榊原康文 (Sakakibara Yasubumi) - マイポータル

基本情報

所属: 慶應義塾大学理工学部生命情報学科教授

学位: 理学(東京工業大学)
理学(Tokyo Institute of Technology)

研究者番号: 10287427
J-GLOBAL ID: 200901052621726836
researchmap会員ID: 5000066301

外部リンク: http://www.dna.bio.keio.ac.jp/

研究キーワード

研究分野

経歴

2005年4月 - 現在

慶應義塾大学理工学部生命情報学科, 教授
2002年4月 - 2005年3月

慶應義塾大学大学院理工学研究科基礎理工学専攻 ,助教授
2002年4月 - 2005年3月

慶應義塾大学大学院理工学研究科基礎理工学専攻 ,助教授
2002年4月 - 2005年3月

慶應義塾大学理工学部生命情報学科 ,助教授
2001年10月 - 2002年3月

東京電機大学理工学部情報科学科 ,教授
1996年4月 - 2001年9月

東京電機大学理工学部情報科学科 ,助教授
1985年4月 - 1996年3月

（株）富士通研究所情報社会科学研究所 ,研究員
1992年6月 - 1993年6月

兼米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校 ,客員研究員

学歴

1985年3月

東京工業大学, 理工学研究科, 情報科学専攻
1983年3月

東京工業大学, 理学部, 情報科学科

委員歴

1995年10月 - 現在

6th International Workshop on Algorithmic Learning, 招待講演
1995年10月 - 現在

6th International Workshop on Algorithmic Learning, 招待講演
1990年4月 - 現在

人工知能学会人工知能基礎論研究会, 連絡委員
1990年4月 - 現在

人工知能学会人工知能基礎論研究会, 連絡委員
2010年7月 - 2010年7月

16th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming, Program Committee Co-Chairman
2010年7月 - 2010年7月

16th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming, プログラム委員長
2009年12月 - 2009年12月

20th International Conference on Genome Informatics(GIW2009), organizing chairman
2009年12月 - 2009年12月

ゲノムインフォマティクス国際会議, 大会委員長
2009年9月 - 2009年9月

第８回新しい RNA/RNP を見つける会, Committee Chair
2009年9月 - 2009年9月

第８回新しい RNA/RNP を見つける会, 委員長
1998年4月 - 2002年3月

情報処理学会論文誌編集委員会, 委員
1998年4月 - 2002年3月

人工知能学会人工知能基礎論研究会, 幹事
1998年4月 - 2002年3月

情報処理学会論文誌編集委員会, 委員
1998年4月 - 2002年3月

人工知能学会人工知能基礎論研究会, 幹事
1994年 - 2002年

2nd,3rd,4th,5th,6th International Colloquium on Gr, Program Committee Member
1994年 - 2002年

2nd,3rd,4th,5th,6th International Colloquium on Gr, Program Committee Member
1994年 - 2000年

5th,7th,8th,9th,11th International Workshop on Alg, Program Committee Member
1994年 - 2000年

5th,7th,8th,9th,11th International Workshop on Alg, Program Committee Member
1994年4月 - 1995年3月

（財）新世代コンピュータ技術開発機構蛋白質立体構造予測タスクグループ, 委員
1994年4月 - 1995年3月

（財）新世代コンピュータ技術開発機構蛋白質立体構造予測タスクグループ, 委員

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受賞

1999年

東京電機大学研究振興会教育奨励賞, 「プログラム言語のマルチメディア教育」, 東京電機大学研究振興会

榊原康文

論文

114

A max-margin model for predicting residue-base contacts in protein-RNA interactions,

Shunya Kashiwagi, Kengo Sato, Yasubumi Sakakibara

Life 11(11) 1135 2021年10月25日査読有り
RNA secondary structure prediction using deep learning with thermodynamic integration,

Kengo Sato, Manato Akiyama, Yasubumi Sakakibara

Nature Communications 12(1) 941 2021年2月11日査読有り
The project for objective measures using computational psychiatry technology (PROMPT): Rationale, design, and methodology.

