光武亜代理 (MITSUTAKE AYORI) - マイポータル

基本情報

所属: 明治大学理工学部准教授

学位: 博士（理学）(総合研究大学院大学)

J-GLOBAL ID: 200901014406191094
researchmap会員ID: 5000066241

研究キーワード

研究分野

経歴

2018年4月 - 現在

明治大学, 理工学部物理学科, 准教授
2013年10月 - 2017年3月

さきがけ研究者（併任）
2012年4月

大学専任講師
2001年4月 - 2012年3月

大学助手(理工学部物理学科) 2007年度から助教
2006年4月 - 2007年3月

Sabbatical in Professor Charles L. Brooks,III Group, Department of Molecular Biology, The Scripps Research Institute
2000年4月 - 2001年3月

日本学術振興会未来開拓学術研究推進事業 ,ﾘｻｰﾁｱｿｼｴｲﾄ
1999年10月 - 2000年3月

日本学術振興会特別研究員（PD: DC2の残期間)
1998年4月 - 1999年9月

日本学術振興会特別研究員(DC2)
1997年4月 - 1997年9月

豊田工業大学非常勤講師
慶應義塾大学理工学部物理学科, 専任講師

委員歴

2020年6月 - 現在

日本蛋白質科学会, 理事
2018年12月 - 現在

分子シミュレーション研究会, 幹事
2016年6月 - 2019年6月

日本生物物理学会, 理事（庶務）
2013年4月 - 2014年3月

日本物理学会, 領域運営委員
2009年4月 - 2012年3月

蛋白質科学会, 理事
2010年1月 - 2011年12月

日本生物物理学会, 編集委員
2010年1月 - 2011年12月

日本生物物理学会, Editor
2005年4月 - 2007年3月

蛋白質科学会, 理事
2005年4月 - 2007年3月

蛋白質科学会, Director

受賞

論文

Analysis of Protein Folding Simulation with Moving Root Mean Square Deviation.

Yutaka Maruyama, Ryo Igarashi, Yoshitaka Ushiku, Ayori Mitsutake

J. Chem. Inf. Model. 63(5) 1529-1541 2023年3月
Non-Markov-Type Analysis and Diffusion Map Analysis for Molecular Dynamics Trajectory of Chignolin at a High Temperature

Hiroshi Fujisaki, Hiromichi Suetani, Luca Maragliano, Ayori Mitsutake

Life 2022年8月3日
Computational Analysis of the SARS-CoV-2 RBD–ACE2-Binding Process Based on MD and the 3D-RISM Theory

Norio Yoshida, Yutaka Maruyama, Ayori Mitsutake, Akiyoshi Kuroda, Ryo Fujiki, Kodai Kanemaru, Daisuke Okamoto, Alexander E. Kobryn, Sergey Gusarov, Haruyuki Nakano

Journal of Chemical Information and Modeling 62(11) 2889-2898 2022年6月13日
Structural Stability Analysis of Proteins Using End-to-End Distance: A 3D-RISM Approach

Yutaka Maruyama, Ayori Mitsutake

J 5(1) 114-125 2022年2月14日
Molecular Dynamics Simulations for the Determination of the Characteristic Structural Differences between Inactive and Active States of Wild Type and Mutants of the Orexin2 Receptor.

Shun Yokoi, Ayori Mitsutake

The journal of physical chemistry. B 125(17) 4286-4298 2021年5月6日
Universal Relation between Instantaneous Diffusivity and Radius of Gyration of Proteins in Aqueous Solution.

Eiji Yamamoto, Takuma Akimoto, Ayori Mitsutake, Ralf Metzler

Physical review letters 126(12) 128101-128101 2021年3月26日
Mutation-induced change in chignolin stability from pi-turn to alpha-turn

Yutaka Maruyama, Shunpei Koroku, Misaki Imai, Koh Takeuchi, Ayori Mitsutake

RSC ADVANCES 10(38) 22797-22808 2020年6月
Folding pathways of NuG2-a designed mutant of protein G-using relaxation mode analysis

Mitsutake Ayori, Takano Hiroshi

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 151(4) 2019年7月28日査読有り
Identification of slow relaxation modes in a protein trimer via positive definite relaxation mode analysis

Karasawa Naoyuki, Mitsutake Ayori, Takano Hiroshi

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 150(8) 2019年2月28日査読有り
Analysis of molecular dynamics simulations of 10-residue peptide, chignolin, using statistical mechanics: Relaxation mode analysis and three-dimensional reference interaction site model theory.

