腸内細菌は免疫系に影響するので、難消化性糖類などの食品によって腸内細菌叢を修飾することにより、アレルギーなどの免疫疾患を予防・治療できるかもしれない。このことを動物実験によって調べた結果、授乳期の仔マウスの腸内細菌叢を修飾することによって発育後のアレルギー性皮膚炎を改善できること、米品種が腸内細菌叢を修飾するとともに食物アレルギーにも影響を及ぼすこと、消化管内のカンジダ菌がアレルギーの危険因子となりうることを示すことができた