Taishiro Kishimoto, Akihiro Takamiya, Kuo-Ching Liang, Kei Funaki, Takanori Fujita, Momoko Kitazawa, Michitaka Yoshimura, Yuki Tazawa, Toshiro Horigome, Yoko Eguchi, Toshiaki Kikuchi, Masayuki Tomita, Shogyoku Bun, Junichi Murakami, Brian Sumali, Tifani Warnita, Aiko Kishi, Mizuki Yotsui, Hiroyoshi Toyoshiba, Yasue Mitsukura, Koichi Shinoda, Yasubumi Sakakibara, Masaru Mimura

Contemporary clinical trials communications 19 100649-100649 2020年9月
An improved de novo genome assembly of the common marmoset genome yields improved contiguity and increased mapping rates of sequence data

Vasanthan Jayakumar, Hiromi Ishii, Misato Seki, Wakako Kumita, Takashi Inoue, Sumitaka Hase, Kengo Sato, Hideyuki Okano, Erika Sasaki, Yasubumi Sakakibara

BMC Genomics 21(S3) 2020年4月
Efficient generation of Knock-in/Knock-out marmoset embryo via CRISPR/Cas9 gene editing.

Wakako Kumita, Kenya Sato, Yasuhiro Suzuki, Yoko Kurotaki, Takeshi Harada, Yang Zhou, Noriyuki Kishi, Kengo Sato, Atsu Aiba, Yasubumi Sakakibara, Guoping Feng, Hideyuki Okano, Erika Sasaki

Scientific reports 9(1) 12719-12719 2019年9月3日査読有り
Convolutional neural network based on SMILES representation of compounds for detecting chemical motif

Hirohara M, Saito Y, Koda Y, Sato K, Sakakibara Y

BMC Bioinformatics 19(S19) 2018年12月31日
A max-margin training of RNA secondary structure prediction integrated with the thermodynamic model

Akiyama M, Sato K, Sakakibara Y

Journal of Bioinformatics and Computational Biology 16(6) 2018年12月1日
Time-Series Analysis of Tumorigenesis in a Murine Skin Carcinogenesis Model.

Yoshimasa Aoto, Kazuhiro Okumura, Tsuyoshi Hachiya, Sumitaka Hase, Yuichi Wakabayashi, Fuyuki Ishikawa, Yasubumi Sakakibara

Scientific reports 8(1) 12994-12994 2018年8月29日
Convolutional neural networks for classification of alignments of non-coding RNA sequences

Aoki G, Sakakibara Y

Bioinformatics 34(13) i237-i244 2018年7月1日
医師国家試験自動解答プログラムの治療薬問題への拡張

水口達矢, 伊藤詩乃, 佐藤健吾, 榊原康文

人工知能学会論文誌 2018年査読有り
DEclust: A statistical approach for obtaining differential expression profiles of multiple conditions

Yoshimasa Aoto, Tsuyoshi Hachiya, Kazuhiro Okumura, Sumitaka Hase, Kengo Sato, Yuichi Wakabayashi, Yasubumi Sakakibara

PLOS ONE 12(11) e0188285 2017年11月査読有り
訂正記事: 医師国家試験を自動解答するプログラムの構築

伊藤詩乃, 田中佑岳, 狩野芳伸, 榊原康文

人工知能学会論文誌 32(2) F-AI30Ge_1-10 2017年
Comprehensive evaluation of non-hybrid genome assembly tools for third-generation PacBio long-read sequence data

V. Jayakumar, 榊原康文

Briefings in Bioinformatic 2017年査読有り
Genome sequence and analysis of the Japanese morning glory Ipomoea nil