Yutaka Maruyama, Hiroshi Takano, Ayori Mitsutake

Biophysics and physicobiology 16 407-429 2019年
Conformational change of a biomolecule studied by the weighted ensemble method: Use of the diffusion map method to extract reaction coordinates

Fujisaki Hiroshi, Moritsugu Kei, Mitsutake Ayori, Suetani Hiromichi

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 149(13) 134112-134112 2018年10月7日査読有り
Analysis of Structural Stability of Chignolin

Yutaka Maruyama, Ayori Mitsutake

Journal of Physical Chemistry B 122(14) 3801-3814 2018年4月12日査読有り
Relaxation mode analysis for molecular dynamics simulations of proteins

Ayori Mitsutake, Hiroshi Takano

Biophysical Reviews 10(2) 375-389 2018年4月1日招待有り
Application of reference-modified density functional theory: Temperature and pressure dependences of solvation free energy

Tomonari Sumi, Yutaka Maruyama, Ayori Mitsutake, Kenji Mochizuki, Kenichiro Koga

JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 39(4) 202-216 2018年2月査読有り
Dynamical Analysis Methods for Protein Folding Simulations

Mitsutake Ayori, Takano Hiroshi

BIOPHYSICAL JOURNAL 114(3) 45A 2018年2月
Two-step relaxation mode analysis with multiple evolution times applied to all-atom molecular dynamics protein simulation

N. Karasawa, A. Mitsutake, H. Takano

PHYSICAL REVIEW E 96(6) 2017年12月査読有り
Stability of Unfolded and Folded Protein Structures Using a 3D-RISM with the RMDFT

Yutaka Maruyama, Ayori Mitsutake

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 121(42) 9881-9885 2017年10月査読有り
Improved Relaxation Mode Analysis of a Hen Egg-White Lysozyme Protein

Naoyuki Karasawa, Ayori Mitsutake, Hiroshi Takano

BIOPHYSICAL JOURNAL 112(3) 353A-353A 2017年2月
A reference-modified density functional theory: An application to solvation free-energy calculations for a Lennard-Jones solution

Tomonari Sumi, Yutaka Maruyama, Ayori Mitsutake, Kenichiro Koga

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 144(22) 224104 2016年6月査読有り
Investigating Kinetics of Conformational Change using Molecular Dynamics and Milestoning

Hiroshi Fujisaki, Ayori Mitsutake

BIOPHYSICAL JOURNAL 110(3) 523A-523A 2016年2月

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MISC

生体分子の分子シミュレーションから反応座標をどう抜き出すか?

藤崎弘士, 末谷大道, 光武亜代理

日本物理学会講演概要集 72 3237-3237 2017年
19pBW-11 生体分子における構造変化遷移レートのマイルストーン法を用いた計算

藤崎弘士, 光武亜代理

日本物理学会講演概要集 71 3181-3181 2016年
生体系のシミュレーションのサンプリング手法及び解析方法の開発

光武亜代理

日本物理学会学会誌 70(3) 194-199 2015年3月査読有り招待有り
27pAB-11 スリット型細孔中に閉じ込められた水分子の相転移現象(27pAB 溶液・液体・光関係等,領域12(ソフトマター物理・化学物理・生物物理))

金子敏宏, Bai Jaeil, 泰岡顕治, 光武亜代理, Zeng Xiao Cheng

日本物理学会講演概要集 69(1) 397-397 2014年3月5日
30pAA-8 小蛋白質の分子シミュレーションでの緩和モード解析II(30pAA 生物物理3,領域12(ソフトマター物理・化学物理・生物物理))

光武亜代理, 小泉祐太, 長井俊樹, 高野宏

日本物理学会講演概要集 69(1) 437-437 2014年3月5日
30pAA-3 低温におけるウマのアポミオグロビンの分子動力学シミュレーション(30pAA 生物物理3,領域12(ソフトマター物理・化学物理・生物物理))

須栗翔, 光武亜代理, 高野宏

日本物理学会講演概要集 69(1) 436-436 2014年3月5日
学術賞受賞寄稿「多次元焼き戻し法の開発及び緩和モード解析とWHAM法の一般化による構造解析法の開発」

光武亜代理

分子シミュレーション研究会会誌"アンサンブル" 16(1) 1-6 2014年2月査読有り招待有り
27aXZC-6 相同タンパク質の構造ゆらぎの静的・動的性質(27aXZC 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

小泉祐太, 光武亜代理, 高野宏

日本物理学会講演概要集 68(1) 433-433 2013年3月26日
27pXZD-3 生体高分子系での有効な拡張アンサンブル法及び構造解析法の開発(27pXZD 若手奨励賞授賞式と受賞記念講演,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

光武亜代理

日本物理学会講演概要集 68(1) 437-437 2013年3月26日
20pAB-5 相同タンパク質に対する緩和モード解析(20pAB 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

