田之倉優, 三井幸雄, 月原冨武, 三浦謹一郎, 江橋節郎, 田中勲, 三木邦夫, 千田俊哉, 豊島近, 田之倉優
高エネルギーX線によるXe,Csを用いた多波長異常分散(MAD)法

日本学術振興会科学研究費助成事業萌芽研究 2002年 - 2002年

三木邦夫, 竹田一旗, 宮武秀行, 喜田昭子
次世代大型放射光SPring-8での超分子タンパク質結晶学研究の確立

日本学術振興会科学研究費助成事業萌芽的研究 1998年 - 1998年

三木邦夫, 北所健悟, 喜田昭子, 樋口芳樹
次世代大型放射光SPring-8タンパク質結晶解析ビームラインの性能評価

日本学術振興会科学研究費助成事業萌芽的研究 1997年 - 1997年

三木邦夫, 北所健悟, 喜多昭子, 樋口芳樹
光回復酵素によるDNA修復の分子機構に関する結晶学的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 1996年 - 1997年

三木邦夫, 北所健悟, 喜田昭子, 樋口芳樹
生体超分子複合系のX線精密構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 1996年 - 1996年

月原富武, 福山恵一, 新沢伊藤恭子, 三木邦夫, 田中勲, 三井幸雄
テトラサイクリン/プロトンアンチポ-タの結晶化とX線構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業重点領域研究 1996年 - 1996年

三木邦夫, 北所健悟, 喜田昭子, 樋口芳樹
タンパク質の立体構造に基づく超分子形成の分子機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業重点領域研究 1996年 - 1996年

三木邦夫, 北所健悟, 喜田昭子, 樋口芳樹
時間分割蛋白質結晶構造解析法の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業重点領域研究 1993年 - 1996年

山根隆, 芦田玉一, 三木邦夫, 月原富武, 田中信夫, 佐藤能雅, 安岡則武

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三木邦夫

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