Atsushi Hoshino, Vasanthan Jayakumar, Eiji Nitasaka, Atsushi Toyoda, Hideki Noguchi, Takehiko Itoh, Tadasu Shin-, Yohei Minakuchi, Yuki Koda, Atsushi J. Nagano, Masaki Yasugi, Mie N. Honjo, Hiroshi Kudoh, Motoaki Seki, Asako Kamiya, Toshiyuki Shiraki, Piero Carninci, Erika Asamizu, Hiroyo Nishide, Sachiko Tanaka, Kyeung-Il Park, Yasumasa Morita, Kohei Yokoyama, Ikuo Uchiyama, Yoshikazu Tanaka, Satoshi Tabata, Kazuo Shinozaki, Yoshihide Hayashizaki, Yuji Kohara, Yutaka Suzuki, Sumio Sugano, Asao Fujiyama, Shigeru Iida, Yasubumi Sakakibara

NATURE COMMUNICATIONS 7 13295 2016年11月査読有り
Generation of a Nonhuman Primate Model of Severe Combined Immunodeficiency Using Highly Efficient Genome Editing

Kenya Sato, Ryo Oiwa, Wakako Kumita, Rachel Henry, Tetsushi Sakuma, Ryoji Ito, Ryoko Nozu, Takashi Inoue, Ikumi Katano, Kengo Sato, Norio Okahara, Junko Okahara, Yoshihisa Shimizu, Masafumi Yamamoto, Kisaburo Hanazawa, Takao Kawakami, Yoshie Kametani, Ryuji Suzuki, Takeshi Takahashi, Edward J. Weinstein, Takashi Yamamoto, Yasubumi Sakakibara, Sonoko Habu, Jun-ichi Hata, Hideyuki Okano, Erika Sasaki

CELL STEM CELL 19(1) 127-138 2016年7月査読有り
SHARAKU: an algorithm for aligning and clustering read mapping profiles of deep sequencing in non-coding RNA processing

Mariko Tsuchiya, Kojiro Amano, Masaya Abe, Misato Seki, Sumitaka Hase, Kengo Sato, Yasubumi Sakakibara

BIOINFORMATICS 32(12) 369-377 2016年6月査読有り
Prediction of gene structures from RNA-seq data using dual decomposition

榊原康文

IPSJ Transactions on Bioinformatics 9 1-6 2016年査読有り
医師国家試験を自動解答するプログラムの構築

伊藤詩乃, 田中佑岳, 狩野芳伸, 榊原康文

人工知能学会論文誌 31(6) AI30-G_1-AI30-G_9 2016年査読有り
Resequencing of the common marmoset genome improves genome assemblies and gene-coding sequence analysis

Kengo Sato, Yoko Kuroki, Wakako Kumita, Asao Fujiyama, Atsushi Toyoda, Jun Kawai, Atsushi Iriki, Erika Sasaki, Hideyuki Okano, Yasubumi Sakakibara

SCIENTIFIC REPORTS 5 16894 2015年11月査読有り
Whole-Genome Sequencing and Comparative Genome Analysis of Bacillus subtilis Strains Isolated from Non-Salted Fermented Soybean Foods

Mayumi Kamada, Sumitaka Hase, Kazushi Fujii, Masato Miyake, Kengo Sato, Keitarou Kimura, Yasubumi Sakakibara

PLOS ONE 10(10) e0141369 2015年10月査読有り

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MISC

Guest Editorial for the 16th Asia Pacific Bioinformatics Conference

Yamanishi Y, Sakakibara Y, Chen Y

IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 16(1) 1-2 2019年1月
音声データを用いたうつ病重症度の深層学習解析

四井美月, Liang Kuo-ching, 廣原茉耶, 北沢桃子, 吉村道孝, 江口洋子, 藤田卓仙, 岸本泰士郎, 榊原康文

人工知能学会全国大会論文集 2018 4C2OS27b02-4C2OS27b02 2018年
新たなステージに入ったアサガオ研究。高精度なゲノム解読と幻の黄色いアサガオの再現