小泉祐太, 光武亜代理, 高野宏

日本物理学会講演概要集 67(2) 337-337 2012年8月24日
27aPS-82 小タンパク質の拡張アンサンブル方に基づくモンテカルロシミュレーション(27aPS 領域11,領域12合同ポスターセッション,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理分野))

光武亜代理, 杉田有治, 岡本祐幸

日本物理学会講演概要集 57(1) 299-299 2002年3月1日
27pZC-10 Potts模型系の拡張アンサンブルシミュレーション

長島剛宏, 杉田有治, 光武亜代理, 岡本祐幸

日本物理学会講演概要集 56(1) 228-228 2001年3月9日
Solvent Effects on Conformational Stability of Peptide and on Folding

F. Hirata, A. Mitsutake, M. Kinoshita, Y. Okamoto

Annual Conference on the Physical Chemistry of Liquids: Molecules - Macromolecules - Biomolecules，L54 2000年
“RISM理論を用いたMet-enkephalinのマルチカノニカルシミュレーション”

光武亜代理, 木下正弘, 岡本祐幸, 平田文男

１C1100，日本生物物理学会第38回年会予稿集(2000). 2000年
徐冷モンテカルロシミュレーションによるβ-Lactoglobulinのfragmentのαヘリックス形成傾向性の研究

光武亜代理, 入佐正幸, 岡本祐幸, 平田文男

生物物理 38(2) S22 1998年9月7日
31a-P-4 マルチカノニカル法による疎水水和を考慮したペプチドの動的立体構造の研究(統計力学・物性基礎論(化学物理,散逸系,その他))

入佐正幸, Hansmann U., 光武亜代理, 岡本祐幸, 平田文男

日本物理学会講演概要集. 年会 51(3) 562-562 1996年3月15日
3a-G-8 2階差分方程式による大エルミート行列の対角化法(応用数学・力学・流体物理)

光武亜代理, 飯高敏晃, 岡本祐幸

日本物理学会講演概要集. 年会 51(4) 110-110 1996年3月15日

書籍等出版物

Biomolecular Simulations: Methods and Protocols

A. Mitsutake, Y. Mori, Y. Okamoto (担当:共著)

2012年

講演・口頭発表等

リングポリマーブラシの静的・動的特性

川島聡, 高野宏, 光武亜代理

日本物理学会2017年年次大会 2017年3月19日日本物理学会
緩和モード解析による200残基程度の蛋白質のマイクロ秒程度の分子シミュレーションの動的解析

光武亜代理, 竹内恒, 高野宏

日本物理学会2017年年次大会 2017年3月19日日本物理学会
生体分子の分子シミュレーションから反応座標をどう抜き出すか？

藤崎弘士, 末谷大道, 光武亜代理

日本物理学会2017年年次大会 2017年3月19日日本物理学会
分子動力学法を用いたタンパク質の緩和モード解析II

唐澤直之, 光武亜代理, 高野宏

日本物理学会2017年年次大会 2017年3月19日日本物理学会
Improved Relaxation Mode Analysis of a Hen Egg-white Lysozyme Protein

KARASAWA NAOYUKI, MITSUTAKE AYORI, TAKANO HIROSHI

Biophysical Society 61st Annual Meeting 2017年2月14日
Investigating Dynamics and Kinetics of Proteins by using Relaxation Mode Analysis

MITSUTAKE AYORI

The Third Korean-Polish Conference on "Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches", Korea 2017年2月8日招待有り
Slow Relaxation Dynamics of Hen Egg-White Lysozyme Extracted by Relaxation Mode Analysis

"The Third Korean-Polish Conference on "Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches",Korea 2017年2月6日
Relaxation Mode Analysis for Molecular Simulations of Proteins

MITSUTAKE AYORI

JST-Bay Area Structural Biology Workshop, U.S. 2017年1月23日招待有り
緩和モード解析を用いた蛋白質のダイナミクスの研究

光武亜代理, 高野宏

第30回分子シミュレーション討論会 2016年12月1日分子シミュレーション研究会
緩和モード解析による蛋白質系の遅い緩和ダイナミクスの抽出

唐澤直之, 光武亜代理, 高野宏

第30回分子シミュレーション討論会 2016年11月30日分子シミュレーション研究会
Dynamical analysis of protein simulations by using two-step relaxation mode analysis

唐澤直之, 光武亜代理, 高野宏

第54回日本生物物理学会年会 The 54th Annual Meeting of the BSJ 2016年11月26日日本生物物理学会
Relaxation mode analysis for long time simulations of proteins

光武亜代理, 高野宏

第54回日本生物物理学会年会 2016年11月26日日本生物物理学会
分子動力学法を用いたタンパク質の緩和モード解析II

唐澤直之, 光武亜代理, 高野宏

日本物理学会2016年秋季大会 2016年9月14日日本物理学会
Two-step relaxation mode analysis with multiple evolution times of an all-atom molecular dynamics simulation of a protein

