神戸市内の1家族3名が結核感染した事例の由来株を解析対象とし、次世代シーケンサーを用いて全ゲノムレベルでの菌株の異同判定を行うことで、感染伝搬の流れを解明することを試みた。本事例の患者発見日は、患者Aと患者Bがほぼ同時期、患者Cがその約2ヵ月後であった。患者由来3株をゲノム解析し、一塩基バリアント(SNV)を検出したところ、3株共通のSNVが1249ヶ所、患者Bと患者Cのみに認められるSNVが1ヶ所特定された。このSNVの蓄積状況をもとに感染伝搬の流れを推定すると、患者Aが初発で、患者Cは患者Bからの感染という流れが考えられた。