星野敦, 仁田坂英二, V. Jayakumar, 榊原康文

化学と生物 56 39-46 2018年
Stmm1a(Skin tumour modifier of MSM/Ms)に位置するPak1はその発現低下により細胞増殖を抑制する

吉澤康博, 奥村和弘, 齋藤慈, 宗形春花, 青戸良賢, 磯貝恵理子, 榊原康文, 若林雄一

日本癌学会総会記事 76回 P-1009 2017年9月
がん細胞株におけるderived RNAのプロファイル解析

青木言太, 土谷麻里子, 小坂威雄, 長谷純崇, 佐藤健吾, 水野隆一, 大家基嗣, 榊原康文

日本RNA学会年会要旨集 19th 2017年
ChIP sequencingにより示唆されたMeis1の皮膚腫瘍におけるグルコース代謝の制御

吉澤康博, 奥村和弘, 齋藤慈, 宗形春花, 青戸良賢, 磯貝恵理子, 榊原康文, 若林雄一

日本癌学会総会記事 75回 P-2019 2016年10月
ChIP sequencingをもちいた皮膚腫瘍におけるMeis1の機能解析

吉澤康博, 吉澤康博, 奥村和弘, 齋藤慈, 齋藤慈, 青戸良賢, 磯貝恵理子, 榊原康文, 若林雄一

日本実験動物学会総会講演要旨集 63rd 2016年
発がん過程の経時的ゲノム解析

青戸良賢, 奥村和弘, 石川冬木, 若林雄一, 榊原康文

日本癌学会総会記事 74回 E-1048 2015年10月
RF-002 医師国家試験を自動解答するプログラムの構築(F分野:人工知能・ゲーム,査読付き論文)

伊藤詩乃, 田中佑岳, 佐藤健吾, 洪繁, 狩野芳伸, 榊原康文

情報科学技術フォーラム講演論文集 14(2) 11-16 2015年8月24日
Prediction of gene structures from RNA-seq data using dual decomposition (情報論的学習理論と機械学習)

INATSUKI TATSUMU, SATO KENGO, SAKAKIBARA YASUBUMI

電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報 115(112) 323-326 2015年6月23日
Prediction of gene structures from RNA-seq data using dual decomposition (ニューロコンピューティング)

INATSUKI TATSUMU, SATO KENGO, SAKAKIBARA YASUBUMI

電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報 115(111) 207-210 2015年6月23日
機械学習を用いたマススペクトルデータからの糖鎖構造推定法の開発

雲崎翔太郎, 佐藤健吾, 榊原康文

研究報告バイオ情報学（BIO） 2013(30) 1-2 2013年6月20日
デジタルクラスタリングを用いた発がん過程の経時的トランスクリプトーム解析

青戸良賢, 八谷剛史, 奥村和弘, 長谷純崇, 佐藤健吾, 若林雄一, 榊原康文

研究報告バイオ情報学（BIO） 2013(8) 1-6 2013年3月14日
Meis1の腫瘍悪性化プロセスにおける役割

齋藤慈, 奥村和弘, 八谷剛史, 榊原康文, 大澤光次郎, 岩間敦志, 廣瀬哲史, 木南凌, 後飯塚僚, 中村卓郎, 若林雄一

ゲノムデザイン技術と疾患モデル研究第27回モロシヌス研究会&理研シンポジウム要旨集平成25年 2013年
A Modified Genovo Metagenome Assembler for 454 Paired End Reads

Afiahayati, Tsuyoshi Hachiya, Kengo Sato, Yasubumi Sakakibara

研究報告バイオ情報学（BIO） 2012(2) 1-6 2012年10月8日
双対分解によるRNA構造アラインメント

佐藤健吾, 加藤有己, 阿久津達也, 浅井潔, 榊原康文

研究報告バイオ情報学（BIO） 2012(5) 1-6 2012年3月21日
ニワトリDT40細胞における新生動原体を含む染色体の形成(Creation of chromosomes containing neocentromere in chicken DT40 cells)