KARASAWA NAOYUKI, MITSUTAKE AYORI, TAKANO HIROSHI

International union of pure and applied physics 26th international conference on statistical physics 2016年7月18日
改良された緩和モード解析によるたんぱく質シミュレーションの動的解析

唐澤直之, 光武亜代理, 高野宏

第16回日本蛋白質科学会年会 2016年6月9日日本蛋白質科学会招待有り
緩和モード解析による蛋白質のダイナミクスの解析

光武亜代理, 高野宏

第16回日本蛋白質科学会年会 2016年6月9日日本蛋白質科学会
生体分子における構造変化遷移レートのマイルストーン法を用いた計算

藤崎弘士, 光武亜代理

日本物理学会第71回年次大会2016年 2016年3月19日日本物理学会
分子動力を用いたタンパク質の緩和モード解析

唐澤直之, 光武亜代理, 高野宏

日本物理学会第71回年次大会2016年 2016年3月19日日本物理学会
Investigating kinetics of conformational change using molecular dynamics and milestoning

FUJISAKI HIROSHI, MITSUTAKE AYORI

Biophysical Society 60th Annual Meeting 2016 2016年3月2日 Biophysical Society
Relaxation mode analysis for protein simulations

光武亜代理, 高野宏

Biophysical Society 60th Annual Meeting 2016 2016年2月29日 Biophysical Society

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所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

アミノ酸置換による安定性・機能変化評価計算システムの構築と応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2020年4月 - 2025年3月

光武亜代理, 丸山豊
分子シミュレーションを駆使したオレキシン受容体の機能機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2022年4月 - 2024年3月

光武亜代理
動的データに内在するレアイベント性の新規な特徴付けと生体時系列への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2016年4月 - 2019年3月

藤崎弘士, 末谷大道, 光武亜代理, 森次圭, 松永康佑
緩和モード解析によるタンパク質構造ダイナミクスの解明

戦略的創造研究推進事業さきがけプログラム 2013年10月 - 2017年3月

光武亜代理
緩和モード解析による蛋白質の構造揺らぎの動的特徴

慶應義塾大学学事振興資金（個人研究特Ｂ） 2013年4月 - 2014年3月

光武亜代理
多自由度・大規模系における反応と構造空間探索

新学術領域研究（研究領域提案型）「コンピュティクスによる物質デザイン：複合相関と非平衡ダイナミクス」科学研究費補助金(文部科学省・日本学術振興会） 2010年9月 - 2014年3月
多自由度・大規模系における反応と構造空間探索

新学術領域研究（研究領域提案型）「コンピュティクスによる物質デザイン：複合相関と非平衡ダイナミクス」科学研究費補助金(文部科学省・日本学術振興会） 2010年9月 - 2014年3月
物理化学的手法を用いた免疫系のペプチドの分子認識に対するシステムの構築

KLL指定研究プロジェクト 2010年 - 2011年
拡張アンサンブル法による生体高分子系のシミュレーション

科学研究費補助金(文部科学省・日本学術振興会）特定領域研究「水と生体分子」 2007年4月 - 2008年3月
拡張アンサンブル法を用いた蛋白質の分子認識についてのシミュレーション手法の開発と応用

学術研究振興資金福澤基金 2006年4月 - 2007年3月
拡張アンサンブル法による蛋白質のフォールディングシミュレーション

慶應義塾学事振興資金 2005年4月 - 2006年3月
拡張アンサンブル法によるタンパク質のフォールディングシミュレーション

科学研究費補助金(文部科学省・日本学術振興会）特定領域研究「水と生体分子」 2004年4月 - 2006年3月
生体高分子系の大規模な拡張アンサンブルシミュレーション

慶應義塾学事振興資金 2004年4月 - 2005年3月
RISM理論で溶媒効果を取り入れた第一原理からのタンパク質の立体構造予測

科学研究費補助金(文部科学省・日本学術振興会）特定領域研究「ゲノム情報科学」 2003年4月 - 2005年3月
拡張アンサンブルシミュレーションを用いた小タンパク質の巻き戻り問題の研究

科学研究費補助金(文部科学省・日本学術振興会）若手B 2002年4月 - 2005年3月
生体高分子系の新しい拡張アンサンブル法の開発

慶應義塾学事振興資金 2003年4月 - 2004年3月
拡張アンサンブル法を用いた大規模シミュレーションによる生体高分子の研究

慶應義塾学事振興資金 2001年4月 - 2002年3月

その他

Organizing Committe (Vice Chair) of International Symposium on Extended Molecular Dynamics and Enhanced Sampling: Nosé Dynamics 30 Years (NOSE30)

2014年11月 - 2014年11月

光武亜代理

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