商維こう, 堀哲也, 豊田敦, Popendorf Kris, 榊原康文, 藤山秋佐夫, 深川竜郎

日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集 83回・33回 4P-0719 2010年12月
Accurate identification of orthologous segments among multiple genomes (vol 25, pg 853, 2009)

Tsuyoshi Hachiya, Yasunori Osana, Kris Popendorf, Yasubumi Sakakibara

BIOINFORMATICS 25(11) 1474-1474 2009年6月
Base-pairing profile local alignment kernels for functional RNA analyses (ニューロコンピューティング)

Sato Kengo, Saito Yutaka, Sakakibara Yasubumi

電子情報通信学会技術研究報告 109(53) 45-51 2009年5月25日
Base-pairing profile local alignment kernels for functional RNA analyses

Kengo Sato, Yutaka Saito, Yasubumi Sakakibara

情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO） 2009-BIO-17(8) 1-7 2009年査読有り

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書籍等出版物

情報数理シリーズ「計算論的学習」

榊原康文, 小林聡, 横森貴 (担当:共著)

培風館 2001年10月
DNAコンピューティング

Paun, Rozenberg, Salomaa 著, 横森貴, 榊原康文, 小林聡訳 (担当:共著)

シュプリンガー・フェアラーク東京 1999年12月
新版情報処理ハンドブック

情報処理学会偏, 章の「学習, に関する節を分担執筆 (担当:共著)

オーム社 1995年11月

講演・口頭発表等

MetaVelvet : An extension of Velvet assembler to de novo metagenome assembly from short sequence reads

榊原康文

ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine 2011 2011年8月2日
Comprehensive analysis of small non-coding RNAs in medaka transcriptome by deep RNA-seq approach

榊原康文

RNA 2011 Sixteenth Annual Meeting of the RNA Society 2011年6月15日
Genome-wide detections of non-coding RNAs on Ciona intestinalis genome: from in silico search of snoRNA to full-length sequencing and expression analysis

Kawarama, J, Hase, S, Hachiya, T, Hotta, K, Sakakibara, Y

5th International Tunicate Meeting 2009年6月22日
Discriminative Detection of Cis-acting Regulatory Variation from Location Data

Yuji Kawada, Yasubumi Sakakibara

The 4th Asia-Pacific Bioinformatics Conference (APBC2006), Taiwan 2006年2月14日
Development of an in vivo computer based on Escherichia coli

Hirotaka Nakagawa, Kensaku Sakamoto, Yasubumi Sakakibara

The 11th International Meeting on DNA Based Computers (DNA11), London, Ontario 2005年6月8日
Intensive in vitro experiments of implementing and executing finite automata in test tube

Junna Kuramochi, Yasubumi Sakakibara

The 11th International Meeting on DNA Based Computers (DNA11), London, Ontario 2005年6月8日
RNA structural alignment with conditional random fields

Sato, K, Sakakibara, Y

the 4th European Conference on Computational Biology (ECCB 2005) 2005年
Genome-Wide Analyses of Cooperative Transcriptional Regulations with Context-Dependent Probabilistic Models

Y.Kawada, Y.Sakakibara

12th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and the Third European Conference on Computational Biology 2004年 ISCB
A DNA-based Computational Model using a Specific Type of Restriction Enzyme

Sakakibara,Y, Imai,H

Proceedings of 8th International Meeting on DNA Based Computers 2002年6月
Population Computation and Majority Inference in Test Tube

Proceedings of 7th International Meeting on DNA Based Computers 2001年6月
Intelligent DNA Chips: Logical Operation of Gene Expression Profiles

Sakakibara,Y, Suyama,A

Genome Informatics 2000 (Proceedings of 11th Workshop on Genome Informatics) 2000年12月
Solving Computational Learning Problems of Boolean Formulae on DNA Computers

Proceedings of 6th International Meeting on DNA Based Computers 2000年6月
Splicing, Tree Splicing, and Multiple Splicing

Proceedings of Workshop on Molecular Computing at 18th International Conference on Foundations of Software Technology & Theoretical Computer Science (FST&TCS98) 1998年12月
DNA Computers: A New Computing Paradigm

Proceedings of 15th Conference of Photopolymer Science and Technology 1997年6月
Stochastic Simple Recurrent Neural Networks

Golea,M, Matsuoka,M, Sakakibara,Y

Proceedings of 3rd International Colloquium on Grammatical Inference (ICGI-96) 1996年9月
Stochastic Simple Recurrent Neural Networks

Golea,M, Matsuoka,M, Sakakibara,Y

Proceedings of 3rd International Colloquium on Grammatical Inference (ICGI-96) 1996年9月
Simple Recurrent Networks as Generalized Hidden Markov Models with Distributed Representations

Sakakibara,Y, Golea,M

Proceedings of 1995 IEEE International Conference on Neural Networks (ICNN '95) 1995年11月
Grammatical Inference: An old and new paradigm

Proceedings of 6th International Workshop on Algorithmic Learning Theory (ALT'95) 1995年10月
Stochastic Context-Free Grammars for Modeling RNA

Sakakibara,Y, Brown,M, Mian,I.S, Underwood,R, Haussler~D

Proceedings of 27th Hawaii International Conference on System Sciences (HICSS'94) 1994年1月
Stochastic Context-Free Grammars in Computational Biology: Applications to Modeling RNA

Sakakibara,Y, Brown,M, Mian,I.S, Underwood,R, Haussler,D

Proceedings of Genome Informatics Workshop IV 1993年12月

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担当経験のある科目(授業)

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所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

非コードRNA遺伝子をゲノムワイドに発見する汎用システム

文部科学省・日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2018年4月 - 2023年3月

榊原康文
人工知能を用いた化学コミュニケーション空間の多様性と共通性の解明

文部科学省・日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2017年6月 - 2022年3月

榊原康文
ビッグデータ駆動型創薬システム研究拠点

戦略的研究基盤形成支援事業 2014年 - 2018年

榊原康文
ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援

科学研究費補助金(文部科学省・日本学術振興会） 2010年 - 2015年

小原雄治
発がんゲノムにおける非コードRNAの網羅的機能解析

科学研究費補助金(文部科学省・日本学術振興会） 2011年 - 2014年

榊原康文
タンパク質化合物相互作用の網羅的予測手法とデータベースの開発

（独）科学技術振興機構バイオインフォマティクス推進事業 2006年 - 2011年
比較ゲノム解析のための情報変換モデルの構築と計算手法の開発

科学研究費補助金(文部科学省・日本学術振興会） 2005年 - 2009年

榊原康文
機能性RNAの探索・解析のためのバイオインフォマティクス技術の開発

（社）バイオ産業情報化コンソーシアム戦略的技術開発委託費 2005年 - 2009年
転写制御プログラムのシステム的解析

科学研究費補助金(文部科学省・日本学術振興会） 2004年 - 2006年

榊原康文

産業財産権

特願2000-382449 核酸分子を用いた新規な情報解析方法およびそれを用いた核酸の解析方法

榊原康文, 陶山明, 森本伸彦
United State Patent,No.5787426 Data Sorting,Data Sorting Tree Creating,Derivative

Koshiba,T, Sakakibara,Y

社会貢献活動

6th International Workshop on Algorithmic Learning

その他

1995年10月 - 現在
第８回新しい RNA/RNP を見つける会

その他

2009年9月
2nd,3rd,4th,5th,6th International Colloquium on Gr

その他

1994年 - 2002年
5th,7th,8th,9th,11th International Workshop on Alg

その他

1994年 - 2000年
（財）新世代コンピュータ技術開発機構蛋白質立体構造予測タスクグループ

その他

1994年4月 - 1995年3月
（財）新世代コンピュータ技術開発機構計算論的学習理論ワーキンググループ

その他

1990年4月 - 1992年3月

榊原康文

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

委員歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

産業財産権

社会貢献活動

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